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Environmental pollutants may often alter the genetic components of natural populations. In this study, heavy metals and genetic diversity in land snail (Achatina achatina) from three populations of south-western Nigeria were investigated, using the Atomic Absorption Spectrometry and DNA Sequencing technology respectively. Metal analysis revealed that the snails accumulated lead (Pb) and nickel (Ni) in high concentrations in two of the three states, while cadmium (Cd) was the least detected. Editing and alignment of the sequences of all snail accessions generated a range of 384bp to 419 bp. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) in all 18 accessions was low at only 16%. The query coverage (QC) ranged between 96% and 100%, with 14 (77.8%) of the 18 accessions showing 100% identity. Pairwise comparison of the accessions studied also showed a high genetic similarity. The unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) generated two main clusters. Cluster I was unique and contain one sample (AaOy06) while the other cluster are very closely related and can be further sub-divided into sub-clusters. The similarity index of between the clusters is 0.5357. The close similarity among the accessions may be due to the geographical proximity of the three states. The uniqueness of accession AaOy06 in comparison to other accessions might be due to the negative influence of heavy metal, particularly lead. The determination of evolutionary relationships among snail populations may be useful towards the breeding efforts of the species in Nigeria.

Os poluentes ambientais podem frequentemente alterar os componentes genéticos das populações naturais. Neste estudo, metais pesados e diversidade genética em caramujos terrestres (Achatina achatina) de três populações do sudoeste da Nigéria foram investigados, usando a tecnologia de espectrometria de absorção atômica e sequenciamento de DNA, respectivamente. A análise dos metais revelou que os caramujos acumularam chumbo (Pb) e níquel (Ni) em altas concentrações em dois dos três estados, enquanto o cádmio (Cd) foi o menos detectado. A edição e o alinhamento das sequências de todos os acessos de caramujos geraram uma faixa de 384pb a 419pb. A análise de variância molecular (AMOVA) em todos os 18 acessos foi baixa em apenas 16%. A cobertura da consulta (QC) variou entre 96% e 100%, com 14 (77,8%) dos 18 acessos apresentando 100% de identidade. A comparação pareada dos acessos estudados também mostrou alta similaridade genética. O método de grupo de pares não ponderados com média aritmética (UPGMA) gerou dois clusters principais. O cluster I era único e contém uma amostra (AaOy06), enquanto o outro cluster está intimamente relacionado e pode ser subdividido em subclusters. O índice de similaridade entre os clusters é 0,5357. A grande semelhança entre os acessos pode ser devido à proximidade geográfica dos três estados. A singularidade do acesso AaOy06 em comparação com outros acessos pode ser devido à influência negativa de metais pesados, particularmente chumbo. A determinação das relações evolutivas entre as populações de caramujos pode ser útil para os esforços de reprodução da espécie na Nigéria.

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According to studies carried out, approximately 10 million people developed tuberculosis in 2018. Of this total, 1.5 million people died from the disease. To study the behavior of the genome sequences of Mycobacterium tuberculosis (MTB), the bacterium responsible for the development of tuberculosis (TB), an analysis was performed using k-mers (DNA word frequency). The k values ranged from 1 to 10, because the analysis was performed on the full length of the sequences, where each sequence is composed of approximately 4 million base pairs, k values above 10, the analysis is interrupted, as consequence of the program's capacity. The aim of this work was to verify the formation of the phylogenetic tree in each k-mer analyzed. The results showed the formation of distinct groups in some k-mers analyzed, taking into account the threshold line. However, in all groups, the multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant (XDR) strains remained together and separated from the other strains.

De acordo com estudos realizados, cerca de 10 milhões de pessoas desenvolveram tuberculose em 2018. Desse total, 1,5 milhão de pessoas morreram devido à doença. Procurando estudar o comportamento das sequências do genoma da Mycobacteruim tuberculosis (MTB), bactéria responsável por desenvolver a Tuberculose (TB), foi realizada uma análise aplicando o k-mer (frequência de palavras do DNA). Os valores de k variaram de 1 a 10, pois devido a análise ter sido feita no comprimento total das sequencias, onde cada sequencia é composta por aproximadamente 4 milhões de pares de bases, valores de k acima de 10, a análise é interrompida, como consequência da capacidade do programa. O intuito do trabalho foi de verificar a formação da árvore filogenética em cada k-mer analisado. Os resultados obtidos evidenciaram a formação de grupos distintos em alguns k-mers analisados, levando-se em consideração a linha de corte. Entretanto, em todos os grupos formados as cepas multidroga resistente (MDR) e extensivamente resistente à droga (XDR) permaneceram juntas e separadas das demais cepas.

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Abstract This study introduces a new method to construct phylogenetic trees by combining both of the Simple Sequence Repeats (SSRs) and sequence alignments. The purpose of this work is to present the DendroSSR program and show it via a case study involving diverse Aspergillus species. To show how the DendroSSR program works to resolve complicated species relationships in phylogenetic trees, we employed the Aspergillus species as an example of a research case. The DendroSSR employs a technique containing multiple phases beginning with, detecting SSRs, computing SSRs similarities, sequences alignment, building a distance matrix based on SSRs similarity and sequences alignments, and then hierarchical clustering, and presenting the findings in a dendrogram. Sometimes sequence alignments alone may not give adequate information to generate a phylogenetic tree to resolve complicated species relationships. Therefore, establishing a distance matrix that is formed of addition of SSRs similarity across sequences to the traditional sequence alignment helps the process substantially and resolves the connections of complex species on phylogenetic trees. Additionally, it may be hard to distinguish complex relationships across species when studying conserved sequences, which could lead to an incomplete representation of their evolutionary relationships. These limitations are addressed by DendroSSR, which offers a technique to produce phylogenetic trees by incorporating SSRs similarity across species into the approach of generating phylogenetic trees. As it is known, SSRs are extensively scattered across the genomes of species and exhibit a great variation. Therefore, SSRs may support the knowledge gathered from sequence alignments by providing more information on genetic variation and even evolutionary relationships. The use of DendroSSR analysis might be considered for creating phylogenetic trees as a complementary or secondary strategy among the species under examination in circumstances where traditional phylogenetic analysis fails to clarify the species complex phylogenetic relationships.

