RESUMO
A novel approach is applied for the prediction of potential binding sites in ligand-protein interactions. This methodology introduces an integral strategy based on the calculation of protein geometrical parameters and the use of a quantum mechanical descriptor, Binding Local Site (B(LS)). A screening of the most likely cavities in the protein crystal structure is carried out where the analysis of geometric cavities is performed, and the virtual centers for binding (VCB) are located. The VCB surrounding amino acid residues (AA) are evaluated through the calculation of the B(LS) by using the theoretical affinity order between the ligand and each AA. It includes a quantum scoring function based on the ligand-AA association energies and entropies. A contribution to the understanding of flavonoid-protein interactions is provided as well. The new bioinformatic strategy makes good predictions for flavonoid ligands. The calculated binding sites are quite in agreement with the crystal binding sites of 10 flavonoid binding proteins. This is a contribution of quantum mechanics in some phases of in silico drug design.
Assuntos
Flavonoides/metabolismo , Proteínas/química , Proteínas/metabolismo , Sítios de Ligação , Cristalografia por Raios X , Desenho de Fármacos , Humanos , Ligantes , Modelos Biológicos , Modelos Moleculares , Ligação Proteica , Teoria QuânticaRESUMO
Se estudió la biodistribución y la farmacocinética de taninos condensados purificados y marcados radioisotópicamente, extraídos a partir de la corteza de las especies forestales Pinus caribaea Morelet var caribaea y Casuarina equisetifolia previa administración por vía oral y endovenosa, con el empleo de ratones como biomodelo. Los taninos estudiados, con una alta capacidad antioxidante y diferenciados por la propiedad de formar complejos con proteínas, presentaron una rápida biodistribución hacia los diferentes órganos y tejidos, con manifestaciones de un importante acúmulo en el estómago e intestinos. Los taninos de ambas especies describen una biodistribución que se ajusta a un modelo bicompartimental de distribución. Se reportan los parámetros farmacocinéticos como tiempo de residencia medio, aclaramiento total, área bajo la curva, biodisponibilidad e instante de tiempo en que ocurre la máxima incorporación a partir de las curvas del aclaramiento sanguíneo(AU)
Assuntos
Animais , Masculino , Camundongos , Taninos/farmacocinética , Pinus , Distribuição Tecidual , Disponibilidade BiológicaRESUMO
Se estudió la biodistribución y la farmacocinética de taninos condensados purificados y marcados radioisotópicamente, extraídos a partir de la corteza de las especies forestales Pinus caribaea Morelet var caribaea y Casuarina equisetifolia previa administración por vía oral y endovenosa, con el empleo de ratones como biomodelo. Los taninos estudiados, con una alta capacidad antioxidante y diferenciados por la propiedad de formar complejos con proteínas, presentaron una rápida biodistribución hacia los diferentes órganos y tejidos, con manifestaciones de un importante acúmulo en el estómago e intestinos. Los taninos de ambas especies describen una biodistribución que se ajusta a un modelo bicompartimental de distribución. Se reportan los parámetros farmacocinéticos como tiempo de residencia medio, aclaramiento total, área bajo la curva, biodisponibilidad e instante de tiempo en que ocurre la máxima incorporación a partir de las curvas del aclaramiento sanguíneo