RESUMO
A genetic map provides insight into genome organization and chromosomal location of markers and genes, and is important for quantitative trait loci (QTL) mapping. The objective of this study was to use a Brazilian resource population to construct a linkage map for chicken chromosome 1. Eighty microsatellite markers were tested and 26 informative markers were typed in an experimental F2 population developed by two generations of crossbreeding between a broiler sire line and a layer line. A total of 649 F2 individuals from seven full-sib families with about 95 F2 offspring each were genotyped. Multi-locus linkage analysis resulted in a chromosome 1 map of 26 ordered markers. Locus order was in general agreement with other published linkage maps, except for two discrepancies: 1) order of loci MCW10 and MCW208 was reversed in this map relative to the Wageningen linkage map, 2) markers ADL234 and LEI68, that were mapped to the same position in Compton, East Lansing and Wageningen populations, were separated by a distance of 5.9 centimorgans in our population. The higher number of informative meioses from our population could explain these differences. This map is an important first step in our effort to map QTL in the Brazilian chicken resource population, and complements the international consensus map information.
Um mapa genético proporciona o entendimento da organização do genoma e da localização cromossômica de marcadores e genes, e é importante para o mapeamento de locos controladores de características quantitativas (QTL). O objetivo deste estudo foi utilizar uma população brasileira para construir um mapa de ligação do cromossomo 1 da galinha. Oitenta marcadores microssatélites foram testados e 26 marcadores informativos foram genotipados em uma população F2 experimental, desenvolvida em duas gerações de um cruzamento entre uma linha macho de corte e uma linhagem de postura. Foram genotipados um total de 649 indivíduos F2 de sete famílias de irmãos completos com cerca de 95 F2 cada uma. A análise de ligação Multi-locus gerou um mapa do cromossomo 1 com 26 marcadores ordenados. A ordem dos locos foi em geral semelhante àquela de outros mapas de ligação publicados, exceto por duas discrepâncias: 1) a ordem entre os marcadores MCW10 e MCW208 foi invertida no presente mapa quando comparado com o mapa de ligação de Wageningen, 2) Os marcadores ADL234 e LEI68 que foram mapeados na mesma posição nas populações de Compton, East Lansing e Wageningen foram separados por uma distância de 5,9 centimorgans na presente população. O maior número de meioses informativas desta população pode explicar esta diferença. Este mapa é o primeiro passo no esforço de mapear QTL na população brasileira o qual pode também ser usado para complementar a informação do mapa consenso internacional da galinha.
RESUMO
Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior to 0.8. One hundred-and-seventy F2 offspring, representing the top (4.5%) and the bottom (4.5%) of a normal distribution curve of BW42, were selected with equal proportions of males and females, and within dam family. Samples were genotyped for 19 informative markers on chromosome 3, and 11 markers on chromosome 5. Marker allelic frequencies of phenotypic groups with high and low BW42 were compared with a chi-square test. Four regions on chromosome 3 and three regions on chromosome 5 had markers that were suggestively associated with BW42 (P 0.10), confirming and expanding previous studies.
A genotipagem seletiva de indivíduos com fenótipos extremos para uma determinada característica contribui com informação suficiente para determinar a ligação entre marcadores moleculares e locos para características quantitativas (QTL). Neste estudo uma população F2, formada a partir do cruzamento de uma linha parental de aves para corte com uma linha de postura foi empregada para obtenção de medidas fenotípicas e genotipagem por marcadores microssatélites, posicionados nos cromossomos 3 e 5. Foram medidas 28 características de desempenho e carcaça e determinada a correlação fenotípica entre elas. A característica peso vivo aos 42 dias (BW42) apresentou maior correlação positiva com a maioria das características, com correlação entre pesos vivos aos 35, 41 dias, ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias, e pesos de carcaça e partes superiores a 0,8. Cento e setenta aves F2, representando 4,5% das aves mais leves e 4,5% das mais pesadas para BW42 foram selecionadas dentro de famílias, na mesma proporção de machos e fêmeas e genotipadas para 19 marcadores informativos no cromossomo 3 e 11 no cromossomo 5. As freqüências alélicas dos marcadores nos grupos fenotípicos de alto e baixo BW42 foram comparadas empregando teste de qui-quadrado. Foram identificadas quatro regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomo 5 sugestivamente ligadas a QTL para BW42 (P 0,10), confirmando e expandindo estudos anteriores de mapeamento de QTL em aves.
