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1.
Rev. biol. trop ; Rev. biol. trop;72(1): e49359, ene.-dic. 2024. graf
Artículo en Inglés | LILACS, SaludCR | ID: biblio-1559319

RESUMEN

Abstract Introduction: A recent revision of the generic classification of the Trochilidae based on DNA sequences revealed many inconsistencies with the current generic classification, largely based on plumage characters subject to homoplasy, especially in the Trochilini, the largest tribe. A thorough generic reorganization brought the classification into accord with the phylogeny, but due to lack of genetic data, two species remained unclassified. One of these was the Mangrove Hummingbird, "Amazilia" boucardi, endemic to Costa Rica and included in the IUCN red list of threatened species. Objective: To obtain molecular evidence to clarify the generic relationships of "A." boucardi. Methods: We isolated DNA from tissues of this species and amplified 4 nuclear and 4 mitochondrial fragments and compared these with homologous fragments from 56 species in the Trochilini, constructing phylogenetic trees with maximum likelihood and Bayesian methods. Results: Our phylogenetic analyses confirmed the placement of boucardi in the Trochilini and definitely excluded it from Amazilia but placed it with high confidence in the genus Chrysuronia Bonaparte, 1850, within which its closest relative is C. coeruleogularis, which also inhabits mangroves. Conclusions: Our genetic data based on nuclear and mitochondrial regions clearly indicate the relationship of A. boucardi and L. coeruleogularis. Moreover, it is also supported by their habitat distribution in the mangroves of the Pacific coast of Costa Rica and Western Panama. Therefore, we suggested to exclude A. boucardi as "incertae sedis".


Resumen Introducción: Una revisión reciente de la clasificación de la familia Trochilidae con base en secuencias de ADN demostró muchas incongruencias con la clasificación genérica previa, que había sido hecho con base en caracteres del plumaje muy sujetos a homoplasia, especialmente en la tribu más grande, Trochillini. Una reorganización de los géneros logró llevar su clasificación genérica a la concordancia con la filogenia, pero debido a la ausencia de datos genéticos, dos especies permanecieron sin clasificar. Una de estas fue el colibrí de manglar Amazilia boucardi, una especie endémica de Costa Rica, considerada como amenazada en la lista roja de la UICN. Objetivo: Obtener evidencia molecular para esclarecer las relaciones genéricas de A. boucardi. Métodos: Se aisló ADN de tejidos de esta especie y se amplificaron 4 fragmentos de ADN del núcleo y 5 de la mitocondria, y se compararon con fragmentos homólogos de 56 especies en la tribu Trochillini, generando árboles filogenéticos con métodos de máxima verosimilitud y bayesiano. Resultados: Los análisis filogénticos obtenidos confirmaron la ubicación de boucardi en Trochilini y definitivamente la excluyó del género Amazilia, pero la ubicó con un alto grado de confianza en el género Chrysuronia Bonaparte, 1850, dentro los cuales su pariente más cercano es C. coeruleogularis, que también habita manglares. Conclusiones: Nuestros datos genéticos basados en regiones nucleares y mitocondriales indican claramente la relación entre A. boucardi and L. coeruleogularis. Es más, lo anterior se sustenta por su distribución en los manglares de la costa Pacífica de Costa Rica y oeste de Panamá. Por lo tanto, sugerimos excluir a A. boucardi como "incertae sedis".


Asunto(s)
Animales , Aves/clasificación , ADN/análisis , Filogenia , Costa Rica , Genes Mitocondriales
2.
PhytoKeys ; 247: 11-27, 2024.
Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-39372657

RESUMEN

Here we describe and illustrate Pleromacanastrense sp. nov and Pleromaviscosa sp. nov. two new species of the Melastomateae tribe from Serra da Canastra National Park, Minas Gerais, Brazil. We also provide an updated identification key for the members of the tribe that occur in this Protected Area. Pleromacanastrense sp. nov. has coriaceous leaves, broadly ovate to orbicular leaf blade, entire and adpressed-strigose margin, 11-17 basal acrodromous veins, and flowers with white petals. Pleromaviscosa sp. nov. has the younger branches, both side of the leaf blade, bracteoles, hypanthium, and sepals, densely covered by viscous trichomes, as well as prominent secondary veins on the abaxial surface of the blade. Both species have stamens with a short pedoconnective and an inconspicuous ventral appendage. In addition to the descriptions of new species, we present comments, geographic distribution data, conservation status and images of plants in the field. We recommend that P.canastrense and P.viscosa should be included as of 'Least Concern' (LC) in the IUCN Red List.


