RESUMO
In addition to Staphylococcus aureus nowadays other coagulase-positive staphylococci (CoPS) and coagulase-negative staphylococci (CoNS), earlier considered of minor importance, are now accepted as relevant pathogens for humans and animals. The involvement of these microorganisms in bovine mastitis etiology and the possibility their transmission through milk to humans justify the requirement of developing reliable methods for identification of the most frequent species among them. The purpose of this study was to compare the phenotypic techniques with the genotypic method carried out by sequencing of the rpoB gene in identification of several species of the genus Staphylococcus isolated from bovine mastitis. A total of 300 staphylococci isolates of bovine mastitis cases from several Brazilian dairy herds were studied by phenotypic and genotypic techniques, respectively: 150 CoPS and 150 CoNS strains. A total of 18 CoNS different species and 4 CoPS species were identified. Among the CoNS the following species were recognized: 48 (32%) Staphylococcus warneri, 22(15%) S. epidermidis, 20(13%) S. hyicus, 10(7%) S. xylosus, 7(5%) S. haemolyticus, 6(4%) S. simulans, 6(4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6(4%) S. hominis, 5(3%) S. pasteuri, 4(2.7%) S. cohnii, 3(2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus 3(2%) S. chromogenes 3(2%) S. sciuri, 2(1%) S. saccharolyticus, 2(1%) S. lugdunensi, 1(0,7%) S. auricularis, 1(70%) S. saprophyticus subsp. bovis, 1(0.7%) S. capitis. And among the 150 CoPS were identified respectively: 105 (70%) S. aureus, 21(14%), S. hyicus, 19(13%) S. intermedius e 5(3%) S. schleiferi subsp coagulans. Considering the 150 CoNS isolates, the identifications performed by phenotypic and genotypic tests presented 96.7% of concordance, kappa coefficient of agreement = 0.933, SE (standard error) of kappa=0.021 (95% confidence interval: 0.893 to 0.974), Pearsons correlation coefficient (r) = 0.9977, (confidence interval 95%: 0.9938 a 0.9992) and [...](AU)
Além de Staphylococcus aureus atualmente outros estafilococos coagulase positiva (SCP) e estafilococos coagulase-negativos (SCN), anteriormente considerados de menor relevância, são reconhecidos como importantes patógenos para humanos e animais. O envolvimento desses micro-organismos na etiologia da mastite bovina e a possibilidade da sua transmissão através do leite aos humanos justifica a utilização de métodos confiáveis para a identificação das espécies mais frequentes. O objetivo deste estudo foi comparar as técnicas fenotípicas com o método genotípico realizada por sequenciamento do gene rpoB na identificação de espécies do gênero Staphylococcus spp. isolados de mastite bovina. Um total de 300 estafilococos isolados de casos de mastite bovina em diferentes rebanhos leiteiros brasileiros foram estudados por técnicas fenotípicas e genotípicas, respectivamente: 150 linhagens de SCP e 150 linhagens de SCN. Foram identificados um total de 18 espécies de SCN e 4 espécies SCP. Entre os SCN as seguintes espécies identificadas: 48 (32%) Staphylococcus warneri, 22 (15%) S. epidermidis, 20 (13%) S. hyicus, 10 (7%) S. xylosus, 7 (5%) S. haemolyticus, 6 (4%) S. simulans, 6 (4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6 (4%) S. hominis, 5 (3%) S. pasteuri, 4 (2,7%) S. cohnii, 3 (2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus, 3 (2%) S. chromogenes, 3 (2%) S. sciuri, 2 (1%) S. saccharolyticus, 2 (1%) S. lugdunensi, 1 (0,7%) S. auricularis, 1 (70 %) S. saprophyticus subsp. bovis, 1 (0,7%) S. capitis. E entre as 150 SCP foram identificados, 105 (70%) S. aureus, 21 (14%), S. hyicus, 19 (13%) S. intermedius e 5 (3%) S. schleiferi subsp coagulans. Considerando-se os 150 SCN isolados, as identificações realizadas por testes fenotípicos e genotípicos apresentaram 96,7% de concordância, coeficiente de concordância kappa = 0,933, SE (erro padrão) de [...](AU)
Assuntos
Animais , Feminino , Bovinos , Staphylococcus/genética , Fenótipo , Genótipo , Mastite Bovina/etiologia , Sequência de BasesRESUMO
In addition to Staphylococcus aureus nowadays other coagulase-positive staphylococci (CoPS) and coagulase-negative staphylococci (CoNS), earlier considered of minor importance, are now accepted as relevant pathogens for humans and animals. The involvement of these microorganisms in bovine mastitis etiology and the possibility their transmission through milk to humans justify the requirement of developing reliable methods for identification of the most frequent species among them. The purpose of this study was to compare the phenotypic techniques with the genotypic method carried out by sequencing of the rpoB gene in identification of several species of the genus Staphylococcus isolated from bovine mastitis. A total of 300 staphylococci isolates of bovine mastitis cases from several Brazilian dairy herds were studied by phenotypic and genotypic techniques, respectively: 150 CoPS and 150 CoNS strains. A total of 18 CoNS different species and 4 CoPS species were identified. Among the CoNS the following species were recognized: 48 (32%) Staphylococcus warneri, 22(15%) S. epidermidis, 20(13%) S. hyicus, 10(7%) S. xylosus, 7(5%) S. haemolyticus, 