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OBJECTIVE: this study aims to identify and characterise genomic and phylogenetically isolated SARS-CoV-2 viral isolates in patients from Lambayeque, Peru. METHODS: Nasopharyngeal swabs were taken from patients from the Almanzor Aguinaga Asenjo Hospital, Chiclayo, Lambayeque, Peru, which had been considered mild, moderate, and severe cases of COVID-19. Patients had to have tested positive for COVID-19, using a positive RT-PCR for SARS-CoV-2. Subsequently, the SARS-CoV-2 complete viral genome sequencing was carried out using Illumina MiSeq®. The sequences obtained from the sequence were analysed in Nextclade V1.10.0 to assign the corresponding clades, identify mutations in the SARS-CoV-2 genes and perform quality control of the sequences obtained. All sequences were aligned using MAFFT v7.471. The SARS-CoV-2 isolate Wuhan NC 045512.2 was used as a reference sequence to analyse mutations at the amino acid level. The construction of the phylogenetic tree model was achieved with IQ-TREE v1.6.12. RESULTS: It was determined that during the period from December 2020 to January 2021, the lineages s C.14, C.33, B.1.1.485, B.1.1, B.1.1.1, and B.1.111 circulated, with lineage C.14 being the most predominant at 76.7% (n = 23/30). These lineages were classified in clade 20D mainly and also within clades 20B and 20A. On the contrary, the variants found in the second batch of samples of the period from September to October 2021 were Delta (72.7%), Gamma (13.6%), Mu (4.6%), and Lambda (9.1%), distributed between clades 20J, 21G, 21H, 21J, and 21I. CONCLUSIONS: This study reveals updated information on the viral genomics of SARS-CoV-2 in the Lambayeque region, Peru, which is crucial to understanding the origins and dispersion of the virus and provides information on viral pathogenicity, transmission and epidemiology.

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RESUMEN Objetivo. Evaluar in silico y a nivel serológico el potencial antigénico del dominio extracelular recombinante de la proteína de ensamblaje de lipopolisacáridos - D (LptD) de Bartonella bacilliformis (dexr_LptD). Materiales y métodos. Mediante el análisis in silico se realizó la selección de una proteína de B. bacilliformis con potencial antigénico e inmunogénico. El gen de la proteína seleccionada se clonó en Escherichia coli TOP10 y se expresó en Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. La proteína recombinante fue expresada usando isopropil-β-D-1-tiogalactopiranósido (IPTG) y se optimizaron las condiciones de inducción. Por último, se purificó con resina Ni-IDA (His60 Ni Superflow) y se realizó un ensayo de Western Blot. Resultados. In silico, la proteína seleccionada fue LptD por estar localizada en la membrana externa y ser antigénica e inmunogénica. Las condiciones optimizadas para la inducción del dexr_LptD fueron 0,5 mM IPTG, 16 h, medio TB (Terrific Broth), etanol al 3% (v/v), 28 ºC, OD600: 1-1,5 y 200 r.p.m. La purificación se realizó en condiciones denaturantes a pequeña escala y se obtuvo 2,6 µg/mL de dexr_LptD parcialmente purificada. El ensayo de Western Blot mostró una reacción positiva entre los sueros provenientes de pacientes con la enfermedad de Carrión y dexr_LptD, ello evidencia la antigenicidad del dexr_LptD. Conclusiones. El dexr_LptD muestra antigenicidad in silico y a nivel serológico, estos resultados son base para posteriores estudios sobre candidatos vacunales contra la enfermedad de Carrión.

ABSTRACT Objective. To evaluate in silico and at the serological level the antigenic potential of the recombinant extracellular domain of the lipopolysaccharide assembly protein - D (LptD) of Bartonella bacilliformis (dexr_LptD). Materials and Methods. Through in silico analysis, we selected a B. bacilliformis protein with antigenic and immunogenic potential. The selected protein gene was cloned into Escherichia coli TOP10 and expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Recombinant protein was expressed using isopropyl-β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) and induction conditions were optimized. Finally, it was purified with Ni-IDA resin (His60 Ni Superflow) and a Western Blot assay was conducted. Results. In silico, the selected protein was LptD because it is located in the outer membrane and is antigenic and immunogenic. Optimized conditions for dexr_LptD induction were 0.5 mM IPTG, 16 hours, TB (Terrific Broth) medium, 3% (v/v) ethanol, 28 ºC, OD600: 1-1.5 and 200 rpm. Purification was carried out under denaturating conditions on a small scale and we obtained 2.6 μg/mL of partially purified dexr_LptD. The Western Blot assay showed a positive reaction between the sera from patients with Carrión's Disease and dexr_LptD, which shows the antigenicity of dexr_LptD. Conclusions. The dexr_LptD shows antigenicity both in silico and at the serological level, these results are the basis for further studies on vaccine candidates against Carrion's Disease.

