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Abstract The Sierra Madre del Sur (SMS) concentrates the greatest plant diversity in Mexico (9,524 species) and 10% of the endemism. And 8.3% of its surface is covered by Natural Protected Areas (NPAs). Strategies to create NPAs are based on identifying biodiversity hotspots to preserve the maximum number of species with the least resources. Areas with high biodiversity reflect geographic patterns and evolutionary processes useful for designing NPAs. The objectives were: were 1) to identify Priority Areas for Conservation (PACs) in the SMS based on taxonomic richness, endemism, and phylogenetic diversity, and 2) to seek the geographic congruence of the identified PACs with current NPAs. In a 10 × 10 km grid cell, indices of taxonomic richness, weighted endemism, and phylogenetic diversity were calculated for a set of 9,524 species. Furthermore, consensus areas of endemism were identified for a total of 1,133 endemic species. In the SMS, 33 consensus areas of endemism were rescued, and the taxonomic richness, weighted endemism, and phylogenetic diversity were heterogeneous and 94% correlated. Similarly, 27 PACs were identified. Three NPAs completely cover four PACs, 12 PACs are partially found in three NPAs, and in 38 Areas Voluntarily Designated for Conservation (AVDCs). Finally, 12 identified PACs are not found within any NPA. In the SMS it is necessary to promote the establishment of new NPAs or AVDCs that protect with high plant diversity.

Resumen La Sierra Madre del Sur (SMS) concentra la mayor diversidad vegetal en México (9,524 species) y el 10% del endemismo y el 8.3% de su superficie está cubierta por Áreas Naturales Protegidas (ANPs). Las estrategias para crear ANPs se basan en identificar hotspots de biodiversidad con la finalidad de preservar el máximo número de especies con la menor cantidad de recursos. Las áreas con alta biodiversidad reflejan patrones geográficos y procesos evolutivos útiles para el diseño de ANPs. Los objetivos fueron: 1) identificar Areas Prioritarias para la Conservación (APCs) en la SMS con base en la riqueza taxonómica, endemismo y diversidad filogenética, y 2) buscar la congruencia geográfica para las APCs identificadas con las ANPs actuales. En una cuadrícula de celdas de 10 × 10 km, se calcularon los índices de riqueza taxonómica, endemismo ponderado y la diversidad filogenética para un conjunto de 9,524 especies. Además, se identificaron áreas de consenso de endemismo para 1,133 especies endémicas. En la SMS, se rescataron 33 áreas de consenso de endemismo y la riqueza taxonómica, el endemismo ponderado y la diversidad filogenética fueron heterogéneos y estuvieron correlacionados en un 94%. Así mismo, se identificaron 27 APCs. Tres ANPs cubren en su totalidad cuatro APCs, 12 APCs se encuentran de manera parcial en tres ANPs y en 38 áreas destinadas voluntariamente para la conservación (ADVCs). Por último, 12 APC identificadas no se encuentran dentro de alguna ANP. En la SMS es necesario fomentar la creación de nuevas ANPs o ADVCs que resguarden los sitios con alta diversidad vegetal.

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Abstract The red fox (Vulpes vulpes) is a medium-sized carnivore that occurs in different regions of Pakistan, however, still lacks scientific data on its ecology and distribution. The current study investigated the phylogenetic status and diet of the red fox (V.v. griffithii) occurring in Ayubia National Park, Pakistan. Through camera trapping and molecular analysis, we confirmed the occurrence of red fox in the study area. Based on mitochondrial cytochrome B (304 bp) and limited sampling, nearly all red foxes of Ayubia National Park and surrounding Himalayan ranges fall within Holarctic maternal lineage, whereas red foxes found in plains of Pakistan are part of the basal Palearctic maternal lineage. Using 32 scats, we found that red fox diet comprises of 80% animal-based prey species (both wild and domestic) and 19% plant matter. The wild animal prey species included Cape hare (Lepus capensis) and flying squirrel (Pteromyini sp.), which constituted 17% and 15% of diet, respectively. Red foxes infrequently consumed House mouse (Mus musculus), Himalayan Palm civet (Paguma larvata) and sheep (Ovis aries), each comprising around 6% to 9% of red fox diet. The fox species also scavenged on domestic donkey opportunistically. Based on our sampling, our study suggests that the red fox (V.v. griffithii) that occurs in Ayubia National Park and across the lesser Himalayan ranges belongs to Holarctic maternal lineage. The study also highlights consumption of plant seeds by red foxes, indicating it may play an important ecological role in seed dispersal in Ayubia National Park.

Resumo A raposa-vermelha (Vulpes vulpes) é um carnívoro de médio porte que ocorre em diferentes regiões do Paquistão, porém ainda carece de dados científicos sobre sua ecologia e distribuição. O presente estudo investigou o status filogenético e a dieta da raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia, Paquistão. Por meio de armadilhas fotográficas e análises moleculares, confirmamos a ocorrência de raposa-vermelha na área de estudo. Com base no citocromo B mitocondrial (304 bp) e amostragem limitada, quase todas as raposas-vermelhas do Parque Nacional de Ayubia e áreas circundantes do Himalaia se enquadram na linhagem materna holártica, enquanto as raposas-vermelhas encontradas nas planícies do Paquistão fazem parte da linhagem materna basal paleártica. Usando 32 fezes, descobrimos que a dieta da raposa-vermelha compreende 80% de espécies de presas de origem animal (selvagens e domésticas) e 19% de matéria vegetal. As espécies de presas de animais selvagens incluíram a lebre-do-cabo (Lepus capensis) e o esquilo-voador (Pteromyini sp.), que constituíram 17% e 15% da dieta, respectivamente. As raposas-vermelhas consumiam raramente ratos domésticos (Mus musculus), algas do Himalaia (Paguma larvata) e ovelhas (Ovis aries), cada um compreendendo cerca de 6% a 9% da dieta da raposa-vermelha. A espécie de raposa também se alimentava de burros domésticos de forma oportunista. Com base em nossa amostragem, nosso estudo sugere que a raposa-vermelha (V.v. griffithii) que ocorre no Parque Nacional de Ayubia e nas cordilheiras menores do Himalaia pertence à linhagem materna holártica. O estudo também destaca o consumo de sementes de plantas por raposas-vermelhas, indicando que pode desempenhar um papel ecológico importante na dispersão de sementes no Parque Nacional de Ayubia.