6(4%) S. simulans, 6(4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6(4%) S. hominis, 5(3%) S. pasteuri, 4(2.7%) S. cohnii, 3(2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus 3(2%) S. chromogenes 3(2%) S. sciuri, 2(1%) S. saccharolyticus, 2(1%) S. lugdunensi, 1(0,7%) S. auricularis, 1(70%) S. saprophyticus subsp. bovis, 1(0.7%) S. capitis. And among the 150 CoPS were identified respectively: 105 (70%) S. aureus, 21(14%), S. hyicus, 19(13%) S. intermedius e 5(3%) S. schleiferi subsp coagulans. Considering the 150 CoNS isolates, the identifications performed by phenotypic and genotypic tests presented 96.7% of concordance, kappa coefficient of agreement = 0.933, SE (standard error) of kappa=0.021 (95% confidence interval: 0.893 to 0.974), Pearson's correlation coefficient (r) = 0.9977, (confidence interval 95%: 0.9938 a 0.9992) and in relation to 150 CPS isolates it was detected an agreement of 98.7%, kappa = 0.960, SE of kappa = 0.016, (95% confidence interval: 0.929 to 0.992) Pearson's correlation coefficient (r) = 0.9994 (95% confidence interval: 0.9681 to 1.0000). The verified agreement strength between the identification methods can be considered as excellent. These results assure that according to laboratory resources any of them will be suitable to perform the staphylococci identification.(AU)
Além de Staphylococcus aureus atualmente outros estafilococos coagulase positiva (SCP) e estafilococos coagulase-negativos (SCN), anteriormente considerados de menor relevância, são reconhecidos como importantes patógenos para humanos e animais. O envolvimento desses micro-organismos na etiologia da mastite bovina e a possibilidade da sua transmissão através do leite aos humanos justifica a utilização de métodos confiáveis para a identificação das espécies mais frequentes. O objetivo deste estudo foi comparar as técnicas fenotípicas com o método genotípico realizada por sequenciamento do gene rpoB na identificação de espécies do gênero Staphylococcus spp. isolados de mastite bovina. Um total de 300 estafilococos isolados de casos de mastite bovina em diferentes rebanhos leiteiros brasileiros foram estudados por técnicas fenotípicas e genotípicas, respectivamente: 150 linhagens de SCP e 150 linhagens de SCN. Foram identificados um total de 18 espécies de SCN e 4 espécies SCP. Entre os SCN as seguintes espécies identificadas: 48 (32%) Staphylococcus warneri, 22 (15%) S. epidermidis, 20 (13%) S. hyicus, 10 (7%) S. xylosus, 7 (5%) S. haemolyticus, 6 (4%) S. simulans, 6 (4%) S. schleiferi subsp schleiferi, 6 (4%) S. hominis, 5 (3%) S. pasteuri, 4 (2,7%) S. cohnii, 3 (2%) S. saprophyticus subsp. saprophyticus, 3 (2%) S. chromogenes, 3 (2%) S. sciuri, 2 (1%) S. saccharolyticus, 2 (1%) S. lugdunensi, 1 (0,7%) S. auricularis, 1 (70 %) S. saprophyticus subsp. bovis, 1 (0,7%) S. capitis. E entre as 150 SCP foram identificados, 105 (70%) S. aureus, 21 (14%), S. hyicus, 19 (13%) S. intermedius e 5 (3%) S. schleiferi subsp coagulans. Considerando-se os 150 SCN isolados, as identificações realizadas por testes fenotípicos e genotípicos apresentaram 96,7% de concordância, coeficiente de concordância kappa = 0,933, SE (erro padrão) de kappa = 0,021 (95% intervalo de confiança: 0,893-0,974), coeficiente de correlação de Pearson (r) = 0,9977, (intervalo de confiança de 95%: 0,9938 a 0,9992) e em relação a 150 SCP isolados foi observado uma concordância de 98,7%, kappa = 0,960, sE de kappa = 0,016, (95% de intervalo de confiança: 0,929 a 0,992) coeficiente de correlação de Pearson (r) = 0,9994 (95% intervalo de confiança: 0,9681-1,0000). A correlação entre os métodos de identificação pode ser considerada como excelente. Esses resultados demonstraram que de acordo com os recursos disponíveis no laboratório, poderia ser utilizada qualquer uma das metodologias.(AU)
Assuntos
Animais , Feminino , Bovinos , Sequência de Bases , Genótipo , Mastite Bovina/etiologia , Fenótipo , Staphylococcus/genéticaRESUMO
In spite of the acknowledged importance of growth-promoting bacteria, only a reduced number of studies were conducted with these microorganisms on Theobroma cacao. The objectives of this work were to study the population densities and genetic diversity of actinomycetes associated with the rhizosphere of cacao as a first step in their application in plant growth promotion and biological control. The populations densities of actinomycetes in soil and cacao roots were similar, with mean values of 1,0 x 10(6) CFU/g and 9,6 x 10(5) CFU/g, respectively. All isolates selected and used in this study were identified through sequencing analyses of a fragment of the rpoB gene that encodes the [beta]-subunit of the RNA polymerase as species of the genus Streptomyces. In vitro cellulolytic, xilanolytic and chitinolytic activity, indolacetic acid production and phosphate solubilization activities were observed in most of the isolates tested. The data obtained in this study demonstrate that actinomycetes account for a higher percentage of the total population of culturable bacteria in soil than on cacao roots. Additionally, actinomycetes from the cacao rhizosphere are genetically diverse and have potential applications as agents of growth promotion.
