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Abstract Worm infections pose a significant challenge to goat farming in the tropics. While individual variations in the animals' response to this disease are observed, understanding its genetic component is crucial for establishing effective herd production management, prioritizing the selection of goats with higher resistance to parasitism. This study aimed to assess goat response to worm infection under natural field conditions using data on eggs per gram of feces (EPG), body condition score (BCS), and conjunctival mucosa coloration (FAMACHA©). Cluster analysis and artificial intelligence (AI) techniques were applied to 3,839 data points from 200 individuals in an experimental goat herd in Piauí, Brazil. The study considered the phenotypic expression of resistance, sensitivity, and resilience to worm infection as responses to parasitism. Three clustering methods, namely Ward, Average, and k-means, were employed and compared with fuzzy logic obtained through the CAPRIOVI web software. The analysis revealed statistically significant differences (P<0.05) between the groups of animals classified as resistant, resilient, and sensitive to parasitism. Pregnancy and peripartum were identified as stages of heightened sensitivity to parasitism (P<0.05). Among the clustering techniques, traditional statistical methods exhibited excellent performance, with an overall accuracy percentage exceeding 90.00%. In contrast, CAPRIOVI's fuzzy logic demonstrated lower overall accuracy (77.00%). The clustering methods showed similar efficiency, but differed in terms of the distribution of animals per group, with a tendency towards greater numbers in the resistant category. Fuzzy logic circumvented this limitation by enabling the formation of groups tailored to meet the producer's interests, adding consistency in terms of the animals' response to worm infection. This finding highlights the potential of the software for goat health management.

Resumo A incidência de verminose é um dos principais obstáculos para a caprinocultura nos trópicos. A variação individual da resposta do animal à enfermidade existe, mas precisa ser determinado o seu componente genético e estabelecer o manejo zootécnico dos rebanhos, priorizando a seleção de animais mais resistente ao parasitismo. Objetivou-se nesse estudo avaliar a resposta de cabras à incidência de verminose sob condições de infecção natural a campo, com informações de ovos por grama de fezes (OPG), escore da condição corporal (ECC) e grau de coloração da mucosa conjuntiva (FAMACHA©), recorrendo a utilização de análise de agrupamento e a aplicação de inteligência artificial (IA). Foram utilizadas 3.839 informações de 200 indivíduos em um rebanho experimental de caprinos no Piauí. Considerou-se como resposta ao parasitismo a expressão fenotípica de resistência, sensibilidade e resiliência a verminose, submetidos a três métodos de agrupamento: Ward, Average e K-means, comparado com a lógica Fuzzy, obtidos com o software web CAPRIOVI. Os resultados demonstraram que os grupos de animais resistente, resiliente e sensível ao parasitismo foram estatisticamente distintos (P<0,05). As cabras durante a gestação e o periparto foram identificadas como fases de maior sensibilidade ao parasitismo (P<0,05). O CAPRIOVI aplica a lógica Fuzzy e apresentou o menor percentual de acerto global (77,00%), enquanto os métodos estatísticos tradicionais se destacaram com percentual de acerto global superior a 90,00%, demonstrando excelência estatística com esse fim. Os métodos de agrupamentos apresentaram semelhança na eficiência, mas diferiram quanto à distribuição de animais por agrupamento, com tendência de maior quantidade na categoria resistente. A aplicação da lógica Fuzzy contornou essa limitação ao direcionar a formação dos grupos visando atender o interesse do produtor, inserindo consistência em termos de resposta dos animais a verminose, qualificando o software com potencial para adequação ao manejo sanitário de caprinos.

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There are few animal germplasm/gene bank collections in Brazil, and basic studies are needed to attend the future internal and external demands from international partners. The aim of this work was to validate a "proof of concept" that integrates spatial (georeferenced data) and genetic data regarding the local of origin from 3518 DNA samples from 17 different genetic groups or breeds of sheep in the Brazilian Germplasm bank. Spatialisation shows that not all genetic groups have samples in the bank, and collection is concentrated in the conservation nuclei spread nationwide. Only 21% of states with a specific breed have samples in the gene bank. The mean number of animals sampled per collection was 32, while the mean distance travelled to collect samples was 262 km from the conservation nuclei. For example, the Brazilian Somali were only collected in the conservation nucleus in Ceará State. No samples were collected to date for the Cariri breed, which is recognised by the Brazilian Ministry of Agriculture. Only two farms and one breed in the bank are from the northern region. Of the 27 states, there are samples in the gene bank of sheep from 13, so several states have no samples, requiring collection from herds outside the official system of conservation to make sure that studies using this germplasm realised are not biased. Significant genetic differences are seen above 332 km, which should guide future sampling efforts. Suggestions are given for improving the quantity, quality and diversity of samples in the gene bank.

