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Bovine mastitis poses a significant threat to global dairy production, resulting in substantial losses in milk production. Streptococcus bacteria, particularly Streptococcus uberis, Streptococcus agalactiae, and Streptococcus dysgalactiae, are commonly implicated in this condition. An accurate diagnosis is crucial for implementing effective treatment and minimizing its impact on production. This study examined 115 Streptococcus strains isolated from bovine mastitis cases in Uruguay using PCR for species identification. Additionally, the resistance to tetracycline, erythromycin, and penicillin was assessed in 81 of the bacterial strains under study. Significant disparities between phenotypic and genotypic detection were evident across all three species, with only 31% of strains identified phenotypically aligning with PCR results. Phenotypic prevalence indicated S. dysgalactiae as the most prevalent (44.35%), followed by S. uberis (24.34%) and S. agalactiae (6.09%). However, the genotypic identification revealed S. uberis as the most prevalent, followed by S. dysgalactiae, while S. agalactiae remained the least prevalent. The high sensitivity and speed of PCR suggest its potential routine implementation for diagnosing bovine mastitis caused by Streptococcus in any laboratory. Although, penicillin resistance was practically nonexistent, tetracycline and erythromycin exhibit higher resistance levels across all three species studied. In conclusion, the study underlines the importance of early diagnosis, highlights variations in bacterial prevalence, and proposes PCR as a valuable diagnostic tool for Streptococcus species responsible for bovine mastitis.

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BACKGROUND: Bladder cancer (BC) is the seventh most common cancer worldwide. Not every infection ends as cancer, although the HPV-induced carcinogenesis is a complex process consequence of inflammation. To determine the association between human papillomavirus (HPV) and the diagnosis of bladder cancer. METHODS: We carried out a systematic review according to Cochrane and PRISMA recommendations. We searched in EMBASE, Medline (Ovid), and The Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL), from inception to nowadays. We included case-control studies. The risk of bias assessment was performed based on QUADAS2. We performed a random effect Meta-analysis. RESULTS: We included 14 studies in qualitative and quantitative analysis. There was mainly a low risk of bias. We finally found a strong association between the presence of HPV and bladder cancer diagnosis (OR 4.18 95%CI 2.63-6.66; I2 = 40%). CONCLUSIONS: HPV is currently associated with the diagnosis of bladder cancer.

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Resumen La detección temprana de la infección congénita por citomegalovirus (cCMV) en pacientes pediátricos permite la implementación de un tratamiento apropiado con el fin de reducir la gravedad de las secuelas asociadas a esta infección, lo cual impacta directamente en la calidad de vida del paciente. El objetivo de este estudio fue determinar la tasa de positividad de infección por CMV en niños con sospecha clínica de infección congénita y analizar las estrategias utilizadas en la confirmación diagnóstica de laboratorio. Para ello se realizó un análisis retrospectivo de muestras de niños con sospecha clínica de cCMV, las cuales fueron evaluadas en el laboratorio de Virología de la institución mediante una reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (qPCR) específica para citomegalovirus (CMV). Fue incluido un total de 698 pacientes y se analizaron 125 muestras de sangre de tarjetas de screening neonatal (TSN) y 659 muestras de orina en el período comprendido entre el 1 de enero de 2016 y el 31 de diciembre de 2022. El diagnóstico de cCMV fue confirmado en 24 pacientes mediante la presencia del virus en muestras de orina o TSN según la edad del paciente, lo que correspondió al 3,4% (24/698) del total de los pacientes estudiados.

Abstract Early detection of congenital cytomegalovirus (cCMV) infection in pediatric patients enables the implementation of appropriate treatment to reduce the severity of associated sequelae, directly impacting the child's quality of life. The aim of this study was to determine the CMV positivity rate in children clinical suspected of congenital infection and to analyse the strategies used in laboratory diagnostic confirmation. A retrospective analysis of samples from children with clinical suspected cCMV was evaluated by the Virology Laboratory of this institution using real-time polymerase chain reaction (qPCR) specific for cytomegalovirus (CMV). A total of 698 patients were included, analysing 125 samples from neonatal screening cards (NSC) and 659 urine samples in the period between January 1, 2016 and December 31, 2022. The diagnosis of congenital CMV (cCMV) was confirmed in 24 patients through the presence of the virus in urine or NSC samples, corresponding to 3.4% (24/698) of the total patients studied.

Resumo A detecção precoce da infecção congênita pelo citomegalovírus (cCMV) em pacientes pediátricos permite a implementação de um tratamento adequado com o objetivo de reduzir a gravidade das sequelas associadas a esta infecção, o que impacta diretamente na qualidade de vida da criança. O objetivo deste estudo foi determinar a taxa de positividade de infecção por CMV em crianças com suspeita de infecção congênita e analisar as estratégias utilizadas na confirmação diagnóstica laboratorial. Para isso, foi realizado uma análise retrospectiva de amostras de crianças com suspeita de cCMV, as quais foram estudiadas pelo laboratório de Virologia da instituição por meio de reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) específica para citomegalovírus (CMV). Um total de 698 pacientes foram incluídos, sendo analisadas 125 amostras de sangue de cartões de triagem neonatal (TSN) e 659 amostras de urina no período entre 1º de janeiro de 2016 e 31 de dezembro de 2022. O diagnóstico de cCMV foi confirmado em 24 pacientes pela presença do vírus em amostras de urina ou TSN, de acordo com a idade do paciente, correspondendo a 3,4% (24/698) do total de pacientes estudados.