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We studied the complete chloroplast genome of Gomphocarpus siniacus and Duvalia velutina from Asclepiadoideae subfamily; due to their medicinal importance and distribution worldwide their interest became high. In this study we analyzed the complete chloroplast genomes of G. siniacus and D. velutina using Illumina sequencing technology. The sequences were compared with the other species from Apocynaceae family. The complete genome of G. siniacus is 162,570 bp while D. velutina has154, 478 bp in length. Both genomes consist of 119 genes; encode 31 tRNA genes, and eight rRNA genes. Comparative studies of the two genomes showed variations in SSR markers in which G. siniacus possesses 223 while D. velutina has 186. This could be used for barcoding in order to aid in easy identification of the species. Phylogenetic analysis on the other hand reaffirms the tribal position of G. siniacus in Asclepiadeae and D. velutina in Ceropegieae. These findings could be used in subsequent research studies of angiosperms identification, genetic engineering, herb genomics and phylogenomic studies of Apocynaceae family.

Estudamos o genoma completo do cloroplasto de Gomphocarpus siniacus e Duvalia velutina da subfamília Asclepiadoideae. Em razão de sua importância medicinal e distribuição em todo o mundo, o seu interesse tornou-se elevado. Neste estudo, analisamos os genomas completos de cloroplastos de G. siniacus e D. velutina usando a tecnologia de sequenciamento Illumina. As sequências foram comparadas com as demais espécies da família Apocynaceae. O genoma completo de G. siniacus tem 162.570 pb, enquanto D. velutina tem 154.478 pb de comprimento. Ambos os genomas consistem em 119 genes e codificam 31 genes de tRNA e 8 genes de rRNA. Estudos comparativos dos dois genomas mostraram variações nos marcadores SSR em que G. siniacus possui 223, enquanto D. velutina possui 186. Isso poderia ser usado para código de barras para facilitar a identificação das espécies. A análise filogenética, por outro lado, reafirma a posição tribal de G. siniacus em Asclepiadeae e D. velutina em Ceropegieae. Esses achados poderão ser utilizados em pesquisas posteriores de identificação de angiospermas, engenharia genética, genômica de ervas e estudos filogenômicos da família Apocynaceae.

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Molecular appraoch for identification of unknown species by using Cytochrome b gene is an effective and reliable as compared with morphological based identification. For DNA barcoding universal molecular genes were used to identify the species. Cytochrome b is a specific gene used for identification purpose. DNA barcoding is a reliable and effective method compared to the different traditional morphological methods of specie identification. So,in the present study which was conducted to identify the species, a total of 50 fish samples were collected from five different sites. DNA was extracted by using the Phenol Chloroform method from muscle tissue. Five sequences were sequenced (one from each site), analyzed, and identified specific species as Pangasius pangasius. Identified sequences were variable in length from 369 bp (Site 1), 364 bp (Site 2), 364 bp (Site 3), 352 bp (Site 4), and 334 bp (Site 5). Identity matches on the NCBI database confirmed the specific specie as P. pangasius. A distancing tree was drawn to show maximum likelihood among the same and different species. Yet, in many cases fishes on diverse development stages are difficult to identify by morphological characters. DNA-based identification methods offer an analytically powerful addition or even an alternative tool for species identification and phylogenetic study. This work intends to provide an updated and extensive overview on the DNA based methods for fish species identification by using Cytochrome b gene as targeted markers for identification purpose.

A abordagem molecular para identificação de espécies desconhecidas usando o gene citocromo b é eficaz e confiável em comparação com a identificação baseada na morfologia. Códigos de barras de DNA de genes moleculares universais foram usados ​​para identificar as espécies. O citocromo b é um gene específico usado para fins de identificação. O código de barras de DNA é um método confiável e eficaz em comparação com os diferentes métodos morfológicos tradicionais de identificação de espécies. Assim, no presente estudo, que foi realizado para identificar as espécies, um total de 50 amostras de peixes foram coletadas em cinco locais diferentes. O DNA foi extraído usando o método Fenol Clorofórmio do tecido muscular. Cinco sequências foram sequenciadas (uma de cada local), analisadas e identificadas espécies específicas, como Pangasius pangasius. As sequências identificadas tinham comprimento variável de 369 bp (Local 1), 364 bp (Local 2), 369 bp (Local 1), 364 bp (Local 3), 352 bp (Local 4) e 334 bp (Local 5). As correspondências de identidade no banco de dados do NCBI confirmaram a espécie específica como P. pangasius. Uma árvore de distanciamento foi desenhada para mostrar a máxima probabilidade entre elas e diferentes espécies. No entanto, em muitos casos, peixes em diversos estágios de desenvolvimento são difíceis de identificar por caracteres morfológicos. Os métodos de identificação baseados em DNA oferecem uma adição analiticamente poderosa ou mesmo uma ferramenta alternativa para identificação de espécies e estudo filogenético. Este trabalho pretende fornecer uma visão geral atualizada e abrangente sobre os métodos baseados em DNA para identificação de espécies de peixes usando o gene citocromo b como marcadores direcionados para fins de identificação.

