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The profitability of the beef cattle production system relies heavily on reproductive traits. Unfortunately, certain traits, such as age at first calving (AFC), calving interval (CI), and gestation length (GL), can pose challenges in traditional breeding programs because of their low heritability (0.01-0.12) and sex-limited characteristics. Another important aspect is the conservation of the genetic resources of animals adapted to the Colombian regions, which implies the preservation and rational use of the creole breeds in the country market. Therefore, this study aimed to identify genomic regions in the creole cattle breed Blanco Orejinegro (BON) that influence the reproductive traits in females. The dataset comprised 439 animals and 118,116 single-nucleotide polymorphisms' (SNPs) markers. The GS3 program was used to identify the SNP effects employing the BAYES Cπ methodology. The number of SNPs with effect for AFC was 25, 1527 for CI, and 23 for GL. Some of the genes found associated with reproductive and growth traits as well as immune response and environmental adaptation ECE1, EPH, EPHB2, SMARCAL1, IGFBP5, IGFBP2, FCGRT, EGFR, MUL1, PINK1, STPG1, CNGB1, TGFB1, OXTR, IL22RA1, MYOM3, OXTR, CNR2, HIVEP3, CTPS1, CXCL8, FCGRT, MREG, TMEM169, PECR, and MC1R. Our results evidenced a high contribution of the genetic architecture of the Colombian creole cattle breed Blanco Orejinegro that may impact should be included in implementing genetic improvement and conservation programs.

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Neosporosis is a parasitic disease that causes abortions and economic losses in bovine production systems, but no studies have been found concerning its effect on the Creole cattle breed, Blanco Orejinegro (BON). The aim of this research was to establish the serological status of Colombian BON cattle against Neospora caninum and to determine the factors associated with seropositivity. Blood samples were taken from 363 animals from 13 herds in six states of Colombia, and analyzed by indirect ELISA using a commercial test. Information on sex, herd, generation group, and state was recorded. A survey was carried out with 26 questions related to productive, reproductive, and health factors per herd. A logistic regression analysis was performed and the ORs for significantly associated variables were estimated using the R software. General seropositivity of 73.5% (95% CI 68.6-77.9%) was obtained, and sex, age group, and herd were the variables significantly associated with seropositivity (p < 0.05). For the sex variable, seroprevalence levels of 79.6% (95% CI 74.3-84.1%) were recorded for females and 54.5% (95% CI 43.6-65.1%) for males. Herd seroprevalence varied between 58.3 and 95.8%, and the last generation showed the lowest positivity (51.2%, 95% CI 42.1-60.2%). The inadequate disposal of fetuses was a risk factor, while carrying out serological tests to new animals that enter the herd, the use of new gloves and palpation utensils for each animal, supplementation, and stabling were stated as protective factors. No effect of positivity was found in the last calving interval. The implementation of bovine neosporosis control programs to support breeding and conservation programs of the BON breed in Colombia is recommended.

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The Colombian creole cattle breed Blanco Orejinegro (BON) is an important zoogenetic resource, but there is little knowledge about the genetic parameters and trends of its reproductive traits. Therefore, the aim of this study was to estimate parameters for the reproductive traits calving interval (CI), age at first calving (AFC), gestation duration (GD) and genetic trends for CI in the BON breed. Genealogy information from 7,799 animals was used, and employing the MTDFREML program, the components of the variance, heritability (h2), repeatability (rep), and estimated breeding values (EBV) for CI (n=3308), AFC (n=729), and GD (n=306) were estimated, in addition to the inbreeding coefficient (F) of the population. Genetic trends were established through linear regression using R software. Finally, the animals were classified as inbred (F > 0) and noninbred (F=0), and the effect of inbreeding on reproductive performance was established through a generalized linear model using the R program. An average F value of 4.41%±0.06 was observed. The h2 for CI was 0.11±0.03 with a rep of 0.15±0.04; for AFC, h2 was 0.00±0.05; and for GD, h2 was 0.00±0.08. The genetic trend for CI was -0.01 days/year. Finally, for CI, inbreeding depression was evident; this trait increased when inbreeding increased. These results indicate an important environmental influence on reproductive traits. The heritability estimate for CI suggests that little genetic progress could be achieved through selection. The evidence of inbreeding depression raises the need to control inbreeding to conserve this genetic resource.(AU)