Resumo Este estudo apresenta um novo método para construir árvores filogenéticas, combinando tanto as Sequências Repetitivas Simples (SSRs) quanto os alinhamentos de sequência. O objetivo deste trabalho é apresentar o programa DendroSSR por meio de um estudo de caso envolvendo diversas espécies de Aspergillus. Para mostrar como o programa DendroSSR funciona a fim de resolver relações complicadas de espécies em árvores filogenéticas, empregamos a espécie Aspergillus como exemplo de caso de pesquisa. O DendroSSR utiliza uma técnica contendo várias fases, começando com detecção de SSRs, computação de similaridades de SSRs, alinhamento de sequências, construção de uma matriz de distância baseada na similaridade de SSRs e alinhamentos de sequências e, em seguida, agrupamento hierárquico e apresentação das descobertas em um dendrograma. Às vezes, os alinhamentos de sequência sozinhos podem não fornecer informações adequadas para gerar uma árvore filogenética a fim de resolver relações complicadas de espécies. Portanto, estabelecer uma matriz de distância, que é formada pela adição de similaridade de SSRs entre sequências ao alinhamento de sequência tradicional, ajuda substancialmente o processo e resolve as conexões de espécies complexas em árvores filogenéticas. Além disso, pode ser difícil distinguir relações complexas entre espécies ao estudar sequências conservadas, o que pode levar a uma representação incompleta de suas relações evolutivas. Essas limitações são abordadas pelo DendroSSR, que oferece uma técnica para produzir árvores filogenéticas ao incorporar a similaridade de SSRs entre as espécies na abordagem de geração de árvores filogenéticas. Como se sabe, os SSRs estão amplamente dispersos nos genomas das espécies e exibem grande variação. Portanto, os SSRs podem apoiar o conhecimento obtido a partir de alinhamentos de sequências, fornecendo mais informações sobre variação genética e até mesmo relações evolutivas. O uso da análise DendroSSR pode ser considerado para a criação de árvores filogenéticas como uma estratégia complementar ou secundária entre as espécies sob exame em circunstâncias em que a análise filogenética tradicional falha em esclarecer as complexas relações filogenéticas das espécies.

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The biotechnological potential of microalgae has been the target of a range of research aimed at using its potential to produce macromolecules with high added value. Particular focus has been given to biofuels' production, such as biohydrogen, biodiesel, and bioethanol from lipids and carbohydrates extracted from microalgal biomass. Bioprospecting and accurate identification of microalgae from the environment are important in the search for strains with better performance. Methodologies that combine morphology and molecular techniques allow more precise knowledge of species. Thereby, this work aimed to identify the new strain LGMM0013 collected at Iraí Reservoir, located in Paraná state, Brazil, and to evaluate the production of biomass, carbohydrates, and lipids from this new microalgal strain. Based on morphology and phylogenetic tree from internal transcribed spacer (ITS), strain LGMM0013 was identified as Desmodesmus abundans. D. abundans accumulated 1500 mg L-1 of dried biomass after 22 days of cultivation in autotrophic conditions, 50% higher than Tetradesmus obliquus (LGMM0001) (Scenedesmaceae-Chlorophyceae), usually grown in photobioreactors located at NPDEAS at the Federal University of Paraná (UFPR) to produce biomass. Analysis of the D. abundans biomass from showed an accumulation of 673.39 mg L-1 of carbohydrates, 130% higher than T. obliquus (LGMM0001). Lipid production was 259.7 mg L-1, equivalent to that of T. obliquus. Nitrogen deprivation increased the production of biomass and carbohydrates in D. abundans LGMM0013, indicating this new strain greater biomass production capacity.

O potencial biotecnológico das microalgas tem sido alvo de uma série de pesquisas que visam utilizar seu potencial para produzir macromoléculas de alto valor agregado. Uma especial atenção tem sido dada à produção de biocombustíveis, como biohidrogênio, biodiesel e bioetanol, a partir de lipídios e carboidratos de microalgas. A bioprospecção e a identificação precisa de microalgas são importantes na busca de linhagens com melhor desempenho em termos de produção de biomassa e lipídios. Metodologias que combinam morfologia e técnicas moleculares permitem uma identificação mais precisa das espécies. Assim, este trabalho teve como objetivo identificar a nova cepa LGMM0013 coletada na Represa do Iraí, localizado no estado do Paraná, Brasil e avaliar a produção de biomassa, carboidratos e lipídios. Com base na morfologia e na árvore filogenética obtida com sequências ITS ("Internal Transcribed Spacer"), a cepa LGMM0013 foi identificada como Desmodesmus abundans. D. abundans acumulou 1500 mg L-1 de biomassa seca após 22 dias de crescimento em condições autotróficas, 50% superior a Tetradesmus obliquus (LGMM0001) (Scenedesmaceae-Chlorophyceae), uma cepa cultivada frequentemente em fotobiorreatores para produção de biomassa no NPDEAS, na Universidade Federal do Paraná (UFPR) para a produção de biomassa. Na análise da biomassa de D. abundans LGMM0013 constatou-se acúmulo de 673,39 mg L-1 de carboidratos, 130% maior que T. obliquus (LGMM0001). A produção de lipídios foi de 259,7 mg L-1, equivalente à de T. obliquus. A privação de nitrogênio aumentou a produção de biomassa e carboidratos em D. abundans LGMM0013, indicando uma maior capacidade de produção de biomassa desta cepa.

