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1.
Toxicon ; 237: 107552, 2024 Jan.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-38065257

RESUMO

The state of Paraná is home to three out of the five medically significant snake genera in Brazil and lacks of snakebite epidemiology studies. This study aimed to ascertain the spatial, environmental, and socioeconomic factors associated with snakebite risk by analyzing notification data of cases in the state of Paraná. Notification and socioeconomic data were gathered from the online platforms of the National System of Notifiable Diseases (SINAN) and the Brazilian Institute of Geography and Statistics (IBGE). Land cover and land use maps were obtained from the Mapbiomas platform in raster format and subsequently converted into vectors using QGis software. The proportions of land use and land cover in square kilometers (km2) were then calculated. All acquired data were tabulated using Microsoft Excel 365 software. For spatial analysis, GeoDa software version 1.20 was utilized to calculate the Global and Local Moran indices, assessing spatial correlations. Between 2007 and 2021, 12,877 notifications were recorded, with an average incidence of 8.22/100,000 inhabitants in the state, 8166 (63.41%) caused by Bothrops, 1534 (11.91%) caused by Crotalus, 56 (0.43%) caused by Micrurus. 1703 (13.22%) caused by non-venomous snake species, and the remaining cases did not have the identified causative species. The incidents caused by Bothrops and Crotalus showed different distribution patterns. Spatial analysis revealed that key factors contributing to snakebite risk included the presence of native forests, mangroves, apicuns, and monospecific planted forests. The population group at the highest risk comprised rural residents and workers. Furthermore, the absence of basic sanitation and proper garbage collection and disposal exhibited positive correlations with snakebites. Conversely, intensive farming practices with substantial mechanization and pastures demonstrated negative spatial correlations. This study has enabled the identification of the primary factors associated with snakebite risk, facilitating more targeted efforts to prevent snakebite accidents among vulnerable populations.


Assuntos
Bothrops , Mordeduras de Serpentes , Humanos , Animais , Mordeduras de Serpentes/epidemiologia , Mordeduras de Serpentes/complicações , Brasil/epidemiologia , Serpentes , Geografia , Crotalus
2.
J Appl Microbiol ; 132(6): 4225-4235, 2022 Jun.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-35332638

RESUMO

AIMS: Develop a species-specific multiplex PCR to correctly identify Edwardsiella species in routine diagnostic for fish bacterial diseases. METHODS AND RESULTS: The genomes of 62 Edwardsiella spp. isolates available from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database were subjected to taxonomic and pan-genomic analyses to identify unique regions that could be exploited by species-specific PCR. The designed primers were tested against isolated Edwardsiella spp. strains, revealing errors in commercial biochemical tests for bacterial classification regarding Edwardsiella species. CONCLUSION: Some of the genomes of Edwardsiella spp. in the NCBI platform were incorrectly classified, which can lead to errors in some research. A functional mPCR was developed to differentiate between phenotypically and genetically ambiguous Edwardsiella, with which, we detected the presence of Edwardsiella anguillarum affecting fish in Brazil. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This study shows that the misclassification of Edwardsiella spp in Brazil concealed the presence of E. anguillarum in South America. Also, this review of the taxonomic classification of the Edwardsiella genus is a contribution to the field to help researchers with their sequencing and identification of genomes, showing some misclassifications in online databases that must be corrected, as well as developing an easy assay to characterize Edwardsiella species in an end-point mPCR.