ResumoDescrevemos e ilustramos aqui Pleromacanastrense sp. nov e Pleromaviscosa sp. nov., duas novas espécies da tribo Melastomateae do Parque Nacional da Serra da Canastra, Minas Gerais, Brasil. Fornecemos também uma chave de identificação atualizada para os membros da tribo que ocorrem nesta área protegida. Pleromacanastrense sp. nov. apresenta folhas coriáceas, lâmina foliar amplamente oval a orbicular, margem inteira e estrigosa, 11­17 nervuras acródromas basais e flores com pétalas brancas. Enquanto Pleromaviscosa sp. nov. apresenta os ramos mais jovens, ambas as faces da lâmina foliar, bractéolas, hipanto e sépalas densamente cobertos com tricomas viscosos, além de nervuras secundárias proeminentes na face abaxial da lâmina. As duas espécies apresentam estames com pedoconectivo curto e apêndice ventral inconspícuo. Além das descrições das novas espécies, apresentamos comentários, dados de distribuição geográfica, estado de conservação e imagens das plantas no campo. Recomendamos que P.canastrense e P.viscosa sejam incluídas na categoria 'Pouco Preocupante' na Lista Vermelha da IUCN.

3.
Rev. chil. infectol ; Rev. chil. infectol;41(2): 218-224, abr. 2024. ilus, tab
Artículo en Español | LILACS | ID: biblio-1559677

RESUMEN

Los dermatofitos son un grupo de hongos responsables de las dermatofitosis o tiñas, pudiendo afectar piel, uñas y pelo. En la actualidad están constituidos por los géneros Epidermophyton, Trichophyton, Microsporum, Arthroderma, Paraphyton, Lophophyton y Nannizzia. El examen microscópico directo y el cultivo en agar siguen siendo el estándar de oro para la identificación, sin embargo, en ocasiones se requiere de la biología molecular para poder corroborar una determinada especie. Dependiendo de la localización, del número de lesiones y de la extensión, el tratamiento de las dermatofitosis puede ser tópico o sistémico. Trichophyton indotineae y T tonsurans pueden expresar resistencia a la terbinafina y azoles, respectivamente.


Dermatophytes are a group of fungi responsible for dermatophytosis or ringworm, which can affect the skin, nails and hair. Currently, they are assembled by the genera Epidermophyton, Trichophyton, Microsporum, Arthroderma, Paraphyton, Lophophyton and Nannizzia. Direct microscopic examination and culture on agar remain the gold standard for identification, however, molecular biology is sometimes required to confirm a certain species. Depending on the location, the number of lesions and the extension, the treatment of dermatophytosis can be topical or systemic. Trichophyton indotineae and T tonsurans can express resistance to terbinafine and azoles, respectively.


Asunto(s)
Humanos , Tiña/diagnóstico , Tiña/tratamiento farmacológico , Arthrodermataceae/clasificación
4.
Rev. biol. trop ; Rev. biol. trop;72(supl.1): e58997, Mar. 2024. tab, graf
Artículo en Inglés | LILACS, SaludCR | ID: biblio-1559342