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Las secuencias integradas de cuidado para últimos días de vida proponen estándares de calidad para optimizar la atención de pacientes y familias. Se implementó el Programa Asistencial Multidisciplinario Pallium (PAMPA ©) basado en estándares del International Collaborative for Best Care for the Dying Person en cuatro fases: inducción, implementación, diseminación y sustentabilidad, en cinco centros de salud en Argentina, entre 2008 y 2018. Se incluyeron 1237 pacientes adultos en situación de últimos días de vida, en seguimiento por equipos de cuidados paliativos entrenados en el PAMPA ©. Se efectuó una auditoría antes y después de la ejecución del programa, aún en curso. El rango de medianas de permanencia en los cinco centros desde el inicio de la secuencia hasta el fallecimiento fue de 16 a 178 horas. Se compararon objetivos de cuidado: control de síntomas, comunicación, necesidades multidimensionales, hidratación y nutrición, documentación de intervenciones y cuidados post mortem. El análisis conjunto mostró una mejoría del número de registros (p = 0.001). La comunicación del plan de cuidados con el paciente no mostró diferencias (p = 0.173). Se realizó capacitación y supervisión permanente a los equipos profesionales de quienes se registraron percepciones de la implementación. Los principales emergentes de este análisis cualitativo fueron: actitudes ante el programa, aportes fundamentales, fortalezas, debilidades y definición subjetiva del programa, reconocimiento de las singularidades culturales institucionales y su influencia en el cuidado. El PAMPA © demostró la factibilidad de un modelo de atención para pacientes y familias en final de vida, basado en estándares de calidad internacionales

The integrated care pathways for the last days of life propose quality standards optimizing the care of patients and families. The Pallium Multidisciplinary Assistance Program (PAMPA ©) was implemented based on standards of the International Collaborative for Best Care for the Dying Person in 4 phases: induction, implementation, dissemination and sustainability, in five health centers in Argentina, between 2008 and 2018. A total of 1237 adult patients in the last days of life were included and cared for by palliative care teams trained in PAMPA ©. An audit was conducted before and after the implementation of the Program, which is still going on. The median range of follow up into five centers from the beginning of the pathway until death varied from 16 to 178 hours. Care goals were compared: symptom control, communication, multidimensional needs, hydration and nutrition, documentation of interventions and post-mortem care. The overall analysis showed an improvement in the number of records (p = 0.001). The goal of communication on care plan to the patient showed no difference (p = 0.173). Continuous training, support and permanent teams' supervision were carried out and perceptions and impact of the implementation were registered. The main emerging items of the qualitative analysis were attitudes towards the program, fundamental contributions, strengths, weaknesses and subjective definition of the program, recognition of institutional cultural singularities and its influence on care. PAMPA © demonstrated its feasibility as a model of end of life care for patients and families, based on international quality standards

Dez anos de experiência. Resumo: As sequências integradas de cuidado para últimos dias de vida propõem padrões de qualidade para otimizar a atenção de pacientes e famílias. Implementou-se o Programa Assistencial Multidisciplinar Pallium (PAMPA ©) baseado em parâmetros do International Collaborative for Best Care for the Dying Person em quatro fases: indução, implementação, disseminação e sustentabilidade, em cinco centros de saúde na Argentina, entre 2008 e 2018. Se incluíram 1237 pacientes adultos em situação terminal, assistidos por equipes de cuidados paliativos treinadas no PAMPA ©. Fez-se uma auditoria antes e despois da execução do programa, que ainda está sendo desenvolvido. A média de permanência nos cinco centros desde o início da sequência até a morte deu entre 16 a 178 horas. Conferiram-se objetivos de cuidado: controle de sintomas, comunicação, necessidades multidimensionais, hidratação e nutrição, documentação de intervenções e cuidados post mortem.A análise conjunta tem evidenciado uma melhora do número de registros (p = 0.001). A comunicação do regime de cuidados com o paciente não mostrou diferenças (p = 0.173). Realizou-se capacitação e supervisão permanente às equipes profissionais e se registraram as percepções da implementação.Desta análise qualitativa surgiram notadamente: atitudes em fase do programa, contribuições fundamentais, fortalezas, fraquezas e definição subjetiva do programa, reconhecimento das singularidades culturais institucionais e sua influência no cuidado. O PAMPA © demonstrou a factibilidade de um modelo de atendimento para pacientes e famílias em estado terminal, baseado em padrões de qualidade internacionais

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Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: microsatellites, SSR, ISSR, genetic variability and genetic diversity, all of them coupled to chicken and/or birds results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.(AU)

A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: microssatélites, SSR, ISSR, variabilidade genética e diversidade genética, todos eles associados a resultados de galinha e / ou aves o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.(AU)

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ABSTRACT: Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: 'microsatellites', 'SSR', 'ISSR', 'genetic variability' and 'genetic diversity', all of them coupled to 'chicken' and/or 'birds' results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.

RESUMO: A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: 'microssatélites', 'SSR', 'ISSR', 'variabilidade genética' e 'diversidade genética', todos eles associados a resultados de 'galinha' e / ou 'aves' o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.