Assuntos
Edwardsiella , Infecções por Enterobacteriaceae , Doenças dos Peixes , Animais , Brasil , Edwardsiella/genética , Edwardsiella tarda/genética , Infecções por Enterobacteriaceae/microbiologia , Infecções por Enterobacteriaceae/veterinária , Doenças dos Peixes/diagnóstico , Doenças dos Peixes/microbiologia , Peixes/microbiologia , Reação em Cadeia da Polimerase Multiplex/métodos
3.
Anim Biotechnol ; 33(4): 701-709, 2022 Aug.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-33017262

RESUMO

Jewel tetra (Hyphessobrycon eques) is a freshwater fish found in several rivers and basins in South America. The present study is the first study to create a panel of microsatellite markers for detecting genetic diversity in H. eques and evaluating the application of these markers in Serrapinnus notomelas. In total, 44 individuals were genotyped from the natural (WIL, n = 20) and stock in captivity (CAP, n = 24) population. Moreover, 19 microsatellite markers were obtained, of which only 8 loci presented a high degree polymorphism. In total, 45 alleles were detected, ranging from 126 bp (Hype2G2) to 420 bp (Hype2E2). The Hardy-Weinberg equilibrium (p < 0.05) revealed significant difference in one locus in WIL (Hype1G4) and three loci in CAP (Hype1F4, Hype2C3, and Hype2G2). Null alleles (p < 0.05) were present in only one locus (Hype1G4). The WIL and CAP populations revealed high genetic diversity during FST analysis. The cross-amplification test for S. notomelas revealed that only two loci (Hype2C3 and Hype2G2B) presented satisfactory transferability results. The developed microsatellite primers will be useful in studying the genetic diversity and population structure of H. eques in wild populations and fish farms in the Brazilian and other South American basins.


Assuntos
Genética Populacional , Repetições de Microssatélites , Alelos , Animais , Variação Genética/genética , Genótipo , Repetições de Microssatélites/genética , Polimorfismo Genético
4.
Acta amaz ; Acta amaz;50(3): 232-238, jul. - set. 2020.
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1118836

RESUMO

The genus Bryconcomprises fish species of significant socioeconomic and biological importance in Brazil. Despite that, the genetic knowledge about these species is scarce, especially regardingBrycon falcatus. Thus, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers inB. falcatus for the first time. Heterologous primers obtained from B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum were evaluated. The primers that showed the best amplification patterns were applied to a sample of 22 individuals and the genetic parameters were calculated. Nine primers displayed satisfactory cross-amplification withB. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus); Bh8, Bh13 and Bh16 (B. hilarii); Borg59 (B. orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (P. argenteus), and Cm1A8 (C. macropomum). The genetic parameters (number of alleles, effective alleles, allele richness, and expected and observed heterozygosity) and the polymorphic information content (PIC) confirmed the viability of these primers for population genetics analyses. Our study demonstrates the potential of transferability of microsatellite markers from related species and even different genera to B. falcatus, providing usefull tools for future population genetic studies in this species. (AU)


Assuntos
Variação Genética , Repetições de Microssatélites , /classificação , Genética Populacional
5.
Semina Ci. agr. ; 41(05, supl. 01): 2297-2306, 2020. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-764803

RESUMO

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.(AU)


O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.(AU)


Assuntos
Animais , Peixes/genética , Repetições de Microssatélites/genética , DNA
6.
Acta amaz. ; 50(3): 232-238, jul.-set. 2020. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-760186

RESUMO

The genusBryconcomprises fish species of significant socioeconomic and biological importance in Brazil. Despite that, the genetic knowledge about these species is scarce, especially regardingBrycon falcatus. Thus, the objective of this study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers inB. falcatus for the first time. Heterologous primers obtained from B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum were evaluated. The primers that showed the best amplification patterns were applied to a sample of 22 individuals and the genetic parameters were calculated. Nine primers displayed satisfactory cross-amplification withB. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus); Bh8, Bh13 and Bh16 (B. hilarii); Borg59 (B. orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (P. argenteus), and Cm1A8 (C. macropomum). The genetic parameters (number of alleles, effective alleles, allele richness, and expected and observed heterozygosity) and the polymorphic information content (PIC) confirmed the viability of these primers for population genetics analyses. Our study demonstrates the potential of transferability of microsatellite markers from related species and even different genera to B. falcatus, providing usefull tools for future population genetic studies in this species.(AU)


