RESUMO
OBJECTIVES: The present study aimed to contribute to the catalog of genetic mutations involved in the carcinogenic processes of uterine sarcomas (USs) and carcinosarcomas (UCSs), which may assist in the accurate diagnosis of, and selection of treatment regimens for, these conditions. METHODS: We performed gene-targeted next-generation sequencing (NGS) of 409 cancer-related genes in 15 US (7 uterine leiomyosarcoma [ULMS], 7 endometrial stromal sarcoma [ESS], 1 adenosarcoma [ADS]), 5 UCS, and 3 uterine leiomyoma (ULM) samples. Quality, frequency, and functional filters were applied to select putative somatic variants. RESULTS: Among the 23 samples evaluated in this study, 42 loss-of-function (LOF) mutations and 111 missense mutations were detected, with a total of 153 mutations. Among them, 66 mutations were observed in the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) database. TP53 (48%), ATM (22%), and PIK3CA (17%) were the most frequently mutated genes. With respect to specific tumor subtypes, ESS showed mutations in the PDE4DIP, IGTA10, and DST genes, UCS exhibited mutations in ERBB4, and ULMS showed exclusive alterations in NOTCH2 and HER2. Mutations in the KMT2A gene were observed exclusively in ULM and ULMS. In silico pathway analyses demonstrated that many genes mutated in ULMS and ESS have functions associated with the cellular response to hypoxia and cellular response to peptide hormone stimulus. In UCS and ADS, genes with most alterations have functions associated with phosphatidylinositol kinase activity and glycerophospholipid metabolic process. CONCLUSION: This preliminary study observed pathogenic mutations in US and UCS samples. Further studies with a larger cohort and functional analyses will foster the development of a precision medicine-based approach for the treatment of US and UCS.
Assuntos
Carcinossarcoma , Sarcoma , Neoplasias Uterinas , Brasil , Carcinossarcoma/genética , Feminino , Humanos , Mutação , Sarcoma/genética , Neoplasias Uterinas/genéticaRESUMO
OBJECTIVES: The present study aimed to contribute to the catalog of genetic mutations involved in the carcinogenic processes of uterine sarcomas (USs) and carcinosarcomas (UCSs), which may assist in the accurate diagnosis of, and selection of treatment regimens for, these conditions. METHODS: We performed gene-targeted next-generation sequencing (NGS) of 409 cancer-related genes in 15 US (7 uterine leiomyosarcoma [ULMS], 7 endometrial stromal sarcoma [ESS], 1 adenosarcoma [ADS]), 5 UCS, and 3 uterine leiomyoma (ULM) samples. Quality, frequency, and functional filters were applied to select putative somatic variants. RESULTS: Among the 23 samples evaluated in this study, 42 loss-of-function (LOF) mutations and 111 missense mutations were detected, with a total of 153 mutations. Among them, 66 mutations were observed in the Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC) database. TP53 (48%), ATM (22%), and PIK3CA (17%) were the most frequently mutated genes. With respect to specific tumor subtypes, ESS showed mutations in the PDE4DIP, IGTA10, and DST genes, UCS exhibited mutations in ERBB4, and ULMS showed exclusive alterations in NOTCH2 and HER2. Mutations in the KMT2A gene were observed exclusively in ULM and ULMS. In silico pathway analyses demonstrated that many genes mutated in ULMS and ESS have functions associated with the cellular response to hypoxia and cellular response to peptide hormone stimulus. In UCS and ADS, genes with most alterations have functions associated with phosphatidylinositol kinase activity and glycerophospholipid metabolic process. CONCLUSION: This preliminary study observed pathogenic mutations in US and UCS samples. Further studies with a larger cohort and functional analyses will foster the development of a precision medicine-based approach for the treatment of US and UCS.
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Humanos , Feminino , Sarcoma/genética , Neoplasias Uterinas/genética , Carcinossarcoma/genética , Brasil , MutaçãoRESUMO
AIM: The aim of the study was to evaluate the use of global and gene-specific DNA methylation changes as potential biomarkers for gallbladder cancer (GBC) in a cohort from Chile. MATERIAL & METHODS: DNA methylation was analyzed through an ELISA-based technique and quantitative methylation-specific PCR. RESULTS: Global DNA Methylation Index (p = 0.02) and promoter methylation of SSBP2 (p = 0.01) and ESR1 (p = 0.05) were significantly different in GBC when compared with cholecystitis. Receiver curve operator analysis revealed promoter methylation of APC, CDKN2A, ESR1, PGP9.5 and SSBP2, together with the Global DNA Methylation Index, had 71% sensitivity, 95% specificity, a 0.97 area under the curve and a positive predictive value of 90%. CONCLUSION: Global and gene-specific DNA methylation may be useful biomarkers for GBC clinical assessment.