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The use of accurate and reliable techniques for sex determination of wild birds is of special importance in captive breeding programs, especially in birds with monogamous, aggressive behavior, with absence of copulation, and with a low hatching rate. Using PCR, we evaluated the relative efficacy of primers HPF/HPR and CHD1Wr/NP/CHD1Zr in the amplification of the chromo-helicase-DNA binding 1 (CHD1) gene for sex determination in Penelope albipennis and 8 other species of cracids, 4 species of falconids, 4 species of accipitrids, and 3 species of psittacines. Primer effectiveness was compared using previously sexed bird samples. The HPF/HPR primer set was found to demonstrate a better performance and reliability. Therefore, these primers should be used to determine the sex of juvenile birds to avoid or minimize incompatibilities during the selection of potential breeding pairs.

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Se estudiarón la inmunogenicidad del veneno de la serpiente Bothrops atrox, "jergón", utilizando los métodos inmunoenzimáticos de ELISA y Western Blot, así como los patrones de reactividad cruzada empleando los venenos de las serpientes Bothrops brazili, Lachesis muta y Crotalus durissus. Para este fin se inmunizaron conejos albinos Nueva Zelanda (2 kg aprox) con cuatro dosis de 500 µg del veneno de B. atrox en un periodo de 90 días. La producción de anticuerpos fue monitoreada mediante la técnica de ELISA, determinándose el título del suero hiperinmune obtenido al final del protocolo de inmunización. Adicionalmente se analizaron los patrones electroforéticos de los venenos en estudio mediante PAGE-SDS y su reactividad frente al suero obtenido mediante ELISA y Western Blot. El esquema de inmunización utilizado permitió una producción sostenida de anticuerpos a partir del día 20 del protocolo. Finalizado este proceso, el título del suero fue calculado en 256000, lo cual mostró la eficacia y practicidad del procedimiento desarrollado. Por otro lado, los venenos estudiados mostraron una heterogeneidad en su composición proteica a partir del análisis de sus patrones electroforéticos, mientras que a partir de los estudios inmunoenzimáticos, se pudo obtener valores de reactividad cruzada entre el veneno de B. atrox y los venenos de B. brazili, L. muta y C. durissus, de 23,7%, 4,0% y 1,8%, respectivamente. Los resultados obtenidos constituyen el paso inicial para posteriores ensayos dirigidos a la optimización en la producción de inmunosueros para el tratamiento del envenenamiento, así como para el desarrollo de kits de diagnóstico e identificación de especies de serpiente.

The immunogenicity of Bothrops atrox, “jergon”, venom was studied using ELISA and Western Blot methods, as well as cross-reactivity patterns against venoms of Bothrops brazili, Lachesis muta and Crotalus durissus. For this purpose, New Zealand white rabbits (2 kg aprox) were immunized with four 500 µg doses of B. atrox venom in a period of 90 days. Antibody production was followed using ELISA technique, and title of hiper-immune serum was determined at the end of immunization protocol. Additionally, electrophoretic patterns of venoms were analyzed by SDS-PAGE and venom reactivity against obtained serum by ELISA and Western Blot. Immunization schedule allowed a pronounced antibody production since day 20 of protocol. At the end of process, serum title was 256000, which demonstrated both efficacy and usefulness of the developed procedure. On the other hand, studied venoms showed a heterogenic protein composition according to their electrophoretic patterns, whereas cross-reactivity values of 23,7%, 4,0% and 1,8% were obtained between B. atrox venom and B. brazili, L. muta and C. durissus venoms, respectively, using immunoenzymatic methods. According to our results, this procedure constitutes an initial step for further assays directed to optimization in immunoserum production for envenoming treatment and development of kits for diagnosis and species identification of snakes.

