RESUMO

Emergence of plasmid mediated colistin and extended spectrum ß-lactamases (ESBL) resistant genes has been impacted the efficacy of colistin and ß-lactams drugs like 3rd, 4th generation cephalosporin. Current study was aimed to investigate antimicrobial resistance genes (ARGs) among Escherichia coli isolates from meat producing commercial broilers in Pakistan. Two hundred (n=200) fecal samples were collected during January-2018 to August-2019. For isolation of E. coli, pink colonies on MacConkey agar were transferred to EMB agar. Metallic sheen color colonies were tested biochemically using API-20E kit. The molecular identification of E. coli (n=153) was targeted by amplification of uid gene through polymerase chain reaction (PCR) and different ARGs i.e. gentamicin, streptomycin, tetracycline, colistin, ß-lactams drugs, quinolone and ampicillin followed by sequence analysis. Genotypically, followed by phenotypically of resistant ARGs of isolated PCR-confirmed E. coli (153) shoed resistant against gentamicin (aac(3)-IV), streptomycin (aadA1), tetracycline (tetA), colistine (mcr-1), ampicillin (bla-TEM) and bla-CTX-M were 86%, 88%, 86%, 88%, 83% & 77% respectively. 33/38 (86%) of the isolate was positive for quinolone resistance. Colistine (mcr-1), ESBLs (bla-TEM) and (bla-CTX-M) resistance genes were 88%, 83% and 77% respectively. About 33 isolated E. coli harbored the both mcr-1 and ESBLs genes. All of E. coli isolates were found sensitive to ceftriaxone (CTX-30) and imipenem (IMP-10). The Isolated E. coli showed single or multi clade decadency. The E. coli and ARGs sequences showed single or multi clade decadency. This is first comprehensive study from Pakistan that described the molecular evidences of ARGs and their co-existence in single isolates originated from commercial poultry. Commercial chicken (Broilers) can act as melting pot of antibiotic resistance genes for human being. It is alarming situation for surveillance of antibiotic resistance program because of more regulated prescription of antimicrobial agents in Pakistan.

O surgimento de colistina mediada por plasmídeo e genes de resistência a ß-lactamases de espectro estendido (ESBL) afetou a eficácia de medicamentos colistina e ß-lactâmicos, como as cefalosporinas de 3ª e 4ª geração. O presente estudo teve como objetivo investigar genes de resistência antimicrobiana (ARGs) entre isolados de Escherichia coli em frangos de corte comerciais no Paquistão. Duzentas (n = 200) amostras fecais foram coletadas durante janeiro de 2018 a agosto de 2019. Para o isolamento de E. coli, colônias rosas em ágar MacConkey foram transferidas para ágar EMB. As colônias de cores de brilho metálico foram testadas bioquimicamente usando o kit API-20E. A identificação molecular de E. coli (n = 153) foi direcionada pela amplificação do gene uid através da reação em cadeia da polimerase (PCR) e diferentes ARGs, ou seja, gentamicina, estreptomicina, tetraciclina, colistina, medicamentos ß-lactâmicos, quinolona e ampicilina, seguido de análise de sequência. Genotipicamente, seguido por fenotipicamente de ARGs resistentes de E. coli isoladas foram confirmadas por PCR (153) como resistente contra gentamicina (aac(3)-IV), estreptomicina (aadA1), tetraciclina (tetA), colistina (mcr-1), ampicilina (bla-TEM) e bla-CTX-M, demonstrando resultados de 86%, 88%, 86%, 88%, 83% e 77%, respectivamente. Cerca de 33/38 (86%) do isolado foi positivo para resistência às quinolonas. Os genes de resistência à colistina (mcr-1), ESBLs (bla-TEM) e (bla-CTX-M) foram 88%, 83% e 77%, respectivamente. Cerca de 33 E. coli isoladas continham os genes mcr-1 e ESBLs. Todos os isolados de E. coli foram considerados sensíveis à ceftriaxona (CTX-30) e imipenem (IMP-10). A E. coli isolada apresentou decadência de um ou vários clados. As sequências de E. coli e ARGs apresentaram decadência de um ou vários clados. Este é o primeiro estudo abrangente do Paquistão que descreveu as evidências moleculares de ARGs e sua coexistência em isolados únicos originados de aves comerciais. Dessa forma, é possível concluir que o Frango comercial (Broilers) pode atuar como caldeirão de genes de resistência a antibióticos para o ser humano. É uma situação alarmante para a vigilância do programa de resistência a antibióticos devido à prescrição mais regulamentada de agentes antimicrobianos no Paquistão.

Assuntos

RESUMO

The maintenance of pets as reservoirs of multiresistant bacteria and the transmission of microorganisms such as Staphylococcus spp. between animals and humans can affect the effectiveness of antimicrobials in human medicine. The aim of this study was to detect risk factors, evaluate the phenotypic profile of antimicrobial resistance and detect the mecA gene in Staphylococcus spp. isolated from the nasal cavity of students of veterinary medicine who own dogs. This is a field survey where 35 nasal swab samples were collected to isolate Staphylococcus spp. The antimicrobial resistance of the isolates and the classification according to the multidrug resistance profile (MDR) were determined. The presence of the mecA gene was investigated in isolates with resistance to oxacillin. In addition, the research subjects answered a questionnaire about behavior towards the dog and hygiene habits to identify risk variables for developing antimicrobial resistance. The antimicrobials tested were ampicillin, penicillin, oxacillin, cephalothin, clindamycin, gentamicin, erythromycin, enrofloxacin, and tetracycline. 92.9% of coagulase-positive staphylococci (CoPS) and 45% of coagulase-negative staphylococci (CoNS) were resistant to the beta-lactam class, and 28.6% of CoPS and 45% of CoNS showed MDR profile. Three isolates were classified as resistant to oxacillin, and the mecA gene was detected in 100% of these isolates. About half of the individuals used antimicrobials in the last 12 months (52.9%), and 75% used amoxicillin, which could explain the high antimicrobial resistance profile. Dog owners harbor Staphylococcus spp. with high resistance to beta-lactam antimicrobials and a multi-resistance profile, representing a unique One Health problem.

A manutenção de pets como reservatórios de bactérias multirresistentes e a transmissão de microrganismos como Staphylococcus spp. entre animais e humanos podem afetar a eficácia de antimicrobianos na medicina humana. O objetivo deste estudo foi detectar fatores de risco, avaliar o perfil fenotípico de resistência antimicrobiana e detectar o gene mecA em Staphylococcus spp. isolados da cavidade nasal de estudantes de medicina veterinária proprietários de cães. Trata-se de pesquisa de campo onde 35 amostras de swab nasal foram coletadas para isolar Staphylococcus spp. A resistência antimicrobiana e a classificação segundo o perfil de multirresistência (MDR) dos isolados foram determinadas. A presença do gene mecA foi investigada em isolados resistentes à oxacilina. Os estudantes responderam a um questionário sobre comportamento em relação ao cão e hábitos de higiene para identificar variáveis de risco para o desenvolvimento de resistência antimicrobiana. Foram testados os antimicrobianos ampicilina, penicilina, oxacilina, cefalotina, clindamicina, gentamicina, eritromicina, enrofloxacina e tetraciclina. 92,9% dos estafilococos coagulase-positivos (CoPS) e 45% dos estafilococos coagulase-negativos (CoNS) foram resistentes à classe dos beta- lactâmicos e 28,6% CoPS e 45% CoNS apresentaram perfil MDR. Três isolados foram classificados como resistentes à oxacilina e o gene mecA foi detectado em 100% destes isolados. Mais da metade dos indivíduos fez uso de antimicrobiano nos últimos 12 meses (52,9%), 75% fizeram uso de amoxicilina, o que poderia explicar o alto perfil de resistência antimicrobiana. Os donos de cães abrigam Staphylococcus spp. com alta resistência aos antimicrobianos beta-lactâmicos e apresentam MDR, o que representa um problema de saúde única.

