RESUMO
INTRODUCTION: Gastric cancer (GC) is the fifth most diagnosed neoplasia and the third leading cause of cancer-related deaths. A substantial number of patients exhibit an advanced GC stage once diagnosed. Therefore, the search for biomarkers contributes to the improvement and development of therapies. OBJECTIVE: This study aimed to identify potential GC biomarkers making use of in silico tools. METHODS: Gastric tissue microarray data available in Gene Expression Omnibus and The Cancer Genome Atlas Program was extracted. We applied statistical tests in the search for differentially expressed genes between tumoral and non-tumoral adjacent tissue samples. The selected genes were submitted to an in-house tool for analyses of functional enrichment, survival rate, histological and molecular classifications, and clinical follow-up data. A decision tree analysis was performed to evaluate the predictive power of the potential biomarkers. RESULTS: In total, 39 differentially expressed genes were found, mostly involved in extracellular structure organization, extracellular matrix organization, and angiogenesis. The genes SLC7A8, LY6E, and SIDT2 showed potential as diagnostic biomarkers considering the differential expression results coupled with the high predictive power of the decision tree models. Moreover, GC samples showed lower SLC7A8 and SIDT2 expression, whereas LY6E was higher. SIDT2 demonstrated a potential prognostic role for the diffuse type of GC, given the higher patient survival rate for lower gene expression. CONCLUSION: Our study outlines novel biomarkers for GC that may have a key role in tumor progression. Nevertheless, complementary in vitro analyses are still needed to further support their potential.
Assuntos
Neoplasias Gástricas/diagnóstico , Biomarcadores Tumorais , Biologia Computacional , Prognóstico , Simulação por Computador , Expressão Gênica , Análise Serial de TecidosRESUMO
Ependimomas são tumores gliais raros. Podem ser encontrados em qualquer localização do sistema nervoso central e, apesar de histologia similar, parecem apresentar alterações genômicas distintas. As variáveis clínicas são intercorrelacionadas e, geralmente, incapazes de predizer o curso da doença. O objetivo do presente estudo foi analisar a expressão aumentada de genes e proteínas em ependimomas e correlacionar com dados clínicos dos pacientes. Foram estudados casos de pacientes com ependimoma submetidos à ressecção cirúrgica no Hospital das Clínicas, Universidade de São Paulo, no período entre 1996 e 2011 (33 amostras de tecido congelado para análise de expressão gênica por PCR quantitativo em tempo real e 149 amostras com tecido incluído em parafina, correspondentes a 121 casos devido a recidivas, para análise de proteína por imuno-histoquímica de tissue microarrays). As reações de imuno-histoquímica foram analisadas semiquantitativamente e graduadas com um índice de marcação calculado pelo produto da porcentagem de núcleos marcados pela intensidade de marcação. Oitenta e um casos eram adultos (média de 27,2 anos). Havia 60 casos intracranianos e 61 intramedulares, dos quais 10 eram mixopapilares, 92 grau II e 19 grau III. Ressecção completa foi possível em 62% dos casos e recidiva foi confirmada em 41,1%. Observou-se menor tempo para recidiva em crianças e tumores intracranianos, supratentoriais (p < 0,001 em ambos), histologia anaplásica e ressecções incompletas (p < 0,05 em ambos). Os seguintes genes foram selecionados em dados públicos de SAGE e literatura: ARMC3, CCND1, CHST5, DNALI1, FGFRL1, GNA13, IGF2, MSX1, NOTCH1 e RSPH3. ARMC3, RSHL3, CHST5 e DNALI1 apresentaram maiores níveis de expressão em ependimomas intramedulares (p < 0,05), e FGFRL1, NOTCH1 e CCND1 nos casos supratentoriais (p < 0,01). IGF2 apresentou maiores níveis de expressão em crianças e CHST5 em adultos (p < 0,05 em ambos). Foram observados maiores níveis de expressão de FGFRL1...
Ependymomas are rare glial cell-derived tumors. They can be found in any central nervous system localization and despite the histological similarity, they seem to display distinct genomic abnormalities. Clinical variables are intercorrelated and they are usually unable to predict the disease course. We aimed to analyze increased gene and protein expression in ependymomas and to correlate with patients' clinical data. We studied patients with ependymoma submitted to surgical resections at Hospital das Clinicas, University of São Paulo, from 1996 to 2011 (33 fresh-frozen samples for gene expression analysis by quantitative real-time PCR and 149 formalin-fixed, paraffin-embedded samples, relative to 121 patients due to relapses, for protein analysis by tissue microarray immunohistochemistry). Immunohistochemical reactions were analyzed semi-quantitatively and scored with a labeling index (LI) calculated as the product of the percentage of the positively stained nuclei by the intensity of staining. Eighty-one cases were adults (mean 27.2 years). There were 60 intracranial and 61 spinal cases, of which 10 tumors were myxopapillary, 92 were grade II and 19 were grade III. Gross total resection was achieved in 62% of cases and relapse was confirmed in 41.4% of cases. We observed a shorther time to relapse in children and supratentorial intracranial tumor localization (p<0.001 for both), anaplastic histology and incomplete resections (p<0.05 for both). The following genes were selected based on public SAGE database and literature: ARMC3, CCND1, CHST5, DNALI1, FGFRL1, GNA13, IGF2, MSX1, NOTCH1 and RSPH3. ARMC3, RSHL3, CHST5 and DNALI1 presented higher expression levels in intramedullary ependymomas (p < 0.05) and FGFRL1, NOTCH1 and CCND1 in supratentorial cases (p < 0.01). IGF2 presented higher expression levels in pediatric cases and CHST5 in adults cases (p < 0.05 in both). Higher expression levels of FGFRLI1 (p < 0.05), CCND1 and IGF2...