O gênero Brycon compreende um grupo de espécies de peixes de grande importância socioeconômica e biológica no Brasil. Entretanto, o conhecimento genético dessas espécies é escasso, principalmente no caso do Brycon falcatus. Diante disso, objetivou-se verificar a transferibilidade de primers heterólogos em B. falcatus. Foram avaliados primers heterólogos provenientes das espécies B. opalinus, B. hilarii, B. insignis, B. orbignyanus, B. amazonicus, Prochilodus argenteus, Prochilodus lineatus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados a uma amostra de 22 indivíduos e os parâmetros genéticos foram calculados. Nove primers apresentaram resultados satisfatórios de amplificação cruzada com B. falcatus: BoM5 (Brycon opalinus), Bh8, Bh13 e Bh16 (B. hilarii); Borg59 (Brycon orbignyanus); Bag22 (B. amazonicus); Par12 and Par80 (Prochilodus argenteus) e Cm1A8 (Colossoma macropomum). Os parâmetros genéticos (número de alelos, alelos efetivos, riqueza de alelos e heterozigosidade esperada e observada) e o conteúdo de informação polimórfica (PIC) demonstraram a viabilidade da utilização dos primers para análises genéticas populacionais. Nosso estudo demonstra o potencial de transferibilidade de marcadores microssatélites de espécies relacionadas e até de gêneros diferentes para B. falcatus, fornecendo ferramentas úteis para futuros estudos genéticos populacionais nessa espécie.(AU)


Assuntos
Animais , Caraciformes/anatomia & histologia , Caraciformes/genética , Variação Genética
7.
Semina Ci. agr. ; 41(06,supl. 2): 3249-3258, 2020. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-32589

RESUMO

The Amazonian fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most common native species in Brazil. This species has the highest production rate in the Northern region, especially in the State of Rondônia. The genetic evaluation of Tambaqui is an extremely important to increase productivity in fish farms or improve the adaptability in restocking natural populations. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of three Tambaqui broodstocks in Rondônia, Brazil. Six microsatellite markers were used to analyze a total of 89 breeders collected from three fish farms located in Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) and Presidente Médici (PM). A total of 37 alleles between 140 and 310 bp were found, including the presence of exclusive and low frequency alleles in the three broodstocks. The average values of observed heterozygosity ranged from 0.404 (PM) to 0.499 (JP). The FIS coefficient values were positive for the three broodstocks, demonstrating a deficit of heterozygotes. The Molecular Variance Analysis (AMOVA) showed greater variation within the stocks than between them. The genetic differentiation was moderate and significant between the stocks, with higher differentiation between JP x PM and lower between OP x PM. The Bayesian analysis designated an optimal value of K=3 groupings. Although there is moderate genetic diversity between broodstocks, the high FIS indicates a possible decline of diversity in the next generations, and therefore, the incorporation of new breeders is suggested to increase the genetic diversity in the three stocks.(AU)


O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JPxPM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.(AU)


Assuntos
Animais , Peixes/genética , Variação Genética
8.
Semina ciênc. agrar ; 41(05, supl. 01): 2297-2306, 2020. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1501637

RESUMO

The Amazonian Jundiá (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) is a species of catfish with social and economic importance in some South American countries such as Brazil and Colombia. Genetic evaluation of this species is limited due to the lack of specific molecular markers, hindering studies on genetic diversity and structure in animals under captive conditions or in natural populations. The objective of the present study was to evaluate the transferability of heterologous microsatellite markers in Leiarius marmoratus. Thirty-two heterologous primers were tested in L. marmoratus. The primers that presented the best standards were applied to 20 specimens, and the number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), gene diversity per Locus (GdL) and percentage of amplification failure (Md) were calculated. Eleven primers demonstrated satisfactory transferability patterns, all from the fish of the Pimelodidae family, of which, seven were monomorphic and four polymorphic. The eleven markers presented low percentage of Md (mean was 5.9% samples per locus). Na varied from one to two alleles per locus, revealing low polymorphism in the evaluated samples. The mean Ne and GdL numbers were 1.77 and 0.32, respectively. The transferability of the heterologous microsatellite loci in L. marmoratus was shown to be possible. However, further tests are needed to apply these markers inpopulation genetic studies.