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Introducción: La bacteria Chlamydia trachomatis provoca una de las infecciones de transmisión sexual más frecuente. La Organización Mundial de la Salud reporta aproximadamente 131 millones de casos anuales. Objetivo: Evaluar el desempeño de la prueba rápida CROMATEST (Linear Chemicals. S.L. Barcelona España) en muestras clínicas. Métodos: Se estudiaron 72 muestras: 38 exudados vaginales de adolescentes de los hospitales pediátricos Juan Manuel Márquez y el Cerro; y 34 muestras de orina de voluntarios del Instituto de Medicina Tropical "Pedro Kourí. Se empleó el ensayo CROMATEST y como prueba de referencia la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real comercial. Se calculó sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo y negativo. Resultados: Seis muestras resultaron positivas por el test rápido, cinco por la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real y una por la prueba de referencia. De las 66 muestras negativas, una fue negativa para la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real y positiva en el CROMATEST. El porcentaje de concordancia entre ambas pruebas fue del 95 % y el valor de Kappa 0,8182. Se obtuvo una sensibilidad de 83,33 %, una especificidad del 98,48 % y valores predictivos positivo y negativo de 83,33 % y 98,48 %, respectivamente. Conclusiones: La prueba rápida CROMATEST tuvo un desempeño excelente contra la prueba de referencia; por tanto, se recomienda su utilización para la detección de Chlamydia trachomatis.

Introduction: The bacterium Chlamydia trachomatis causes one of the most common sexually transmitted infections. The World Health Organization reports approximately 131 million cases annually. Objective: To evaluate the performance of the CROMATEST rapid test (Linear Chemicals. S.L. Barcelona Spain) in clinical specimens. Methods: 72 samples were studied: 38 vaginal exudates from adolescents from the Juan Manuel Márquez and El Cerro pediatric hospitals; and 34 urine samples from volunteers from the "Pedro Kourí" Tropical Medicine Institute. The CROMATEST assay was used and the commercial real-time polymerase chain reaction was used as a reference test. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive value were calculated. Results: Six samples were positive by the rapid test, five by the real-time polymerase chain reaction and one by the reference test. The negative samples were 66, of which one was negative for the real-time polymerase chain reaction and positive in the CROMATEST. The concordance between both tests was 95 % and the Kappa value 0.8182. A sensitivity of 83.33 %, a specificity of 98.48 % and positive and negative predictive values of 83.33 % and 98.48 %, respectively, were obtained. Conclusions: The CROMATEST rapid test performed excellently against the reference test; therefore, its use is recommended for the detection of Chlamydia trachomatis.

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Introducción: La infiltración del sistema nervioso central por células malignas constituye una complicación grave de algunas neoplasias hematológicas, principalmente leucemias agudas y linfomas agresivos. Objetivo: Resumir la base científica y la significación clínica de los métodos de estudio del líquido cefalorraquídeo para el diagnóstico y el seguimiento de la infiltración neuromeníngea en pacientes con neoplasias hematológicas. Métodos: Se buscó información durante abril de 2021 en las bases de datos PubMed, ScienceDirect y SciELO. Se seleccionaron las publicaciones en base a su tipología, actualidad, alcance y las limitaciones de los estudios. Conclusiones: El estudio citomorfológico del líquido cefalorraquídeo se considera el método estándar para el diagnóstico y el seguimiento de la infiltración neuromeníngea. La citometría de flujo resulta más sensible para la detección de infiltración oculta que la citología convencional; pero aún existen reservas sobre su significación clínica. Se investiga también la sensibilidad de otros estudios moleculares como el uso de la reacción en cadena de la polimerasa y la detección de biomarcadores(AU)

Introduction: Infiltration of the central nervous system by malignant cells constitutes a serious complication of some hematological malignancies, mainly acute leukemias and aggressive lymphomas. Objective: To summarize the scientific basis and clinical significance of cerebrospinal fluid study methods for the diagnosis and follow-up of neuromeningeal infiltration in patients with hematologic malignancies. Methods: Information was searched during April 2021 in PubMed, ScienceDirect and SciELO databases. Publications were selected based on their typology, timeliness, scope, and study limitations. Conclusions: The cytomorphological study of cerebrospinal fluid is considered the standard method for the diagnosis and follow-up of neuromeningeal infiltration. Flow cytometry is more sensitive for the detection of occult infiltration than conventional cytology, but there are still reservations about its clinical significance. The sensitivity of other molecular studies such as the use of PCR and biomarker detection is also investigated(AU)

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Abstract Introduction : Histoplasmosis is a systemic mycosis of universal distribution, highly endemic in the Americas. It is caused by a dimorphic fungus Histoplasma capsulatum var. capsulatum. It affects both immunocompetent and immunocompromised individuals where progressive and disseminated forms are observed. A very important risk factor is HIV infection/AIDS, with a mortality rate of 20-40% in Latin America. The diagnosis of this mycosis is made by conventional and molecular methods or by antigen and antibody detection. Methods : In this retrospective, longitudinal and ana lytical study, carried out over a period of 2 years, the sensitivity (S) and specificity (E) of a commercial kit for the detection of Histoplasma antigen by EIA technique (HC-Ag) was evaluated in 50 patients with AIDS-associated histoplasmosis. In addition, its performance was compared with that of other diagnostic techniques routinely used in our laboratory. Results : HC-Ag had a S of 94%, E 96%, positive likeli hood coefficient (CVP): 20.68 and negative likelihood coefficient (CVN): 0.06. The delay time of the results was 4 days, similar to that of antibody detection and n-PCR and much less than that of blood cultures. The combination of methods improved S to 100%; with simi lar values in E. Conclusion : The HC-Ag method demonstrated its usefulness in the diagnosis of progressive disseminated histoplasmosis and the combination of methods is a good option to increase sensitivity and decrease the time to reach the diagnosis of certainty. This allows improv ing the strategy in the management of the disease and decreasing its case-fatality rate.