Assuntos
Colecistite/diagnóstico , Metilação de DNA , Neoplasias da Vesícula Biliar/diagnóstico , Adulto , Idoso , Idoso de 80 Anos ou mais , Linhagem Celular Tumoral , Chile , Colecistite/genética , Feminino , Neoplasias da Vesícula Biliar/genética , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Técnicas de Diagnóstico Molecular , Regiões Promotoras Genéticas , Curva ROC , Análise de Sequência de DNARESUMO
O carcinoma de pênis é um tumor pouco frequente. No entanto, em países em desenvolvimento o trata-se uma doença comum e em algumas regiões é o câncer mais frequente em homens. O principal fator clínico para determinação do prognóstico é a presença de metástases linfonodais, que está associada a redução significativa da sobrevida dos pacientes com câncer de pênis. Porém, até o presente momento não foi possível estabelecer marcadores clínicos ou moleculares de prognóstico. No presente estudo, foi avaliada a presença de hipermetilação nos genes CDKN2A e MGMT em amostras de carcinoma epidermóide (CE) de pênis. Além disso, os níveis de expressão das proteínas codificadas por esses genes (p16 e MGMT, respectivamente) foram quantificados e sua associação com o status de metilação do gene avaliada. A frequência de hipermetilação, o padrão de expressão e os dados clínicos e anatomopatológicos foram analisados na tentativa de identificar possíveis marcadores de prognóstico para os pacientes com CE de pênis. A frequência de hipermetilação dos genes CDKN2A e MGMT foi avaliada em 128 amostras incluídas em parafina. Nenhum dos casos apresentou metilação do gene CDKN2A e o gene MGMT apresentou-se metilado em 57,4% dos casos. A análise dos níveis de expressão das proteínas p16 e MGMT, em 351 casos, indicou que em 33,2% e 12,6%, respectivamente, ocorreu redução na expressão proteica. Não houve associação entre a presença de hipermetilação do gene MGMT e a expressão da proteína. Níveis reduzidos de expressão de MGMT foram mais frequentes em pacientes com tumores com espessura maior do que 5 milímetros e em pacientes com linfonodos positivos ao exame clínico. Dentre os fatores clínicos e anatomopatológicos, o estadiamento N clínico, o grau de diferenciação do tumor e a invasão perineural se mostraram variáveis independentes de risco para a ocorrência de metástases linfonodais e para redução da sobrevida. ...
Assuntos
Humanos , Masculino , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Imuno-Histoquímica , Metilação de DNA , Neoplasias PenianasRESUMO
Os cânceres de cabeça e pescoço encontram-se entre os dez tipos mais freqüentes, sendo que a variante mais comum é o carcinoma epidermóide (CE) localizado em vias aerodigestivas superiores (VADS). As estratégias terapêuticas para o CE da cabeça e pescoço baseiam-se fundamentalmente na localização do tumor e no sistema de estadiamento TNM. Entretanto, em muitos casos, tumores com mesmo estadiamento clínico e localização, tratados pelo mesmo método, apresentam padrões de evolução diferentes. O conhecimento mais amplo do comportamento biológico dos CE de VADS pode permitir um delineamento mais claro da progressão tumoral. Assim sendo, atualmente, buscam-se metodologias e técnicas laboratoriais variadas, capazes de auxiliar na determinação do prognóstico dos pacientes com câncer e do seu seguimento, com a finalidade de se adequar a terapêutica ao grau de agressividade biológica da lesão tratada. A presença de hipermetilação na região promotora dos genes tem sido considerada um marcador para vários tumores, incluindo os localizados nas VADS. Por essa razão, o presente trabalho teve por objetivo analisar o perfil de hipermetilação dos genes em amostras tumorais incluídas em parafina provenientes de pacientes submetidos a tratamento cirúrgico de CE das VADS no Hospital do Câncer A.C. Camargo (HCACC), visando verificar a utilidade da metilação como marcador molecular para os CE das VADS. Os dados obtidos 9 foram comparados aos resultados descritos para os mesmos genes em amostras de pacientes tratados na Johns Hopkins University (JHU), com o objetivo de identificar possíveis diferenças populacionais e verificar se a hipermetilação desses genes pode ser empregada como marcador tumoral