El mantenimiento de las mascotas como reservorios de bacterias multiresistentes y la transmisión de microorganismos como Staphylococcus spp. entre animales y seres humanos pueden afectar a la eficacia de los antimicrobianos en la medicina humana. El objetivo de este estudio fue detectar factores de riesgo, evaluar el perfil fenotípico de la resistencia antimicrobiana y detectar el gen meccaA en Staphylococcus spp. aislado de la cavidad nasal de estudiantes veterinarios dueños de perros. Se trata de una investigación de campo en la que se recogieron 35 muestras de hisopo nasal para aislar Staphylococcus spp. Se determinó la resistencia antimicrobiana y la clasificación de los aislados por perfil de multiresistencia (MDR). La presencia del gen de la mecaA se ha investigado en aislados resistentes a oxacilina. Los estudiantes respondieron a un cuestionario sobre comportamiento de perros y hábitos de higiene para identificar variables de riesgo para el desarrollo de resistencia antimicrobiana. Se han estudiado antimicrobianos como ampicilina, penicilina, oxacilina, cefalotina, clindamicina, gentamicina, eritromicina, enrofloxacina y tetraciclina. El 92,9% de los estafilococos coagulasa-positivos (CoPS) y el 45% de los estafilococos coagulasa- negativos (CoNS) fueron resistentes a la clase beta-lactam y el 28,6% de los CoPS y el 45% de los CoNS tenían un perfil de MDR. Se clasificaron tres aislados como resistentes a la oxacilina y se detectó el gen de la mecaA en el 100% de estos aislamientos. Más de la mitad de los individuos utilizaron antimicrobianos en los últimos 12 meses (52,9%), el 75% utilizó amoxicilina, lo que podría explicar el alto perfil de resistencia antimicrobiana. Los dueños de perros albergan Staphylococcus spp. con alta resistencia a los antimicrobianos beta-lactámicos y tienen MDR, lo que representa un único problema de salud.

RESUMO

Introducción: El aumento de la resistencia a los antimicrobianos constituye actualmente una peligrosa amenaza para la salud. Ante este problema global de falta de antimicrobianos, es perentorio intervenir de forma coordinada e idear fórmulas para incentivar la investigación a nivel internacional. Objetivo: Realizar una revisión actualizada sobre las causas y mecanismos de la resistencia a los antibióticos y la adaptación del sistema CRISPR/Cas para el desarrollo de innovadores antimicrobianos como parte esencial de una estrategia altamente específica en el tratamiento de infecciones producidas por bacterias resistentes. Métodos: Se realizó una revisión documental, se empleó la bibliografía nacional e internacional especializada publicada en los últimos 5 años. Se utilizó el motor de búsqueda Google Académico y se consultaron artículos de libre acceso en las bases de datos Pubmed, SciELO, LILACS, CUMED y HINARI, en el período comprendido entre marzo de 2020 hasta el mes de enero de 2021. Se revisaron un total de 41 artículos. Las consultas se hicieron en inglés y español. Para la búsqueda se tuvo en cuenta las palabras clave: eligobióticos; resistencia a antibióticos; CRISPR/Cas. Resultados: La evidencia recopilada sustenta que muchas enfermedades son inducidas por alteraciones del equilibrio de la microbiota humana y la técnica de edición genética CRISPR/Cas permitirá el desarrollo de novedosos antibióticos como los eligobióticos que eliminarán las bacterias patógenas multirresistentes y dejarán intacto el microbioma. Conclusiones: el esclarecimiento de los enigmas de la microbiota y su diseño con terapia génica permitirán el progreso de innovadores antibióticos con empleo del sistema CRISPR/Cas que ineludiblemente modificarán la práctica médica para siempre(AU)

Introduction: The increase in antimicrobial resistance is currently a dangerous threat to health. Faced with this global problem of lack of antimicrobials, it is imperative to intervene in a coordinated manner and devise formulas to encourage research at the international level. Objective: To review on the update causes and mechanisms of antibiotic resistance and the adaptation of CRISPR/Cas system for the development of innovative antimicrobials as an essential part of a highly specific strategy in the treatment of infections caused by resistant bacteria. Methods: A documentary review was carried out in the specialized national and international bibliography published in the last 5 years. Google Scholar search engine was used and free access articles were consulted in Pubmed, SciELO, LILACS, CUMED and HINARI databases, from March 2020 to January 2021. A total of 41 articles were retrieved. The consultations were made in English and Spanish. For the search, we took into account the keywords eligobiotics, antibiotic resistance, CRISPR/Cas. Results: The reviewed evidence supports that many diseases are induced by alterations in the balance of the human microbiota; and CRISPR/Cas gene editing technique will allow the development of novel antibiotics such as eligobiotics that will eliminate multi-resistant pathogenic bacteria and leave the microbiome intact. Conclusions: The clarification of the enigmas of the microbiota and its design with gene therapy will allow the progress of innovative antibiotics using CRISPR/Cas system that will inevitably change medical practice forever(AU)

Assuntos

RESUMO

Bovine clinical mastitis caused by Staphylococcus spp. is a serious and widespread disease in the world of dairy farming. Antimicrobial therapy is of fundamental importance in the prevention and treatment of infectious mastitis, but the indiscriminate use of antimicrobials acts as a determining factor for the spread of the disease. The present study evaluated the resistance profiles of 57 Staphylococcus spp. isolated from bovine clinical mastitis to beta-lactams and gentamicin, relating characteristics of phenotype (in vitro susceptibility tests) and genotype (detection and expression of genes encoding resistance - mecA, mecALGA251, blaZ, femA, femB, and aacA-aphD - using PCR and RT-PCR, respectively). One or more genes coding for resistance to different antimicrobials were detected in 50 Staphylococcus spp. isolates. The femA and femB genes were the most frequent (75.4% for both). The observed expression of the genes was as follows: blaZ (60%), femA (39.5%), aacA-aphD (50%), femB (32.6%), mecA (8.3%), and mecALGA251 (0%). Considering the relevance of the genus Staphylococcus to bovine mastitis, this study aimed to elucidate aspects regarding the genotypic and phenotypic profiles of these microorganisms so as to contribute to the development of effective strategies for mastitis control.(AU)

A mastite clínica bovina causada por Staphylococcus spp. é uma doença grave e generalizada no mundo da pecuária leiteira. A terapia antimicrobiana é de fundamental importância na prevenção e no tratamento da mastite infecciosa, mas o uso indiscriminado de antimicrobianos atua como fator determinante para a disseminação da doença. O presente estudo avaliou os perfis de resistência de 57 Staphylococcus spp. isolados de mastite clínica bovina em relação ao uso de betalactâmicos e gentamicina, relacionando características do fenótipo (testes de suscetibilidade in vitro) e genótipo (detecção e expressão de genes que codificam resistência - mecA, mecALGA251, blaZ, femA, femB, e aacA-aphD - usando PCR e RT-PCR, respectivamente). Um ou mais genes que codificam resistência a diferentes antimicrobianos foram detectados em 50 Staphylococcus spp. isolados. Os genes femA e femB foram os mais frequentes (75,4% para ambos). A expressão observada dos genes foi a seguinte: blaZ (60%), femA (39,5%), aacA-aphD (50%), femB (32,6%), mecA (8,3%) e mecALGA251 (0%). Considerando-se a relevância do gênero Staphylococcus para a mastite bovina, este estudo teve como objetivo elucidar aspectos referentes aos perfis genotípico e fenotípico desses microrganismos, a fim de contribuir para o desenvolvimento de estratégias eficazes para o controle da mastite.(AU)

Assuntos

RESUMO

O objetivo deste estudo foi realizar a caracterização genética de Staphylococcus spp. resistentes a meticilina isolados de suínos. Foram coletadas 30 amostras de swab nasal de suínos, abatidos em um frigorífico com Serviço de Inspeção Federal. Os isolados foram submetidos a análises macro e microscópicas que, em seguida, para detectar a resistência bacteriana, foram submetidos a ensaios fenotípicos da sensibilidade aos antimicrobianos. Posteriormente, as amostras resistentes a oxacilina, foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para verificar a presença do gene mecA. Das 30 amostras analisadas, foram isolados 12 (40%) Staphylococcus spp. coagulase positiva, e 18 (60%) coagulase negativa, e, dentre os isolados, 26 (86,66%) foram resistentes a oxacilina sendo possível detectar o gene mecA em seis (23%) amostras. Este estudo evidencia a presença de genes de resistência em microrganismos comuns a microbiota de animais de produção que podem ser transmitidos ao homem. Além de chamar a atenção para a frequência e quantidade de antimicrobianos aos quais estes animais são expostos durante toda sua vida, podendo ser considerado um problema para a saúde única.(AU)