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ABSTRACT Current teaching proposals involve teaching strategies that seek to assist and encourage the construction of knowledge by the students, turning them into active participants during the learning process and these have been the subject of several researches. This article reports a didactic sequence carried out with students of applied training for the first year Medical Sciences USP - Bauru, and proposes, as part of its pedagogical design, Problem Based Learning (PBL) as the main teaching strategy. In this didactic sequence we used experimental investigative activities. A didactic sequence that includes investigative activities can be characterized as a gradual evolutionary process, with the objective of intertwining the scientific perspective and the students' conceptions, through well-planned teaching and learning activities contextualized and empirically adapted to the student's reasoning. The objective of this work is to share an assertive experience of the application of a contextualized research didactic sequence that involved concepts ranging from the simplest chemical properties of biomolecules and ions to the association and discussion of a hypothetical clinical case involving proteinuria. Its pathophysiology consists of the excretion of protein in the urine, mainly albumin, and occurs when there is some damage to the kidneys. Therefore, the dosage of the protein fraction in urine (albuminuria) is mainly used for the early detection of chronic or acute kidney disease and can also be an instrument for the diagnosis of cardiovascular diseases. Therefore, one should be aware of the possible interferences and the various causes of errors inherent to this examination. In this way, through a didactic resource involving contextualized research experimental activities, having proteinuria as the key problem, we were able to re-approximate specific concepts and to value procedural and attitudinal knowledge, which is important for students in this training phase. In this proposal, the students were protagonists of the learning process, where they were able to raise and test their hypotheses, interconnecting knowledge, acquiring specific skills and competences, allowing reflection on the importance of fundamentals and applications of the basic sciences. The purpose of the investigative and contextualized didactic sequences is to form autonomous subjects, who know how to make decisions and work in teams and have a sound and critical understanding of how scientific knowledge evolves and is related.

RESUMO As propostas de ensino atuais envolvem estratégias de ensino que auxiliam e incentivam a construção do conhecimento, fazendo com que o aluno seja um participante ativo do processo de aprendizagem, e têm sido alvo de diversas pesquisas. Este artigo relata, aula a aula, uma sequência didática realizada com alunos em fase inicial de formação, aplicada à primeira turma do curso de Ciências Médicas da USP - Bauru, que propõe em seu projeto pedagógico o Aprendizado Baseado em Problemas (PBL) como principal estratégia de ensino. Nesta sequência didática, utilizamos atividades experimentais investigativas. A característica principal de uma sequência didática que inclui atividades investigativas é seu processo evolutivo gradual, com o objetivo de entrelaçar a perspectiva científica e as concepções dos estudantes por meio de atividades de ensino-aprendizagem bem planejadas, contextualizadas e empiricamente adaptadas ao raciocínio do aluno. O objetivo deste trabalho é compartilhar uma vivência assertiva da aplicação de uma sequência didática de caráter investigativo contextualizada, que envolveu conceitos que foram desde as propriedades químicas mais simples das biomoléculas/íons até a associação e discussão de um caso clínico hipotético envolvendo proteinúria. Essa fisiopatologia consiste na excreção de proteína na urina, principalmente albumina, e ocorre quando há algum dano nos rins. Sendo assim, a dosagem da fração proteica na urina (albuminúria) é utilizada principalmente para detecção precoce de doença renal crônica e pode ser também um instrumento para o diagnóstico de doenças cardiovasculares. Portanto, deve-se estar atento aos possíveis elementos interferentes e às variadas causas de erros inerentes a esse exame. Desta maneira, por meio de um recurso didático que envolve atividades experimentais investigativas contextualizadas, tendo como questão problematizadora um caso de proteinúria, pudemos nos reaproximar de conceitos específicos e valorizar os saberes procedimentais e atitudinais, o que é importante para os alunos nesta fase de formação. Nesta proposta, os alunos foram protagonistas do processo de aprendizagem, no qual puderam levantar e testar suas hipóteses, interligando conhecimentos e adquirindo habilidades e competências específicas, o que possibilitou uma reflexão sobre a importância dos fundamentos e aplicações das ciências básicas. O propósito das sequências didáticas investigativas e contextualizadas é formar sujeitos autônomos, que saibam tomar decisões e trabalhar emequipe, seguros e críticos, compreendendo como os saberes científicos evoluem e estão relacionados.

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RESUMEN Objetivo Describir las características fenotípicas y genotípicas de cepas de Neisseria meningitidis aisladas de enfermedad meningocócica en Paraguay entre 1996 y 2015. Métodos Se estudiaron por métodos microbiológicos convencionales y técnicas moleculares 114 aislamientos de N. meningitidis y 12 muestras clínicas sin aislamiento confirmadas por reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que fueron remitidas por los diferentes centros centinelas y centros colaboradores de Paraguay. Resultados El grupo de edad más afectado fue el de menores de 1 año (19,0%), seguido por el de 1 a 5 años (17,5%). Un mayor porcentaje de las cepas se aisló de casos de meningitis (81,7%) y el serogrupo B se encontró en 60,3% de los casos. Los fenotipos más frecuentes fueron B:4:P1.14 (16,0%), B:15:P1.5, C:NT:NST y W:NT:P1.2 (10,5%), respectivamente. Los complejos clonales prevalentes fueron ST-11/ET37 complex 29,6% (8/27) con predominio del serogrupo W (6/8), ST-35 complex 18,5% (5/27) en el serogrupo B (4/4), y ST-32/ET5 complex 14,8% (4/16) en el serogrupo B (5/5). Conclusiones En Paraguay la enfermedad meningocócica es relativamente infrecuente. Los análisis de distribución de serogrupo muestran que el más frecuente es el B y en los últimos dos años aumentaron los casos de enfermedad meningocócica por C y W. Los complejos clonales encontrados se correlacionan con los hallados en la región del Cono Sur. Debido al alto nivel de virulencia de N. meningitidis, su vigilancia debe constituir una prioridad estratégica de los sistemas de salud pública nacionales y regionales para prevenir brotes epidémicos y apoyar la toma de decisiones en salud pública.