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Frequent outbreaks of avian influenza H9N2 virus in Pakistan revealed that this subtype has become endemic in the poultry industry and, besides economic losses, poses a threat to public health. The present study describes the molecular characterization and pathological alterations in naturally infected broiler chickens with the current H9N2 field strain and their phylogenomic dynamics. In this study, tissue samples (trachea, lung, kidney and intestine) from 100 commercial chicken flocks were collected from July 2018 to August 2019. Samples were subjected to molecular detection, phylogeny and subsequent pathological examination. The complete length of the HA gene was successfully amplified in five samples. Nucleotide sequencing revealed positive samples placed in a clade belonging to the B2 sub-lineage of the G1 genotype and categorized as LPAIV based on the amino acid sequence of the HA gene at the cleavage site (PAKSSR/G). Genetic analysis of the haemagglutinin (HA) gene revealed nt: 80.5%-99.5%; aa: 83.8%-98.9% homology to H9N2 strains reported previously from Pakistan, neighbouring countries, and (A/Quail/Hong Kong/G1/97). Gross lesions include a slight airsacculitis, mild hemorrhages, diffuse congestion and purulent exudate in tracheal mucosa, fibrinonecrotic cast in the trachea lumen and mild pulmonary congestion. Histopathological alterations include sloughing of epithelial cells and infiltration of inflammatory cells in the trachea, mononuclear cells (MNCs) infiltration, pulmonary congestion and exudate in the lumen of parabronchi, peritubular congestion in the kidneys with degeneration of tubular epithelial cells and degenerative changes in the intestinal villi epithelial cells and goblet cell hyperplasia. Immunohistochemistry analysis confirmed the presence of AIVH9N2 antigen in the trachea, lungs, kidney and intestine. Electron microscopy revealed ultrastructural changes in the trachea, including degenerated cilia, mitochondrial swelling and enlarged endoplasmic reticulum. Based on all essential analysis, the present study revealed the distribution of the H9N2 virus of G1 genotype in Punjab, Pakistan, with mild to moderate pathogenicity.

Surtos frequentes do vírus da gripe aviária H9N2 no Paquistão revelaram que esse subtipo se tornou endêmico na avicultura e, além das perdas econômicas, representa uma ameaça à saúde pública. O presente estudo descreve a caracterização molecular e as alterações patológicas em frangos de corte naturalmente infectados com a atual cepa H9N2 e sua dinâmica filogenômica. Neste estudo, amostras de tecidos (traqueia, pulmões, rim e intestino) de 100 lotes comerciais de frangos foram coletadas de julho de 2018 a agosto de 2019. As amostras foram submetidas à detecção molecular, filogenia e posterior exame patológico. O comprimento completo do gene HA foi amplificado com sucesso em cinco amostras. O sequenciamento de nucleotídeos revelou amostras positivas colocadas em um clado pertencente à sublinhagem B2 do genótipo G1 e categorizado como LPAIV com base na sequência de aminoácidos do gene da hemaglutinina (HA) no local de clivagem (PAKSSR/G). A análise genética do gene da HA revelou: nt = 80,5%-99,5%; aa = 83,8%-98,9% de homologia com cepas de H9N2 relatadas anteriormente no Paquistão e em países vizinhos (A/Quail/Hong Kong/G1/97). As lesões macroscópicas incluíram aerossaculite leve, hemorragias leves, congestão difusa e exsudato purulento na mucosa traqueal, cilindro fibrinonecrótico no lúmen da traqueia e congestão pulmonar leve. As alterações histopatológicas incluíram descamação de células epiteliais, infiltração de células inflamatórias na traqueia, infiltração de células mononucleares (MNCs), congestão pulmonar e exsudato no lúmen dos parabrônquios, congestão peritubular nos rins com degeneração das células epiteliais tubulares, alterações degenerativas nas células epiteliais das vilosidades intestinais e hiperplasia de células caliciformes. A análise imunoistoquímica confirmou a presença do antígeno AIVH9N2 na traqueia, nos pulmões, no rim e no intestino. A microscopia eletrônica revelou alterações ultraestruturais na traqueia, incluindo cílios degenerados, inchaço mitocondrial e retículo endoplasmático aumentado. Com base em todas as análises, o presente estudo revelou a distribuição do vírus H9N2 do genótipo G1 em Punjab, Paquistão, com patogenicidade de leve a moderada.

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Scorpion envenoming is considered a public health problem in Brazil. A recent study described a variation in the clinical outcome of envenoming by Tityus obscurus in two populations separated by 850 km in the northeastern Amazon region. Our aim was to evaluate whether such clinical and toxinological variations are associated with underlying differences in genetic diversity between these two T. obscurus populations. We obtained DNA from five individuals of each population, in the municipalities of Belém and Santarém, located east and west of the state of Pará, Brazil, respectively. Gene regions encoding mitochondrial DNA (mtDNA) markers cytochrome oxidase subunit I (COI) and ribosomal 16S RNA (16S) were amplified and sequenced. Phylogenetic analyses were performed using maximum likelihood (ML) and Bayesian inferences (BA) for both molecular data (COI and 16S). The sampled T. obscurus populations corresponded to two distinct mtDNA lineages (genetic distance COI K2 P = 0.08 to 0.13; 16S K2 P = 0.10 to 0.11) with no shared mutations between groups and well supported by ML and BA inferences. Based on the divergence values found between eastern and western populations (COI, 0.07 to 0.12; 16S, 0.10), our study confirms the genetic heterogeneity of T. obscurus populations within the state of Pará, which correlates with observed venom and clinical differences, and reinforces the need for mapping the distribution of haplotypes throughout the geographic range of T. obscurus, to aid in future epidemiological, toxinological, and evolutionary studies.