O Jundiá da Amazônia (Leiarius marmoratus) (Siluliformes: Pimelodidae) é uma espécie de catfish com importância social e econômica em alguns países Sul americanos como Brasil e Colômbia. A avaliação genética dessa espécie é limitada devido a ausência de marcadores moleculares específicos para L. marmoratus, dificultando estudos sobre a diversidade e estrutura genética em animais em condições de cativeiro ou em populações naturais. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de 32 marcadores microssatélites heterólogos em Leiarius marmoratus. Os primers que apresentaram melhores padrões foram aplicados em 20 espécimes, sendo calculados o número de alelos (Na), número de alelos efetivos (Ne), diversidade gênica por Locus (GdL) e porcentagem de falha na amplificação (Md). Onze primers demonstraram padrões satisfatórios de transferibilidade, todos oriundos de peixes da família Pimelodidae, dos quais sete foram monomórficos e quatro polimórficos. Os onze marcadores apresentaram baixa porcentagem de Md (média 5,9% amostras por loco). O Na variou deum a dois alelos por loco, revelando baixo polimorfismo nas amostras avaliadas. O número médio de Ne e GdL foram 1,77 e 0,32, respectivamente. Estudos genéticos envolvendo indivíduos de diferentes regiões poderão apresentar novos alelos e maior número de loci polimórficos. A transferibilidade de loci microssatélites heterólogos em L. marmoratus se mostrou possível, no entanto, novos testes são necessários para aplicação desses marcadores em estudos genéticos populacionais.


Assuntos
Animais , DNA , Peixes/genética , Repetições de Microssatélites/genética
9.
Semina ciênc. agrar ; 41(06,supl. 2): 3249-3258, 2020. tab, ilus
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1501683

RESUMO

The Amazonian fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most common native species in Brazil. This species has the highest production rate in the Northern region, especially in the State of Rondônia. The genetic evaluation of Tambaqui is an extremely important to increase productivity in fish farms or improve the adaptability in restocking natural populations. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of three Tambaqui broodstocks in Rondônia, Brazil. Six microsatellite markers were used to analyze a total of 89 breeders collected from three fish farms located in Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) and Presidente Médici (PM). A total of 37 alleles between 140 and 310 bp were found, including the presence of exclusive and low frequency alleles in the three broodstocks. The average values of observed heterozygosity ranged from 0.404 (PM) to 0.499 (JP). The FIS coefficient values were positive for the three broodstocks, demonstrating a deficit of heterozygotes. The Molecular Variance Analysis (AMOVA) showed greater variation within the stocks than between them. The genetic differentiation was moderate and significant between the stocks, with higher differentiation between JP x PM and lower between OP x PM. The Bayesian analysis designated an optimal value of K=3 groupings. Although there is moderate genetic diversity between broodstocks, the high FIS indicates a possible decline of diversity in the next generations, and therefore, the incorporation of new breeders is suggested to increase the genetic diversity in the three stocks.


O peixe amazônico Tambaqui (Colossoma macropomum) é a espécie nativa mais produzida no Brasil. Esta espécie é a mais criada na região Norte, principalmente no Estado de Rondônia. A avaliação genética de Tambaqui é extremamente importante para aumentar a produtividade nas pisciculturas ou melhorar a adaptabilidade no repovoamento de populações naturais. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética de três estoques de Tambaqui em Rondônia, Brasil. Seis marcadores microssatélites foram utilizados para analisar um total de 89 reprodutores coletados em três pisciculturas localizadas em Ji-Paraná (JP), Ouro Preto do Oeste (OP) e Presidente Médici (PM). Foram encontrados 37 alelos entre 140 e 310 pb, incluindo a presença de alelos exclusivos e de baixa frequência nas três ninhadas. Os valores médios de heterozigosidade observada variaram de 0,404 (PM) a 0,499 (JP). Os valores do coeficiente de FIS foram positivos para as três ninhadas, demonstrando déficit de heterozigotos. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) mostrou maior variação dentro dos estoques do que entre eles. A diferenciação genética foi moderada e significativa entre os estoques, com maior diferenciação entre JPxPM e menor entre OP x PM. A análise bayesiana designou um valor ótimo de K = 3 agrupamentos. Embora exista uma diversidade genética moderada entre os filhotes, o alto SIF indica um possível declínio da diversidade nas próximas gerações e, portanto, sugere-se a incorporação de novos criadores para aumentar a diversidade genética nos três estoques.