O gado crioulo colombiano Blanco Orejinegro (BON) é um importante recurso zoogenético, mas ainda há desconhecimento sobre os parâmetros e tendências genéticas das características reprodutivas dessa raça. Portanto, o objetivo deste estúdio foi estimar parâmetros e tendências genéticas para características reprodutivas intervalo de partos (IDP), idade ao primeiro parto (IPP) e duração da gestação (DG) na raça BON. A informação da genealogia de 7,799 animais foi usada. Utilizando o programa MTDFREML foram estimados os componentes de variância, herdabilidade (h2), repetibilidade (rep) e valores genéticos (VGE), para IDP (n=3308), IPP (n=729) e DG (n=306), além do coeficiente de endogamia (F) na população. As tendências genéticas foram determinadas por regressão linear usando o software R. Finalmente, os animais foram classificados como endogâmicos (F > 0) e não endogâmicos (F=0) e o efeito da endogamia no desempenho reprodutivo foi determinado usando um modelo linear generalizado usando R. Observouse um F médio de 4,41%+0,06. A h2 para IDP foi 0,11±0,03 com uma repetibilidade de 0,15±0,04; para IPP a h2 foi 0,00 ± 0,05; e para DG a h2 foi 0,00 ± 0,08. A tendência genética para IDP foi -0,01 dias/ano. Finalmente, para o IDP, a depressão por endogamia foi evidente, aumentando o IDP com o aumento da endogamia. Os resultados indicam uma importante influência ambiental nas características reprodutivas. A herdabilidade estimada para o IDP sugere que pouco ganho genético pode ser alcançado através da seleção, embora a depressão endogâmica evidencie a necessidade de controlar a consanguinidade para conservar o recurso genético.(AU)

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The cattle breed Blanco Orejinegro (BON) is an important animal genetic resource in Colombia that needs to be studied to identify its productive benefits for Colombian livestock. The aim of this work was to establish the best linear model that explains the variability for birth weight, weaning weight and yearling weight, and estimate the effect of the serological status for Bovine Viral Diarrhea (BVD) and Bovine Leukosis (BL) in BON cattle in Colombia. The information on animal weighings belonging to 14 BON cattle herds, was collected and cleansed. Using the least squares method, 12 linear models were evaluated including as fixed effects, factors such as herd, sex, weighing month, birth order, season (rainy or dry), birth year, and contemporary group (formed by the concatenation of the factors herd, sex, and birth year). The weighing age was included as a covariate for weaning and yearling weights. For the selection of a model that best describes each parameter, the criteria for choosing models, such as Akaike information criterion (AIC), Bayesian Information criterion (BIC), coefficient of determination (R2 ), and the sum of squares of the error (SSE), were considered. The model that included the contemporary group showed the best fit, being also the best to describe the three parameters evaluated, since, of the four criteria considered for its evaluation, AIC and SSE showed the lowest values and the highest R2 . With this model, weight predictions with higher precision were able to be performed. Employing indirect ELISA screening tests of blood plasma, the serological status of each animal was estimated for BVD and BL viral infections. The serological status of these two viral infections was included in the best-fit model. There was no significant effect of the serological status on the parameters evaluated, so there are indications that animals that came in contact with the virus were not affected during growth.(AU)

A raça bovina Blanco Orejinegro (BON) é um importante recurso genético animal da Colômbia que requer estudos que identifiquem seus benefícios produtivos para a bovinocultura colombiana. O objetivo deste trabalho foi identificar o melhor modelo linear que explique a variabilidade do peso ao nascimento, ao desmame e ao ano e estimar o efeito do status sorológico para diarréia viral (BVD) e leucose bovina (BL) em gado BON da Colômbia. As informações sobre a pesagem de animais pertencentes a 14 fazendas dedicadas à criação de BON foram coletadas e depuradas. Utilizando o método dos mínimos quadrados, foram avaliados 12 modelos lineares nos quais foram incluídos como efeitos fixos fatores de rebanho, sexo, mês de pesagem, ordem de parição, época de nascimento (chuvosa ou seca), ano de nascimento e grupo de contemporâneos; a idade no momento da pesagem foi incluída como covariável para as características peso ao desmame e peso ao ano. Para a escolha do modelo que melhor descreve cada característica, foram considerados os critérios para escolha dos modelos AIC, BIC, coeficiente de determinação (R2 ) e soma dos quadrados dos erros (SCE). Verificou-se que o modelo que incluía o grupo de contemporâneos apresentou o melhor ajuste, sendo o melhor para descrever as três características avaliadas, uma vez que, dentre os quatro critérios levados em consideração para a sua avaliação, o AIC e a SCE apresentaram os menores valores e os R2 mais altos. Com este modelo, foi possível fazer predições de peso com maior acurácia. Os testes ELISA de rastreamento indireto estimaram o status sorológico de cada animal para infecções virais por BVD e BL. O efeito do status sorológico nessas duas infecções virais foi incluído no modelo que apresentou melhor ajuste. Não houve efeito do status sorológico sobre as características avaliadas, portanto há indicações de que os animais que tiveram contato com o vírus não foram afetados durante o crescimento.(AU)