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Lactente , Pré-Escolar , Criança , Adolescente , Adulto Jovem , Pessoa de Meia-Idade , Idoso de 80 Anos ou mais , Ciclina D1 , Ependimoma/genética , Expressão Gênica , Estudos de Associação Genética , Glioma/genética , Imuno-Histoquímica , Biomarcadores Tumorais , Prognóstico , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real , Análise Serial de Tecidos , Neoplasias Encefálicas , Neoplasias da Medula Espinal/genéticaRESUMO
Introduction The knowledge about the molecular biology of clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is evolving, and Carbonic Anhydrase type IX (CA-IX) has emerged as a potential prognostic marker in this challenging disease. However, most of the literature about CA-IX on ccRCC comes from series on metastatic cancer, with a lack of series on non-metastatic cancer. The objective is to evaluate the expression of CA-IX in a cohort of non-metastatic ccRCC, correlating with 1) overall survival, and 2) with established prognostic parameters (T stage, tumor size, Fuhrman nuclear grade, microvascular invasion and peri-renal fat invasion). Materials and Methods This is a retrospective cohort study. We evaluated 95 patients with non-metastatic clear cell renal cell carcinoma, as to the expression of CA-IX. The analyzed parameters where: overall survival (OS), TNM stage, tumor size (TS), Fuhrman nuclear grade (FNG), microvascular invasion (MVI), peri-renal fat invasion (PFI). We utilized a custom built tissue microarray, and the immunoexpression was digitally quantified using the Photoshop® software. Results: Th e mean follow-up time was 7.9 years (range 1.9 to 19.5 years). The analysis of CA-IX expression against the selected prognostic parameters showed no correlation. The results are as follows: Overall survival (p = 0.790); T stage (p = 0.179); tumor size (p = 0.143); grouped Fuhrman nuclear grade (p = 0.598); microvascular invasion (p = 0.685), and peri-renal fat invasion (p = 0.104). Conclusion Carbonic anhydrase type IX expression does not correlate with overall survival and conventional prognostic parameters in non-metastatic clear cell renal cell carcinoma. .
Assuntos
Adolescente , Adulto , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Criança , Feminino , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Adulto Jovem , Antígenos de Neoplasias/análise , Anidrases Carbônicas/análise , Carcinoma de Células Renais/enzimologia , Neoplasias Renais/enzimologia , Biomarcadores Tumorais/análise , Carcinoma de Células Renais/patologia , Imuno-Histoquímica , Neoplasias Renais/patologia , Gradação de Tumores , Valor Preditivo dos Testes , Prognóstico , Estudos Retrospectivos , Estatísticas não Paramétricas , Fatores de Tempo , Carga Tumoral , Análise Serial de Tecidos/métodosRESUMO
A doença de Alzheimer (DA) é caracterizada por um declínio cognitivo progressivo associado ao acúmulo de peptídeo β-amilóide (placas neuríticas), proteína tau hiperfosforilada (emaranhados neurofibrilares), degeneração sináptica e morte neuronal no hipocampo e em outras regiões corticais. Vários estudos apontam uma reativação do ciclo celular em neurônios pós-mitóticos na DA, o que levaria à morte neuronal. Porém, ainda não existe um estudo que avalie marcadores do ciclo celular em indivíduos portadores da neuropatologia típica da DA, mas que não apresentem evidências de comprometimento cognitivo (DA assintomática). Diante disso, este trabalho pretende verificar se existe diferença entre indivíduos com DA sintomática, DA assintomática e indivíduos normais em relação a marcadores do ciclo celular e de morte celular. Nossos resultados mostram alterações significantes de marcadores do ciclo e morte celular nos indivíduos com DA sintomática comparados aos com DA assintomática e aos normais, enquanto que, entre os indivíduos com DA assintomática e sujeitos normais, não existem diferenças significativas. Este trabalho sugere associação entre o controle da maquinaria do ciclo celular nos neurônios pós-mitóticos, e a manutenção do status cognitivo normal...