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OBJECTIVE: The objective of this study was to estimate the genetic parameters for worm resistance (WR) and associated characteristics, using the linear-threshold animal model via Bayesian inference in single- and multiple-trait analyses. METHODS: Data were collected from a herd of Santa Inês breed sheep. All information was collected with animals submitted to natural contamination conditions. All data (number of eggs per gram of feces [FEC], Famacha score [FS], body condition score [BCS], and hematocrit [HCT]) were collected on the same day. The animals were weighed individually on the day after collection (after 12-h fasting). The WR trait was defined by the multivariate cluster analysis, using the FEC, HCT, BCS, and FS of material collected from naturally infected sheep of the Santa Inês breed. The variance components and genetic parameters for the WR, FEC, HCT, BCS, and FS traits were estimated using the Bayesian inference under the linear and threshold animal model. RESULTS: A low magnitude was obtained for repeatability of worm-related traits. The mean values estimated for heritability were of low-to-high (0.05 to 0.88) magnitude. The FEC, HCT, BCS, FS, and body weight traits showed higher heritability (although low magnitude) in the multiple-trait model due to increased information about traits. All WR characters showed a significant genetic correlation, and heritability estimates ranged from low (0.44; single-trait model) to high (0.88; multiple-trait model). CONCLUSION: Therefore, we suggest that FS be included as a criterion of ovine genetic selection for endoparasite resistance using the trait defined by multivariate cluster analysis, as it will provide greater genetic gains when compared to any single trait. In addition, its measurement is easy and inexpensive, exhibiting greater heritability and repeatability and a high genetic correlation with the trait of resistance to worms.

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Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: microsatellites, SSR, ISSR, genetic variability and genetic diversity, all of them coupled to chicken and/or birds results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.(AU)

A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: microssatélites, SSR, ISSR, variabilidade genética e diversidade genética, todos eles associados a resultados de galinha e / ou aves o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.(AU)

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ABSTRACT: Poultry meat is a major source of animal protein in the world. Research indicates a high inbreeding rate derived from a relative absence of heterozygous subpopulations of chicken from different suppliers. Molecular markers can provide information for the genetic basis of chicken consumed in rural areas and help establishing a chicken database for product quality and warranty. The bibliometric research, comprises between 1994 and 2018, from five previously selected databases: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus and Web of Science, using the following descriptors: 'microsatellites', 'SSR', 'ISSR', 'genetic variability' and 'genetic diversity', all of them coupled to 'chicken' and/or 'birds' results in 66 scientific publications. The publications were then categorized according to their titles to the use of ISSR or SSR markers. They were also addressed by countries according first author cited. The publications data appointed that countries with the height production of poultry meat and hens are the most interested in the genetic diversity study of these species. The SSR markers, due to its more specific characteristic, are more frequently applied to genetic diversity assignment, compared to ISSR.

RESUMO: A carne de frango é uma das principais fontes de proteína animal do mundo. Pesquisas indicam uma alta taxa de endogamia derivada de uma relativa ausência de subpopulações heterozigotas de frango de diferentes fornecedores. Marcadores moleculares podem fornecer informações para a base genética de frango consumido em áreas rurais, e ajudar a estabelecer um banco de dados de frango para qualidade e garantia do produto. A pesquisa bibliométrica compreende entre 1994 e 2018, a partir de cinco bancos de dados selecionados anteriormente: Google Scholar, PubMed, ScienceDirect, Scopus e Web of Science, usando os seguintes descritores: 'microssatélites', 'SSR', 'ISSR', 'variabilidade genética' e 'diversidade genética', todos eles associados a resultados de 'galinha' e / ou 'aves' o que resultou em 66 publicações científicas. As publicações foram então categorizadas de acordo com seus títulos para o uso de marcadores ISSR ou SSR. Eles também foram abordados pelos países, segundo o primeiro autor citado. Os dados das publicações obtidas apontam que os países com grande produção de carnes de frangos são os mais interessados no estudo da diversidade genética dessas espécies. Os marcadores SSR, devido à sua característica mais específica, são frequentemente aplicados à atribuição de diversidade genética, em comparação com o ISSR.