Assuntos

RESUMO

O objetivo deste estudo foi realizar a caracterização genética de Staphylococcus spp. resistentes a meticilina isolados de suínos. Foram coletadas 30 amostras de swab nasal de suínos, abatidos em um frigorífico com Serviço de Inspeção Federal. Os isolados foram submetidos a análises macro e microscópicas que, em seguida, para detectar a resistência bacteriana, foram submetidos a ensaios fenotípicos da sensibilidade aos antimicrobianos. Posteriormente, as amostras resistentes a oxacilina, foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para verificar a presença do gene mecA. Das 30 amostras analisadas, foram isolados 12 (40%) Staphylococcus spp. coagulase positiva, e 18 (60%) coagulase negativa, e, dentre os isolados, 26 (86,66%) foram resistentes a oxacilina sendo possível detectar o gene mecA em seis (23%) amostras. Este estudo evidencia a presença de genes de resistência em microrganismos comuns a microbiota de animais de produção que podem ser transmitidos ao homem. Além de chamar a atenção para a frequência e quantidade de antimicrobianos aos quais estes animais são expostos durante toda sua vida, podendo ser considerado um problema para a saúde única.(AU)

Assuntos

RESUMO

RESUMEN Los microorganismos, especialmente las bacterias, están distribuidos por todo el mundo, desde el suelo, los mares y los ríos hasta el sistema digestivo de los animales y los seres humanos; por lo tanto, las bacterias mantienen una interacción constante con los compuestos utilizados por los seres humanos y los animales como los antibióticos, y con otros microorganismos que pueden ser de la misma especie o de diferentes géneros taxonómicos; esta interacción podría dar lugar a una presión selectiva sobre las bacterias en el medio ambiente y promover el intercambio de material genético, lo que llevaría a una propagación global de la resistencia a los antibióticos y a una afectación mundial de la salud. En este contexto, esta revisión tiene por objeto ofrecer una visión general del papel de los seres humanos, los animales y el medio ambiente en la resistencia bacteriana, con énfasis en los procesos en el suelo y los medios acuáticos y los efectos sobre la salud humana.

ABSTRACT Microorganisms, especially bacteria, are distributed throughout the world, from the soil, seas and rivers to the digestive system of animals and humans. Therefore, the bacteria maintain a constant interaction with compounds used by humans and animals, such as antibiotics, and with other microorganisms that may be of the same species or of different taxonomic genera. In addition, this interaction could lead to selective pressure on bacteria in the environment and promote the exchange of genetic material, which would allow to a global spread of antibiotic resistance and thus a worldwide affectation on health. In this context, the present review aims to provide an overview of the role of humans, animals and the environment in bacterial resistance, with emphasis on soil and aquatic processes and effects on human health.

RESUMO

Salmonella Infantis is frequently associated with human infections worldwide and is transmitted by consumption of contaminated foods, particularly those of animal origin, especially the chicken meat. We aimed to evaluate virulence characteristics, antimicrobial resistance and the genetic similarity of 51 strains of S. Infantis isolated from samples of poultry origin. The strains were isolated from 2009 to 2010 in a company with full cycle of broiler's production in the state of São Paulo, Brazil. The antimicrobial susceptibility test was performed and, by PCR, we evaluated the presence of the genes lpfA (hem-adhesion), agfA (hem-biofilm) and sefA (hem-adhesion) and resistance genes to beta-lactams (blaTEM, blaSHV, bla CTX-M and blaAmpC ). The phylogenetic relationship was determined by RAPD-PCR method. Among the drugs tested, the highest percentages of resistance were to amoxicillin (35.3%) and to sulfonamide (15.7%). Eleven antimicrobial resistance patterns were identified (A1 to A11), none of them presented a multiresistance profile (> 3 antimicrobials classes). There was 100% of positivity for the agfA gene, 92.2% for the lpfA gene, and no strain presented the sefA gene. Most of the isolates showed similarities in virulence potential, since they were simultaneously positive for two studied genes, agfA and lpfA (92.2%, 47/51). Of the 18 (35.3%) strains resistant to antimicrobials of the β-lactam class, 10 (55.5%) were positive to blaAmpC gene, five (27.8%) for blaCTX-M , two (11.1%) to blaSHV and no strain presented the blaTEM gene. The phylogenetic evaluation has shown the presence of five clusters (A, B, C, D and E) with similarity greatSalmonella Infantis is frequently associated with human infections worldwide and is transmitted by consumption of contaminated foods, particularly those of animal origin, especially the chicken meat...(AU)

Salmonella Infantis é frequentemente associada a infecções humanas no mundo todo sendo transmitida pelo consumo de alimentos contaminados, principalmente aqueles de origem animal, com destaque para a carne de frango. Objetivou-se avaliar características de virulência, resistência antimicrobiana e a similaridade genética de 51 estirpes de S. Infantis isoladas em amostras de origem avícola. As estirpes foram isoladas no período de 2009 a 2010 em uma empresa com ciclo completo de produção de frango de corte, localizada no estado de São Paulo, Brasil. Foi realizado o teste de susceptibilidade antimicrobiana e pela técnica de PCR, foi avaliada a presença dos genes lpfA (fímbria-adesão), agfA (fímbria-biofilme) e sefA (fímbria-adesão) e os genes de resistência aos beta-lactâmicos (bla TEM, blaSHV, blaCTX-M e blaAmpC ). A relação filogenética foi determinada pelo método de RAPD-PCR. Dentre as drogas testadas, os maiores percentuais de resistência foram para amoxacilina com 35,3% e sulfonamida com 15,7%. Onze perfis de resistência aos antimicrobianos foram identificados (A1 a A11), sendo que nenhum deles apresentou perfil de multirresistência (>3 classes de antimicrobianos). Houve 100% de positividade para o gene agfA, 92,2% para o gene lpfA e nenhuma estirpe apresentou o gene sefA. A maioria dos isolados apresentaram semelhanças no potencial de virulência, pois foram positivos simultaneamente para dois genes estudados, agfA e lpfA (92,2% - 47/51). Das 18 (35,3%) estirpes resistentes aos antimicrobianos da classe dos ß-lactâmicos, 10 (55,5%) foram positivas para o gene blaAmpC , cinco (27,8%) para blaCTX-M , duas (11,1%) para blaSHV e nenhuma estirpe apresentou o gene bla TEM . A avaliação filogenética demonstrou a presença de cinco clusters (A, B, C, D e E) com similaridade superior a 80%, e três estirpes distintas que não foram agrupadas em nenhum dos clusters...(AU)

