RESUMO
It is widely agreed that the standard genetic code must have been preceded by a simpler code that encoded fewer amino acids. How this simpler code could have expanded into the standard genetic code is not well understood because most changes to the code are costly. Taking inspiration from the recently synthesized six-letter code, we propose a novel hypothesis: the initial genetic code consisted of only two letters, G and C, and then expanded the number of available codons via the introduction of an additional pair of letters, A and U. Various lines of evidence, including the relative prebiotic abundance of the earliest assigned amino acids, the balance of their hydrophobicity, and the higher GC content in genome coding regions, indicate that the original two nucleotides were indeed G and C. This process of code expansion probably started with the third base, continued with the second base, and ended up as the standard genetic code when the second pair of letters was introduced into the first base. The proposed process is consistent with the available empirical evidence, and it uniquely avoids the problem of costly code changes by positing instead that the code expanded its capacity via the creation of new codons with extra letters.
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Evolução Molecular , Código Genético/genética , Origem da Vida , Códon/análise , Modelos Genéticos , Nucleotídeos/análiseRESUMO
A punção-biópsia aspirativa guiada ecoendoscopia com agulha fina (PEPAF) foi reconhecida como método seguro e eficaz para a obtenção de material de lesões pancreáticas. Foi realizada a PEPAF em 74 pacientes com tumor sólido pancreático. O material obtido foi enviado para análise cito/histopatológica (ACH) e para a detecção da mutação do gene K-ras (MK). A sensibilidade e especificidade da ACH para o diagnóstico definitivo foram de 83 e 90 por cento, respectivamente. Para o diagnóstico de adenocarcinoma, as correspondentes cifras da MK foram 67 e 88 por cento. Associados, ACH e MK atingiram 90 (p=0,04) e 88 por cento. Não houve complicações.A PEPAF com ACH é segura e eficaz no diagnóstico do tumor pancreático. A associação com MK aumenta a sensibilidade do método / Endoscopic ultrasound guided fine needle aspiration (EUS-FNA) has been recognized as safe and effective for biopsy pancreatic lesions. Seventy-four patients with solid pancreatic mass were submitted to EUS-FNA. Samples were submitted to cyto/histopathologic analysis (CHA) and K-ras mutation detection (KM). CHA sensitivity and specificity for defining diagnosis were 83 and 90, respectively. For the diagnosis of adenocarcinoma, KM achieved 67 and 88 per cent. When associated both methods, 90 (p=0.04) and 88 per cent were obtained. There were no complications. EUS-FNA is safe and effective for the diagnosis of pancreatic solid tumor. KM associated with ACH is a more accurate strategy...
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Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Masculino , Feminino , Humanos , Adenocarcinoma/diagnóstico , Endossonografia , Neoplasias Pancreáticas/patologia , Biópsia por Agulha , Citodiagnóstico , Códon/análise , Genes ras , Sensibilidade e EspecificidadeRESUMO
The oligopeptide permease (Opp), a protein-dependent ABC transporter, has been found in the genome of Xanthomonas axonopodis pv. citri ( Xac), but not in Xanthomonas campestris pv. campestris ( Xcc). Sequence analysis indicated that 4 opp genes ( oppA, oppB, oppC, oppD/F), located in a 33.8-kbp DNA fragment present only in the Xac genome, are arranged in an operon-like structure and share highest sequence similarities with Streptomyces roseofulvus orthologs. Nonetheless, analyses of the GC content, codon usage, and transposon positioning suggested that the Xac opp operon does not have an exogenous origin. The presence of a stop codon at one of the ATP-binding domains of OppD/F would render the uptake system nonfunctional, but detection of a single polycistronic mRNA and periplasmic OppA in actively growing bacteria suggests that the Opp permease is active and could contribute to the distinct nutritional requirements and host specificities of the two Xanthomonas species.