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The objective of this study was to determine the genome association between markers of bovine LD BeadChip with dairy important traits. Information of breeding program of the Universidad Nacional de Colombia was used. BLUP-EBVs were used for dairy yield (DY), fat percentage (FP), proteinpercentage (PP) and somatic cell score (SCS). 150 animals were selected for blood or semen DNA extraction and genotyping with BovineLD BeadChip (Illumina). Autosomal information was retained and the editing information was performed using Plink v1.07 software. The effects of SNPs were determined by Bayes C with GS3 software. The minor allele frequency for most of the markers on the bead chip was high, which increases the probability of finding important loci segregating in the population. Estimations of fraction markers with an effect were close to zero in almost all cases. The most important markers were mapped by trait using ENSEMBL. A total of 6,510 autosomal SNPs were retained, out of which only a proportion with effect was taken from the mixed function of Bayes C. Important genes as ANKS1B, CLCN1, NMBR and CTSD, were found for each trait for AL, FP, PP and SCS respectively. Finally, Bayes C estimation allowed to identify specific SNPs possibly associated with QTLs.

O Objetivo deste estudo foi determinar a associação genômica entre os marcadores do chip bovino LD (LD BeadChip) com características importantes na produção de leite. Foram utilizadas informações do programa de melhoramento genético da Universidade Nacional de Colômbia. BLUPEBVs foram utilizados para a produção de leite (DY), porcentagem de gordura (FP), porcentagem deproteína (PP) e escore de células somáticas (SCS). 150 animais foram selecionados para extração de DNAdo sangue ou sêmen e genotipados com o chip BovineLD (Illumina). A informação autossômica foi mantidae a edição da informação foi executada usando o programa Plink v1.07. Os efeitos dos SNPs foram determinados por Bayes C com o programa GS3. A frequência do alelo menor para a maioria dos marcadores no chip foi alta, o que aumenta a probabilidade de encontrar locos importantes segregando na população. As estimativas da fração de marcadores, com efeito, foram próximas de zero em quase todas as situações. Os marcadores mais importantes foram mapeados com ENSEMBL. Um total de 6510 SNPs autossômicos foram preservados, dos quais apenas uma proporção foi tomada com efeito a partir da função mista de Bayes C. Para cada característica foram encontrados genes importantes, como ANKS1B, CLCN1, NMBR e CTSD, para AL, FP, PP e SCS, respectivamente. Finalmente, a estimativa de Bayes-C permitiu aidentificação de SNPs com possível associação com QTLs.

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The objective of this study was to determine the genome association between markers of bovine LD BeadChip with dairy important traits. Information of breeding program of the Universidad Nacional de Colombia was used. BLUP-EBVs were used for dairy yield (DY), fat percentage (FP), proteinpercentage (PP) and somatic cell score (SCS). 150 animals were selected for blood or semen DNA extraction and genotyping with BovineLD BeadChip (Illumina). Autosomal information was retained and the editing information was performed using Plink v1.07 software. The effects of SNPs were determined by Bayes C with GS3 software. The minor allele frequency for most of the markers on the bead chip was high, which increases the probability of finding important loci segregating in the population. Estimations of fraction markers with an effect were close to zero in almost all cases. The most important markers were mapped by trait using ENSEMBL. A total of 6,510 autosomal SNPs were retained, out of which only a proportion with effect was taken from the mixed function of Bayes C. Important genes as ANKS1B, CLCN1, NMBR and CTSD, were found for each trait for AL, FP, PP and SCS respectively. Finally, Bayes C estimation allowed to identify specific SNPs possibly associated with QTLs.(AU)

O Objetivo deste estudo foi determinar a associação genômica entre os marcadores do chip bovino LD (LD BeadChip) com características importantes na produção de leite. Foram utilizadas informações do programa de melhoramento genético da Universidade Nacional de Colômbia. BLUPEBVs foram utilizados para a produção de leite (DY), porcentagem de gordura (FP), porcentagem deproteína (PP) e escore de células somáticas (SCS). 150 animais foram selecionados para extração de DNAdo sangue ou sêmen e genotipados com o chip BovineLD (Illumina). A informação autossômica foi mantidae a edição da informação foi executada usando o programa Plink v1.07. Os efeitos dos SNPs foram determinados por Bayes C com o programa GS3. A frequência do alelo menor para a maioria dos marcadores no chip foi alta, o que aumenta a probabilidade de encontrar locos importantes segregando na população. As estimativas da fração de marcadores, com efeito, foram próximas de zero em quase todas as situações. Os marcadores mais importantes foram mapeados com ENSEMBL. Um total de 6510 SNPs autossômicos foram preservados, dos quais apenas uma proporção foi tomada com efeito a partir da função mista de Bayes C. Para cada característica foram encontrados genes importantes, como ANKS1B, CLCN1, NMBR e CTSD, para AL, FP, PP e SCS, respectivamente. Finalmente, a estimativa de Bayes-C permitiu aidentificação de SNPs com possível associação com QTLs.(AU)

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