Assuntos

RESUMO

Salmonella Infantis is frequently associated with human infections worldwide and is transmitted by consumption of contaminated foods, particularly those of animal origin, especially the chicken meat. We aimed to evaluate virulence characteristics, antimicrobial resistance and the genetic similarity of 51 strains of S. Infantis isolated from samples of poultry origin. The strains were isolated from 2009 to 2010 in a company with full cycle of broiler's production in the state of São Paulo, Brazil. The antimicrobial susceptibility test was performed and, by PCR, we evaluated the presence of the genes lpfA (hem-adhesion), agfA (hem-biofilm) and sefA (hem-adhesion) and resistance genes to beta-lactams (blaTEM, blaSHV, bla CTX-M and blaAmpC ). The phylogenetic relationship was determined by RAPD-PCR method. Among the drugs tested, the highest percentages of resistance were to amoxicillin (35.3%) and to sulfonamide (15.7%). Eleven antimicrobial resistance patterns were identified (A1 to A11), none of them presented a multiresistance profile (> 3 antimicrobials classes). There was 100% of positivity for the agfA gene, 92.2% for the lpfA gene, and no strain presented the sefA gene. Most of the isolates showed similarities in virulence potential, since they were simultaneously positive for two studied genes, agfA and lpfA (92.2%, 47/51). Of the 18 (35.3%) strains resistant to antimicrobials of the β-lactam class, 10 (55.5%) were positive to blaAmpC gene, five (27.8%) for blaCTX-M , two (11.1%) to blaSHV and no strain presented the blaTEM gene. The phylogenetic evaluation has shown the presence of five clusters (A, B, C, D and E) with similarity greatSalmonella Infantis is frequently associated with human infections worldwide and is transmitted by consumption of contaminated foods, particularly those of animal origin, especially the chicken meat. We aimed to evaluate virulence characteristics, antimicrobial resistance and the genetic similarity of 51 strains of S. Infantis isolated from samples of poultry origin. The strains were isolated from 2009 to 2010 in a company with full cycle of broiler's production in the state of São Paulo, Brazil. The antimicrobial susceptibility test was performed and, by PCR, we evaluated the presence of the genes lpfA (hem-adhesion), agfA (hem-biofilm) and sefA (hem-adhesion) and resistance genes to beta-lactams (blaTEM, blaSHV, bla CTX-M and blaAmpC ). The phylogenetic relationship was determined by RAPD-PCR method. Among the drugs tested, the highest percentages of resistance were to amoxicillin (35.3%) and to sulfonamide (15.7%). Eleven antimicrobial resistance patterns were identified (A1 to A11), none of them presented a multiresistance profile (> 3 antimicrobials classes). There was 100% of positivity for the agfA gene, 92.2% for the lpfA gene, and no strain presented the sefA gene. Most of the isolates showed similarities in virulence potential, since they were simultaneously positive for two studied genes, agfA and lpfA (92.2%, 47/51). Of the 18 (35.3%) strains resistant to antimicrobials of the ß-lactam class, 10 (55.5%) were positive to blaAmpC gene, five (27.8%) for blaCTX-M , two (11.1%) to blaSHV and no strain presented the blaTEM gene. The phylogenetic evaluation has shown the presence of five clusters (A, B, C, D and E) with similarity greater than 80%, and three distinct strains which were not grouped in any cluster. Cluster B grouped 33 strains, all positive for lpfA and agfA genes, from both, the broiler farming facility and the slaughterhouse, persistent throughout all the study period. This cluster also grouped 18 strains clones with genetic similarity greater than 99%, all isolated in the slaughterhouse. The presence of virulence genes associated with persistent strains clones for a long period, warns to the possibility of S. Infantis to form biofilm, and should be constantly monitored in broilers' production chain, in order to know the profile of the strains that may contaminate the final product and evaluate the hazards that represents to public health.er than 80%, and three distinct strains which were not grouped in any cluster. Cluster B grouped 33 strains, all positive for lpfA and agfA genes, from both, the broiler farming facility and the slaughterhouse, persistent throughout all the study period. This cluster also grouped 18 strains clones with genetic similarity greater than 99%, all isolated in the slaughterhouse. The presence of virulence genes associated with persistent strains clones for a long period, warns to the possibility of S. Infantis to form biofilm, and should be constantly monitored in broilers' production chain, in order to know the profile of the strains that may contaminate the final product and evaluate the hazards that represents to public health.(AU)

Salmonella Infantis é frequentemente associada a infecções humanas no mundo todo sendo transmitida pelo consumo de alimentos contaminados, principalmente aqueles de origem animal, com destaque para a carne de frango. Objetivou-se avaliar características de virulência, resistência antimicrobiana e a similaridade genética de 51 estirpes de S. Infantis isoladas em amostras de origem avícola. As estirpes foram isoladas no período de 2009 a 2010 em uma empresa com ciclo completo de produção de frango de corte, localizada no estado de São Paulo, Brasil. Foi realizado o teste de susceptibilidade antimicrobiana e pela técnica de PCR, foi avaliada a presença dos genes lpfA (fímbria-adesão), agfA (fímbria-biofilme) e sefA (fímbria-adesão) e os genes de resistência aos beta-lactâmicos (bla TEM, blaSHV, blaCTX-M e blaAmpC ). A relação filogenética foi determinada pelo método de RAPD-PCR. Dentre as drogas testadas, os maiores percentuais de resistência foram para amoxacilina com 35,3% e sulfonamida com 15,7%. Onze perfis de resistência aos antimicrobianos foram identificados (A1 a A11), sendo que nenhum deles apresentou perfil de multirresistência (>3 classes de antimicrobianos). Houve 100% de positividade para o gene agfA, 92,2% para o gene lpfA e nenhuma estirpe apresentou o gene sefA. A maioria dos isolados apresentaram semelhanças no potencial de virulência, pois foram positivos simultaneamente para dois genes estudados, agfA e lpfA (92,2% - 47/51). Das 18 (35,3%) estirpes resistentes aos antimicrobianos da classe dos ß-lactâmicos, 10 (55,5%) foram positivas para o gene blaAmpC , cinco (27,8%) para blaCTX-M , duas (11,1%) para blaSHV e nenhuma estirpe apresentou o gene bla TEM . A avaliação filogenética demonstrou a presença de cinco clusters (A, B, C, D e E) com similaridade superior a 80%, e três estirpes distintas que não foram agrupadas em nenhum dos clusters. O cluster B agrupou 33 estirpes, todas positivas para os genes lpfA e agfA, provenientes tanto do aviário quanto do matadouro frigorífico, persistentes durante todo o período do estudo. Este cluster ainda agrupou 18 estirpes clones com similaridade genética superior a 99%, todas isoladas no matadouro frigorífico. A presença dos genes de virulência, associada à persistência das estirpes clones durante um longo período do estudo, alertam para a possibilidade de S. Infantis em formar biofilme, devendo ser constantemente monitorada na cadeia de produção avícola, especialmente no ambiente de abate, de forma a conhecer o perfil das estirpes que podem contaminar o produto final e assim avaliar os perigos que representam para a saúde pública.(AU)

Assuntos

RESUMO

ABSTRACT: Salmonella Infantis is frequently associated with human infections worldwide and is transmitted by consumption of contaminated foods, particularly those of animal origin, especially the chicken meat. We aimed to evaluate virulence characteristics, antimicrobial resistance and the genetic similarity of 51 strains of S. Infantis isolated from samples of poultry origin. The strains were isolated from 2009 to 2010 in a company with full cycle of broilers production in the state of São Paulo, Brazil. The antimicrobial susceptibility test was performed and, by PCR, we evaluated the presence of the genes lpfA (hem-adhesion), agfA (hem-biofilm) and sefA (hem-adhesion) and resistance genes to beta-lactams (blaTEM, blaSHV, bla CTX-M and blaAmpC ). The phylogenetic relationship was determined by RAPD-PCR method. Among the drugs tested, the highest percentages of resistance were to amoxicillin (35.3%) and to sulfonamide (15.7%). Eleven antimicrobial resistance patterns were identified (A1 to A11), none of them presented a multiresistance profile (> 3 antimicrobials classes). There was 100% of positivity for the agfA gene, 92.2% for the lpfA gene, and no strain presented the sefA gene. Most of the isolates showed similarities in virulence potential, since they were simultaneously positive for two studied genes, agfA and lpfA (92.2%, 47/51). Of the 18 (35.3%) strains resistant to antimicrobials of the -lactam class, 10 (55.5%) were positive to blaAmpC gene, five (27.8%) for blaCTX-M , two (11.1%) to blaSHV and no strain presented the blaTEM gene. The phylogenetic evaluation has shown the presence of five clusters (A, B, C, D and E) with similarity greater than 80%, and three distinct strains which were not grouped in any cluster. Cluster B grouped 33 strains, all positive for lpfA and agfA genes, from both, the broiler farming facility and the slaughterhouse, persistent throughout all the study period. This cluster also grouped 18 strains clones with genetic similarity greater than 99%, all isolated in the slaughterhouse. The presence of virulence genes associated with persistent strains clones for a long period, warns to the possibility of S. Infantis to form biofilm, and should be constantly monitored in broilers production chain, in order to know the profile of the strains that may contaminate the final product and evaluate the hazards that represents to public health.