Apesar da reconhecida importância das bactérias promotoras de crescimento, apenas um reduzido número de estudos foi conduzido com este grupo de microrganismos na cultura do cacaueiro. Os objetivos deste trabalho foram o estudo da densidade populacional e da diversidade genética de actinomicetos associados à rizosfera do cacaueiro como o primeiro passo para sua utilização na promoção de crescimento de mudas desta cultura e no controle biológico de doenças. As densidades populacionais de actinomicetos em amostras de solo e de raízes de cacaueiro foram semelhantes, com valores médios de 1,0 x 10(6) UFC/g e de 9,6 x 10(5) UFC/g, respectivamente. Todos os isolados selecionados para este estudo foram identificados através de análises de seqüências de um fragmento do gene rpoB, que codifica a beta-subunidade da RNA polimerase, como pertencentes ao gênero Streptomyces. Dentre os isolados testados, constatou-se in vitro, a produção de celulase, xilanase, quitinase, ácido indolacético e a capacidade de solubilização de fosfato. Os dados obtidos demonstram que os actinomicetos representam uma maior proporção da população total de bactérias cultiváveis em solo do que em raízes. Adicionalmente, os actinomicetos da rizosfera do cacaueiro são geneticamente diversos e apresentam potencial para atuarem como agentes de promoção de crescimento.
Assuntos
Actinobacteria/isolamento & purificação , Cacau/crescimento & desenvolvimento , Variação Genética , Técnicas In Vitro , RNA Polimerase Dependente de RNA , Raízes de Plantas , Rhizophoraceae/crescimento & desenvolvimento , Análise de Sequência , Amostras de Alimentos , Métodos , MétodosRESUMO
In spite of the acknowledged importance of growth-promoting bacteria, only a reduced number of studies were conducted with these microorganisms on Theobroma cacao. The objectives of this work were to study the population densities and genetic diversity of actinomycetes associated with the rhizosphere of cacao as a first step in their application in plant growth promotion and biological control. The populations densities of actinomycetes in soil and cacao roots were similar, with mean values of 1,0 x 10(6) CFU/g and 9,6 x 10(5) CFU/g, respectively. All isolates selected and used in this study were identified through sequencing analyses of a fragment of the rpoB gene that encodes the -subunit of the RNA polymerase as species of the genus Streptomyces. In vitro cellulolytic, xilanolytic and chitinolytic activity, indolacetic acid production and phosphate solubilization activities were observed in most of the isolates tested. The data obtained in this study demonstrate that actinomycetes account for a higher percentage of the total population of culturable bacteria in soil than on cacao roots. Additionally, actinomycetes from the cacao rhizosphere are genetically diverse and have potential applications as agents of growth promotion.
Apesar da reconhecida importância das bactérias promotoras de crescimento, apenas um reduzido número de estudos foi conduzido com este grupo de microrganismos na cultura do cacaueiro. Os objetivos deste trabalho foram o estudo da densidade populacional e da diversidade genética de actinomicetos associados à rizosfera do cacaueiro como o primeiro passo para sua utilização na promoção de crescimento de mudas desta cultura e no controle biológico de doenças. As densidades populacionais de actinomicetos em amostras de solo e de raízes de cacaueiro foram semelhantes, com valores médios de 1,0 x 10(6) UFC/g e de 9,6 x 10(5) UFC/g, respectivamente. Todos os isolados selecionados para este estudo foram identificados através de análises de seqüências de um fragmento do gene rpoB, que codifica a -subunidade da RNA polimerase, como pertencentes ao gênero Streptomyces. Dentre os isolados testados, constatou-se in vitro, a produção de celulase, xilanase, quitinase, ácido indolacético e a capacidade de solubilização de fosfato. Os dados obtidos demonstram que os actinomicetos representam uma maior proporção da população total de bactérias cultiváveis em solo do que em raízes. Adicionalmente, os actinomicetos da rizosfera do cacaueiro são geneticamente diversos e apresentam potencial para atuarem como agentes de promoção de crescimento.