ABSTRACT Objective Describe the phenotypical and genotypical characteristics of Neisseria meningitidis isolates from cases of meningococcal disease in Paraguay between 1996 and 2015. Methods Conventional microbiological methods and molecular techniques were used to study 114 isolates of N. meningitidis and 12 clinical samples without isolation (confirmed by polymerase chain reaction), provided by various sentinel centers and collaborating centers in Paraguay. Results The most affected age group was children under 1 year (19.0%), followed by 1-5-year-olds (17.5%). The highest percentage of strains was isolated in meningitis cases (81.7%) and serogroup B was found in 60.3% of cases. The most frequent phenotypes were B:4:p1.14 (16.0%), B:15:p1.5, C:nt:nst, and W:nt:p1.2 (10.5%), respectively. The prevalent clonal complexes were: ST-11/ET37 complex, 29.6% (8/27), predominantly serogroup W (6/8); ST-35 complex, 18.5% (5/27), in serogroup B (4/4); and ST-32/ET5 complex, 14.8% (4/16), in serogroup B (5/5). Conclusions Meningococcal meningitis is relatively uncommon in Paraguay. Distribution analysis showed that serogroup B is the most common and that the number of cases of meningococcal disease caused by serogroups C and W increased in the last two years. The identified clonal complexes were correlated with those found in the Southern Cone region. Due to the high virulence of N. meningitidis, its surveillance should be a strategic priority of national and regional public health systems to prevent epidemic outbreaks and support public health decision-making.

RESUMO Objetivo Descrever as características fenotípicas e genotípicas de cepas de Neisseria meningitidis isoladas de casos de doença meningocócica no Paraguai entre 1996 e 2015. Métodos Foram estudados por métodos microbiológicos convencionais e técnicas moleculares 114 isolados de N. meningitidis e 12 amostras clínicas sem isolamento confirmadas por reação em cadeia da polimerase (PCR) enviados por diferentes centros-sentinela e centros colaboradores do Paraguai. Resultados A faixa etária mais afetada foi a de crianças menores de 1 ano (19,0%) e crianças de 1 a 5 anos (17,5%). Uma maior porcentagem de cepas foi isolada de casos de meningite (81,7%) e o sorogrupo B foi identificado em 60,3% dos casos. Os fenótipos mais comuns foram B:4:P1.14 (16,0%), B:15:P1.5, C:NT:NST e W:NT:P1.2 (10,5%), respectivamente. Os complexos clonais mais prevalentes foram o complexo ST-11/ET37 (29,6%, 8/27) com predomínio no sorogrupo W (6/8), complexo ST-35 (18,5%, 5/27) no sorogrupo B (4/4) e complexo ST-32/ET5 (14,8%, 4/16) no sorogrupo B (5/5). Conclusões A doença meningocócica é relativamente pouco comum no Paraguai. A análise da distribuição dos sorogrupos demonstrou que o sorogrupo B é o mais prevalente e, nos últimos dois anos, ouve um aumento nos casos de doença meningocócica pelos sorogrupos C e W. Os complexos clonais encontrados se correlacionam com os achados na região do Cone Sul. Devido à alta virulência da N. meningitidis, a vigilância deste agente deve ser uma prioridade estratégica dos sistemas de saúde pública nacionais e regionais para prevenir surtos epidêmicos e subsidiar a tomada de decisão em saúde pública.

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Gymnorhamphichthys britskii is a Neotropical electric fish of family Rhamphichthyidae described from the Paraná-Paraguay system. This study reports the first karyotypic description of G. britskii collected from the upper Paraná river basin, which presented 2n=38 chromosomes, karyotype composed of 14 metacentric, 8 submetacentric, 2 subtelocentric and 14 acrocentric chromosomes, and fundamental number as 62 for both sexes. Heteromorphic sex chromosomes were absent. A single pair of nucleolar organizing regions (NORs) was detected in the submetacentric chromosome pair number 9 by silver staining and confirmed by the 18S rDNA probe. The 5S rDNA was located in a single chromosome pair. Heterochromatic regions were clearly observed in the short arms of the NOR-bearing chromosome pair and in the telomeric positions of most acrocentric chromosomes. Besides the present data are valuable to help in understanding karyotypic evolution in Rhamphichthyidae, data from NORs confirmed the tendency of this family in presenting simple NORs sites, similar to the other Gymnotiformes clades. Yet, the presence of a large heterochromatic block in the NOR-bearing chromosome can be used as cytogenetic markers for G. britskii, and that centric fusions appear to be an important mechanism in the karyotype evolution and differentiation among Gymnotiformes species.(AU)

Gymnorhamphichthys britskii é um peixe neotropical da família Rhamphichthyidae descrita no sistema Paraná-Paraguai. Este estudo relata a primeira descrição cariotípica de G. britskii coletado na bacia do alto rio Paraná, que apresentou 2n = 38 cromossomos, cariótipo composto por 14 metacêntricos, 8 submetacêntricos, 2 subtelocêntricos e 14 acrocêntricos, e número fundamental 62 para ambos sexos. Cromossomos sexuais heteromórficos estavam ausentes. Um único par de regiões organizadoras de nucléolos (RONs) foi detectado no par de cromossomos submetacêntricos número 9 por coloração com prata e confirmado pela sonda DNAr 18S. O DNAr 5S foi localizado em um único par cromossômico. Regiões heterocromáticas foram claramente observadas nos braços curtos do par de cromossomos que carrega a RON e nas posições teloméricas da maioria dos cromossomos acrocêntricos. Além dos dados presentes serem valiosos para auxiliar na compreensão da evolução cariotípica em Rhamphichthyidae, dados de RONs confirmaram a tendência desta família em apresentar sítios simples de RONs, semelhantes aos demais clados de Gymnotiformes. No entanto, a presença de um grande bloco heterocromático no cromossomo portador da RON, pode ser usado como marcador citogenético para G. britskii e as fusões cêntricas parecem ser um mecanismo importante na evolução e diferenciação cariotípica entre as espécies de Gymnotiformes.(AU)