O envenenamento por escorpiões é considerado um problema de saúde pública no Brasil. Um estudo recente descreve a variação do quadro clínico de envenenamento por Tityus obscurus em duas populações separadas por uma distância de 850 km no nordeste da Amazônia. O objetivo deste estudo foi avaliar se tais variações clínicas e toxicológicas estão associadas a diferenças subjacentes na diversidade genética entre essas duas populações de T. obscurus. Obtivemos DNA de cinco indivíduos de cada população nos municípios de Belém e Santarém, localizados a leste e oeste do estado do Pará, Brasil, respectivamente. Regiões gênicas que codificam marcadores de DNA mitocondrial (mtDNA) citocromo oxidase subunidade I (COI) e RNA ribossômico 16S (16S) foram amplificadas e sequenciadas. As análises filogenéticas foram realizadas por máxima verossimilhança (ML) e inferência Bayesiana (BA) para ambos os dados moleculares (COI e 16S). As populações de T. obscurus amostradas corresponderam a duas linhagens distintas de mtDNA (distância genética COI K2 P = 0,08 a 0,13; 16S K2 P = 0,10 a 0,11) sem mutações compartilhadas entre os grupos, e bem corroboradas por inferências ML e BA. Com base nos valores de divergência encontrados entre as populações oriental e ocidental (COI, 0,07 a 0,12; 16S, 0,10), nosso estudo confirma a heterogeneidade genética das populações de T. obscurus no estado do Pará. Os resultados são congruentes com as diferenças observadas no quadro clínico dos acidentes e toxicidade do veneno, e reforçam a necessidade de mapear a distribuição de haplótipos em toda a distribuição geográfica de T. obscurus, para auxiliar em futuros estudos epidemiológicos, toxinológicos e evolutivos.

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A new salamander species of the genus Bolitoglossa is here described from the cloud forests of the western slopes of the Cordillera Oriental of Colombia, in the Cundinamarca department. The most salient characters of this new species are its numerous maxillary and vomerine teeth, its moderate webbing on hands and feet, its short and robust tail, and its chromatic variation. Based on molecular analyses this new species is assigned to the adspersa species group and its status established as the sister species of B.adspersa, with which it was previously confused. Lastly, the distribution, natural history, and conservation status of the new species are discussed.

ResumenDescribimos una nueva especie de salamandra del género Bolitoglossa proveniente de los bosques nublados de la vertiente occidental de la Cordillera Oriental de Colombia, en el departamento de Cundinamarca. Los caracteres más sobresalientes de esta nueva especie son sus numerosos dientes maxilares y vomerinos, su palmeadura moderada en pies y manos, su cola corta pero robusta, y su variación cromática. Basados en análisis moleculares asignamos esta nueva especie al grupo de especies adspersa y establecemos su estatus como especie hermana de B.adspersa, con la cual era previamente confundida. Finalmente, discutimos algunos aspectos de su distribución, historia natural y su estado de conservación.

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Abstract Canga is an environment of great natural and economic value because it harbours a considerable number of endemic species on a substrate that is rich in iron ore. In the Amazon, this open vegetation type grows on top of isolated outcrops in a dense forest matrix found in the Carajás region, in southeastern Pará. Of these outcrops, the Parque Nacional dos Campos Ferruginosos (PNCF) is the only area of Amazonian canga with a strict protection status. Therefore, industrial activity in the region needs to implement mitigation actions to ensure species and habitat conservation. The objective of this study is to complement and review the floristic list of this recently created protected area, enabling us to compare the floristic similarity between it and other 14 Amazonian canga outcrops found outside the conservation units of full protection in the region. This data provides a basis to understand the floristic and phylogenetic complementarity of those patches to support conservation action. For this, six field trips were carried out in the Serra da Bocaina and two in the Serra do Tarzan, respectively, in order to increase the sampling efforts in PNCF and to obtain a more comprehensive plant list. Floristic composition was investigated using multivariate analyses (non-metric multidimensional scaling and unweighted pair group method with arithmetic mean) and phylogenetic structure across studied areas. We added 159 species to the floristic list of the PNCF and the results of the analyses showed that all 16 areas (n.b. PNCF comprises two of these sites) have an overall floristic similarity of 42%, with the least similar areas at 35% and the most similar at 50%. The different micro-habitats found in each study site highlight the high beta diversity of the Amazonian canga sites, making each area unique. Therefore, even if the Parque Nacional dos Campos Ferruginosos does not harbour all the species found in the other Amazonian canga sites, it is strategic for the conservation of the vegetation on ferruginous outcrops in the Amazon, protecting its biodiversity, different habitats, and associated ecosystem services.

