RESUMO
In recent years, the rapid advances of culture-independent methods and new molecular tools have revolutionized our understanding of microbial biodiversity and ecological functions. DNA extraction from microbial communities is a critical step in this process and several methods have been proposed and used, but the influence of the extraction method on the outcome and ultimately on ecological inferences from the results is not yet precisely determined. Here, we compared two of the most commonly used extraction methods in aquatic microbial ecology, and investigated whether the two methods yielded comparable results for community ecology analyses. We extracted DNA from 15 different shallow lakes with phenol:chloroform, a classical and widely used extraction method, and with the PowerSoil DNA isolation Kit, often suggested as the standard DNA extraction method, with some adaptations for aquatic environments. We found that although only 5% of all OTUs showed significant differences in pairwise comparisons (using the 15 lakes as replicates), these OTUs accounted for >35% (on average) of the relative abundance. Diversity and richness did not differ significantly between the two extraction methods, but the beta-dispersion of the communities indicated that the organic extraction yielded more homogeneous communities, while the kit extraction generated variability. Consequently, we conclude that despite the small number of OTUs with significant differences, their impact on the community composition obtained was not negligible, and therefore the results from these two extraction methods were not comparable.
Assuntos
Bactérias/isolamento & purificação , Fracionamento Químico/métodos , DNA Bacteriano/isolamento & purificação , Lagos/microbiologia , Bactérias/química , Bactérias/genética , Biodiversidade , DNA Bacteriano/genética , Hidrobiologia , MicrobiotaRESUMO
A atividade de glicosidases durante a degradação do polissacarídeo extracelular (EPS) produzido por Anabaena spiroides foi detectada e quantificada utilizando-se MUF-substratos (MUF-monossacarídeos). O consumo total do polissacarídeo efetuou-se em duas fases, uma primeira de alta atividade enzimática que rapidamente consumiu 41 per center do polissacarídeo e uma segunda, mais lenta, que consumiu o polissacarídeo restante (59 per center). A mudança de fase coincidiu com a sucessão de uma população de bactérias cocóides por outra de bacilos. A biomassa bacteriana, quantificada por contagens de células, aumentou com a degradação do EPS. As atividades registradas através dos substratos 4-MUF-a-D- e 4-MUF-b-D- glicosídeo foram mais altas quando comparadas aos demais substratos testados que foram: MUF-a-L-ramnopiranosídeo, MUF-b-D-galactosídeo, MUF-a-D-manopiranosídeo, MUF-b-D-fucosídeo, MUF-b-D-manopiranosídeo, MUF-a-L-arabinopiranosídeo, e MUF-b-L-fucosídeo. A fluorescência emitida a partir de cada um dos diferentes MUF-substratos foi, de modo geral, proporcional à concentração dos monossacarídeos correspondentes constituintes do polissacarídeo, um indício da susceptibilidade ao ataque enzimático microbiano do EPS produzido por A. spiroides.
Assuntos
Anabaena , Ensaios Enzimáticos Clínicos , Glicosídeo Hidrolases/análise , Polissacarídeo-Liases/análise , Degradação de Resíduos QuímicosRESUMO
Composto polissacarídeos de elevado peso molecular excretados pela alga Ankistrodesmus densus foram separados em duas fraçöes com pesos moleculares diferentes, através de cromatografia de filtraçäo gélica. As fraçöes assim isoladas foram utilizadas nos experimentos de decomposiçäo por bactérias. Os resultados mostraram que as bactérias utilizam os polissacarídeos de elevado peso molecular de ambas as fraçöes e os transformam em compostos com baixo peso molecular. Este trabalho concorda com os dados da literatura sobre a existência da relaçäo excretado algalbactérias heterotráficas. Além desse aspecto, demonstra também que compostos de elevado peso molecular podem ser utilizados como fonte de carbono por bactérias heterotróficas