Resumen Introducción : La histoplasmosis es una micosis sis témica de distribución universal, altamente endémica en las Américas. Es causada por un hongo dimórfico: Histoplasma capsulatum var. capsulatum. Afecta tanto a inmunocompetentes como a inmunocomprometidos, se observan formas progresivas y diseminadas. Un factor de riesgo muy importante es la infección por HIV/sida, con una tasa de mortalidad del 20-40% en América Latina. El diagnóstico de esta micosis se realiza por métodos convencionales y moleculares o por detección de antígenos y anticuerpos. Métodos : En este estudio retrospectivo, longitudinal y analítico, realizado en un periodo de 2 años, se evaluó la sensibilidad (S) y especificidad (E) de un kit comercial para la detección de antígeno de Histoplasma por técnica de EIA (HC-Ag) en 50 pacientes con histoplasmosis aso ciada a sida. Además, se comparó su rendimiento con el de otras técnicas diagnósticas utilizadas habitualmente en nuestro laboratorio. Resultados : HC-Ag tuvo una S del 94%, E del 96%, coeficiente de verosimilitud positiva (CVP) de 20.68 y coeficiente de verosimilitud negativa (CVN) de 0.06. El tiempo de demora de los resultados fue de 4 días, simi lar al de la detección de anticuerpos y n-PCR y mucho menor que el de los hemocultivos. La combinación de métodos mejoró la S a 100%; con valores similares en E. Conclusión : El método HC-Ag demostró su utilidad en el diagnóstico de histoplasmosis diseminada progresiva y la combinación de métodos es una buena opción para aumentar la sensibilidad y disminuir el tiempo para llegar al diagnóstico de certeza. Esto permite mejorar la estrategia en el manejo de la enfermedad y reducir su tasa de letalidad.

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El cáncer de cuello uterino es causado por la infección persistente del epitelio cervical con los genotipos de alto riesgo del Virus del Papiloma Humano. Para su detección se realizan pruebas moleculares que detectan el gen L1 del VPH. Este gen puede perderse hasta en el 11 % de los casos durante la integración del ADN viral en el genoma del hospedero originando falsos negativos. Por otra parte, el oncogén E7 se expresa durante todas las etapas de progresión de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue estandarizar una PCR en tiempo real del oncogén E7 (E7-qPCR) para genotipificación y cuantificación de 6 VPH-AR. Los resultados muestran que la E7- qPCR amplificó VPH-16, -18, -31, -33, -35 y -45 con una alta sensibilidad con límites de detección desde 102 copias, eficiencias entre 90 y 110 %, valores R2 > 0,97 y análisis de curva de fusión que revelan productos específicos.

Cervical cancer is caused by persistent infection of the cervical epithelium with the high-risk genotypes of the Human Papilloma Virus (HR-HPV). For its detection, molecular tests are carried out that detect the L1 gene of HPV. This gene can be lost in up to 11 % of cases during the integration of viral DNA into the host genome, causing false negatives. On the other hand, the E7 oncogene is expressed during all stages of disease progression. The aim of this work was to standardize a real-time PCR of the E7 oncogene (E7-qPCR) for genotyping and quantification of 6 HR-HPV. The results show that the E7-qPCR amplified HPV-16, -18, -31, -33, -35 and -45 with high sensitivity with detection limits from 102 copies, efficiencies between 90 and 110 %, R2 values >0,97 and melting curve analysis revealing specific products.

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Background/Aims: COVID-19 pandemic has produced an increased burden for motility laboratories due to the need to implement measures to minimize infection risk during examinations. International Societies have proposed algorithms for evaluation of active infection risk using symptom questionnaires or performing COVID-19 specific detection tests. The aim of the present study is to evaluate prospectively the independent value of a symptom-based questionnaire and RT-PCR test to detect COVID-19 infection before a digestive motility examination. Patients/Methods: All patients referred for a motility study during a 4 month period with high incidence of COVID-19 in the community were prospectively evaluated with a symptom-questionnaire administered by phone one week before the examination, and a PCR test performed 48h before the examination, following international guidelines recommendations. Results: The symptom questionnaire could be obtained from 435 patients, 7 patients referred COVID-19 symptoms, but only 1 of them had a positive PCR. From 481 PCR tests performed, 8 were positive. Only 1 patient had reported symptoms in the previous questionnaire, and 2 additional patients developed COVID-19 symptoms later. Hence, 435 telephonic questionnaires should be done for one COVID-19 case detection (detection tax 0.22%); and 60 PCR should be performed for one COVID-19 case detection (detection tax 1.66%). Conclusions: The use of screening strategies prior to a motility exploration results in a low rate of infection detection, especially the use of subjective symptom questionnaires, and the correct protection measures during motility explorations with aerosol generation remain the cornerstone to prevent COVID-19 infections. (AU)

Antecedentes y objetivos: La implementación de medidas para minimizar el riesgo de infección por COVID-19 durante las exploraciones de motilidad digestiva ha producido una carga asistencial relevante. El objetivo del presente estudio es evaluar prospectivamente el valor independiente de un cuestionario basado en síntomas y una prueba de RT-PCR para detectar la infección por COVID-19 antes de una prueba de motilidad digestiva. Pacientes y métodos: Los pacientes derivados para estudio de motilidad durante un período de 4 meses con alta incidencia de COVID-19 fueron evaluados prospectivamente con un cuestionario telefónico de síntomas una semana antes de la exploración y un test de PCR realizado 48 h antes de la prueba. Resultados: El cuestionario de síntomas se pudo obtener de 435 pacientes, 7 pacientes refirieron síntomas de COVID-19 (solo uno de ellos tuvo PCR positiva). De 481 pruebas PCR realizadas, 8 dieron positivo. Solo un paciente había informado síntomas en el cuestionario anterior y 2 pacientes adicionales desarrollaron síntomas de COVID 19 más tarde. Se debieron realizar 435 cuestionarios para la detección de un caso de COVID-19 (tasa de detección del 0,22%) y 60 PCR para la detección de un caso de COVID-19 (tasa de detección del 1,66%). Conclusiones: El uso de estrategias de screening previo a una exploración de motilidad resulta en una baja tasa de detección de infecciones, especialmente el uso de cuestionarios de síntomas subjetivos. Las correctas medidas de protección durante las exploraciones de motilidad con generación de aerosoles siguen siendo la piedra angular para prevenir infecciones por COVID-19. (AU)