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Gymnorhamphichthys britskii is a Neotropical electric fish of family Rhamphichthyidae described from the Paraná-Paraguay system. This study reports the first karyotypic description of G. britskii collected from the upper Paraná river basin, which presented 2n=38 chromosomes, karyotype composed of 14 metacentric, 8 submetacentric, 2 subtelocentric and 14 acrocentric chromosomes, and fundamental number as 62 for both sexes. Heteromorphic sex chromosomes were absent. A single pair of nucleolar organizing regions (NORs) was detected in the submetacentric chromosome pair number 9 by silver staining and confirmed by the 18S rDNA probe. The 5S rDNA was located in a single chromosome pair. Heterochromatic regions were clearly observed in the short arms of the NOR-bearing chromosome pair and in the telomeric positions of most acrocentric chromosomes. Besides the present data are valuable to help in understanding karyotypic evolution in Rhamphichthyidae, data from NORs confirmed the tendency of this family in presenting simple NORs sites, similar to the other Gymnotiformes clades. Yet, the presence of a large heterochromatic block in the NOR-bearing chromosome can be used as cytogenetic markers for G. britskii, and that centric fusions appear to be an important mechanism in the karyotype evolution and differentiation among Gymnotiformes species.(AU)

Gymnorhamphichthys britskii é um peixe neotropical da família Rhamphichthyidae descrita no sistema Paraná-Paraguai. Este estudo relata a primeira descrição cariotípica de G. britskii coletado na bacia do alto rio Paraná, que apresentou 2n = 38 cromossomos, cariótipo composto por 14 metacêntricos, 8 submetacêntricos, 2 subtelocêntricos e 14 acrocêntricos, e número fundamental 62 para ambos sexos. Cromossomos sexuais heteromórficos estavam ausentes. Um único par de regiões organizadoras de nucléolos (RONs) foi detectado no par de cromossomos submetacêntricos número 9 por coloração com prata e confirmado pela sonda DNAr 18S. O DNAr 5S foi localizado em um único par cromossômico. Regiões heterocromáticas foram claramente observadas nos braços curtos do par de cromossomos que carrega a RON e nas posições teloméricas da maioria dos cromossomos acrocêntricos. Além dos dados presentes serem valiosos para auxiliar na compreensão da evolução cariotípica em Rhamphichthyidae, dados de RONs confirmaram a tendência desta família em apresentar sítios simples de RONs, semelhantes aos demais clados de Gymnotiformes. No entanto, a presença de um grande bloco heterocromático no cromossomo portador da RON, pode ser usado como marcador citogenético para G. britskii e as fusões cêntricas parecem ser um mecanismo importante na evolução e diferenciação cariotípica entre as espécies de Gymnotiformes.(AU)

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Resumen Este artículo presenta el diseño de un procesador para el alineamiento global de pares de cadenas de ADN. El principal bloque funcional del procesador es un arreglo paralelo de dos dimensiones que permite realizar cálculos simultáneos, reduciendo el tiempo de procesamiento con respecto a la implementación software. En este trabajo, el hardware diseñado lleva a cabo la alineación de dos secuencias de más de 400 nucleótidos correspondientes a la proteína de transición 1 (Tnp1) de la rata parda y el ratón común. El algoritmo implementado es k-band, una modificación del algoritmo de alineamiento global Needleman-Wunsch, donde se realizan únicamente cálculos sobre las diagonales principales de la matriz, formando una banda que puede ser de un tamaño variable. Se realizan simulaciones del diseño propuesto usando bandas de K=2, 4, 6, 8 y 10.

Abstract This paper proposes a DNA sequence pair global alignment processor design. The processor main functional block is a two-dimensional parallel array that allows simultaneous computations, reducing the processing time compared to the software implementation. In this work, the designed hardware performs over 400 nucleotides sequence alignment corresponding to the Mus musculus transition protein 1 (Tnp1), mRNA and the Rattus norvegicus transition protein 1 (Tnp1), mRNA. The implemented algorithm is k-band, a Needleman-Wunsch global alignment algorithm modification, where calculations are made only on the matrix diagonals, establishing a band that can be of a variable size. Simulations of the proposed design are performed using K = 2, 4, 6, 8 and 10 bands.

Resumo Este artigo propõe um projeto de processador de alinhamento global de pares de cadeia de DNA. O bloco funcional principal do processador é uma matriz bidimensional paralela que permite cálculos simultâneos, reduzindo o tempo de processamento para a implementação do software. Neste trabalho, o hardware projetado executa o alinhamento de duas sequências de mais de 400 nucleótidos correspondente à proteína de transição 1 (Tnp1) do rato marrom e ao mouse comum. O algoritmo implementado é k-band, uma modificação do algoritmo de alinhamento global Needleman-Wunsch, onde os cálculos são feitos apenas nas diagonais da matriz, estabelecendo uma banda que pode ser de tamanho variável. As simulações do projeto proposto são realizadas usando K = 2, 4, 6, 8 e 10 bandas.

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It is important to know the production variability among experimental plots in a protected environment because this information reduces error and increases the reliability of the results. Therefore, the objective of this study was to characterize the spatial independence of fruit yield between plots of peppers and snap beans. Data on production uniformity were gathered from trials performed at the Department of Plant Science, Federal University of Santa Maria. Different plots sizes were created according to the number of plants in the crop row. To verify the randomness of the data distribution, we applied a sequence test between the plots within one line for individual and combined harvests. The use of ten plants per plot in experiments with peppers led to no randomness within the lines during the production of fruit fresh biomass. In experiments with snap beans conducted in a greenhouse, a plastic tunnel and by unprotected cultivation using plots with six or more basic units, 12 or more plants per plot produced random fresh biomass data for fruits within the crop row.(AU)