RESUMO: Salmonella Infantis é frequentemente associada a infecções humanas no mundo todo sendo transmitida pelo consumo de alimentos contaminados, principalmente aqueles de origem animal, com destaque para a carne de frango. Objetivou-se avaliar características de virulência, resistência antimicrobiana e a similaridade genética de 51 estirpes de S. Infantis isoladas em amostras de origem avícola. As estirpes foram isoladas no período de 2009 a 2010 em uma empresa com ciclo completo de produção de frango de corte, localizada no estado de São Paulo, Brasil. Foi realizado o teste de susceptibilidade antimicrobiana e pela técnica de PCR, foi avaliada a presença dos genes lpfA (fímbria-adesão), agfA (fímbria-biofilme) e sefA (fímbria-adesão) e os genes de resistência aos beta-lactâmicos (bla TEM, blaSHV, blaCTX-M e blaAmpC ). A relação filogenética foi determinada pelo método de RAPD-PCR. Dentre as drogas testadas, os maiores percentuais de resistência foram para amoxacilina com 35,3% e sulfonamida com 15,7%. Onze perfis de resistência aos antimicrobianos foram identificados (A1 a A11), sendo que nenhum deles apresentou perfil de multirresistência (>3 classes de antimicrobianos). Houve 100% de positividade para o gene agfA, 92,2% para o gene lpfA e nenhuma estirpe apresentou o gene sefA. A maioria dos isolados apresentaram semelhanças no potencial de virulência, pois foram positivos simultaneamente para dois genes estudados, agfA e lpfA (92,2% - 47/51). Das 18 (35,3%) estirpes resistentes aos antimicrobianos da classe dos -lactâmicos, 10 (55,5%) foram positivas para o gene blaAmpC , cinco (27,8%) para blaCTX-M , duas (11,1%) para blaSHV e nenhuma estirpe apresentou o gene bla TEM . A avaliação filogenética demonstrou a presença de cinco clusters (A, B, C, D e E) com similaridade superior a 80%, e três estirpes distintas que não foram agrupadas em nenhum dos clusters. O cluster B agrupou 33 estirpes, todas positivas para os genes lpfA e agfA, provenientes tanto do aviário quanto do matadouro frigorífico, persistentes durante todo o período do estudo. Este cluster ainda agrupou 18 estirpes clones com similaridade genética superior a 99%, todas isoladas no matadouro frigorífico. A presença dos genes de virulência, associada à persistência das estirpes clones durante um longo período do estudo, alertam para a possibilidade de S. Infantis em formar biofilme, devendo ser constantemente monitorada na cadeia de produção avícola, especialmente no ambiente de abate, de forma a conhecer o perfil das estirpes que podem contaminar o produto final e assim avaliar os perigos que representam para a saúde pública.

RESUMO

Enterococci are important nosocomial pathogens due to their intrinsic multiresistance and the acquisition of new antibiotic resistance genes (ARG). Enterococcus faecalis has been shown to be one of the main pathogens in persistent endodontic infections, therefore, the main objective of this study was to evaluate the phenotype and resistance genotype of strains of E. faecalis isolated from teeth with persistent endodontic lesions, to the most commonly prescribed antibiotics in dentistry. Thirteen strains of E. faecalis of different pulsotype were analyzed to evaluate the susceptibility to antibiotics, amoxicillin, amoxicillin/clavulanic acid, tetracycline, erythromycin and metronidazole, using the Epsilometer test (E- test) and the presence of beta-lactamases with nitrocefin test. Finally, the detection of ARG was performed with a molecular polymerase chain reaction (PCR) technique and confirmed by the sequencing of the amplification products. Fisher's exact test was used, using 95 % confidence. Regarding the phenotype of resistance, the evaluated strains, independent of the pulsotype, were totally resistant to the action of metronidazole. Antibiotics with higher minimum inhibitory concentration (MIC) after metronidazole include tetracycline and erythromycin. In contrast, lower MIC are applied to the combination of amoxicillin with clavulanic acid. The nitrocefin test was positive only in one strain. Genotypically, two genetically distant strains isolated from a single patient, presented a genotype of resistance to erythromycin, determined by the presence of the ermB gene. No statistically significant relationship was found between phenotypic resistance and the presence of ARG in relation to erythromycin (p> 0.05). It was concluded that isolates of E. faecalis from persistent endodontic infections showed phenotypes of resistance to several antimicrobial agents, all of which were susceptible to amoxicillin/clavulanic acid. Periodic evaluation of susceptibility to antibiotics is suggested as an important practice for the surveillance of antibiotic resistance in oral strains.

Los enterococos son importantes patógenos nosocomiales debido a su multi resistencia intrínseca y la adquisición de nuevos genes de resistencia a los antibióticos (ARG). Enterococcus faecalis es uno de los principales patógenos en infecciones endodónticas persistentes, por lo tanto, el objetivo principal de este estudio fue evaluar el fenotipo y el genotipo de resistencia de cepas de E. faecalis aisladas de dientes con lesiones endodóncicas persistentes, a los antibióticos comúnmente recetados en odontología. Se analizaron 13 cepas de E. faecalis de diferentes pulsotipos para evaluar la susceptibilidad a los antibióticos, amoxicilina, amoxicilina / ácido clavulánico, tetraciclina, eritromicina y metronidazol, utilizando la prueba de Epsilometría (E-test) y la presencia de beta-lactamasas con prueba de nitrocefina. Finalmente, la detección de ARG se realizó con una técnica molecular de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y se confirmó mediante la secuenciación de los productos de amplificación. Se utilizó la prueba exacta de Fisher, con un 95 % de confianza. En cuanto al fenotipo de resistencia, las cepas evaluadas, independientes del pulsotipo, fueron totalmente resistentes a la acción del metronidazol. Los antibióticos con los valores más altos de concentración mínima inibitoria (CMI) después del metronidazol incluyen tetraciclina y eritromicina. En contraste, las CMI mas bajas se aplican a la combinación de amoxicilina con ácido clavulánico. La prueba de nitrocefina fue positiva solo en una cepa. Genotípicamente, dos cepas distantes genéticamente, aisladas de un mismo paciente fueron positivas para el gen ermB. No se encontró una relación estadísticamente significativa entre la resistencia fenotípica y la presencia de ARG en relación con la eritromicina (p> 0,05). Se concluyó que los aislamientos de E. faecalis de infecciones endodónticas persistentes mostraron fenotipos de resistencia a varios agentes antimicrobianos, todos los cuales fueron susceptibles a amoxicilina / ácido clavulánico. Se sugiere una evaluación periódica de la susceptibilidad a los antibióticos como una práctica importante para la vigilancia de la resistencia a los antibióticos en las cepas orales.

Assuntos

RESUMO

Salmonella spp. is one of the main agents responsible for foodborne infection in humans, and products of poultry origin are the most common infection sources. Studies have shown the occurrence of antimicrobials resistant Salmonella spp. in animal products. The Extended Spectrum β-Lactamase (ESBL) are enzymes that confer to bacteria the ability to hydrolyze cephalosporin with an oximino side chain and monobactams. This study aimed to investigate antimicrobial resistance profile, identify phenotypes and genotypes for multiple drug resistance (MDR) and that produce ESBL from isolates of Salmonella spp. in the broiler production chain. We used samples of Salmonella spp. (n=11) isolates from poultry, poultry products and poultry-source environment from the state of Maranhão - Brazil. The isolates of Salmonella spp. assessed showed genotypical and phenotypical characteristics of MDR. The results show that 72.72% (08/11) of the strains presented the phenotypic profile for ESBL production. The isolates showed positivity to at least 13.64% (03/22) of the genes studied and the highest frequencies were observed in genes sul1 (73%), dfrA12 (55%), blaCTX-M (55%), tetA, tetB and tetC, with 45%. In conclusion, the strains of Salmonella spp. isolates present genotypic and phenotypic characteristics for MDR and ESBL production, demonstrating the dissemination risk of these microorganisms through the food chain.(AU)