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The purpose of this study was to conduct the inventory of goat breed Gurgueia in the state of Piauí, Northeast region of Brazil. The inventory includes a historical survey - made by searching in the literature - and a population survey - made by gathering in loco information. The geographic location through GPS was taken in farms sheltering Gurgueia goats and then individuals Gurgueia were counted to estimate population size and classifying the risk of extinction. To characterize the Gurgueia breed, the presence of beard, horns, earrings, patterns of color roan, agouti and brown, and the presence of reduced ear were observed to perform simple descriptive analysis. The regional literature demonstrates lack of consistency about the origin of the Gurgueia breed. However, flocks of goats in the Gurgueia river valley, in Southern Piauí, gave origin to the breed denomination. The present study found out 119 Gurgueia individuals scattered in three micro-regions - classifying the Gurgueia breed as critically endangered. The morphological analysis shows low frequency of earrings (0,05) and high frequency of horn (0.95) in Gurgéia individuals. The beard frequency was 0.52 and was verified absence of long hairs, indicating no relationship between those. The analysis showed high frequency of roan pattern (0.96), absence of brown and single coat pattern (non-agouti). Reduced ear was absent.

Objetivou-se com este trabalho realizar o inventário do ecótipo Gurgueia no Estado do Piauí, na região Nordeste do Brasil. O inventário compreendeu o levantamento histórico, com busca em literaturas, e o populacional feito a partir de visitas in loco nos rebanhos. Foi tomado em cada rebanho a localização geográfica por meio o por GPS e contagem dos animais com padrão fenotípico Gurgueia para classifica-la quanto ao risco de extinção. Observou-se a presença dos caracteres barba, chifres, brincos, os padrões de cor ruão, agouti e chocolate, e a presença de orelha reduzida que foram submetidos à análise descritivas simples. A literatura regional consultada não apresentou consistência sobre a origem do caprino Gurgueia no Piauí, mas indicaram que rebanhos instalados no vale do rio Gurgueia no Sul do Piauí, deram origem aos hoje classificados como Gurgueia. No estudo, houve a confirmação de poucos exemplares, apenas 119, dispersos em três microrregiões revelando que grupo genético Gurgueia está em situação crítica de desaparecimento. Nestes animais, observa-se alta frequência da ausência de brincos e do caráter presença de chifre (0,95). A frequência de barba foi de 0,52 e não houve ocorrência de pelos longos, indicando ausência da relação entre esses caracteres. O caráter ruão (0,96), a pelagem chocolate e padrão não-agouti (cor única) não estiveram presentes assim como a presença

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The purpose of this study was to conduct the inventory of goat breed Gurgueia in the state of Piauí, Northeast region of Brazil. The inventory includes a historical survey - made by searching in the literature - and a population survey - made by gathering in loco information. The geographic location through GPS was taken in farms sheltering Gurgueia goats and then individuals Gurgueia were counted to estimate population size and classifying the risk of extinction. To characterize the Gurgueia breed, the presence of beard, horns, earrings, patterns of color roan, agouti and brown, and the presence of reduced ear were observed to perform simple descriptive analysis. The regional literature demonstrates lack of consistency about the origin of the Gurgueia breed. However, flocks of goats in the Gurgueia river valley, in Southern Piauí, gave origin to the breed denomination. The present study found out 119 Gurgueia individuals scattered in three micro-regions - classifying the Gurgueia breed as critically endangered. The morphological analysis shows low frequency of earrings (0,05) and high frequency of horn (0.95) in Gurgéia individuals. The beard frequency was 0.52 and was verified absence of long hairs, indicating no relationship between those. The analysis showed high frequency of roan pattern (0.96), absence of brown and single coat pattern (non-agouti). Reduced ear was absent.(AU)

Objetivou-se com este trabalho realizar o inventário do ecótipo Gurgueia no Estado do Piauí, na região Nordeste do Brasil. O inventário compreendeu o levantamento histórico, com busca em literaturas, e o populacional feito a partir de visitas in loco nos rebanhos. Foi tomado em cada rebanho a localização geográfica por meio o por GPS e contagem dos animais com padrão fenotípico Gurgueia para classifica-la quanto ao risco de extinção. Observou-se a presença dos caracteres barba, chifres, brincos, os padrões de cor ruão, agouti e chocolate, e a presença de orelha reduzida que foram submetidos à análise descritivas simples. A literatura regional consultada não apresentou consistência sobre a origem do caprino Gurgueia no Piauí, mas indicaram que rebanhos instalados no vale do rio Gurgueia no Sul do Piauí, deram origem aos hoje classificados como Gurgueia. No estudo, houve a confirmação de poucos exemplares, apenas 119, dispersos em três microrregiões revelando que grupo genético Gurgueia está em situação crítica de desaparecimento. Nestes animais, observa-se alta frequência da ausência de brincos e do caráter presença de chifre (0,95). A frequência de barba foi de 0,52 e não houve ocorrência de pelos longos, indicando ausência da relação entre esses caracteres. O caráter ruão (0,96), a pelagem chocolate e padrão não-agouti (cor única) não estiveram presentes assim como a presença(AU)