Resumo Canga é um ambiente de grande valor natural e econômico por abrigar um número considerável de espécies endêmicas sobre substrato rico em minério de ferro. Na Amazônia, esse tipo de vegetação aberta cresce sobre afloramentos isolados em uma matriz de floresta densa encontrada na região de Carajás, no sudeste do Pará. Dentre esses afloramentos, o Parque Nacional dos Campos Ferruginosos (PNCF) é a única área de canga Amazônica que apresenta o status de proteção integral permanente. Dessa forma, a atividade industrial presente na região necessita implementar ações de mitigação para assegurar a conservação de espécies e habitats relacionados às cangas. O objetivo deste estudo é complementar e revisar a lista florística dessa área protegida, recentemente criada, permitindo comparar a sua similaridade florística com outros 14 afloramentos de cangas Amazônicas localizados fora de unidades de conservação de proteção integral encontradas na região. Tais dados fornecem subsídio para entender a complementaridade florística e filogenética desses fragmentos para apoiar ações de conservação. Para isso, foram realizadas seis viagens de coleta à Serra da Bocaina e à Serra do Tarzan, respectivamente, para aumentar o esforço amostral no PNCF e obter uma lista de plantas mais abrangente. A composição florística foi investigada por meio de análises multivariadas (non-metric multidimensional scaling and unweighted pair group method with arithmetic mean) e estrutura filogenética nas áreas estudadas. Nós adicionamos 159 espécies na lista florística do PNCF e os resultados das análises demonstraram que todas as 16 áreas (n.b. o PNCF compreende duas dessas áreas) têm uma similaridade florística total de 42%, com áreas menos similares de 35% e as mais similares de 50%. Os micro-habitats encontrados em cada área de estudo evidenciam a alta diversidade beta das áreas de cangas Amazônicas, o que as tornam únicas. Portanto, ainda que o Parque Nacional dos Campos Ferruginosos não abrigue todas as espécies encontradas em outras áreas de cangas Amazônicas, ele é estratégico para a conservação dos afloramentos ferruginosos na Amazônia, protegendo a sua biodiversidade, os diferentes habitats e os serviços ecossistêmicos associados.

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The aim of the present study was to assess morphologic and genetic data on ascariasis in swine (Sus scrofa domesticus) and humans in low-resource rural and periurban communities in the state of Piauí, Brazil. Our cross-sectional survey included 100 fecal samples obtained from swine and 682 samples from humans. Fifteen pigs were necropsied. Human and porcine fecal samples were examined to identify Ascaris eggs. Parasites obtained in the swine necropsies were studied using scanning electron microscopy (SEM), and the mitochondrial gene encoding the cytochrome oxidase 1 (cox1) enzyme was partially amplified and sequenced for molecular taxonomy and phylogenetic analyses. The overall prevalence of Ascaris eggs in the swine fecal samples was 16/100 (16%). No Ascaris eggs were identified in the human fecal samples. SEM of six worms recovered from pigs demonstrated morphological characteristics of A. suum. Cox1 sequences were compatible with A. suum reference sequences. Original and reference (GenBank) nucleotide sequences were organized into clusters that did not segregate the parasites by host species or and region. The largest haplogroups were dominated by haplotypes H01, H02 and H31. In the communities studied, there was no epidemiological evidence of the zoonotic transmission of ascariasis at the human-swine interface.(AU)

O presente estudo teve como objetivo acessar dados morfológicos e genéticos sobre a ascaridíase em suínos (Sus scrofa domesticus) e humanos, em comunidades rurais e periurbanas no estado do Piauí. O estudo transversal incluiu 100 amostras fecais de suínos e 682 amostras obtidas de humanos. Quinze suínos foram necropsiados. Amostras fecais suínas e humanas foram examinadas para detecção de ovos de Ascaris. Os parasitas adultos, obtidos nas necropsias, foram estudados através de microscopia eletrônica de varredura (MEV), e o gene mitocondrial codificante da enzima citocromo oxidase 1 (cox1) foi parcialmente amplificado e sequenciado para análises filogenéticas e de taxonomia molecular. A prevalência de Ascaris em amostras fecais de suínos foi 16/100 (16%), não sendo identificado nenhum caso de infecção por este parasita em humanos. A análise por MEV de parasitas recuperados de suínos demonstrou características morfológicas de Ascaris suum. As sequências nucleotídicas de cox1 foram compatíveis com A. suum. As sequências originais e de referência (obtidas no GeneBank) foram organizadas em clusters que não segregaram os parasitas por hospedeiro ou região geográfica. Os maiores haplogrupos foram dominados pelos haplótipos H01, H02 e H31. Nas comunidades estudadas, não foi evidenciada transmissão zoonótica de A. suum na interface suíno-humana.(AU)

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Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

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Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

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Abstract Novel coronavirus (nCoV) namely SARS-CoV-2 is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the SARS-CoV-2 although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among SARS-CoV-2 and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that SARS-CoV-2 has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.

Resumo O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente SARS-CoV-2, foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o SARS-CoV-2, embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre SARS-CoV-2 e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que SARS-CoV-2 tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.

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The study describes the genetic identification, clinical, and epidemiological characteristics of an outbreak of equine infectious anemia occurring in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Three animals kept in the periurban region of Uruguaiana city tested positive for the AGID test. The serology was performed as a requirement for transit. None of the animals showed clinical signs of infection, one animal was necropsied, and the others were stolen. In the post-mortem examination, no macroscopic changes were observed, and microscopically, discrete hemosiderosis was detected in fragments of the liver and spleen. Amplifying and sequencing a proviral DNA fragment in blood, spleen, and mesenteric lymph node samples confirmed EIAV infection. Phylogenetic analysis of the first sequenced EIAV sample from the Rio Grande do Sul State indicates a high similarity with other Brazilian samples. Results confirmed the viral presence in the state's herds and described epidemiological and virological characteristics of EIA that contribute to the maintenance and dissemination of the virus in herds.