Salmonella spp. é um dos principais agentes responsáveis por infecção de origem alimentar em humanos, sendo os produtos de origem avícola apontados como as fontes de infecção mais frequentes. Estudos demonstraram a ocorrência de Salmonella spp. resistente a antimicrobianos em produtos de origem animal. As β-lactamases de espectro extendido (ESBL) são enzimas que conferem às bactérias a capacidade de hidrolisar cefalosporinas com uma cadeia lateral oximino e monobactâmicos. Este estudo objetivou investigar o perfil de resistência a antimicrobianos, identificar fenótipos e genótipos de multirresistência a drogas (MDR), e produção de ESBL em isolados de Salmonella spp. provenientes da cadeia produtiva de frangos de corte. Foram utilizadas amostras de Salmonella spp. (n=11) isoladas de aves, produtos e ambiente de origem avícola do estado do Maranhão - Brasil. Os isolados de Salmonella spp. avaliados apresentaram resistência múltipla a drogas tanto genotípica quanto fenotipicamente. Os resultados mostram que 72,72% (08/11) das cepas apresentaram perfil fenotípico de produção de ESBL. Os isolados apresentaram positividade a pelo menos 13,64% (03/22) dos genes pesquisados, sendo as maiores frequências observadas nos genes sul1 (73%), dfrA12 (55%), blaCTX-M (55%), tetA, tetB e tetC, com 45%. Conclui-se que as cepas de Salmonella spp. isoladas apresentam características genotípicas e fenotípicas de multirresistência a drogas e produção de ESBL, demonstrando o risco de disseminação destes microrganismos ao longo da cadeia alimentar.(AU)

Assuntos

RESUMO

Salmonella spp. is one of the main agents responsible for foodborne infection in humans, and products of poultry origin are the most common infection sources. Studies have shown the occurrence of antimicrobials resistant Salmonella spp. in animal products. The Extended Spectrum β-Lactamase (ESBL) are enzymes that confer to bacteria the ability to hydrolyze cephalosporin with an oximino side chain and monobactams. This study aimed to investigate antimicrobial resistance profile, identify phenotypes and genotypes for multiple drug resistance (MDR) and that produce ESBL from isolates of Salmonella spp. in the broiler production chain. We used samples of Salmonella spp. (n=11) isolates from poultry, poultry products and poultry-source environment from the state of Maranhão - Brazil. The isolates of Salmonella spp. assessed showed genotypical and phenotypical characteristics of MDR. The results show that 72.72% (08/11) of the strains presented the phenotypic profile for ESBL production. The isolates showed positivity to at least 13.64% (03/22) of the genes studied and the highest frequencies were observed in genes sul1 (73%), dfrA12 (55%), blaCTX-M (55%), tetA, tetB and tetC, with 45%. In conclusion, the strains of Salmonella spp. isolates present genotypic and phenotypic characteristics for MDR and ESBL production, demonstrating the dissemination risk of these microorganisms through the food chain.

Salmonella spp. é um dos principais agentes responsáveis por infecção de origem alimentar em humanos, sendo os produtos de origem avícola apontados como as fontes de infecção mais frequentes. Estudos demonstraram a ocorrência de Salmonella spp. resistente a antimicrobianos em produtos de origem animal. As β-lactamases de espectro extendido (ESBL) são enzimas que conferem às bactérias a capacidade de hidrolisar cefalosporinas com uma cadeia lateral oximino e monobactâmicos. Este estudo objetivou investigar o perfil de resistência a antimicrobianos, identificar fenótipos e genótipos de multirresistência a drogas (MDR), e produção de ESBL em isolados de Salmonella spp. provenientes da cadeia produtiva de frangos de corte. Foram utilizadas amostras de Salmonella spp. (n=11) isoladas de aves, produtos e ambiente de origem avícola do estado do Maranhão - Brasil. Os isolados de Salmonella spp. avaliados apresentaram resistência múltipla a drogas tanto genotípica quanto fenotipicamente. Os resultados mostram que 72,72% (08/11) das cepas apresentaram perfil fenotípico de produção de ESBL. Os isolados apresentaram positividade a pelo menos 13,64% (03/22) dos genes pesquisados, sendo as maiores frequências observadas nos genes sul1 (73%), dfrA12 (55%), blaCTX-M (55%), tetA, tetB e tetC, com 45%. Conclui-se que as cepas de Salmonella spp. isoladas apresentam características genotípicas e fenotípicas de multirresistência a drogas e produção de ESBL, demonstrando o risco de disseminação destes microrganismos ao longo da cadeia alimentar.

Assuntos

RESUMO

Resumen Objetivo. La finalidad de esta revisión es abarcar la temática relacionada con los genes de resistencia a antibióticos, sus orígenes, reservorios y movimientos en los diferentes hábitats mediante la metagenómica funcional que permite aislar, identificar y analizar estos genes, así como el impacto que tienen en salud pública. Durante los últimos años se ha visto un gran avance en la microbiología, una de las grandes limitaciones a las que se venían enfrentado los microbiólogos era no poder acceder a la totalidad de los microorganismos que habitan el planeta. Gracias al desarrollo de diferentes disciplinas como la metagenómica se ha logrado tener el acceso a estos microorganismos. Metodología. La importancia de la metagenómica en la resistencia microbiana radica en que, actualmente, solo el 1 % de los microorganismos que habitan el suelo pueden ser estudiados por técnicas convencionales de microbiología, quedando alrededor del 99 % de estos sin estudiar. Al mitigar este gran inconveniente, la metagenómica permite el estudio de la microbiota del suelo en su totalidad generando nuevo conocimiento e información relevante en diferentes campos científicos. Resultados. Mediante la metagenómica funcional se ha podido determinar que el suelo puede ser un posible reservorio de determinantes de resistencia microbiana, debido a que la microbiota que allí habita contiene en su material genético genes de resistencia a antibióticos que confieren resistencia a un amplio espectro de antibióticos utilizados en terapia humana de forma indiscriminada y además tienen todos los mecanismos de resistencia conocidos, algunos de estos genes son generados por presión selectiva ante diferentes agentes presentes en su medio y otros son genes constitutivos que cumplen con funciones significativas en su hábitat. El gran impacto que tienen estos hallazgos está dado en que pueden representar un posible riesgo en salud pública si se adquieren por los patógenos humanos.

Abstract Objective. The purpose of this review is to cover the issues related to antibiotic resistance genes, their origins, reservoirs and movements in different habitats through functional metagenomics that allows to isolate, identify and analyze these genes, as well as the impact they have on health public. During the last years a great advance in the microbiology has been seen, one of the great limitations to which the microbiologists had been facing was not being able to have access to the totality of the microorganisms that inhabit the planet. Thanks to the development of different disciplines such as metagenomics, access to these microorganisms has been achieved. Method. The importance of metagenomics in microbial resistance lies in the fact that currently only 1 % of the microorganisms that inhabit the soil can be studied by conventional microbiology techniques, leaving about 99 % of these without studying, the metagenomics by mitigating this great disadvantage allows the study of the soil microbiota in its entirety generating new knowledge and relevant information in different scientific fields. Results. Through functional metagenomics it has been possible to determine that the soil can be a possible reservoir of determinants of microbial resistance, because the microbiota that live there contain in their genetic material antibiotic resistance genes that confer resistance to a broad spectrum of antibiotics used in human therapy indiscriminately and also have all known mechanisms of resistance, some of these genes are generated by selective pressure against different agents present in their environment and others are constitutive genes that fulfill significant functions in their habitat. The great impact of these findings is that they can represent a possible public health risk if they were acquired by human pathogens.

