RESUMO
Melon, a member of the family Cucurbitaceae, is the fourth most important fruit in the world market and, on a volume basis, is Brazils main fresh fruit export. Many molecular techniques used to understand the maturation of these fruits require high concentrations of highly purified RNA. However, melons are rich in polyphenolic compounds and polysaccharides, which interfere with RNA extraction. This study aimed to determine the most appropriate method for total RNA extraction from melon fruits. Six extraction buffers were tested: T1) guanidine thiocyanate/phenol/chloroform; T2) sodium azide/?-mercaptoethanol; T3) phenol/guanidine thiocyanate; T4) CTAB/PVP/?-mercaptoethanol; T5) SDS/sodium perchlorate/PVP/?-mercaptoethanol, and T6) sarkosyl/PVP/guanidine thiocyanate, using the AxyPrepTM Multisource Total RNA Miniprep Kit. The best method for extracting RNA from both mature and green fruit was based on the SDS/PVP/?-mercaptoethanol buffer, because it rapidly generated a high quality and quantity of material. In general, higher amounts of RNA were obtained from green than mature fruits, probably due to the lower concentration of polysaccharides and water. The purified material can be used as a template in molecular techniques, such as microarrays, RT-PCR, and in the construction of cDNA and RNA-seq data.(AU)
O melão pertencente à família Cucurbitaceae é o quarto fruto mais importante no mercado mundial e a fruta mais exportada pelo Brasil. Muitas técnicas moleculares utilizadas para compreender a maturação destes frutos requerem o uso de RNA altamente purificado e em alta concentração. Entretanto, o elevado nível de compostos polifenólicos e polissacarídeos nos frutos tornam a extração de RNA um desafio. Este trabalho teve por objetivo determinar o método mais adequado para extração de RNA total em frutos de melão. Seis diferentes tampões de extração foram testados: T1) tiocianato de guanidina/fenol/clorofórmio; T2) azida de sódio/?-mercaptoetanol; T3) fenol/tiocianato de guanidina, T4) CTAB/PVP/?-mercaptoetanol, T5) SDS/perclorato de sódio/PVP/?-mercaptoetanol e T6) sarcosil/PVP/tiocianato de guanidina associado com AxyPrep TM Multisource Total RNA Miniprep Kit. O melhor método para extração do RNA tanto de fruto verde quanto maduro foi o baseado no tampão SDS/PVP/?-mercaptoetanol, por gerar material íntegro e de qualidade em grande quantidade, associado à rapidez de execução. Em geral, maiores quantidades de RNA foram obtidas a partir de frutos verdes, provavelmente devido à baixa concentração de polissacarídeos e água. O material purificado poderá ser utilizado como molde em técnicas de estudos moleculares como microarrays, RT-PCR e bibliotecas de cDNA e RNAseq, pelo qual foi testado.(AU)
Assuntos
Cucumis melo/genética , Polissacarídeos/análise , Polissacarídeos/isolamento & purificação , RNA/isolamento & purificaçãoRESUMO
Melon, a member of the family Cucurbitaceae, is the fourth most important fruit in the world market and, on a volume basis, is Brazils main fresh fruit export. Many molecular techniques used to understand the maturation of these fruits require high concentrations of highly purified RNA. However, melons are rich in polyphenolic compounds and polysaccharides, which interfere with RNA extraction. This study aimed to determine the most appropriate method for total RNA extraction from melon fruits. Six extraction buffers were tested: T1) guanidine thiocyanate/phenol/chloroform; T2) sodium azide/?-mercaptoethanol; T3) phenol/guanidine thiocyanate; T4) CTAB/PVP/?-mercaptoethanol; T5) SDS/sodium perchlorate/PVP/?-mercaptoethanol, and T6) sarkosyl/PVP/guanidine thiocyanate, using the AxyPrepTM Multisource Total RNA Miniprep Kit. The best method for extracting RNA from both mature and green fruit was based on the SDS/PVP/?-mercaptoethanol buffer, because it rapidly generated a high quality and quantity of material. In general, higher amounts of RNA were obtained from green than mature fruits, probably due to the lower concentration of polysaccharides and water. The purified material can be used as a template in molecular techniques, such as microarrays, RT-PCR, and in the construction of cDNA and RNA-seq data.