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Abstract When a SARS-CoV-2 RT-qPCR test is performed, it may determine an indirect measureof viral load called cycle threshold (Ct). Respiratory samples with Ct <25.0 cycles are consideredto contain a high viral load. We aimed to determine whether SARS-CoV-2 Ct at diagnosis couldpredict mortality in patients with hematologic malignancies (lymphomas, leukemias, multiplemyeloma) who contracted COVID-19. We included 35 adults with COVID-19 confirmed by RT-qPCR performed at diagnosis. We evaluated mortality due to COVID-19 rather than mortalitydue to the hematologic neoplasm or all-cause mortality. Twenty-seven (27) patients survivedand 8 died. The global mean Ct was 22.8 cycles with a median of 21.7. Among the survivors,the mean Ct was 24.2, and the median Ct value was 22.9 cycles. In the deceased patients, themean Ct was 18.0 and the median Ct value was 17.0 cycles. Using the Wilcoxon Rank Sum test,we found a significant difference (p = 0.035). SARS-CoV-2 Ct measured in nasal swabs obtainedat diagnosis from patients with hematologic malignancies may be used to predict mortality.

Resumen Cuando se realiza una RT-qPCR para SARS-CoV-2, es posible determinar una medidaindirecta de la carga viral llamada umbral de ciclado (Ct). Las muestras respiratorias con Ct<25,0 ciclos se consideran de alta carga viral. Nos propusimos determinar si el Ct para SARS-CoV-2 al diagnóstico predice la mortalidad en pacientes con neoplasias hematológicas (linfomas,leucemias, mielomas) que contrajeron COVID-19. Incluimos 35 adultos con COVID-19 confirmadopor RT-qPCR al diagnóstico. Evaluamos la mortalidad por COVID-19, no la mortalidad por la neo-plasia hematológica o la mortalidad por cualquier causa. De los 35 pacientes, 27 sobrevivierony 8 fallecieron. El Ct global medio fue 22,8 ciclos con una mediana de 21,7 ciclos. Entre lossobrevivientes, el Ct medio fue 24,2 ciclos con una mediana de 22,9 ciclos. Entre los fallecidos,el Ct medio fue 18,0 y el Ct mediano fue 17,0 ciclos. Empleando la prueba de suma de rangosde Wilcoxon, encontramos una diferencia significative (p = 0,035). En pacientes con neoplasiashematológicas infectados con coronavirus, el Ct de SARS-CoV-2 medido en hisopados nasales almomento del diagnóstico podría ser utilizado para predecir la mortalidad.

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Fundamento: la depresión es una de las complicaciones no neurológicas más frecuentes en la enfermedad cerebrovascular isquémica. Objetivo: determinar la asociación de marcadores inflamatorios y de disfunción endotelial con la depresión en pacientes con enfermedad cerebrovascular isquémica. Métodos: se realizó un estudio analítico, prospectivo de corte transversal en pacientes con enfermedad cerebrovascular isquémica en fase aguda (N=22) y no aguda (N=37); atendidos en el Instituto de Neurología y Neurocirugía y el Hospital Manuel Fajardo, de La Habana, Cuba. Se recogieron variables demográficas, factores de riesgo, etiología y localización del infarto, deficiencia neurológica, discapacidad para las actividades de la vida diaria (índice de Barthel), neuropsicológicas (depresión por inventario de Beck y test de Hamilton). Se determinó proteína C-reactiva, alfa-1-antitripsina, complementos C3 y C4 y microalbuminuria. Resultados: las puntuaciones de las pruebas neuropsicológicas no tuvieron diferencias significativas entre la fase aguda y no aguda, pero hubo un aumento estadístico de la frecuencia de pacientes sin depresión y con ligera depresión en la fase no aguda. En la fase aguda, el complemento C4 y en la fase no aguda el complemento C3, la proteína C-reactiva y el alfa-1-antitripsina se correlacionaron directamente con la puntuación del inventario de Beck. La proteína C-reactiva y C3 se correlacionaron estadísticamente con la puntuación del test de Hamilton. En el análisis multivariado, la proteína C-reactiva mostró asociación independiente con el grado de depresión por el test de Hamilton. Conclusiones: la proteína C-reactiva pudiera estar relacionada con la severidad de la depresión, quizás por asociación con la discapacidad para las actividades de vida diaria.

Foundation: depression in ischemic cerebrovascular disease is one of the most frequent non-neurological complications. Objective: to determine the association of inflammatory markers and endothelial dysfunction with depression in patients with ischemic cerebrovascular disease. Methods: an analytical, prospective, cross-sectional study was carried out in patients with acute (N=22) and non-acute (N=37) ischemic cerebrovascular disease; treated at the Institute of Neurology and Neurosurgery; and the Manuel Fajardo Hospital, in Havana, Cuba. Demographic variables, risk factors, etiology and location of the infarction, neurological deficiency, disability for activities of daily living (Barthel index), neuropsychological (depression by Beck inventory and Hamilton test) were collected. C-reactive protein, alpha-1-antitrypsin, C3 and C4 complements, and microalbuminuria were determined. Results: the scores of the neuropsychological tests did not have significant differences between the acute and non-acute phase, but there was a statistical increase in the frequency of patients without depression and with slight depression in the non-acute phase. In the acute phase, C4, and in the non-acute phase, C3, C-reactive protein and alpha-1-antitrypsin were directly correlated with the Beck inventory score. C-reactive protein and C3 were statistically correlated with the Hamilton test score. In the multivariate analysis, C-reactive protein showed an independent association with the degree of depression by the Hamilton test. Conclusions: C-reactive protein could be related to the severity of depression, perhaps by association with the disability for activities of daily living.