O estudo descreve a identificação genética, as características clínicas e epidemiológicas de um foco de Anemia Infecciosa Equina que ocorreu no Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Três equinos criados na região periurbana da cidade de Uruguaiana testaram positivos pela prova sorológica de IDGA. O exame foi realizado como requerimento para trânsito dos animais. Nenhum animal apresentava sinais clínicos da infecção, um cavalo foi necropsiado e os outros dois foram roubados. Na necropsia não obsevou-se nenhuma alteração e microscopicamente foi constatada hemosiderose discreta em fragmento do fígado e baço. A infecção foi confirmada pela amplificação e sequenciamento de um segmento do genoma pró-viral do EIAV de amostras do sangue, baço e linfonodo mesentérico. A análise filogenética do primeiro EIAV sequenciado no Estado do RS indica similaridade com outras amostras que circulam no Brasil. O resultado confirma a presença do vírus no rebanho equino da região e descreve características clínicas e epidemiológicas que contribuem para a manutenção e disseminação do vírus no rebanho.

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Mexico is a megadiverse region with a complex geological history, but it remains unclear to what extent the distribution of freshwater fish has been influenced by geographic barriers. This study examines the population level genetic divergence and phylogenetic relationships of species in the shortfin group of the subgenus Mollienesia (genus Poecilia), a group of live-bearing fishes that are widely distributed across Mexico, with sampling at a small geographic scale. Samples from over 50 locations were analyzed for six species by using phylogenetic and haplotype network approaches to assess genetic diversity across geographic ranges and to refine the distributions of species in this group. The results indicate that Mexican species have diversified following multiple, independent invasions from Middle America. Two species found north of the Trans-Mexican Volcanic Belt (TMVB) and one transversal species exhibited weak phylogenetic structure, likely due to the lack of physiographic barriers, recent colonization, and high dispersal rates among regions. In contrast, three species found south of the TMVB exhibited strong phylogenetic structure, reflecting a longer presence in the area and multiple physiographic barriers that isolated populations. This study identified mechanisms driving divergence and speciation, expanded the known range of several species, and resolved taxonomic uncertainties of populations.(AU)

México es una región megadiversa con una historia geológica compleja, pero se desconoce el nivel de influencia de las barreras geográficas sobre las distribuciones de los peces dulceacuícolas. Este estudio examina las relaciones filogenéticas, a escala geográfica pequeña, de las especies del grupo de aletas cortas del subgénero Mollienesia (género Poecilia), un grupo de peces vivíparos ampliamente distribuidos en México. Se analizaron muestras de seis especies en más de 50 localidades, utilizando métodos filogenéticos y de redes de haplotipos, para evaluar la diversidad genética y precisar las distribuciones de especies en este grupo. Los resultados indican que las especies mexicanas se han diversificado a partir de múltiples invasiones independientes desde Mesoamérica. Se detectó estructura filogenética débil en dos especies distribuidas al norte del Eje Neovolcánico y una especie que atraviesa el Eje Neovolcánico, posiblemente debido a la ausencia de barreras fisiográficas, colonización reciente y altas tasas de dispersión entre regiones. En contraste, se detectaron niveles altos de estructura filogenética en tres especies distribuidas del Eje Neovolcánico, lo que refleja una presencia más prolongada en el área y la existencia de múltiples barreras fisiográficas que aislaron a las poblaciones. Este estudio identificó mecanismos que promueven la divergencia y la especiación, expandió el rango conocido de varias especies y resolvió incertidumbres taxonómicas de algunas poblaciones.(AU)

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Novel coronavirus (nCoV) namely "SARS-CoV-2" is being found responsible for current PANDEMIC commenced from Wuhan (China) since December 2019 and has been described with epidemiological linkage to China in about 221 countries and territories until now. In this study we have characterized the genetic lineage of SARS-CoV-2 and report the recombination within the genus and subgenus of coronaviruses. Phylogenetic relationship of thirty nine coronaviruses belonging to its four genera and five subgenera was analyzed by using the Neighbor-joining method using MEGA 6.0. Phylogenetic trees of full length genome, various proteins (spike, envelope, membrane and nucleocapsid) nucleotide sequences were constructed separately. Putative recombination was probed via RDP4. Our analysis describes that the "SARS-CoV-2" although shows great similarity to Bat-SARS-CoVs sequences through whole genome (giving sequence similarity 89%), exhibits conflicting grouping with the Bat-SARS-like coronavirus sequences (MG772933 and MG772934). Furthermore, seven recombination events were observed in SARS-CoV-2 (NC_045512) by RDP4. But not a single recombination event fulfills the high level of certainty. Recombination mostly housed in spike protein genes than rest of the genome indicating breakpoint cluster arises beyond the 95% and 99% breakpoint density intervals. Genetic similarity levels observed among "SARS-CoV-2" and Bat-SARS-CoVs advocated that the latter did not exhibit the specific variant that cause outbreak in humans, proposing a suggestion that "SARS-CoV-2" has originated possibly from bats. These genomic features and their probable association with virus characteristics along with virulence in humans require further consideration.(AU)

