RESUMO
Peptides are extensively used to characterize functional or (linear) structural aspects of receptor-ligand interactions in biological systems, e.g. SH2, SH3, PDZ peptide-recognition domains, the MHC membrane receptors and enzymes such as kinases and phosphatases. NNAlign is a method for the identification of such linear motifs in biological sequences. The algorithm aligns the amino acid or nucleotide sequences provided as training set, and generates a model of the sequence motif detected in the data. The webserver allows setting up cross-validation experiments to estimate the performance of the model, as well as evaluations on independent data. Many features of the training sequences can be encoded as input, and the network architecture is highly customizable. The results returned by the server include a graphical representation of the motif identified by the method, performance values and a downloadable model that can be applied to scan protein sequences for occurrence of the motif. While its performance for the characterization of peptide-MHC interactions is widely documented, we extended NNAlign to be applicable to other receptor-ligand systems as well. Version 2.0 supports alignments with insertions and deletions, encoding of receptor pseudo-sequences, and custom alphabets for the training sequences. The server is available at http://www.cbs.dtu.dk/services/NNAlign-2.0.
Assuntos
Algoritmos , Redes Neurais de Computação , Peptídeos/química , Software , Sequência de Aminoácidos , Fatores de Transcrição de Zíper de Leucina e Hélice-Alça-Hélix Básicos/química , Fatores de Transcrição de Zíper de Leucina e Hélice-Alça-Hélix Básicos/metabolismo , Sítios de Ligação , Proteínas de Ciclo Celular/química , Proteínas de Ciclo Celular/metabolismo , Bases de Dados de Proteínas , Fatores de Transcrição Forkhead/química , Fatores de Transcrição Forkhead/metabolismo , Antígeno HLA-A1/química , Antígeno HLA-A1/metabolismo , Antígeno HLA-B7/química , Antígeno HLA-B7/metabolismo , Antígeno HLA-B8/química , Antígeno HLA-B8/metabolismo , Cadeias HLA-DRB1/química , Cadeias HLA-DRB1/metabolismo , Humanos , Internet , Ligantes , Peptídeos/metabolismo , Ligação Proteica , Alinhamento de Sequência , Transativadores/química , Transativadores/metabolismoRESUMO
A participaçäo genética nas doenças auto-imunes torna-se cada vez mais evidente. A imunogenética compreende a análise de genes e seus produtos, localizados na regiäo 6p21, no braço curto do cromossomo 6, que também é conhecida como complexo principal de histocompatibilidade (CPH). Antígenos HLA de classe I, II e III säo altamente polimórficos. Um grande número de doenças dermatológicas está associado ao HLA. Essas associaçöes variam em diferentes populaçöes e grupos étnicos. A determinaçäo do HLA pode estar associada ao curso da doença, predileçäo anatômica podendo ser utilizado como subsídio para o diagnóstico. Entretanto, o papel patogênico do HLA na suscetibilidade ou resistência a determinadas doenças cutâneas permanece incerto. Nesta revisäo, discutem-se alguns aspectos do sistema HLA, o papel patogênico dos antígenos HLA e sua associaçäo com doenças dermatológicas.