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No existe medicación específica contra el SARS-CoV-2 y el tratamiento consiste fundamentalmente en medidas de soporte. La transfusión de plasma de convalecientes consiste en administrar pasivamente anticuerpos policlonales, que generan una respuesta inmune inmediata y disminuyen la carga viral. El objetivo del estudio fue describir la estadía hospitalaria y negativización de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real en pacientes positivos persistentes con el uso de plasma de convalecientes. Se realizó un estudio descriptivo transversal, prospectivo, en 8 pacientes positivos persistentes que recibieron dicho plasma, en el Hospital Universitario Clínico Quirúrgico «Cmdte. Manuel Fajardo» de septiembre a noviembre de 2020. El mayor por ciento de casos necesitó una dosis de plasma de convalecientes para negativizar el PCR-TR. La estadía hospitalaria más frecuente fue de 14 a 19 días, el 62,50 % de los pacientes, 24 horas después de administrada la última dosis de este plasma, negativizó el RCP-TR evolutivo.

There is no specific medication against SARS-CoV-2 and the treatment consists mainly of supportive measures. Convalescent plasma transfusion consists of passively administered polyclonal antibodies, which generate an immediate immune response and decrease viral load. The objective of the study was to describe hospital stay and real-time polymerase chain reaction negativization in persistently positive patients with the use of convalescent plasma. A prospective, cross-sectional and descriptive study was carried out in 8 persistently positive patients who received such plasma at "Cmdte. Manuel Fajardo" Clinical and Surgical University Hospital from September to November 2020. The highest percentage of cases required a dose of convalescent plasma to make the RT-PCR negative. The most frequent hospital stay was from 14 to 19 days; 62.50% of the patients had a negative evolutionary RT-PCR, 24 hours after administering the last dose of this plasma.

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OBJECTIVES: To characterize clinical aspects, evaluate the diagnostic opportunity, and identify factors associated with mortality in patients hospitalized for tuberculosis (TB). METHODS: Retrospective study of patients admitted for TB to a Regional Hospital in Chile between 2011 and 2019. RESULTS: 142 TB events required hospitalization in this period (38.2% of total cases). All risk groups were identified, with a significant increase in patients with diabetes mellitus. The pulmonary location was the most frequent (71.1%), followed by disseminated forms (16.2%). The sensitivity of microscopy smear in cases of pulmonary TB (isolated or combined) was 78.8% and lower in cases of bronchoalveolar lavage (58.3%). PCR was only occasionally applied (< 10%) with a sensitivity of 100% in sputum samples. Its use increased progressively and reached a positivity of 33% (6 out of 18 cases) in cases with negative sputum staining. The median time between symptom onset and diagnosis was prolonged (9 weeks), and 32.5% of all regional events were diagnosed at the hospital. Dose adjustments (22.1%), corticosteroid use (25%), and treatment interruptions were frequent (11%). Lethality reached 19%, and by multivariate analysis, only shock was associated with a fatal outcome. CONCLUSIONS: In this case series, the diagnosis of TB cases was delayed, scarcely diagnosed by molecular methods, highly concentrated at the hospital level, required admission in a large percentage of cases, and had a high case-fatality rate.

OBJETIVOS: Caracterizar aspectos clínicos, evaluar la oportunidad diagnóstica e identificar factores asociados a mortalidad en pacientes ingresados por tuberculosis (TB). MÉTODOS: Estudio retrospectivo de pacientes ingresados por TB a un Hospital Regional en Chile entre el 2011 y 2019. RESULTADOS: Un total de 142 eventos de TB requirieron hospitalización en el período (38,2% del total). Todos los grupos de riesgo fueron identificados con un aumento significativo de los pacientes con diabetes mellitus. La localización pulmonar fue la más frecuente (71,1%), seguida de la forma diseminada (2 o más sitios; 16,2%). La sensibilidad de la tinción de expectoración en casos de TB pulmonar (aislada o combinada) fue de 78,8% y más baja en casos de lavado broncoalveolar (58,3%). La PCR fue sólo ocasionalmente aplicada (< 10%) con una sensibilidad del 100% en muestras de expectoración. Su uso aumentó progresivamente en el período y el incremento diagnóstico de TB en casos con tinción negativa de expectoración estudiados con PCR fue de 33% (6 de 18 casos). La mediana entre inicio de síntomas y el diagnóstico fue prolongada (9 semanas) y el 32,5% de los eventos regionales fueron diagnosticados en el hospital. Los ajustes de dosis (22,1%), uso de corticoides (25%) e interrupciones del tratamiento fueron hechos frecuentes (11%). La letalidad alcanzó 19% y en el análisis multivariado sólo la aparición de shock se asoció a un desenlace fatal. CONCLUSIONES: En esta serie de casos, el diagnóstico de casos de TB fue tardío, infrecuentemente diagnosticado por métodos moleculares, concentrado en la atención terciaria, requirió hospitalización en un gran porcentaje de casos y tuvo una elevada letalidad.

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When a SARS-CoV-2 RT-qPCR test is performed, it may determine an indirect measure of viral load called cycle threshold (Ct). Respiratory samples with Ct <25.0 cycles are considered to contain a high viral load. We aimed to determine whether SARS-CoV-2 Ct at diagnosis could predict mortality in patients with hematologic malignancies (lymphomas, leukemias, multiple myeloma) who contracted COVID-19. We included 35 adults with COVID-19 confirmed by RT-qPCR performed at diagnosis. We evaluated mortality due to COVID-19 rather than mortality due to the hematologic neoplasm or all-cause mortality. Twenty-seven (27) patients survived and 8 died. The global mean Ct was 22.8 cycles with a median of 21.7. Among the survivors, the mean Ct was 24.2, and the median Ct value was 22.9 cycles. In the deceased patients, the mean Ct was 18.0 and the median Ct value was 17.0 cycles. Using the Wilcoxon Rank Sum test, we found a significant difference (p=0.035). SARS-CoV-2 Ct measured in nasal swabs obtained at diagnosis from patients with hematologic malignancies may be used to predict mortality.