O novo coronavírus (nCoV), nomeadamente "SARS-CoV-2", foi considerado responsável pela pandemia atual iniciada em Wuhan (China) desde dezembro de 2019 e foi descrito com ligação epidemiológica à China em cerca de 221 países e territórios até agora. Neste estudo, caracterizamos a linhagem genética do SARS-CoV-2 e relatamos a recombinação dentro do gênero e subgênero dos coronavírus. A relação filogenética de 39 coronavírus pertencentes a seus quatro gêneros e cinco subgêneros foi analisada usando o método de Neighbour-joining usando MEGA 6.0. Árvores filogenéticas do genoma de comprimento total, várias proteínas (espícula, envelope, membrana e nucleocapsídeo), sequências de nucleotídeos foram construídas separadamente. A recombinação putativa foi testada via RDP4. Nossa análise descreve que o "SARS-CoV-2", embora mostre grande semelhança com as sequências de Bat-SARS-CoVs em todo o genoma (dando semelhança de sequência de 89%), exibe agrupamento conflitante com as sequências de coronavírus do tipo Bat-SARS (MG772933 e MG772934) Além disso, sete eventos de recombinação foram observados em SARS-CoV-2 (NC045512) por RDP4. Mas nem um único evento de recombinação preenche o alto nível de certeza. A recombinação está alojada mais em genes de proteína de pico, principalmente, do que no resto do genoma, indicando que o cluster de ponto de interrupção surge além dos intervalos de densidade de ponto de interrupção de 95% e 99%. Os níveis de similaridade genética observados entre "SARS-CoV-2" e Bat-SARS-CoVs defendem que o último não exibe a variante específica que causa surto em humanos, sugerindo que "SARS-CoV-2" tenha se originado possivelmente de morcegos. Essas características genômicas e sua provável associação com as características do vírus, juntamente com a virulência em humanos, requerem uma consideração mais aprofundada.(AU)

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Trypanosoma spp. infection is a problem in many tropical countries, infecting several animal species, including humans. The aim of the present study was to identify the Trypanosoma species in Neotropical primates from Rio de Janeiro state and compare the results with other reports both phylogenetically and geographically. Molecular detection was based on the 18 SSU gene. The sequences obtained in the PCR were sequenced and compared with others previously deposited in GenBank. These sequences were used to perform phylogenetic analysis and make a distribution map of primate species infected by Trypanosoma species in Brazil. Among 34 monkeys, five capuchin monkeys (Sapajus spp.) and one marmoset (Callithrix spp.) showed Trypanosoma spp. sequences in the same clade of Trypanosoma minasense and three capuchin monkeys' sequences were in the same clade of Trypanosoma cruzi. The Atlantic Forest and the Brazilian Amazon are the regions with the highest frequency of studies about Trypanosoma spp. and variety of Neotropical primate hosts. These are areas that deserve attention regarding the conservation of biodiversity, but it also makes evident the lack of studies with Neotropical primates in other regions of the country, as well as multidisciplinary studies to better understand the host pathogen relationships.

A infecção por Trypanosoma spp. é um problema em muitos países tropicais, infectando várias espécies animais, incluindo humanos. O objetivo do presente estudo foi identificar as espécies de Trypanosoma em primatas neotropicais no estado Rio de Janeiro e comparar os resultados com outros relatos, tanto filogeneticamente quando geograficamente. A detecção molecular foi baseada no gene SSU 18. As sequências obtidas na PCR foram sequenciadas e comparadas com outras previamente depositadas no GenBank. Essas sequências foram utilizadas para análises filogenéticas e confeccionar um mapa de distribuição de espécies de primatas infectadas por espécies de Trypanosoma no Brasil. Entre 34 macacos, cinco macacos-prego (Sapajus spp.) e um sagui (Callithrix spp.) apresentaram sequências de Trypanosoma spp. no mesmo clado de Trypanosoma minasense e três sequências de macacos-prego estavam no mesmo clado de Trypanosoma cruzi. A Mata Atlântica e a Amazônia brasileira são as regiões com maior frequência de estudos sobre Trypanosoma spp. e variedade de primatas neotropicais hospedeiros. São áreas que merecem atenção no que se refere à conservação da biodiversidade, mas também evidencia a carência de estudos com PNH em outras regiões do país e de estudos multidisciplinares para melhor compreender as relações do patógeno hospedeiro.

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Bovine viral diarrhea virus (BVDV) is a highly infectious pathogen that affects bovines worldwide leading to great economic impact. Although Brazil has the largest commercial cattle population throughout the world and an increasing buffalo breeding industry, the country has no control or eradication program for BVDV. In this perspective, the aim of this study was to evaluate the occurrence of BVDV in cattle and buffaloes from two Brazilian states. Four different ELISA tests were performed and confirmed by virus neutralization testing (VNT). The presence of BVDV antibodies in the serum or plasma from 77 cattle from six herds (ELISA-1 and ELISA-4) and from 89 buffaloes from three herds (ELISA-1 through ELISA-4) was detected. Extraction of viral RNA was performed from the serum or plasma samples for the detection of BVDV by RT-PCR analysis. Amplified nucleotide sequences were used to construct a phylogenetic tree. In cattle, ELISA-1 detected 49.4% of seropositive animals, while ELISA-4 detected 37.7%. In buffaloes, ELISA-1 failed to detect any seropositive animals, while ELISA-2 and ELISA-3 detected 20.2% of seropositive animals, and ELISA-4 detected 21.3%. Eight of the nine herds tested had seropositive animals. The rate of PCR positive animals was 6.5% in cattle and 9% in buffaloes. Subtype 1d was found in cattle, and subtypes 1d and 1f were found in buffaloes. This is the first-time subtype 1f has been reported in Brazil. The absence of a control and eradication program seems to be favoring the spread of BVDV in the Brazilian herds. In addition, the improvement of diagnostic strategies for BVDV in buffaloes are required.