O conhecimento da variabilidade da produção entre as parcelas experimentais no ambiente protegido se faz necessário, pois possibilita a redução do erro aumentando a confiabilidade nos resultados. Assim sendo, o objetivo deste estudo foi caracterizar a independência espacial das produções de frutos entre parcelas de pimentão e feijão-de-vagem. Foram utilizados dados de produção de ensaios de uniformidade realizados no Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Santa Maria. Com os valores da produção individual foram simulados diferentes tamanhos de parcelas conforme o número de plantas na linha de cultivo. Para verificar a aleatoriedade da distribuição dos dados, foi aplicado o teste de sequências entre parcelas dentro da linha em colheitas individuais e agrupadas. O uso de dez plantas por parcela em experimentos com pimentão é suficiente para que não haja linhas com falta de aleatoriedade da produção de fitomassa fresca de frutos. Em experimentos com feijão-de-vagem conduzidos em estufa plástica, túnel plástico e cultivo não protegido o uso de parcelas com seis ou mais unidades básicas, 12 ou mais plantas por parcela, torna aleatória a produção de fitomassa fresca de frutos dentro das linhas de cultivo.(AU)

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It is important to know the production variability among experimental plots in a protected environment because this information reduces error and increases the reliability of the results. Therefore, the objective of this study was to characterize the spatial independence of fruit yield between plots of peppers and snap beans. Data on production uniformity were gathered from trials performed at the Department of Plant Science, Federal University of Santa Maria. Different plots sizes were created according to the number of plants in the crop row. To verify the randomness of the data distribution, we applied a sequence test between the plots within one line for individual and combined harvests. The use of ten plants per plot in experiments with peppers led to no randomness within the lines during the production of fruit fresh biomass. In experiments with snap beans conducted in a greenhouse, a plastic tunnel and by unprotected cultivation using plots with six or more basic units, 12 or more plants per plot produced random fresh biomass data for fruits within the crop row.

O conhecimento da variabilidade da produção entre as parcelas experimentais no ambiente protegido se faz necessário, pois possibilita a redução do erro aumentando a confiabilidade nos resultados. Assim sendo, o objetivo deste estudo foi caracterizar a independência espacial das produções de frutos entre parcelas de pimentão e feijão-de-vagem. Foram utilizados dados de produção de ensaios de uniformidade realizados no Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Santa Maria. Com os valores da produção individual foram simulados diferentes tamanhos de parcelas conforme o número de plantas na linha de cultivo. Para verificar a aleatoriedade da distribuição dos dados, foi aplicado o teste de sequências entre parcelas dentro da linha em colheitas individuais e agrupadas. O uso de dez plantas por parcela em experimentos com pimentão é suficiente para que não haja linhas com falta de aleatoriedade da produção de fitomassa fresca de frutos. Em experimentos com feijão-de-vagem conduzidos em estufa plástica, túnel plástico e cultivo não protegido o uso de parcelas com seis ou mais unidades básicas, 12 ou mais plantas por parcela, torna aleatória a produção de fitomassa fresca de frutos dentro das linhas de cultivo.

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Abstract In the recent years, with the development of ultrafast sequences, magnetic resonance imaging (MRI) has been established as a valuable diagnostic modality in body imaging. Because of improvements in speed and image quality, MRI is now ready for routine clinical use also in the study of pulmonary diseases. The main advantage of MRI of the lungs is its unique combination of morphological and functional assessment in a single imaging session. In this article, the authors review most technical aspects and suggest a protocol for performing chest MRI. The authors also describe the three major clinical indications for MRI of the lungs: staging of lung tumors; evaluation of pulmonary vascular diseases; and investigation of pulmonary abnormalities in patients who should not be exposed to radiation.

Resumo Nos últimos anos, com o desenvolvimento de sequências ultrarrápidas, a ressonância magnética (RM) tem-se estabelecido como uma ferramenta de diagnóstico por imagem de grande valor. Em virtude dos aperfeiçoamentos na velocidade de aquisição e na qualidade das imagens, a RM é atualmente um método apropriado também para o estudo de doenças pulmonares. A principal vantagem da RM é sua combinação única que permite avaliação morfológica e funcional em um mesmo exame de imagem. Neste artigo iremos revisar aspectos técnicos e sugerir um protocolo para a realização de RM do tórax. Também serão descritas as três maiores indicações de RM do tórax: estadiamento para neoplasia pulmonar, avaliação de doença vascular do pulmão e investigação de doenças pulmonares em pacientes que não devem ser expostos à radiação ionizante.

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Abstract ITS2 (Internal transcribed spacer 2) sequences have been used in systematic studies and proved to be useful in providing a reliable identification of Trichogramma species. DNAr sequences ranged in size from 379 to 632 bp. In eleven T. pretiosum lines Wolbachia-induced parthenogenesis was found for the first time. These thelytokous lines were collected in Peru (9), Colombia (1) and USA (1). A dichotomous key for species identification was built based on the size of the ITS2 PCR product and restriction analysis using three endonucleases (EcoRI, MseI and MaeI). This molecular technique was successfully used to distinguish among seventeen native/introduced Trichogramma species collected in South America.

Resumo Sequências do Espaço Transcrito Interno 2 (ITS2) têm sido utilizadas em estudos taxonômicos e sua utilidade constatada pela confiabilidade que o método confere à identificação das espécies de Trichogramma. Esta técnica molecular foi bem sucedida em distinguir dezessete espécies nativas e introduzidas de Trichogramma, coletadas na América do Sul. As sequências do DNAr variaram de 379 a 632 pb. Em 11 linhagens de T. pretiosum estudadas, o endosinbionte Wolbachia foi detectado pela primeira vez. Estas linhagens telítocas foram encontradas no Peru (9), Colômbia (1) e Estados Unidos (1). Uma chave dicotômica para identificação de espécies foi construída baseada no tamanho do produto da PCR do ITS2 e em análises de restrição utilizando-se três endonucleases (EcoRI, MseI and MaeI).

