RESUMO
Although the genome of Trypanosoma cruzi, the causative agent of Chagas disease, was first made available in 2005, with additional strains reported later, the intrinsic genome complexity of this parasite (the abundance of repetitive sequences and genes organized in tandem) has traditionally hindered high-quality genome assembly and annotation. This also limits diverse types of analyses that require high degrees of precision. Long reads generated by third-generation sequencing technologies are particularly suitable to address the challenges associated with T. cruzi's genome since they permit direct determination of the full sequence of large clusters of repetitive sequences without collapsing them. This, in turn, not only allows accurate estimation of gene copy numbers but also circumvents assembly fragmentation. Here, we present the analysis of the genome sequences of two T. cruzi clones: the hybrid TCC (TcVI) and the non-hybrid Dm28c (TcI), determined by PacBio Single Molecular Real-Time (SMRT) technology. The improved assemblies herein obtained permitted us to accurately estimate gene copy numbers, abundance and distribution of repetitive sequences (including satellites and retroelements). We found that the genome of T. cruzi is composed of a 'core compartment' and a 'disruptive compartment' which exhibit opposite GC content and gene composition. Novel tandem and dispersed repetitive sequences were identified, including some located inside coding sequences. Additionally, homologous chromosomes were separately assembled, allowing us to retrieve haplotypes as separate contigs instead of a unique mosaic sequence. Finally, manual annotation of surface multigene families, mucins and trans-sialidases allows now a better overview of these complex groups of genes.
Assuntos
Doença de Chagas/parasitologia , Genoma de Protozoário , Trypanosoma cruzi/genética , Composição de Bases , Mapeamento Cromossômico , Cromossomos/genética , Células Clonais , Variações do Número de Cópias de DNA , Elementos de DNA Transponíveis , DNA de Protozoário/genética , DNA Satélite , Dosagem de Genes , Glicoproteínas/classificação , Glicoproteínas/genética , Haplótipos , Humanos , Isocoros , Mucinas/classificação , Mucinas/genética , Família Multigênica , Neuraminidase/classificação , Neuraminidase/genética , Sequências Repetitivas de Ácido Nucleico , Retroelementos , Sequenciamento Completo do GenomaRESUMO
A existência e o caráter de variantes ou subpopulaçöes derivadas de uma amostra padräo de vírus Sendai foram estudados, usando duas amostras de vírus Sendai selecionadas por técnica baseada na atividade de ligaçäo e receptores, a qual é apresentada por aqueles vírus. Foram estudados o comportamento biológico da neuraminidase de duas diferentes amostras Sendai de vírus parainfluenza tipo 1, sua pH-dependência, cálcio-dependência e relaçäo com as capacidades hemaglutinante e hemolítica. Foi observado que ambas as amostras, aquela considerada como semelhante à padräo e aquela obtida por propagaçäo de subpopulaçäo adsorvida à eritrócitos, mostravam mais significativas atividades hemaglutinante e sialidásica em valores de pH entre 5.0 e 7.0. A amostra considerada como semelhante à padräo, embora näo mostrasse qualquer atividade hemaglutinante frente a hemácias humanas do grupo O, era capaz de mostrar uma atividade sialidásica significativa. A atividade sialidásica revelava cálcio-dependência e relacionamento com a atividade hemolítica. A baixa taxa de hemólise exibida poderia ser explicada pela eficiente atividade sialidásica de estruturas HN sobre receptores celulares, os quais seriam essenciais para o processo de fusäo. As amostras mostravam caráteres diferentes quanto às atividades hemaglutinante e sialidásica, o que sugeriu que a seleçäo de diferentes variantes ou subpopulaçöes, uma observaçäo já feita por alguns autores, seria muito importante de ser compreendida, para um eficiente direcionamento dos processos de diagnóstico e de seleçäo de amostras virais vacinais