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BACKGROUND/AIMS: COVID-19 pandemic has produced an increased burden for motility laboratories due to the need to implement measures to minimize infection risk during examinations. International Societies have proposed algorithms for evaluation of active infection risk using symptom questionnaires or performing COVID-19 specific detection tests. The aim of the present study is to evaluate prospectively the independent value of a symptom-based questionnaire and RT-PCR test to detect COVID-19 infection before a digestive motility examination. PATIENTS/METHODS: All patients referred for a motility study during a 4 month period with high incidence of COVID-19 in the community were prospectively evaluated with a symptom-questionnaire administered by phone one week before the examination, and a PCR test performed 48h before the examination, following international guidelines recommendations. RESULTS: The symptom questionnaire could be obtained from 435 patients, 7 patients referred COVID-19 symptoms, but only 1 of them had a positive PCR. From 481 PCR tests performed, 8 were positive. Only 1 patient had reported symptoms in the previous questionnaire, and 2 additional patients developed COVID-19 symptoms later. Hence, 435 telephonic questionnaires should be done for one COVID-19 case detection (detection tax 0.22%); and 60 PCR should be performed for one COVID-19 case detection (detection tax 1.66%). CONCLUSIONS: The use of screening strategies prior to a motility exploration results in a low rate of infection detection, especially the use of subjective symptom questionnaires, and the correct protection measures during motility explorations with aerosol generation remain the cornerstone to prevent COVID-19 infections.

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Introducción. Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son y seguirán siendo un serio problema de salud pública en todo el mundo según los datos de la OMS, con el agravante que la mayoría de los casos son asintomáticos y, además, no existe otro reservorio distinto al humano. El diagnóstico se puede realizar con pruebas tradicionales y moleculares, estas últimas incluyen la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), de las cuales existen varios tipos, entre ellas, la PCR múltiple que tiene la capacidad de detectar ITS polimicrobianas a partir de una sola muestra. El objetivo de este estudio fue establecer cuáles fueron las infecciones de transmisión sexual más frecuentes en diferentes grupos de pacientes, así como determinar la utilidad del uso de la técnica de PCR múltiple en el diagnóstico de las ITS. Metodología. Se trata de un estudio observacional de corte transversal realizado entre los años 2021 y 2022 con pacientes que acudieron al servicio de diagnóstico del Laboratorio Clínico VID por sospecha de ITS. Las muestras recolectadas fueron evaluadas utilizando una prueba comercial basada en la técnica de PCR múltiple e hibridación. Las muestras procesadas fueron: orina e hisopados de endocérvix, uretra, recto, faringe y úlceras. Resultados. Se estudiaron 1.027 pacientes, de estos, 228 (22,2 %) fueron positivos para diferentes agentes de trasmisión sexual, distribuidos así: 50 (21,9 %) mujeres, 129 (56,6 %) hombres heterosexuales y 49 (21,5 %) hombres que tenían sexo con hombres (HSH). La edad promedio de las mujeres fue 30 años, y la de ambos grupos de hombres fue 36 años. Los microorganismos más frecuentemente identificados en mujeres fueron: C. trachomatis (A-K) en 28,6 %, seguido de virus herpes simplex tipo 2 (VHS-2) en 26,8 % y N. gonorrhoeae en 17,9 %. En hombres heterosexuales fueron C. trachomatis (A-K) en 37,5 %, N. gonorrhoeae en 21,5 % y VHS-2 en 18,7 %. En HSH fueron C. trachomatis (L1-L3) en 32,7 %, seguido de N. gonorrhoeae en 27,6 %, y de C. trachomatis (A-K) y VHS-2, ambos en 13,8 %. En 11 hombres heterosexuales, 8 HSH y en 6 mujeres, se identificó infección polimicrobiana. Conclusiones. C. trachomatis (A-K) fue el microorganismo más prevalente causante de ITS, seguido de N. gonorrhoeae en ambos grupos de hombres, y de VHS-2 en las mujeres, muy similar a lo reportado a nivel mundial. La prueba de PCR múltiple permite la detección de infecciones polimicrobianas comúnmente asociadas a ITS y el diagnóstico es preciso y confiable, incluso en pacientes asintomáticos

Sexually transmitted infections (STIs) are and will continue to be a serious public health problem throughout the world according to WHO data, with the aggravating factor that most cases are asymptomatic and, furthermore, there is no other reservoir other than humans. The diagnosis can be made with traditional and molecular tests, the latter include the polymerase chain reaction (PCR), of which there are several types, among them, multiplex PCR that has the capacity to detect polymicrobial STIs from a single sample. The objective of this study was to establish which were the most frequent sexually transmitted infections in different groups of patients, as well as to determine the usefulness of the multiplex PCR technique in the diagnosis of STIs. Methodology. This is an observational, cross-sectional study carried out between 2021 and 2022 with patients who attended the VID Clinical Laboratory for suspected STIs. The collected samples were evaluated using a commercial test based on the multiplex PCR technique and hybridization. The samples processed were: urine and swabs from endocervix, urethra, rectum, pharynx, and ulcers. Results. The study included 1,027 patients, of these, 228 (22.2%) were positive for different sexually transmitted agents, distributed as follows: 50 (21.9%) women, 129 (56.6%) heterosexual men and 49 (21.5%) men who had sex with men (MSM). The average age of the women was 30 years, and that of both groups of men was 36 years. The microorganisms most frequently identified in women were: C. trachomatis (A-K) in 28.6%, followed by herpes simplex virus type 2 (HSV-2) in 26.8% and N. gonorrhoeae in 17.9%. In heterosexual men they were C. trachomatis (A-K) in 37.5%, N. gonorrhoeae in 21.5% and HSV-2 in 18.7%. In MSM they were C. trachomatis (L1-L3) in 32.7%, followed by N. gonorrhoeae in 27.6%, and C. trachomatis (A-K) and HSV-2, both in 13.8%. Polymicrobial infection was identified in 11 heterosexual men, 8 MSM, and 6 women. Conclusions. C. trachomatis (A-K) was the most prevalent STI-causing microorganism, followed by N. gonorrhoeae in both groups of men, and HSV-2 in women, very similar to that reported worldwide. The multiplex PCR test allows the detection of polymicrobial infections commonly associated with STIs and the diagnosis is accurate and reliable, even in asymptomatic patients