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Proteínas de Bactérias/genética , Proteínas de Bactérias/metabolismo , Proteínas de Membrana Transportadoras/genética , Proteínas de Membrana Transportadoras/metabolismo , Xanthomonas/enzimologia , Xanthomonas/genética , Proteínas de Bactérias/análise , Proteínas de Bactérias/química , Proteínas de Bactérias/isolamento & purificação , Composição de Bases , Northern Blotting , Western Blotting , Proteínas de Transporte/análise , Proteínas de Transporte/genética , Proteínas de Transporte/isolamento & purificação , Códon/análise , Códon/genética , Códon de Terminação , Elementos de DNA Transponíveis , Genes Bacterianos , Lipoproteínas/análise , Lipoproteínas/genética , Lipoproteínas/isolamento & purificação , Proteínas de Membrana Transportadoras/química , Óperon , Filogenia , Estrutura Terciária de Proteína , RNA Bacteriano/análise , RNA Bacteriano/isolamento & purificação , RNA Mensageiro/análise , RNA Mensageiro/isolamento & purificação , Streptomyces/genética , Xanthomonas/crescimento & desenvolvimentoRESUMO
Mutations at codons 12, 13, or 61 of the H-ras, K-ras, and N-ras have been detected in human neoplasias by a variety of techniques. Some of these techniques are very sensitive and can detect K-ras mutation in 90% of the cases of pancreatic adenocarcinomas. We analyzed 11 samples of pancreatic adenocarcinoma, three samples of pancreatic mucinous cystadenoma, and two samples without tumors in formalin-fixed paraffin embedded tissue sections. K-ras mutations at codon 12 were detected by a two-step PCR-enriched technique in all the samples of pancreatic adenocarcinoma, but not in cystadenoma or control samples. This technique may be useful for early detection of pancreatic cancer.
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Códon/análise , Genes ras/genética , Mutação/genética , Neoplasias Pancreáticas/genética , DNA de Neoplasias/análise , DNA de Neoplasias/isolamento & purificação , Humanos , Sensibilidade e EspecificidadeRESUMO
Muitos dos oncogenes detectados em neoplasias malignas humanas pertencem a familia do gene ras. Mutacoes nos codons 12, 13 ou 61 em um dos tres genes ras; H-ras, K-ras e N-ras, convertem esses genes em oncogenes ativos. Ensaios rapidos para deteccao dessas mutacoes pontuais, tais como a reacao em cadeia de polimertizacao tem sido desenvolvidos nas ultimas decadas e usados para investigar o papel dos genes ras mutados na patogenese de tumores humanos...
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Códon/análise , Mutação , Neoplasias Pancreáticas/genética , Análise Mutacional de DNA , Genes ras/genética , Oncogenes/genética , Reação em Cadeia da PolimeraseRESUMO
El MEN 2 es un síndrome hereditario autosómico dominante, en el cual mutaciones del RET dan origen a tres fenotipos diferentes: carcinoma medular de tiroides familiar (CMTF), MEN 2A y MEN 2B. La identificación de mutaciones en el proto-oncogen RET predice el desarrollo de la enfermedad antes de las evidencias clínicas y bioquímicas. En este trabajo se identificaron portadores del RET por caracterización de mutaciones en pacientes y sus familiares. Se estudiaron 21 familias con CMTF (5 y 6 miembros), 4 con MEN 2A (dos de 5, una de 4 y otra de 3 miembros) y 2 con MEN 2B (5 y 1 miembros). Se obtuvieron muestras de ADN de sangre, en todos los casos y de tejido de feocromocitoma y/o tejido tiroideo en los operados. Se utilizó PCR para amplificar los exones 10, 11 y 16 con oligonucleótidos específicos, realizándose secuenciación directa de los fragmentos. En las familias con CMTF y con MEN 2A se encontraron mutaciones en el codón 634 del exón 11 en 16 sujetos, dectándose 9 casos con la mutación TGC r CGC (cisteína a arginina), 3 con TGC r TAC (cisteína a tirosina) y 4 con TGC r TTC (cisteína a fenilalanina). En los pacientes con MEN 2 B se encontró una mutación en el codón 918 del exón 16 ATG r ACG (meitonina a treonina). En tejido tumoral se detectó la misma mutación que en sangre periférica. El diagnóstico de MEN 2 fue confirmado en los 8 pacientes y detectado en 10 familiares. En los 5 portadores tiroidectomizados se encontró hiperplasia de células C o microcarcinoma in situ en 2 niños (9 y 12 años) y CMT en 3 adultos. La detección temprana de mutaciones del RET, especialmente en familiares seguida por tiroidectomía total, podría prevenir el desarrollo de CMT, modificado el desenlace fatal que ocurre cuando es diagnosticado tardíamente.