O melão pertencente à família Cucurbitaceae é o quarto fruto mais importante no mercado mundial e a fruta mais exportada pelo Brasil. Muitas técnicas moleculares utilizadas para compreender a maturação destes frutos requerem o uso de RNA altamente purificado e em alta concentração. Entretanto, o elevado nível de compostos polifenólicos e polissacarídeos nos frutos tornam a extração de RNA um desafio. Este trabalho teve por objetivo determinar o método mais adequado para extração de RNA total em frutos de melão. Seis diferentes tampões de extração foram testados: T1) tiocianato de guanidina/fenol/clorofórmio; T2) azida de sódio/?-mercaptoetanol; T3) fenol/tiocianato de guanidina, T4) CTAB/PVP/?-mercaptoetanol, T5) SDS/perclorato de sódio/PVP/?-mercaptoetanol e T6) sarcosil/PVP/tiocianato de guanidina associado com AxyPrep TM Multisource Total RNA Miniprep Kit. O melhor método para extração do RNA tanto de fruto verde quanto maduro foi o baseado no tampão SDS/PVP/?-mercaptoetanol, por gerar material íntegro e de qualidade em grande quantidade, associado à rapidez de execução. Em geral, maiores quantidades de RNA foram obtidas a partir de frutos verdes, provavelmente devido à baixa concentração de polissacarídeos e água. O material purificado poderá ser utilizado como molde em técnicas de estudos moleculares como microarrays, RT-PCR e bibliotecas de cDNA e RNAseq, pelo qual foi testado.
Assuntos
RNA , Cucumis melo/genética , Polissacarídeos/análise , Polissacarídeos/isolamento & purificaçãoRESUMO
Melon, a member of the family Cucurbitaceae, is the fourth most important fruit in the world market and, on a volume basis, is Brazils main fresh fruit export. Many molecular techniques used to understand the maturation of these fruits require high concentrations of highly purified RNA. However, melons are rich in polyphenolic compounds and polysaccharides, which interfere with RNA extraction. This study aimed to determine the most appropriate method for total RNA extraction from melon fruits. Six extraction buffers were tested: T1) guanidine thiocyanate/phenol/chloroform; T2) sodium azide/?-mercaptoethanol; T3) phenol/guanidine thiocyanate; T4) CTAB/PVP/?-mercaptoethanol; T5) SDS/sodium perchlorate/PVP/?-mercaptoethanol, and T6) sarkosyl/PVP/guanidine thiocyanate, using the AxyPrepTM Multisource Total RNA Miniprep Kit. The best method for extracting RNA from both mature and green fruit was based on the SDS/PVP/?-mercaptoethanol buffer, because it rapidly generated a high quality and quantity of material. In general, higher amounts of RNA were obtained from green than mature fruits, probably due to the lower concentration of polysaccharides and water. The purified material can be used as a template in molecular techniques, such as microarrays, RT-PCR, and in the construction of cDNA and RNA-seq data.
O melão pertencente à família Cucurbitaceae é o quarto fruto mais importante no mercado mundial e a fruta mais exportada pelo Brasil. Muitas técnicas moleculares utilizadas para compreender a maturação destes frutos requerem o uso de RNA altamente purificado e em alta concentração. Entretanto, o elevado nível de compostos polifenólicos e polissacarídeos nos frutos tornam a extração de RNA um desafio. Este trabalho teve por objetivo determinar o método mais adequado para extração de RNA total em frutos de melão. Seis diferentes tampões de extração foram testados: T1) tiocianato de guanidina/fenol/clorofórmio; T2) azida de sódio/?-mercaptoetanol; T3) fenol/tiocianato de guanidina, T4) CTAB/PVP/?-mercaptoetanol, T5) SDS/perclorato de sódio/PVP/?-mercaptoetanol e T6) sarcosil/PVP/tiocianato de guanidina associado com AxyPrep TM Multisource Total RNA Miniprep Kit. O melhor método para extração do RNA tanto de fruto verde quanto maduro foi o baseado no tampão SDS/PVP/?-mercaptoetanol, por gerar material íntegro e de qualidade em grande quantidade, associado à rapidez de execução. Em geral, maiores quantidades de RNA foram obtidas a partir de frutos verdes, provavelmente devido à baixa concentração de polissacarídeos e água. O material purificado poderá ser utilizado como molde em técnicas de estudos moleculares como microarrays, RT-PCR e bibliotecas de cDNA e RNAseq, pelo qual foi te