RESUMO
Resumen Introducción. Durante el desarrollo de la pandemia por SARS-CoV-2 en Antioquia se presentaron picos epidemiológicos relacionados con las variantes α, ɣ, β, μ, ƛ y δ, donde δ tuvo la mayor incidencia y prevalencia. Este linaje se considera una variante de preocupación dadas las manifestaciones clínicas que desencadena y sus características epidemiológicas. Se han informado 253 sublinajes δ en la base de datos PANGOLIN. La identificación de estos sublinajes mediante análisis genómico ha permitido rastrear su evolución y propagación. Objetivo. Caracterizar la diversidad genética de los diferentes sublinajes δ de SARSCoV-2 en Antioquia y determinar su prevalencia. Materiales y métodos. Se recopiló información sociodemográfica de 2.675 muestras y de 1.115 genomas del repositorio GISAID entre el 12 de julio de 2021 y el 18 de enero de 2022. Se seleccionaron 501 por su alto porcentaje de cobertura (>90 %) para realizar análisis filogenéticos e inferencia de frecuencias alélicas de mutaciones de interés. Resultados. Se caracterizaron 24 sublinajes donde el más prevalente fue AY.25. En este sublinaje se identificaron mutaciones de interés como L452R, P681R y P681H, que comprendían una frecuencia cercana a 0,99. Conclusiones. Este estudio permitió identificar que el sublinaje AY.25 tiene una ventaja de transmisión en comparación con los otros sublinajes δ. Esto puede estar relacionado con la presencia de las mutaciones L452R y P681R que en otros estudios se han visto asociadas con una mayor transmisibilidad, evasión del sistema inmunitario y menor eficacia de los medicamentos contra SARS-CoV-2.
Abstract Introduction. During the development of the SARS-CoV-2 pandemic in Antioquia, we experienced epidemiological peaks related to the α, ɣ, β, μ, ƛ, and δ variants. δ had the highest incidence and prevalence. This lineage is of concern due to its clinical manifestations and epidemiological characteristics. A total of 253 δ sublineages have been reported in the PANGOLIN database. The sublineage identification through genomic analysis has made it possible to trace their evolution and propagation. Objective. To characterize the genetic diversity of the different SARS-CoV-2 δ sublineages in Antioquia and to describe its prevalence. Materials and methods. We collected sociodemographic information from 2,675 samples, and obtained 1,115 genomes from the GISAID database between July 12th, 2021, and January 18th, 2022. From the analyzed genomes, 515 were selected because of their high coverage values (>90%) to perform phylogenetic analysis and to infer allele frequencies of mutations of interest. Results. We characterized 24 sublineages. The most prevalent was AY.25. Mutations of interest as L452R, P681R, and P681H were identified in this sublineage, comprising a frequency close to 0.99. Conclusions. This study identified that the AY.25 sublineage has a transmission advantage compared to the other δ sublineages. This attribute may be related to the presence of the L452R and P681R mutations associated in other studies with higher evasion of the immune system and less efficacy of drugs against SARS-CoV-2.
RESUMO
Anadenanthera colubrina var. cebil is an important tree species for its cultural, economic, and medicinal uses in South America. In order to characterize A. colubrina populations, we collected fruits from four different sites (San Bernardo, El Cebilar, Metán and El Gallinato) within the species distribution area in Salta Province, Northwestern Argentina. For this, a total of 75 fruits and seeds per site were collected and described using morphological (fruits size and weight; seed weight and number per fruit) and genetic descriptors (ribo-somic DNA extraction and PCR; nucleotide alignment and phylogenetic analysis) with standard protocols. Our results showed that the San Bernardo population had the heaviest fruits and seeds (7.89±0.2g and 0.19±0.002, respectively), and the Cebilar population the lightest (6.25±0.18g and 0.15±0.002g, respectively). Fruits and seeds from Metán and El Gallinato showed similar and intermediate values. The proportion viable (39 to 55%) and aborted (43 to 57%) seeds was different, while the proportion of predated (1.7 to 4.2%) seeds was similar among populations. The genetic analysis showed variability of ITS sequences within the especies, and also when compared with the same Brazilian species. Both, morphologic and genetic descriptors showed a high level of similarity between San Bernardo and Metán, and between El Cebilar and El Gallinato populations. Further studies are needed to assess levels of phenotypic and genetic variability within and between populations of different plant species, since this information is crucial for biodiversity and germplasm long-term conservation.
Anadenanthera colubrina var. cebil es una especie arbórea de importancia cultural, económica y medicinal en Sur América. Para estudiar las poblaciones de A. colubrina, recolectamos frutos de cuatro sitios diferentes dentro del área de distribución de la especie en la provincia de Salta (Noroeste de Argentina) y se caracterizaron con base en descriptores morfológicos (tamaño de frutos, semillas y peso y número de semillas por fruto) y genéticos (ADN ribosómico). La población de San Bernardo presentó los frutos y semillas más pesados y la de El Cebilar los más livianos. Los frutos y semillas de Metán y El Gallinato fueron similares e intermedios. La proporción de semillas viables y abortadas fue similar en todas las poblaciones, mientras que la de semillas depredadas fue diferente. El análisis genético mostró variabilidad de las secuencias ITS dentro de la especie y también en comparación con la misma especie de Brasil. Los descriptores morfológicos y genéticos mostraron un mayor nivel de similitud entre las poblaciones de San Bernardo y Metán y entre El Cebilar y El Gallinato. Se necesitan más estudios para evaluar los niveles de variabilidad fenotípica y genética dentro y entre poblaciones de diferentes especies de plantas, ya que esta información es fundamental para la conservación de la biodiversidad y del germoplasma a largo plazo.