Alzheimer's disease (AD) is characterized by progressive cognitive decline associated with accumulation of amyloid-β peptide (neuritic plaques), hyperphosphorylated tau protein (neurofibrillary tangles), synaptic degeneration and neuronal death in the hippocampus and in other cortical regions. Several studies indicate a reactivation of the cell cycle in AD post-mitotic neurons, leading to neuronal death. However, studies evaluating cell cycle markers in patients with AD neuropathology, but with no evidence of cognitive impairment (asymptomatic AD) are lacking. Therefore, this study intends to investigate whether there are differences among subjects with symptomatic AD, asymptomatic AD and normal individuals in relation to cell cycle and cell death markers. Our results show significant changes in both cell cycle and cell death markers in subjects with symptomatic AD compared to asymptomatic AD and normal individuals, while between asymptomatic AD individuals and normal subjects, there were no significant differences. This study suggests an association between the control of cell cycle machinery in post-mitotic neurons, and maintenance of normal cognitive status...
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Análise Serial de Tecidos , Análise em Microsséries/métodos , Autopsia , Cérebro/patologia , Doença de Alzheimer/diagnóstico , Doença de Alzheimer/genética , CérebroRESUMO
INTRODUÇÃO: O crescimento e a progressão de diversos tipos de tumores dependem da angiogênese, isto é, a formação de novos vasos sanguíneos. Fatores da família do VEGF (VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR) são potentes mediadores da angiogênese e níveis elevados destes fatores podem ser detectados em vários tumores humanos. Outras proteínas como NDRG1, osteonectina, HIF-1 e galectina-3 encontram-se associadas, de modo indireto, à angiogênese. MÉTODOS: O objetivo deste estudo foi analisar a expressão imunoistoquímica de NDRG1, osteonectina, VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR, HIF-1 e galectina-3 em 265 lesões benignas e malignas da tireóide por tissue microarray (TMA), incluindo tireóide normal, bócio, adenoma folicular, carcinoma papilífero, carcinoma folicular e metástases de carcinoma papilífero e folicular da tireóide. Lâminas em diferentes níveis do bloco de TMA foram submetidas à reação imunoistoquímica utilizando-se anticorpos específicos contra NDRG1, osteonectina, VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR, HIF-1, galectina-3. Foi realizada uma avaliação semiquantitativa da expressão destas proteínas, analisando-se a intensidade de coloração e a porcentagem de células positivas para cada marcador. RESULTADOS: De um modo geral, a expressão de NDRG1, osteonectina, VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR, HIF-1 e galectina-3 foi maior nos carcinomas de tireóide em relação ao bócio e adenoma folicular. Dentre as proteínas estudadas, a galectina-3 foi aquela que apresentou melhor acurácia diagnóstica na distinção entre lesões benignas e malignas da tireóide, com uma sensibilidade 64,1% e especificidade de 94,4%. Nos carcinomas de tireóide, a expressão de NDRG1, VEGF-A, VEGF-C e HIF-1 apresentou correlação estatística significativa com estádio TNM mais avançado e alto risco pelo método AMES. A análise multivariada revelou que a idade 45 anos, o tamanho tumoral maior do que 4,0 cm, o estádio IV do TNM e a perda de expressão de galectina-3 foram fatores que contribuíram para a recorrência...
INTRODUCTION: The growth and progression of different types of tumors depend on angiogenesis, i.e., the formation of new blood vessels. Members of the VEGF family (VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR) are potent mediators of angiogenesis and elevated levels of these factors can be detected in various human tumors. Other proteins such as NDRG1, osteonectin, HIF-1 and galectin-3 are indirectly associated with angiogenesis. METHODS: The objective of this study was to investigate the immunohistochemical expression of NDRG1, osteonectin, VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR, HIF-1 and galectin-3 in 265 benign and malignant thyroid lesions by tissue microarray (TMA), including normal thyroid, goiter, follicular adenoma, papillary carcinoma, follicular carcinoma, and papillary and follicular thyroid carcinoma metastases. Slides obtained from different levels of the TMA block were submitted to immunohistochemistry using specific antibodies against NDRG1, osteonectin, VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR, HIF-1, and galectin-3. The expression of these proteins was analyzed semiquantitatively, evaluating the intensity of staining and the percentage of positive cells for each marker. RESULTS: In general, the expression of NDRG1, osteonectin, VEGF-A, VEGF-C, Flk-1/KDR, HIF-1 and galectin-3 was higher in thyroid carcinomas when compared to goiter and follicular adenoma. Among the proteins studied, galectin-3 presented the best diagnostic accuracy in the distinction between benign and malignant thyroid lesions, with a sensitivity of 64.1% and specificity of 94.4%. In thyroid carcinomas, the expression of NDRG1, VEGF-A, VEGF-C and HIF-1 was significantly correlated with a more advanced TNM stage and AMES high risk. Multivariate analysis revealed that age 45 years, tumor size > 4.0 cm, TNM stage IV and loss of expression of galectin-3 were associated with recurrence or death in patients with thyroid carcinoma. CONCLUSIONS: In thyroid carcinomas, the expression of NDRG1, VEGF-A, VEGF-C and HIF-1...