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Objetivos: determinar la frecuencia del gen mecA en Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) aislados de pacientes atendidos en un hospital de tercer nivel en la región Cajamarca, Perú; asimismo, determinar cuál de los dos antibióticos usados como screening fenotípico tiene mayor utilidad para explicar la presencia de dicho gen. Métodos: se analizaron 71 aislamientos bacterianos provenientes de muestras del Hospital Regional Docente de Cajamarca, la identificación de S. aureus se llevó a cabo mediante el equipo MicroScan. El screening fenotípico para resistencia a meticilina se realizó mediante la técnica de difusión, con discos de cefoxitina y oxacilina. La extracción de ADN se realizó mediante shock térmico, la detección del gen mecA se realizó mediante reacción en cadena de la polimerasa. El análisis estadístico se realizó con el software SPSS v.25. Resultados: de los 71 aislados, 40 (56,3%) fueron MRSA portadores del gen mecA, la mayoría de estos aislamientos correspondieron a pacientes hospitalizados 22 (31,0%), siendo más frecuentes en muestras de secreción bronquial 27 (38,0%). El screening fenotípico con disco de cefoxitina predijo mejor la presencia del gen mecA [P=0,010; Exp(B)= 12,3] en comparación con el disco de oxacilina. Conclusiones: este estudio demostró alta frecuencia de MRSA mecA positivo en muestras de origen clínico, principalmente de pacientes hospitalizados. Es importante establecer medidas de vigilancia para identificar MRSA en todos los hospitales de la región.

Objective: to determine the frequency of the mecA gene in methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolated from patients treated at a third-level hospital in the Cajamarca region, Peru; as well as, to determine which of the two antibiotics used as phenotypic screening is more useful in explaining the presence of said gene. Methods: 71 bacterial isolates were analyzed from samples obtained from the Hospital Regional Docente of Cajamarca. The identification of S. aureus was carried out using the MicroScan system. Phenotypic screening for resistance to methicillin was performed using the diffusion technique with cefoxitin and oxacillin discs. DNA extraction was performed by heat shock, mecA gene detection was performed through polymerase chain reaction. For data analysis, the statistical software SPSS v.25 was used. Results: from 71 isolates, 40 (56,3%) were MRSA carriers of the mecA gene, the majority of these isolates corresponded to hospitalized patients 22 (31,0%), being more frequent in bronchial secretion samples 27 (38,0%). Phenotypic screening with cefoxitin disc was a better predictor for the presence of the mecA gene [P=0,010; Exp(B)= 12,3] compared to the oxacillin disc. Conclusions: It is shown a high frequency of positive MRSA mecA in samples of clinical origin, mainly from hospitalized patients. It is important to establish surveillance guidelines to identify MRSA in all hospitals in the region.

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Introducción: La hepatitis C constituye un problema de salud pública mundial por su prevalencia y progresión a la cronicidad. El tratamiento de la hepatitis C con drogas antivirales de acción directa ha revolucionado la práctica de la hepatología clínica por la posibilidad de curar a la mayoría de los pacientes con tratamientos cortos y sin efectos adversos significativos. Objetivo: Caracterizar los pacientes con hepatitis C que recibieron tratamiento con drogas antivirales de acción directa en la provincia Camagüey. Métodos: Se realizó un estudio observacional descriptivo, transversal y retrospectivo en la provincia Camagüey durante el período del 4 de enero del año 2021 al 28 de marzo del año 2022. El universo de estudio estuvo constituido por 405 pacientes con diagnóstico de hepatitis C en la provincia. La muestra por 110 pacientes que hicieron tratamiento con ribavirina e interferón pegilado y no resolvieron pues sus cargas siguió detectables. Resultados: Se observó un predominio de los pacientes con hepatitis C en el grupo de edad de 55-59 años, sexo masculino, con 1 a 3 años de diagnosticada la enfermedad. No todos terminaron el tratamiento debido a la ocurrencia de fallecimientos. Los que cumplieron con el uso de las drogas antivirales de acción directa sofosbuvir y daclatasvir durante las 12 semanas, en su gran mayoría sus cargas virales resultaron no detectables fundamentalmente en población, no así en los hemodializados aunque estos disminuyeron sus cifras con relación a las que tenían antes de iniciar el tratamiento. Conclusiones: El tratamiento resultó ser efectivo.

Introduction: Hepatitis C constitutes a global public health problem due to its prevalence and progression to chronicity. The treatment of hepatitis C with direct-acting antiviral drugs has revolutionized the practice of clinical hepatology due to the possibility of curing the majority of patients with short treatments and without significant side effects. Objective: To characterize patients with hepatitis C who received treatment with direct-acting antiviral drugs in Camagüey province. Methods: A descriptive, cross-sectional and retrospective observational study was carried out in the Camagüey province during the period from January 4th, 2021 to March 28th, 2022. The universe of study consisted of 405 patients diagnosed with hepatitis C in the province. The sample was made up of 110 patients who underwent treatment with ribavirin and pegylated interferon and did not resolve as their charges continued to be detectable. Results: A predominance of patients with hepatitis C was observed in the age group of 55-59 years, male, with 1 to 3 years of diagnosis of the disease. Not all patients completed treatment due to the occurrence of deaths. Those who complied with the use of the direct-acting antiviral drugs sofosbuvir and daclatasvir during the 12 weeks, the vast majority of their viral loads were not detectable, mainly in the population, not so in the hemodialysis patients, although their figures decreased in relation to those who they had before starting treatment. Conclusions: The treatment turned out to be effective.