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Adulto , Criança , Feminino , Humanos , Carcinoma Medular/diagnóstico , Neoplasia Endócrina Múltipla/diagnóstico , Mutação/genética , Feocromocitoma/diagnóstico , Proto-Oncogenes/genética , Neoplasias da Glândula Tireoide/diagnóstico , Carcinoma Medular/genética , Códon/análise , DNA de Neoplasias/sangue , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2a/diagnóstico , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2a/genética , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2b/diagnóstico , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2b/genética , Neoplasia Endócrina Múltipla/genética , Linhagem , Feocromocitoma/genética , Reação em Cadeia da Polimerase , Neoplasias da Glândula Tireoide/genética , Fatores de TempoRESUMO
El MEN 2 es un síndrome hereditario autosómico dominante, en el cual mutaciones del RET dan origen a tres fenotipos diferentes: carcinoma medular de tiroides familiar (CMTF), MEN 2A y MEN 2B. La identificación de mutaciones en el proto-oncogen RET predice el desarrollo de la enfermedad antes de las evidencias clínicas y bioquímicas. En este trabajo se identificaron portadores del RET por caracterización de mutaciones en pacientes y sus familiares. Se estudiaron 21 familias con CMTF (5 y 6 miembros), 4 con MEN 2A (dos de 5, una de 4 y otra de 3 miembros) y 2 con MEN 2B (5 y 1 miembros). Se obtuvieron muestras de ADN de sangre, en todos los casos y de tejido de feocromocitoma y/o tejido tiroideo en los operados. Se utilizó PCR para amplificar los exones 10, 11 y 16 con oligonucleótidos específicos, realizándose secuenciación directa de los fragmentos. En las familias con CMTF y con MEN 2A se encontraron mutaciones en el codón 634 del exón 11 en 16 sujetos, dectándose 9 casos con la mutación TGC r CGC (cisteína a arginina), 3 con TGC r TAC (cisteína a tirosina) y 4 con TGC r TTC (cisteína a fenilalanina). En los pacientes con MEN 2 B se encontró una mutación en el codón 918 del exón 16 ATG r ACG (meitonina a treonina). En tejido tumoral se detectó la misma mutación que en sangre periférica. El diagnóstico de MEN 2 fue confirmado en los 8 pacientes y detectado en 10 familiares. En los 5 portadores tiroidectomizados se encontró hiperplasia de células C o microcarcinoma in situ en 2 niños (9 y 12 años) y CMT en 3 adultos. La detección temprana de mutaciones del RET, especialmente en familiares seguida por tiroidectomía total, podría prevenir el desarrollo de CMT, modificado el desenlace fatal que ocurre cuando es diagnosticado tardíamente. (AU)
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Adulto , Criança , Feminino , Humanos , Neoplasias da Glândula Tireoide/diagnóstico , Carcinoma Medular/diagnóstico , Feocromocitoma/diagnóstico , Proto-Oncogenes/genética , Mutação/genética , Neoplasia Endócrina Múltipla/diagnóstico , Neoplasia Endócrina Múltipla/genética , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2a/diagnóstico , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2a/genética , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2b/diagnóstico , Neoplasia Endócrina Múltipla Tipo 2b/genética , Neoplasias da Glândula Tireoide/genética , Carcinoma Medular/genética , Feocromocitoma/genética , Reação em Cadeia da Polimerase , Códon/análise , Linhagem , Fatores de Tempo , DNA de Neoplasias/sangueRESUMO
Extent of genic variability among 22 tribal groups of South American Indians in terms of net codon differences per locus has been studied on the basis of determinations on ten genetic systems. The possibility of more than one (other than the north-south route, considered by others) migrational pattern is discussed in the light of the existing genetic variability among the Andean highland and the jungle populations. Genic similarities (as measured by gene identity) are related with geographic proximities which reflect the importance of random genetic drift in creating the present genic divergence among these population groups. Although the materials used in this paper form probably only a non-random sample of structural genome, intralocus variance (sampling) is found to contribute only a little in the variabilities of heterozygosity or genetic distance.