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ITS2 (Internal transcribed spacer 2) sequences have been used in systematic studies and proved to be useful in providing a reliable identification of Trichogramma species. DNAr sequences ranged in size from 379 to 632 bp. In eleven T. pretiosum lines Wolbachia-induced parthenogenesis was found for the first time. These thelytokous lines were collected in Peru (9), Colombia (1) and USA (1). A dichotomous key for species identification was built based on the size of the ITS2 PCR product and restriction analysis using three endonucleases (EcoRI, MseI and MaeI). This molecular technique was successfully used to distinguish among seventeen native/introduced Trichogramma species collected in South America.(AU)

Sequências do Espaço Transcrito Interno 2 (ITS2) têm sido utilizadas em estudos taxonômicos e sua utilidade constatada pela confiabilidade que o método confere à identificação das espécies de Trichogramma. Esta técnica molecular foi bem sucedida em distinguir dezessete espécies nativas e introduzidas de Trichogramma, coletadas na América do Sul. As sequências do DNAr variaram de 379 a 632 pb. Em 11 linhagens de T. pretiosum estudadas, o endosinbionte Wolbachia foi detectado pela primeira vez. Estas linhagens telítocas foram encontradas no Peru (9), Colômbia (1) e Estados Unidos (1). Uma chave dicotômica para identificação de espécies foi construída baseada no tamanho do produto da PCR do ITS2 e em análises de restrição utilizando-se três endonucleases (EcoRI, MseI and MaeI).(AU)

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Rabies transmitted by the hematophagous bat Desmodus rotundus represents a public health concern and a burden for the Brazilian livestock industry. Current evidence suggests that rabies occurrence is related to landscape characteristics, topography, hydrography, animal production systems and land use...

A raiva transmitida por morcegos hematófagos da espécie Desmodus rotundus representa uma preocupação de saúde pública e causa de importantes prejuízos para a pecuária brasileira. A evidência atual sugere que a ocorrência de raiva está relacionada às características da paisagem, topografia, hidrografia, sistemas de produção animal e usos da terra...

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O objetivo do presente estudo foi investigar os efeitos de autocontrolar a sequência de movimentos, na aprendizagem de uma tarefa de "timing" coincidente. Trinta adultos jovens (idade = 23 ± 5,5 anos) sem experiência prévia na tarefa foram distribuídos aleatoriamente em dois grupos com condições diferentes quanto a sequência de movimentos, autocontrolado (LIVRE) e externamente controlado (DET). Os participantes deveriam tocar seis sensores sequencialmente, o último coincidentemente à chegada de um estímulo visual (tarefa de "timing"). Na aquisição, os participantes do grupo DET deveriam tocar os sensores numa sequência determinada, enquanto os do grupo LIVRE poderiam tocar os sensores em qualquer ordem (exceto o último, que foi o mesmo para ambos os grupos). Apesar de nenhuma diferença ter sido encontrada em relação ao número de tentativas necessárias ao alcance do desempenho critério na aquisição, o grupo LIVRE apresentou pior desempenho na transferência comparado ao grupo DET, indicando que ter controle sobre a sequência de movimentos que precede a coincidência prejudica a aprendizagem da habilidade

The purpose of this study was to investigate the effects of self-controlling a movement sequence on learning a coincident timing task. Thirty young adults (age = 23± 5.5 years) with no previous experience with the task were randomly assigned into two groups with different movement sequence conditions, self-controlled (FREE) and externally controlled (DET). Participants were required to tap six sensors sequentially, the last one coinciding with the arrival of a visual stimulus (timing task). On acquisition, participants in the DET group had to tap the sensors in a determined sequence, while those in the FREE group were allowed to tap the sensors in any order (except for the last one, which was the same for both groups). While no difference was found regarding the number of trials needed to reach the performance criterion in acquisition, the group FREE showed higher timing errors in transfer compared to the group DET, indicating that self-controlling the movement sequence that precedes the coincidence impairs the learning of the motor skill

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Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) causes important lower respiratory tract illness in calves. According to F and G proteins genetic sequences, three BRSV subgroups have been reported and characterized in several countries, showing differences in its distribution. In Brazil, the virus is widely disseminated throughout the herds and the few characterized isolates revealed the solely occurrence of the subgroup B. This study describes the detection and characterization of an untyped BRSV strain from a twenty-days-old calf from a herd without clinical respiratory disease. Nasal swabs were analyzed by RT-nested PCR for the F and G proteins genes. One sample has amplified the F protein gene. Sequencing and subsequent phylogenetic reconstruction were accomplished, revealing that the strain could not be grouped with any other BRSV subgroups reported. This result may suggest that the BRSV is in constantly evolution, even in Brazil, where the vaccination is not a common practice. More detailed studies about BRSV characterization are necessary to know the virus subgroups distribution among the Brazilian herds to recommend appropriated immunoprophylaxis.(AU)

O vírus respiratório sincicial bovino (BRSV) é responsável por causar severa doença respiratória principalmente em bezerros. De acordo com sequências genéticas das proteínas F e G deste vírus,três subgrupos de BRSV foram relatados e caracterizados em vários países, mostrando diferenças nas suas distribuições. No Brasil, o vírus encontra-se disseminado pelos rebanhos bovinos e, dos poucos isolados caracterizados, todos foram classificados no subgrupo B. Assim, o estudo descreve a detecção e caracterização de uma estirpe de BRSV não tipável proveniente de um bezerro de vinte dias de idade, de um rebanho sem histórico clínico de doença respiratória. Suabes nasais foram analisados pela técnica de RT-nested PCR para os genes das proteínas F e G do BRSV e uma amostra amplificou o gene da proteína F. O sequenciamento da amostra e subsequente reconstrução filogenética mostrou o não agrupamento da estirpe com quaisquer outros subgrupos de BRSV relatados. Este resultado sugere a constante evolução do BRSV, mesmo no Brasil, onde a vacinação não é uma prática comum. Estudos mais detalhados sobre a caracterização do BRSV são necessários para melhor entender a distribuição dos subgrupos nos rebanhos brasileiros a fim de proporcionar medidas de imunoprofilaxia adequadas.(AU)

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