RESUMO
Restriction site-associated DNA sequencing (RADseq) provides researchers with the ability to record genetic polymorphism across thousands of loci for nonmodel organisms, potentially revolutionizing the field of molecular ecology. However, as with other genotyping methods, RADseq is prone to a number of sources of error that may have consequential effects for population genetic inferences, and these have received only limited attention in terms of the estimation and reporting of genotyping error rates. Here we use individual sample replicates, under the expectation of identical genotypes, to quantify genotyping error in the absence of a reference genome. We then use sample replicates to (i) optimize de novo assembly parameters within the program Stacks, by minimizing error and maximizing the retrieval of informative loci; and (ii) quantify error rates for loci, alleles and single-nucleotide polymorphisms. As an empirical example, we use a double-digest RAD data set of a nonmodel plant species, Berberis alpina, collected from high-altitude mountains in Mexico.
Assuntos
Erros de Diagnóstico , Genética Populacional/métodos , Técnicas de Genotipagem/métodos , Análise de Sequência de DNA/métodos , Berberis/classificação , Berberis/genética , Variação Genética , Genótipo , MéxicoRESUMO
Toda actividad realizada por el hombre ya sea domestica,agricola,industrial y/o de servicios,produce un enorme volumen de residuos,constituyendose en una preocupacion permanente la forma de disponerlos,sin por ello contaminar el medio ambiente.El articulo informa brevemente sobre el destino de los residuos provenientes de la poda y limpieza de los parques de la ciudad de Madrid (España) y de la ciudad de Buenos Aires (Argentina)
Assuntos
Argentina , Espanha , Compostagem , Área UrbanaRESUMO
Toda actividad realizada por el hombre ya sea domestica,agricola,industrial y/o de servicios,produce un enorme volumen de residuos,constituyendose en una preocupacion permanente la forma de disponerlos,sin por ello contaminar el medio ambiente.El articulo informa brevemente sobre el destino de los residuos provenientes de la poda y limpieza de los parques de la ciudad de Madrid (España) y de la ciudad de Buenos Aires (Argentina)