Diarreia viral bovina (BVDV) é um patógeno altamente infeccioso que afeta bovinos em todo o mundo elevando o impacto econômico. Apesar de o Brasil possuir a maior população bovina comercial em todo o mundo e uma indústria de criação bubalina em ascendência, o país não tem programa de controle e erradicação para BVDV. Nessa perspectiva, o objetivo deste estudo é avaliar a ocorrência do BVDV em bovinos e bubalinos de dois estados brasileiros. Quatro testes de ELISA foram realizados e confirmados por teste de vírus neutralização (VNT). A presença de anticorpos contra BVDV no soro ou plasma de 77 bovinos de seis rebanhos (ELISA-1 e ELISA-4) e de 89 búfalos de três rebanhos (ELISA-1 ao ELISA-4) foi detectada. Extração de RNA viral foi realizada em amostras de soro ou plasma para detecção de BVDV por análise de RT-PCR. Sequências de nucleotídeos amplificadas foram utilizadas para construção de uma árvore filogenética. Em bovinos, o ELISA-1 detectou 49.4% dos animais soropositivos, enquanto ELISA-4 detectou 37.7%. Em búfalos, o ELISA-1 falhou em detectar animais soropositivos, enquanto o ELISA-2 e o ELISA-3 detectaram 20.2% dos animais soropositivos e o ELISA-4 detectou 21.3%. Oito de nove rebanhos continham animais soropositivos. A frequência de animais PCR positivos foi de 6.5% em bovinos e 9% em búfalos. Os subtipos 1d foi encontrado em bovinos e os subtipos 1d e 1f foram encontrados em búfalos. Este é o primeiro relato da presença do subtipo 1f no Brasil. A ausência de um programa de controle e erradicação parece favorecer a disseminação de BVDV nos rebanhos brasileiros. Além disso, a melhora de estratégias de diagnóstico para BVDV em búfalos é necessária.

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A dog that shared habitat with domestic animals in a cattle farm and that was exposed to wildlife was taken to a private practitioner for clinical examination. The analyses conducted on the patient revealed the presence of Babesia bigemina by a molecular test. Clinical signs such as lethargy, anorexia and hyperthermia > 39 °C, pale mucous membranes and blood urine were observed in the patient. The animal was treated with imidocarb dipropionate (two doses each 0.5 ml/10 kg b.w. at an interval of 14 days). On treatment day 7, the clinical signs were mostly reduced. On day 30, PCR was carried out to assess the efficacy of the treatment, with a negative result. This case represents the first report of babesiosis due to B. bigemina in a dog living on a cattle farm in Mexico. It indicates the lower host specify of these pathogens and that dogs can play a role as sentinels of vector-borne parasites in livestock animals.(AU)

Um cão que compartilhava hábitat com animais domésticos em uma fazenda de gado e que foi exposto à vida selvagem foi levado a um clínico particular para que fosse examinado. As análises realizadas no paciente revelaram a presença de Babesia bigemina por um teste molecular. Sinais clínicos, como letargia, anorexia e hipertermia > 39°C, mucosas pálidas e sangue na urina foram observados no paciente. O animal foi tratado com dipropionato de imidocarb (duas doses cada 0,5 ml/10 kg de peso corporal em um intervalo de 14 dias). No dia de tratamento 7, os sinais clínicos foram reduzidos. No dia 30, foi realizada PCR para avaliar a eficácia do tratamento, com resultado negativo. Esse caso representa o primeiro relato de babesiose por B. bigemina em um cão que vive em uma fazenda de gado no México. Isso indica que o hospedeiro inferior especifica esses patógenos, e que os cães podem desempenhar um papel como sentinelas de parasitas transmitidos por vetores em animais de criação.(AU)

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La preocupación mundial por el nuevo coronavirus (2019-nCoV), como una amenaza global para la salud pública, fue el motor para que los análisis filogenéticos sufrieran un crecimiento exponencial. El objetivo de esta revisión fue describir el modo de funcionamiento y las bondades de la herramienta Nextstrain, así como el secuenciamiento del virus SARS-CoV-2 en el mundo. Se uso la interfaz de la página de Nextstrain para mostrar sus funcionalidades y los modos de visualización de datos, y se descargaron estos de la web GISAID para mostrar la cantidad de secuenciamientos del SARS-CoV-2 hasta la fecha. Nextstrain es un proyecto de código abierto creado por biólogos bioinformáticos, para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos de genomas de patógenos. Nextstrain consiste en un conjunto de herramientas que toman secuencias sin procesar (en formato FASTA). Nextstrain realiza una alineación de secuencia de los datos de entrada en alineación de secuencia múltiple basada en la transformación rápida de Fourier. Se basa en el uso de dos softwares: Augur y Auspice. Nextstrain es una herramienta eficaz para mostrar datos epidemiológicos de manera simple para un público no especializado. Puede ser usado en la salud pública, ya que muestra datos en tiempo real de las epidemias y su distribución geográfica. Se puede usar para dar seguimiento a los brotes como es el caso del COVID-19(AU)

Worldwide concern about the novel coronavirus (2019-nCoV) as a global threat to public health is the reason for the exponential growth of phylogenetic analyses. The purpose of this review was to describe the mode of operation and advantages of the tool Nextstrain, as well as the sequencing of the SARS-CoV-2 virus worldwide. The interface of the Nextstrain page was used to show its functions and data visualization modes. These were downloaded from the website GISAID to show the number of SARS-CoV-2 sequencing processes performed so far. Nextstrain is an open code project created by bioinformatics biologists to make good use of the scientific and public health potential of data about genomes of pathogens. Nextstrain consists in a set of tools operating with unprocessed sequences (in FASTA format). Nextstrain performs a sequence alignment of the input data into a multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Its use is based on two software applications: Augur and Auspice. Nextstrain is an efficient tool by which lay people may obtain epidemiological data in a simple manner. It may be used in the public health sector, since it shows real time data about epidemics and their geographic distribution. It may also be used to follow-up outbreaks, as is the case with COVID-19(AU)

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