RESUMO
Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior to 0.8. One hundred-and-seventy F2 offspring, representing the top (4.5%) and the bottom (4.5%) of a normal distribution curve of BW42, were selected with equal proportions of males and females, and within dam family. Samples were genotyped for 19 informative markers on chromosome 3, and 11 markers on chromosome 5. Marker allelic frequencies of phenotypic groups with high and low BW42 were compared with a chi-square test. Four regions on chromosome 3 and three regions on chromosome 5 had markers that were suggestively associated with BW42 (P 0.10), confirming and expanding previous studies.
A genotipagem seletiva de indivíduos com fenótipos extremos para uma determinada característica contribui com informação suficiente para determinar a ligação entre marcadores moleculares e locos para características quantitativas (QTL). Neste estudo uma população F2, formada a partir do cruzamento de uma linha parental de aves para corte com uma linha de postura foi empregada para obtenção de medidas fenotípicas e genotipagem por marcadores microssatélites, posicionados nos cromossomos 3 e 5. Foram medidas 28 características de desempenho e carcaça e determinada a correlação fenotípica entre elas. A característica peso vivo aos 42 dias (BW42) apresentou maior correlação positiva com a maioria das características, com correlação entre pesos vivos aos 35, 41 dias, ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias, e pesos de carcaça e partes superiores a 0,8. Cento e setenta aves F2, representando 4,5% das aves mais leves e 4,5% das mais pesadas para BW42 foram selecionadas dentro de famílias, na mesma proporção de machos e fêmeas e genotipadas para 19 marcadores informativos no cromossomo 3 e 11 no cromossomo 5. As freqüências alélicas dos marcadores nos grupos fenotípicos de alto e baixo BW42 foram comparadas empregando teste de qui-quadrado. Foram identificadas quatro regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomo 5 sugestivamente ligadas a QTL para BW42 (P 0,10), confirmando e expandindo estudos anteriores de mapeamento de QTL em aves.
RESUMO
A genetic map provides insight into genome organization and chromosomal location of markers and genes, and is important for quantitative trait loci (QTL) mapping. The objective of this study was to use a Brazilian resource population to construct a linkage map for chicken chromosome 1. Eighty microsatellite markers were tested and 26 informative markers were typed in an experimental F2 population developed by two generations of crossbreeding between a broiler sire line and a layer line. A total of 649 F2 individuals from seven full-sib families with about 95 F2 offspring each were genotyped. Multi-locus linkage analysis resulted in a chromosome 1 map of 26 ordered markers. Locus order was in general agreement with other published linkage maps, except for two discrepancies: 1) order of loci MCW10 and MCW208 was reversed in this map relative to the Wageningen linkage map, 2) markers ADL234 and LEI68, that were mapped to the same position in Compton, East Lansing and Wageningen populations, were separated by a distance of 5.9 centimorgans in our population. The higher number of informative meioses from our population could explain these differences. This map is an important first step in our effort to map QTL in the Brazilian chicken resource population, and complements the international consensus map information.
Um mapa genético proporciona o entendimento da organização do genoma e da localização cromossômica de marcadores e genes, e é importante para o mapeamento de locos controladores de características quantitativas (QTL). O objetivo deste estudo foi utilizar uma população brasileira para construir um mapa de ligação do cromossomo 1 da galinha. Oitenta marcadores microssatélites foram testados e 26 marcadores informativos foram genotipados em uma população F2 experimental, desenvolvida em duas gerações de um cruzamento entre uma linha macho de corte e uma linhagem de postura. Foram genotipados um total de 649 indivíduos F2 de sete famílias de irmãos completos com cerca de 95 F2 cada uma. A análise de ligação Multi-locus gerou um mapa do cromossomo 1 com 26 marcadores ordenados. A ordem dos locos foi em geral semelhante àquela de outros mapas de ligação publicados, exceto por duas discrepâncias: 1) a ordem entre os marcadores MCW10 e MCW208 foi invertida no presente mapa quando comparado com o mapa de ligação de Wageningen, 2) Os marcadores ADL234 e LEI68 que foram mapeados na mesma posição nas populações de Compton, East Lansing e Wageningen foram separados por uma distância de 5,9 centimorgans na presente população. O maior número de meioses informativas desta população pode explicar esta diferença. Este mapa é o primeiro passo no esforço de mapear QTL na população brasileira o qual pode também ser usado para complementar a informação do mapa consenso internacional da galinha.