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Methods Mol Biol ; 2174: 31-43, 2021.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-32813243

RESUMO

Molecular docking is a useful and powerful computational method for the identification of potential interactions between small molecules and pharmacological targets. In reverse docking, the ability of one or a few compounds to bind a large dataset of proteins is evaluated in silico. This strategy is useful for identifying molecular targets of orphan bioactive compounds, proposing new molecular mechanisms, finding alternative indications of drugs, or predicting drug toxicity. Herein, we describe a detailed reverse docking protocol for the identification of potential targets for 4-hydroxycoumarin (4-HC). Our results showed that RAC1 is a target of 4-HC, which partially explains the biological activities of 4-HC on cancer cells. The strategy reported here can be easily applied to other compounds and protein datasets.


Assuntos
4-Hidroxicumarinas/farmacologia , Antineoplásicos/farmacologia , Ensaios de Seleção de Medicamentos Antitumorais/métodos , Simulação de Acoplamento Molecular/métodos , 4-Hidroxicumarinas/química , Antineoplásicos/química , Antineoplásicos/metabolismo , Sítios de Ligação , Simulação por Computador , Bases de Dados de Proteínas , Humanos , Ligantes , Terapia de Alvo Molecular , Conformação Proteica , Software , Proteínas rac1 de Ligação ao GTP/química , Proteínas rac1 de Ligação ao GTP/metabolismo
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