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The study aimed to assess the environmental parameters and physiological parameters and Saanen goats and Marota in Teresina, Piauí State, Brazil, in the rainy and dry periods during the months from april to november. We used adult female Saanen goats (n = 7) and Marota (n = 7), clinically healthy, the same age group and subject to the same management conditions. The physiological indices were heart rate (HR), respiratory rate (RR) and rectal temperature (RT) in schedules 7-8, 10-11, 14-15 and 1718 hours. The environmental indices analyzed were room temperature, relative humidity, black globe temperature index and temperature and humidity index. The results of the environmental parameters show that the dry period is more stressful than the rainy and the afternoon shift is more stressful than the morning and among these parameters, it is observed that the relative humidity has the opposite behavior of the temperature air, temperature and black globe temperature and humidity index, showing higher values in the rainy season and in the morning shift. Regarding the physiological parameters of the animals, it was observed that all animals were able to maintain rectal temperature within normal limits and the respiratory rate was the most sensitive indicator of stress, showing that the animals Marota race had lower values and more close to normal, indicating greater adaptability

Objetivou-se com este trabalho avaliar os parâmetros ambientais e os parâmetros e fisiológicos dos caprinos Saanen e Marota na cidade de Teresina, estado do Piauí, Brasil, nos períodos chuvosos e secos, durante os meses de abril a novembro. Utilizaram-se fêmeas caprinas adultas Saanen (n=7) e Marota (n=7), clinicamente saudáveis, de mesmas faixas etárias e submetidas às mesmas condições de manejo. Os índices fisiológicos foram a frequência cardíaca (FC), frequência respiratória (FR) e temperatura retal (TR) nos horários de 7-8, 10-11, 14-15 e 17-18horas. Os índices ambientais analisados foram a temperatura ambiente, umidade relativa do ar,temperatura de globo negro e índices de temperatura e umidade. Os resultados dos parâmetros ambientais mostram que o período seco é mais estressante que o chuvoso e que o turno da tarde é mais estressante que o da manhã e, dentre os esses parâmetros, observa-se que a umidade relativa do ar tem comportamento inverso ao da temperatura do ar, temperatura de globo negro e índices de temperatura e umidade, mostrando maiores valores no período chuvoso e no turno da manhã. Quanto aos parâmetros fisiológicos dos animais, observou-se que todos os animais conseguiram manter a temperatura retal dentro dos limites normais, e que a frequência respiratória foi o indicador de estresse mais sensível, mostrando que os animais da raça Marota

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The study aimed to assess the environmental parameters and physiological parameters and Saanen goats and Marota in Teresina, Piauí State, Brazil, in the rainy and dry periods during the months from april to november. We used adult female Saanen goats (n = 7) and Marota (n = 7), clinically healthy, the same age group and subject to the same management conditions. The physiological indices were heart rate (HR), respiratory rate (RR) and rectal temperature (RT) in schedules 7-8, 10-11, 14-15 and 1718 hours. The environmental indices analyzed were room temperature, relative humidity, black globe temperature index and temperature and humidity index. The results of the environmental parameters show that the dry period is more stressful than the rainy and the afternoon shift is more stressful than the morning and among these parameters, it is observed that the relative humidity has the opposite behavior of the temperature air, temperature and black globe temperature and humidity index, showing higher values in the rainy season and in the morning shift. Regarding the physiological parameters of the animals, it was observed that all animals were able to maintain rectal temperature within normal limits and the respiratory rate was the most sensitive indicator of stress, showing that the animals Marota race had lower values and more close to normal, indicating greater adaptability(AU)