Assuntos
Animais , Peixes/genética , Variação Genética
10.
Semina Ci. agr. ; 40(1): 503-510, Jan.-Feb. 2019. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-19428

RESUMO

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits.(AU)


Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p<0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.(AU)


Assuntos
Animais , Caraciformes/genética , Variação Genética , Frequência do Gene , Alelos , Triagem de Portadores Genéticos , Migração Animal , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Repetições de Microssatélites
11.
Semina ciênc. agrar ; 40(1): 503-510, 2019. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: biblio-1501337

RESUMO

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits.


Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p<0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.


Assuntos
Animais , Alelos , Caraciformes/genética , Frequência do Gene , Triagem de Portadores Genéticos , Variação Genética , Migração Animal , Reação em Cadeia da Polimerase/veterinária , Repetições de Microssatélites
12.
Ci. Rural ; 48(11): e20180412, Nov. 29, 2018. tab
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-20659

RESUMO

Brycon gouldingi is a species of neotropical fish of socioeconomic and environmental importance in the Tocantins-Araguaia Basin. Genetic studies on this species are still limited, making it difficult to evaluate the population structure and genetic diversity in natural and captive stocks. Here, we aimed to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers in B. gouldingi. A total of 30 primers for eight species were evaluated: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum. The primers that showed the best amplification patterns were applied to 20 specimens of B. gouldingi, and their genetic parameters were assessed. Among the 30 primers, seven showed satisfactory transferability, six of which belonged to the genus Brycon: Bh13 (B. hilarii), BoM5, BoM13 (B. opalinus), Borg9, Borg13, and Borg59 (B. orbignyanus), and one belonged to P. argenteus (Par80). The primers for the other species tested showed non-specificity or monomorphism; and were therefore, excluded from the analyses. The number of alleles ranged between two (Borg13 and Borg59) and three (Bh13, BoM5, BoM13, Borg9 and Par80), with sizes varying between 103 bp (BoM5) and 430 bp (Borg9). Four primers showed evidence of null alleles (BoM13, Borg9, Borg13, and Par80), which could probably be attributed to the respective Hardy-Weinberg deviation. Thus, seven primers were validated for cross-amplification in B. gouldingi, which may be used in future studies involving this species.(AU)


Brycon gouldingi é uma espécie de peixe neotropical com importância socioeconômica e ambiental na Bacia do Tocantins-Araguaia. Estudos genéticos nessa espécie ainda são escassos, dificultando o conhecimento sobre a estrutura populacional e a diversidade genética nos estoques naturais e em cativeiro. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em B. gouldingi. Foram avaliados um total de 30 primers de oito espécies: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados em 20 espécimes de B. gouldingi para os cálculos dos parâmetros genéticos. Sete dos 30 primers apresentaram resultados satisfatórios de transferibilidade, sendo seis oriundos do gênero Brycon: Bh13 (B. hilarii), BoM5, BoM13 (B. opalinus), Borg9, Borg13 e Borg59 (B. orbignyanus), e um oriundo de P. argenteus (Par80). Os primer das outras espécies testados mostraram inespecificidade ou monomorfismo, sendo excluídos das análises. O número de alelos variou de dois (Borg13 e Borg59) a três (Bh13, BoM5, BoM13, Borg9 e Par80), com tamanhos entre 103 pb (BoM5) e 430 pb (Borg9). Quatro primers apresentaram evidências de alelos nulos (BoM13, Borg9, Borg13 e Par80), o que provavelmente inferiu sobre o desvio de Hardy-Weinberg nos mesmos. Concluindo, sete primers foram validados para a amplificação cruzada em B. gouldingi e poderão ser utilizados em futuros estudos com essa espécie.(AU)