Assuntos

RESUMO

Understanding genetic variability in existing wheat accessions is critical for collection, conservation and use of wheat germplasms. In this study, 138 Chinese southwest wheat accessions were investigated by genotyping using two resistance gene makers (Pm21 and Yr26) and DArT-seq technique. Finally, about 50% cultivars (lines) amplified the specific allele for the Yr26 gene (Gwm11) and 40.6% for the Pm21 gene (SCAR1265). By DArT-seq analysis, 30,485 markers (6486 SNPs and 23999 DArTs) were obtained with mean polymorphic information content (PIC) value 0.33 and 0.28 for DArT and SNP marker, respectively. The mean Dice genetic similarity coefficient (GS) was 0.72. Two consistent groups of wheat varieties were identified using principal coordinate analysis (PCoA) at the level of both the chromosome 6AS and the whole-genome, respectively. Group I was composed of non-6VS/6AL translocation lines of different origins, while Group II was composed of 6VS/6AL translocation (T6VS/6AL) lines, most of which carried the Yr26 and Pm21 genes and originated from Guizhou. Besides, a model-based population structure analysis revealed extensive admixture and further divided these wheat accessions into six subgroups (SG1, SG2, SG3, SG4, SG5 and SG6), based on their origin, pedigree or disease resistance. This information is useful for wheat breeding in southwestern China and association mapping for disease resistance using these wheat germplasms in future.(AU)

O conhecimento da estrutura da população é essencial para o mapeamento de associação de resistência a doenças para a população de trigo. Neste estudo, a técnica de DART-seq™ foi usada para genotipar o genoma inteiro de cultivares de trigo. Finalmente, 30,485 marcadores (6486 SNPs e 23999 dardos) foram obtidos, e dois grupos de variedades de trigo foram identificados por meio de análise principal-coordenadas (PCoA) do nível de todo o genoma e o nível 6AS cromossomo. O grupo I foi composto por linhas não T6VS/6Al de diferentes origens, enquanto o Grupo II foi composto de linhas T6VS/6Al, sendo que da maioria destes realizados os genes Yr26 e PM21 originários de Guizhou.(AU)

Assuntos

RESUMO

Resumen Streptococcus agalactiae (SAG) es un agente etiológico importante en un amplio espectro de infecciones humanas y bovinas. En humanos, este patógeno es el principal responsable de septicemias severas y muertes neonatales, debido a la enfermedad conocida como "sepsis neonatal", la cual ha sido reportada en diferentes países, incluyendo a Colombia. Cerca del 36% de las mujeres embarazadas son colonizadas por esta bacteria y de ellas el 45% de los neonatos adquiere la infección por SAG. En adultos, la colonización de SAG asintomática ocurre frecuentemente en el tracto gastrointestinal y genitourinario. Sin embargo, puede llegar a causar enfermedades tales como meningitis, septicemia, abscesos, infecciones del tracto urinario y artritis especialmente en adultos inmunocomprometidos. Adicionalmente, SAG es considerado un patógeno de alta importancia en la producción lechera, por ser responsable de cuadros generalmente subclínicos y crónicos de mastitis en vacas, afectando la sanidad del hato, así como la calidad y cantidad de leche producida. La principal herramienta para el control de SAG es el uso de antimicrobianos tipo betalactámicos o tipo macrólidos en casos de pacientes alérgicos a las penicilinas. Sin embargo, se ha reportado aislamientos de SAG resistentes o con susceptibilidad disminuida a los antimicrobianos utilizados para su control en ambas especies: humanos y bovinos. El hallazgo de resistencia antimicrobiana en SAG está recibiendo atención entre la comunidad científica en todo el mundo debido a su impacto negativo en la salud pública. El presente trabajo es una revisión de literatura científica, no sistemática, que tiene como objetivo analizar los mecanismos y la prevalencia de la resistencia antimicrobiana de SAG, así como los genes asociados a esta condición en aislamientos de origen humano y bovino.

Abstract Streptococcus agalactiae (SAG) is an important etiologic agent in a wide spectrum of human and bovine infections. In humans, this pathogen is the main responsible of severe septicemia and neonatal dead, due to the disease known as "neonatal sepsis", which has been reported in different countries, including Colombia. About 36% of pregnant women are colonized by this bacterium and of them, the 45% of the newborns acquire the SAG infection. In adults, asymptomatic SAG colonization occurs frequently in gastrointestinal and genitourinary tract. However, it can cause diseases such as meningitis, septicemia, abscesses, infections in urinary tract and arthritis particularly in immunocompromised adults. Additionally, SAG is considered a highly important pathogen in dairy production for being responsible of mastitis cases generally subclinical and chronic in cows, affecting the herd health, as well as the quality and the quantity of milk produced. The main tool for SAG control is the use of beta-lactams antimicrobials or macrolides in cases of penicillin-allergic patients. Some of the studies reported resistant SAG isolates or with decreased susceptibility to the antimicrobials used for its control in both species: humans and bovines. The finding of antimicrobial resistance in SAG is getting attention from the scientific community around the world because its negative impact in public health. The present work is a non-systematic review of scientific literature, with the objective of analyzing the mechanism and prevalence of SAG antimicrobial resistance, as well as, the genes associated to this condition in human and bovine isolates.

Resumo Streptococcus agalactiae (SAG) é um agente etiológico importante em um amplo espectro de infecções humanas e bovinas. Nos seres humanos, esse patógeno é a principal causa de septicemia grave e mortes neonatais, devido à doença conhecida como "sepse neonatal", que tem sido relatada em diferentes países, incluindo a Colômbia. Cerca de 36% das mulheres grávidas são colonizadas por esta bactéria e destes 45% dos recém-nascidos adquirem a infecção pelo SAG. Em adultos, a colonização do SAG assintomático ocorre com freqüência nos tratos gastrintestinal e genitourinário. No entanto, pode levar a doenças como meningite, septicemia, abscessos, infecções do trato urinário e artrite, especialmente em adultos imunocomprometidos. Além disso, a SAG é considerado um patógeno de grande importância na produção de leite, sendo responsável mastite geralmente subclínica e crônica em caixas de vacas, afetando a saúde do rebanho, ea qualidade e quantidade de leite produzida. A principal ferramenta para o controle do SAG é o uso de antimicrobianos beta-lactâmicos ou do tipo macrolídeo em casos de pacientes alérgicos a penicilinas. No entanto, isolados de SAG resistentes ou com reduzida susceptibilidade aos antimicrobianos usados para controlá-los foram relatados em ambas as espécies: humanos e bovinos. O achado de resistência antimicrobiana no SAG está recebendo atenção entre a comunidade científica em todo o mundo devido ao seu impacto negativo na saúde pública. Este papel é uma revisão da literatura científica, não sistemática, ou seja para analisar os mecanismos e a prevalência de resistência antimicrobiana SAG, bem como os genes associados com esta condição em isolados humanos e bovinos.

RESUMO

Understanding genetic variability in existing wheat accessions is critical for collection, conservation and use of wheat germplasms. In this study, 138 Chinese southwest wheat accessions were investigated by genotyping using two resistance gene makers (Pm21 and Yr26) and DArT-seq technique. Finally, about 50% cultivars (lines) amplified the specific allele for the Yr26 gene (Gwm11) and 40.6% for the Pm21 gene (SCAR1265). By DArT-seq analysis, 30,485 markers (6486 SNPs and 23999 DArTs) were obtained with mean polymorphic information content (PIC) value 0.33 and 0.28 for DArT and SNP marker, respectively. The mean Dice genetic similarity coefficient (GS) was 0.72. Two consistent groups of wheat varieties were identified using principal coordinate analysis (PCoA) at the level of both the chromosome 6AS and the whole-genome, respectively. Group I was composed of non-6VS/6AL translocation lines of different origins, while Group II was composed of 6VS/6AL translocation (T6VS/6AL) lines, most of which carried the Yr26 and Pm21 genes and originated from Guizhou. Besides, a model-based population structure analysis revealed extensive admixture and further divided these wheat accessions into six subgroups (SG1, SG2, SG3, SG4, SG5 and SG6), based on their origin, pedigree or disease resistance. This information is useful for wheat breeding in southwestern China and association mapping for disease resistance using these wheat germplasms in future.

O conhecimento da estrutura da população é essencial para o mapeamento de associação de resistência a doenças para a população de trigo. Neste estudo, a técnica de DART-seq™ foi usada para genotipar o genoma inteiro de cultivares de trigo. Finalmente, 30,485 marcadores (6486 SNPs e 23999 dardos) foram obtidos, e dois grupos de variedades de trigo foram identificados por meio de análise principal-coordenadas (PCoA) do nível de todo o genoma e o nível 6AS cromossomo. O grupo I foi composto por linhas não T6VS/6Al de diferentes origens, enquanto o Grupo II foi composto de linhas T6VS/6Al, sendo que da maioria destes realizados os genes Yr26 e PM21 originários de Guizhou.