Objetivou-se com este trabalho avaliar os parâmetros ambientais e os parâmetros e fisiológicos dos caprinos Saanen e Marota na cidade de Teresina, estado do Piauí, Brasil, nos períodos chuvosos e secos, durante os meses de abril a novembro. Utilizaram-se fêmeas caprinas adultas Saanen (n=7) e Marota (n=7), clinicamente saudáveis, de mesmas faixas etárias e submetidas às mesmas condições de manejo. Os índices fisiológicos foram a frequência cardíaca (FC), frequência respiratória (FR) e temperatura retal (TR) nos horários de 7-8, 10-11, 14-15 e 17-18horas. Os índices ambientais analisados foram a temperatura ambiente, umidade relativa do ar,temperatura de globo negro e índices de temperatura e umidade. Os resultados dos parâmetros ambientais mostram que o período seco é mais estressante que o chuvoso e que o turno da tarde é mais estressante que o da manhã e, dentre os esses parâmetros, observa-se que a umidade relativa do ar tem comportamento inverso ao da temperatura do ar, temperatura de globo negro e índices de temperatura e umidade, mostrando maiores valores no período chuvoso e no turno da manhã. Quanto aos parâmetros fisiológicos dos animais, observou-se que todos os animais conseguiram manter a temperatura retal dentro dos limites normais, e que a frequência respiratória foi o indicador de estresse mais sensível, mostrando que os animais da raça Marota(AU)

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The aim was to analyze variation in 12 Brazilian and Moroccan goat populations, and, through principal component analysis (PCA), check the importance of body measures and their indices as a means of distinguishing among individuals and populations. The biometric measurements were wither height (WH), brisket height (BH) and ear length (EL). Thorax depth (WH-BH) and the three indices, TD/WH, EL/TD and EL/WH, were also calculated. Of the seven components extracted, the first three principal components were sufficient to explain 99.5% of the total variance of the data. Graphical dispersion by genetic groups revealed that European dairy breeds clustered together. The Moroccan breeds were separated into two groups, one comprising the Drâa and the other the Zagora and Rhâali breeds. Whereas, on the one side, the Anglo-Nubian and undefined breeds were the closest to one another the goats of the Azul were observed to have the highest variation of all the breeds. The Anglo-Nubian and Boer breeds were similar to each other. The Nambi-type goats remained distinct from all the other populations. In general, the use of graphical representation of PCA values allowed to distinguish genetic groups.

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Brazilian naturalized goat breeds are adapted to the semiarid conditions prevalent in the Northeast region of the country (which has the largest Brazilian goat heard) and represent an as yet uninvestigated source of genetic diversity. Currently, imported goat breeds are crossed with Brazilian naturalized goat breeds, endangering the genetic potential of the naturalized breeds. We used 11 microsatellite markers to determine the genetic diversity among imported (non-naturalized) dairy Alpine and Saanen goats and naturalized Brazilian Moxotó goats. We genotyped 292 goats from three herds (one private, one from the University of Minas Gerais and the Moxotó conservation herd from Embrapa Caprinos) and found that the general heterozygosity was 0.6952 for Alpine, 0.7043 for Saanen and 0.4984 for Moxotó goats. The number of alleles ranged from 5 (INRA005) to 11 (BM3205), with an average of 7 alleles per locus in the imported breeds and 3.5 alleles per locus in the Moxotó breed. Mean differentiation between populations was higher for herds (F ST S = 0.0768) than for breeds (F ST P = 0.0263), indicating similarity between the imported breeds and the existence of crosses between them. Nei's genetic distance was highest between the Moxotó breed and the imported breeds. These indicate that further studies using these molecular markers would be fruitful.

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A correlaçäo entre os resultados do California Mastitis Test (CMT) e da Contagem de Células Somáticas (CCS) foi estudada em 68 cabras das raças Anglo-Nubiana, Pardo Alpina e Saanen. Os dados foram coletados quinzenalmente, durante sete meses, realizando-se a CCS em amostras de leite bacteriologicamente negativas. Os resultados mostraram uma correlaçäo positiva e significativa (p < 0,05) entre os testes avaliados, com um coeficiente de r = 0,63. Quando os testes foram correlacionados com a produçäo de leite, observou-se uma correlaçäo negativa e significativa (p < 0,05) de r = -0,27 e r = -0,28 para o CMT e a CCS, respectivamente. Na associaçäo das reaçöes do CMT com a CCS obtiveram-se médias de 0,78 x 10(6) céls/ml para as reaçöes negativas (N, T e 1+) e média de 5,32 x 10(6) céls/ml para as reaçöes positivas (2+ e 3+). Os resultados indicam que, para evitar resultados falso-positivos, outros testes diagnósticos deveräo ser usados juntamente com o CMT, para se avaliar a saúde da glândula mamária caprina

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