em ambas as populações (americana e brasileira). Foram analisadas nesse estudo 64 amostras através da técnica de PCR quantitativa específica para metilação. Foi possível detectar a hipermetilação de pelo menos um gene em 33 (46,9%) das amostras, com as seguintes freqüências para cada um dos genes: 29,0% para CCNA1; 16,1% para DAPK; 14,5% para TIMP3; 11,3% para AIM-1 e ESR; 10,6% para DCC; 8,1% para MGMT; 4,7% para P16INKa; e 3,6% para MINT31. Quando essas freqüências foram comparadas àquelas obtidas no estudo da JHU, para o mesmo número de amostras, as freqüências foram significativamente diferentes para 7 dos genes, com exceção do AIM-1 e P16INKa. Foi possível correlacionar a hipermetilação nos promotores dos genes P16INKa e MGMT com o consumo de álcool (p=0,021 e p=0,023, respectivamente) e, dos genes TIMP3 e DCC, com tumores de orofaringe (p=0,030 e p=0,044, respectivamente), quando os dois grupos de amostras foram avaliados na sua totalidade. Não foi possível verificar associação significativa entre a hipermetilação dos promotores gênicos e parâmetros clínicos para os casos provenientes do HCACC. Para as amostras do estudo da JHU, a hipermetilação do gene P16INKa está associada ao consumo de álcool (p=0,031). As diferenças presentes nas comparações entre os dois grupos de amostras sugere a possível existência de diferenças populacionais. No entanto, não podem ser descartadas diferenças inerentes da utilização de aparelhos distintos de PCR em tempo-real nas análises dos dois grupos de amostras.
Head and neck carcinomas are among the most frequent tumor types worldwide and the most common variant is the squamous cell carcinoma from the upper aerodigestive tract (HNSCC). Therapeutic strategies for HNSCC are based on tumor site and TNM stage. However, tumors from the same site, showing the same clinical staging and treated by the same approaches usually present different progression patterns. A profound knowledge about HNSCC behavior would allow an adequate tumor progression prediction. For this reason, many studies aim to establish experimental approaches to help in prognostic and follow-up prediction, trying to adequate therapeutics to tumor aggressiveness. Promoter hypermethylation is considered a tumor marker in a variety of malignant neoplasias, including HNSCC. The objective of this work was to analyze the hypermethylation profile of the genes P16INKa, MGMT, DAPK, MINT31, CCNA1, TIMP-3, ESR, AIM-1 e DCC in paraffin embedded tumor samples of HNSCC from patients surgically treated at Hospital do Câncer A.C. Camargo (HCACC), to try to prove hypermethylation detection as a molecular marker in HNSCC. The results were compared to those described for Johns Hopkins University's patients to verify the existence of population differences and if methylation in theses genes can be used as tumor marker in both populations (American and Brazilian). Sixty four samples were analyzed by quantitative 11 methylation specific PCR. It was possible to detect hypermethylation for at least one gene in 33 (46.9%) samples, with the following frequencies: 29.0% for CCNA1; 16.1% for DAPK; 14.5% for TIMP3; 11.3% for AIM-1 and ESR; 10.6% for DCC; 8.1% for MGMT; 4.7% for P16INKa; and 3.6% for MINT31. When these frequencies were compared to those from the JHU work, considering the same sample size, they were statistically different for 7 genes, with exceptions to AIM-1 and P16INKa. When the two groups of samples were analyzed together it was possible to associate 16INKa and MGMT promoter hypermethylation to alcohol consumption (p=0.021 and p=0.023, respectively) and TIMP3 and DCC to oropharynx tumors (p=0.030 and p=0.044, respectively). The analysis for the samples from HCACC showed no significantly correlations for promoter hypermethylation and clinical parameters. Promoter hypermethylation of P16INKa in the samples from JHU was associated to alcohol consumption (p=0.031). The differences observed in the comparisons between the two groups of samples suggest that population differences should exist.However, differences inherent to the use of different real-time PCR equipments in the analysis of the two groups of samples cannot be discarded.