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En el presente trabajo se ha realizado la identificación molecular de la enzima similar a trombina (EST) del veneno de Bothrops atrox y se ha evaluado su actividad enzimática sobre diversos sustratos sintéticos. La enzima fue purificada utilizando tres pasos cromatrográficos, sobre Sephadex G-75, CM-Sephadex C-50 y Agarosa-PAB, determinándose su peso molecular por PAGE-SDS. La identificación molecular de la enzima aislada se realizó por la técnica de peptide mass fingerprinting basada en espectrometría de masas MALDI-TOF y posterior análisis in silico. Las actividades fibrinocoagulante y amidolítica fueron ensayadas sobre fibrinógeno bovino y BApNA, respectivamente, así como la hidrólisis sobre los sustratos cromogénicos específicos S-2238, S-2251 y S-2266. Como resultado de los ensayos bioquímicos y estructurales, la EST del veneno de B. atrox, presentó un peso molecular de 29,6 kDa. El análisis mediante espectrometría de masas de los péptidos obtenidos, permitió identificar a esta enzima como una venombina A, presentando una identidad del 75%. Del análisis de actividad enzimática, se obtuvo que la EST de B. atrox produjo coagulación del fibrinógeno bovino y presentó actividad sobre BApNA, S-2238 y S-2266, siendo incapaz de hidrolizar el sustrato S-2251. El empleo de estas aproximaciones estructurales y funcionales ha permitido lograr la identificación molecular del principal componente del veneno de B. atrox relacionado con su acción coagulante, así como evaluar en detalle la naturaleza de su actividad enzimática sobre diversos sustratos.

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Las serpientes que habitan la selva amazónica tienen venenos cuya composición varía con la especie. Pero existen también especies de coste y otras que son arborícolas cuyo estudio es motivo de interés para este laboratorio. En dos serpientes de costa Bothrops pictus y Bothrops rodengheri así como en una de selva, arborícola, Bothriopsis oligolepis; se ha realizado una exploración de las principales enzimas contenidas en sus venenos luego de efectuar un fraccionamiento cromatográfico. Para ello, muestras de 50 mg. De cada veneno se fraccionaron en una columna de Sephadex G-100 con buffer acetato de amonio 0.05 M, pH 7.0 analizándose luego las actividades enzimáticas de Hialuronidasa, fosfodiesterasa, 5’ nucleotidasa, Similar a Trombina, Proteasa y Fosfolipasa A2. Los resultados mostraron variaciones muy notables en los pisos de proteínas de los venenos utilizados, así como la posición relativa y la actividad de las enzimas en estudio. En el veneno de B. oligolepis se encontraron 3 picos proteicos definidos mientras que las ponzoñas de las serpientes de costa tuvieron perfiles semejantes entre sí. Así mismo las actividades de Fosfodiesterasa, 5’ Nucleotidasa y Hialuronidasa tienen los valores de Ve/ Vo más pequeños, habiéndose encontrado en B. rodengheri esta última actividad, en cambio la Fosfolipasa A2 mostró valores de Ve/Vo notablemente elevados. También se encontraron diferencias en las actividades específicas de las enzimas investigadas pudiéndose deducir a partir de ellas, el rol biológico que cumplirían durante en envenenamiento.

In the Amazonic jungle habit snakes and their venoms have different chemical composition according to species. Besides there are some snakes from coast and others habit on trees having their venoms a particular interest to our laboratory. The venoms of Bothrops pictus and Bothrops rodengheri (both snakes) as well as Bothriopsis oligolepis (tree snake) have been in investigated on enzymatical composition after a chromatographical fractionation. 50 mg of each venom were fractionated on a Sephadex G-100 column, using 0.05 M ammonium acetate pH 7.0 as eluting. Thus, Hyaluronidase, Phosphodisterase, 5’-nucleotidase, Thrombin-like Enzyme, Proteolytic and Phospholipase A2 activities were measured after that. The results showed remarkable variation on peaks of protein obtained, as well as chromatographical position and activity in each case. On B. oligolepis venom three peaks were obtained while protein profile of coast snake venoms were similar. Phosphodiesterase, 5’-nucleotidas and Hyaluronidase exhibited little Ve/Vo values, however Hyaluronidase activity was not registered in B. rodengheri. Phospholipase A showed a great V/V values in all venoms in study. In addition specific activity differences were found among the three venoms, thus a biological effect would be related to these activity values.

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