Assuntos

RESUMO

ABSTRACT: Understanding genetic variability in existing wheat accessions is critical for collection, conservation and use of wheat germplasms. In this study, 138 Chinese southwest wheat accessions were investigated by genotyping using two resistance gene makers (Pm21 and Yr26) and DArT-seq technique. Finally, about 50% cultivars (lines) amplified the specific allele for the Yr26 gene (Gwm11) and 40.6% for the Pm21 gene (SCAR1265). By DArT-seq analysis, 30,485 markers (6486 SNPs and 23999 DArTs) were obtained with mean polymorphic information content (PIC) value 0.33 and 0.28 for DArT and SNP marker, respectively. The mean Dice genetic similarity coefficient (GS) was 0.72. Two consistent groups of wheat varieties were identified using principal coordinate analysis (PCoA) at the level of both the chromosome 6AS and the whole-genome, respectively. Group I was composed of non-6VS/6AL translocation lines of different origins, while Group II was composed of 6VS/6AL translocation (T6VS/6AL) lines, most of which carried the Yr26 and Pm21 genes and originated from Guizhou. Besides, a model-based population structure analysis revealed extensive admixture and further divided these wheat accessions into six subgroups (SG1, SG2, SG3, SG4, SG5 and SG6), based on their origin, pedigree or disease resistance. This information is useful for wheat breeding in southwestern China and association mapping for disease resistance using these wheat germplasms in future.

RESUMO: O conhecimento da estrutura da população é essencial para o mapeamento de associação de resistência a doenças para a população de trigo. Neste estudo, a técnica de DART-seq™ foi usada para genotipar o genoma inteiro de cultivares de trigo. Finalmente, 30,485 marcadores (6486 SNPs e 23999 dardos) foram obtidos, e dois grupos de variedades de trigo foram identificados por meio de análise principal-coordenadas (PCoA) do nível de todo o genoma e o nível 6AS cromossomo. O grupo I foi composto por linhas não T6VS/6Al de diferentes origens, enquanto o Grupo II foi composto de linhas T6VS/6Al, sendo que da maioria destes realizados os genes Yr26 e PM21 originários de Guizhou.

RESUMO

The increasing antimicrobial resistance observed worldwide in bacteria isolated from human and animals is a matter of extreme concern and has led to the monitoring of antimicrobial resistance in pathogenic and commensal bacteria. The aim of this study was to evaluate the antimicrobial resistance profile of Escherichia coli isolated from pig carcasses and to assess the occurrence of relevant resistance genes. A total of 319 E. coli isolates were tested for antimicrobial susceptibility against different antimicrobial agents. Moreover, the presence of extended-spectrum β-lactamase (ESBL) and inducible ampC-β-lactamase producers was investigated. Eighteen multi-resistant strains were chosen for resistance gene detection and PFGE characterization. The study showed that resistance to antimicrobials is widespread in E. coli isolated from pig carcasses, since 86.2% of the strains were resistant to at least one antimicrobial and 71.5% displayed multi-resistance profiles. No ampC-producing isolates were detected and only one ESBL-producing E. coli was identified. Genes strA (n=15), floR (n=14), aac(3)IVa (n=13), tetB (n=13), sul2 (n=12), tetA (n=11), aph(3)Ia (n=8) and sul3 (n=5) were detected by PCR. PFGE analysis of these multi-resistant E. coli strains showed less than 80% similarity among them. We conclude that antimicrobial multi-resistant E. coli strains are common on pig carcasses and present highly diverse genotypes and resistance phenotypes and genotypes.(AU)

O incremento de resistência frente aos antimicrobianos, observado em bactérias isoladas de humanos e animais, tem sido motivo de preocupação mundial e levado ao monitoramento dos perfis de resistência em bactérias patogênicas e comensais. O objetivo desse estudo foi avaliar o perfil de resistência em Escherichia coli isolada de carcaças suínas e descrever a ocorrência de alguns genes de resistência relevantes. Um total de 319 isolados de E. coli foi testado quanto à suscetibilidade frente a diversos antimicrobianos. A presença de isolados produtores de β-lactamases (ESBL) de espectro estendido e β-lactamase induzível do tipo ampC foi também investigada. Dezoito cepas multirresistentes foram escolhidas para investigação de genes de resistência e caracterização por macro-restrição (PFGE). Os resultados demonstraram que a resistência a antimicrobianos está disseminada, pois 86,2% dos isolados de E. coli foram resistentes ao menos a um antimicrobiano e 71,5% apresentaram perfil de multirresistência. Uma cepa de E. coli produtora de ESBL e nenhuma produtora de ampC induzível foram identificadas. Os genes strA (n=15); floR (n=14);aac(3)-IVa (n=13); tetB (n=13); sul2 (n=12); tetA (n=11); aph(3')Ia (n=8); sul3 (n=5) foram detectados por PCR. A análise de PFGE demonstrou que cepas de E. coli multirresistentes apresentaram similaridade inferior a 80% entre si. Concluiu-se que cepas multirresistentes de E. coli são frequentes em carcaças de suínos e apresentam uma alta diversidade genotípica, bem como de fenótipos e genes de resistência.(AU)

Assuntos

RESUMO

The increasing antimicrobial resistance observed worldwide in bacteria isolated from human and animals is a matter of extreme concern and has led to the monitoring of antimicrobial resistance in pathogenic and commensal bacteria. The aim of this study was to evaluate the antimicrobial resistance profile of Escherichia coli isolated from pig carcasses and to assess the occurrence of relevant resistance genes. A total of 319 E. coli isolates were tested for antimicrobial susceptibility against different antimicrobial agents. Moreover, the presence of extended-spectrum β-lactamase (ESBL) and inducible ampC-β-lactamase producers was investigated. Eighteen multi-resistant strains were chosen for resistance gene detection and PFGE characterization. The study showed that resistance to antimicrobials is widespread in E. coli isolated from pig carcasses, since 86.2% of the strains were resistant to at least one antimicrobial and 71.5% displayed multi-resistance profiles. No ampC-producing isolates were detected and only one ESBL-producing E. coli was identified. Genes strA (n=15), floR (n=14), aac(3)IVa (n=13), tetB (n=13), sul2 (n=12), tetA (n=11), aph(3)Ia (n=8) and sul3 (n=5) were detected by PCR. PFGE analysis of these multi-resistant E. coli strains showed less than 80% similarity among them. We conclude that antimicrobial multi-resistant E. coli strains are common on pig carcasses and present highly diverse genotypes and resistance phenotypes and genotypes.(AU)

O incremento de resistência frente aos antimicrobianos, observado em bactérias isoladas de humanos e animais, tem sido motivo de preocupação mundial e levado ao monitoramento dos perfis de resistência em bactérias patogênicas e comensais. O objetivo desse estudo foi avaliar o perfil de resistência em Escherichia coli isolada de carcaças suínas e descrever a ocorrência de alguns genes de resistência relevantes. Um total de 319 isolados de E. coli foi testado quanto à suscetibilidade frente a diversos antimicrobianos. A presença de isolados produtores de β-lactamases (ESBL) de espectro estendido e β-lactamase induzível do tipo ampC foi também investigada. Dezoito cepas multirresistentes foram escolhidas para investigação de genes de resistência e caracterização por macro-restrição (PFGE). Os resultados demonstraram que a resistência a antimicrobianos está disseminada, pois 86,2% dos isolados de E. coli foram resistentes ao menos a um antimicrobiano e 71,5% apresentaram perfil de multirresistência. Uma cepa de E. coli produtora de ESBL e nenhuma produtora de ampC induzível foram identificadas. Os genes strA (n=15); floR (n=14);aac(3)-IVa (n=13); tetB (n=13); sul2 (n=12); tetA (n=11); aph(3')Ia (n=8); sul3 (n=5) foram detectados por PCR. A análise de PFGE demonstrou que cepas de E. coli multirresistentes apresentaram similaridade inferior a 80% entre si. Concluiu-se que cepas multirresistentes de E. coli são frequentes em carcaças de suínos e apresentam uma alta diversidade genotípica, bem como de fenótipos e genes de resistência.(AU)

Assuntos