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Introducción: La COVID-19 es una preocupación mundial, requiere enfoque integral para reducir la transmisión, comenzando por la detección de casos, atención hospitalaria y seguimiento posterior. Objetivo: Caracterizar a pacientes positivos persistentes a COVID-19 en cuanto a epidemiología, clínica y datos de laboratorio. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo transversal en 16 pacientes positivos persistentes a SARS-CoV-2 diagnosticados por RCP-TR en hisopado nasofaríngeo, en el Hospital Comandante Manuel Fajardo Rivero de Santa Clara en el período de septiembre 2020 a noviembre 2020. Resultados: Predominó el sexo femenino en un 75 %, el grupo de edad más representativo fue de 40-59 años de edad (68,75 %), el 37,50 % de los casos fueron asintomáticos y el síntoma más frecuente fue la fiebre menor de siete días 31,25 %. Existió linfopenia en el hemograma inicial con media en 27,49, índice neutrófilo leucocitario por encima de tres en cuatro pacientes con una media inicial 3,42. Estadía hospitalaria de 20,75 días de promedio. La mitad no tenía historia de enfermedad conocida, la comorbilidad más frecuente fue la hipertensión arterial 43,75 %. El índice neutrófilo leucocitario por encima de tres en pacientes con comorbilidades, evolutivo para todos menor de tres. Conclusiones: Predominó el sexo femenino, el grupo de edad más representativo fue de 40-59 años, es frecuente que se presenten asintomáticos y la fiebre fue el síntoma más usual. Existió linfopenia en el hemograma inicial. La mitad de los contagiados sin comorbilidades. El índice neutrófilo leucocitario evolutivo fue menor de tres para todos los pacientes.

Introduction: COVID-19 is a global concern, it requires a comprehensive approach to reduce transmission, starting with case detection, hospital care and subsequent follow-up. Objective: To characterize persistent COVID-19 positive patients in terms of epidemiology, clinical and laboratory data. Methods: A cross-sectional descriptive study was carried out in 16 persistent SARS-CoV-2 positive patients diagnosed by RT-CPR in nasopharyngeal swab, at Comandante Manuel Fajardo Rivero Hospital of Santa Clara in the period from September 2020 to November 2020. Results: The female sex predominated in 75%, the most representative age group was 40-59 years of age (68.75%), 37.50% of the cases were asymptomatic and the most frequent symptom was fever less than seven days 31.25%. There was lymphopenia in the initial hemogram with an average of 27.49, and a leukocyte neutrophil index above three in 4 patients with an initial average of 3.42. Hospital stay of 20.75 days on average. Half had no history of known disease, the most frequent comorbidity was arterial hypertension 43.75 %. The neutrophil leukocyte index above 3 in patients with comorbidities, evolutionary for all pariente was less than 3. Conclusions: The female sex predominates, the most representative age group is 40-59 years, it is frequent that they present asymptomatic and fever is the most usual symptom. There is lymphopenia on the initial blood count. Half of those infected without comorbidities. The evolutionary leukocyte neutrophil index was less than 3 for all patients.

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Introducción: La técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una herramienta diagnóstica altamente específica, pero muy sensible. Su susceptibilidad a la contaminación constituye el principal problema en los laboratorios. Por ello, es urgente conocer las posibles causas de su origen, así como prevenirlas y contar con varios métodos para su eliminación. Objetivo: Describir los elementos claves para evitar la contaminación en el Laboratorio de Biología Molecular de la provincia Holguín. Métodos: Se realizó una revisión bibliográfica en la base de datos de Google académico y en artículos relevantes relacionados con el tema. Además, se tomó como referencia las Orientaciones sobre la bioseguridad en el laboratorio relacionada con la COVID-19 de la Organización Mundial de la Salud, versión 2021. Información, análisis y síntesis: Se recomienda llevar a cabo una valoración institucional del riesgo para identificar los peligros específicos de cada etapa del proceso: exposición a aerosoles, posibles salpicaduras, derrames de materiales y riesgos químicos relacionados con los reactivos. Cada etapa debe tener su riesgo evaluado. La prevención de la contaminación de una PCR comienza con la distribución de las zonas, por eso el flujo de trabajo en un laboratorio de biología molecular es solo en una dirección: de pre-PCR a PCR. Además de la aplicación de normas generales, se deben tomar otras medidas de eliminación de riesgos como el control de ingeniería, la eficacia germicida de la luz ultravioleta y el control de la contaminación del laboratorio. Conclusiones: Evitar la contaminación en el laboratorio de Biología Molecular de la provincia Holguín en el curso de la pandemia de SARS-CoV-2 es de vital importancia en la calidad de los servicios de salud.

Introduction: The polymerase chain reaction (PCR) technique is a highly specific but very sensitive diagnostic tool. Its susceptibility to contamination is the main problem in laboratories. Therefore, taking into account the possible causes of its origin, preventing it and having several methods for its elimination is of paramount importance. Objective: To describe the key elements to avoid contamination at the Molecular Biology Laboratory in Holguin province. Methods: A literature review was conducted in the Google Scholar database and in relevant articles related to the topic. In addition, the Laboratory biosafety guidance related to coronavirus disease (COVID-19) version 2021 was used as a reference. Information, analysis and synthesis: It is recommended to conduct an institutional risk assessment to identify the specific hazards of each stage of the process: exposure to aerosols, possible splashes, material spills and chemical hazards related to reagents. Preventing contamination of a PCR starts with the layout of the areas, that is why the workflow in a molecular biology laboratory is only in one direction: from pre-PCR to PCR. In addition to the application of general standards, other hazard elimination measures such as engineering control, germicidal efficacy of ultraviolet light, and laboratory contamination control must be taken. Conclusions: Avoiding contamination in the Molecular Biology Laboratory in Holguin province in the course of the SARS-CoV-2 pandemic is vital for the quality of health services.

Asunto(s)