Assuntos
Animais , Characidae/genética , Characidae/classificação , Amplificação de Genes , Primers do DNA , Repetições de Microssatélites
13.
Ciênc. rural (Online) ; 48(11): e20180412, 2018. tab
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1045026

RESUMO

ABSTRACT: Brycon gouldingi is a species of neotropical fish of socioeconomic and environmental importance in the Tocantins-Araguaia Basin. Genetic studies on this species are still limited, making it difficult to evaluate the population structure and genetic diversity in natural and captive stocks. Here, we aimed to evaluate the transferability of heterologous microsatellite primers in B. gouldingi. A total of 30 primers for eight species were evaluated: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus, and Colossoma macropomum. The primers that showed the best amplification patterns were applied to 20 specimens of B. gouldingi, and their genetic parameters were assessed. Among the 30 primers, seven showed satisfactory transferability, six of which belonged to the genus Brycon: Bh13 (B. hilarii), BoM5, BoM13 (B. opalinus), Borg9, Borg13, and Borg59 (B. orbignyanus), and one belonged to P. argenteus (Par80). The primers for the other species tested showed non-specificity or monomorphism; and were therefore, excluded from the analyses. The number of alleles ranged between two (Borg13 and Borg59) and three (Bh13, BoM5, BoM13, Borg9 and Par80), with sizes varying between 103 bp (BoM5) and 430 bp (Borg9). Four primers showed evidence of null alleles (BoM13, Borg9, Borg13, and Par80), which could probably be attributed to the respective Hardy-Weinberg deviation. Thus, seven primers were validated for cross-amplification in B. gouldingi, which may be used in future studies involving this species.


RESUMO: Brycon gouldingi é uma espécie de peixe neotropical com importância socioeconômica e ambiental na Bacia do Tocantins-Araguaia. Estudos genéticos nessa espécie ainda são escassos, dificultando o conhecimento sobre a estrutura populacional e a diversidade genética nos estoques naturais e em cativeiro. O objetivo do presente estudo foi avaliar a transferibilidade de primers microssatélites heterólogos em B. gouldingi. Foram avaliados um total de 30 primers de oito espécies: Brycon hilarii, Brycon opalinus, Brycon cephalus, Brycon orbignyanus, Prochilodus lineatus, Prochilodus argenteus, Piaractus mesopotamicus e Colossoma macropomum. Os primers que demonstraram melhores padrões de amplificação foram aplicados em 20 espécimes de B. gouldingi para os cálculos dos parâmetros genéticos. Sete dos 30 primers apresentaram resultados satisfatórios de transferibilidade, sendo seis oriundos do gênero Brycon: Bh13 (B. hilarii), BoM5, BoM13 (B. opalinus), Borg9, Borg13 e Borg59 (B. orbignyanus), e um oriundo de P. argenteus (Par80). Os primer das outras espécies testados mostraram inespecificidade ou monomorfismo, sendo excluídos das análises. O número de alelos variou de dois (Borg13 e Borg59) a três (Bh13, BoM5, BoM13, Borg9 e Par80), com tamanhos entre 103 pb (BoM5) e 430 pb (Borg9). Quatro primers apresentaram evidências de alelos nulos (BoM13, Borg9, Borg13 e Par80), o que provavelmente inferiu sobre o desvio de Hardy-Weinberg nos mesmos. Concluindo, sete primers foram validados para a amplificação cruzada em B. gouldingi e poderão ser utilizados em futuros estudos com essa espécie.

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