RESUMEN

Abstract Introduction: Molecular divergence thresholds have been proposed to distinguish recently separated evolutive units, often displaying more accurate putative species assignments in taxonomic research compared to traditional morphological approaches. This makes DNA barcoding an attractive identification tool for a variety of marine invertebrates, especially for cryptic species complexes. Although GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD) are the major sequence repositories worldwide, very few have tested their performance in the identification of echinoderm sequences. Objective: We use COI echinoderm sequences from local samples and the molecular identification platforms from GenBank and BOLD, in order to test their accuracy and reliability in the DNA barcoding identification for Central American shallow water echinoderms, at genus and species level. Methods: We conducted sampling, tissue extraction, COI amplification, sequencing, and taxonomic identification for 475 specimens. The 348 obtained sequences were individually enquired with BLAST in GenBank as well as using the Identification System (IDS) in BOLD. Query sequences were classified depending on the best match result. McNemar's chi-squared, Kruskal-Wallis's and Mann-Whitney's U tests were performed to prove differences between the results from both databases. Additionally, we recorded an updated list of species reported for the shallow waters of the Central American Pacific. Results: We found 324 echinoderm species reported for Central American Pacific shallow waters. Only 118 and 110 were present in GenBank and BOLD databases respectively. We proposed 325 solved morphology-based identities and 21 provisional identifications in 50 putative taxa. GenBank retrieved 348 molecular-based identifications in 58 species, including twelve provisional identifications in tree taxa. BOLD recovered 170 COI identifications in 23 species with one provisional identification. Nevertheless, 178 sequences retrieved unmatched terms (in 34 morphology-based taxa). Only 86 sequences (25 %) were retrieved as correct identifications and 128 (37 %) as identification errors in both platforms. We include 84 sequences for eleven species not represented in GenBank and 65 sequences for ten species in BOLD Echinoderm COI databases. The identification accuracy using BLAST (175 correct and 152 incorrect identifications) was greater than with IDS engine (110 correct and 218 identification errors), therefore GenBank outperforms BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusions: Additional echinoderm sample references are needed to improve the utility of the evaluated DNA barcoding identification tools. Identification discordances in both databases may obey specific parameters used in each search algorithm engine and the available sequences. We recommend the use of barcoding as a complementary identification source for Central American Pacific shallow water echinoderm species.


Resumen Introducción: Se han propuesto los umbrales de divergencia molecular para distinguir unidades evolutivas recientemente separadas, que a menudo muestran asignaciones de especies putativas más precisas en la investigación taxonómica en comparación con los enfoques morfológicos tradicionales. Esto hace que los Códigos de Barras de ADN sean una herramienta de identificación atractiva para una variedad de invertebrados marinos, especialmente para complejos de especies crípticas. Aunque GenBank y Barcode of Life Data System (BOLD) son los principales repositorios de secuencias en todo el mundo, muy pocos han probado su desempeño en la identificación de secuencias de equinodermos. Objetivo: Utilizamos secuencias de equinodermos COI de muestras locales y las plataformas de identificación molecular de GenBank y BOLD, para probar su precisión y confiabilidad en la implementación de códigos de barras de ADN para equinodermos de aguas someras de Centroamérica, a nivel de género y especie. Métodos: Realizamos muestreo, extracción de tejido, amplificación de COI, secuenciación e identificación taxonómica de 475 especímenes. Las 348 secuencias obtenidas fueron consultadas individualmente con BLAST en GenBank así como utilizando el Sistema de Identificación (IDS) en BOLD. Las secuencias consultadas se clasificaron según el mejor resultado de coincidencia. Se realizaron las pruebas chi-cuadrado de McNemar, Kruskal-Wallis y U de Mann-Whitney para comprobar diferencias entre los resultados de ambas bases de datos. Además, registramos una lista actualizada de especies reportadas para las aguas someras del Pacífico Centroamericano. Resultados: Encontramos 324 especies de equinodermos reportadas para aguas someras (< 200 m) del Pacífico centroamericano. Sólo 118 y 110 estaban presentes en las bases de datos GenBank y BOLD respectivamente. Propusimos 325 identidades resueltas basadas en morfología y 21 identificaciones provisionales en 50 taxones putativos. GenBank recuperó 348 identificaciones de base molecular en 58 especies, incluidas doce identificaciones provisionales en tres taxones. BOLD recuperó 170 identificaciones de COI en 23 especies con una identificación provisional. Sin embargo, 178 secuencias recuperaron términos no coincidentes (en 34 taxones basados en morfología). Sólo 86 secuencias (25 %) se recuperaron como identificaciones correctas y 128 (37 %) como errores de identificación en ambas plataformas. Incluimos 84 secuencias para once especies no representadas en GenBank y 65 secuencias para diez especies ausentes en las bases de datos BOLD Echinoderm COI. La precisión de la identificación usando BLAST (175 identificaciones correctas y 152 incorrectas) fue mayor que con el motor IDS (110 correctas y 218 errores de identificación), por lo tanto, GenBank supera a BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusiones: Se necesitan muestras adicionales de equinodermos de referencia para mejorar la utilidad de las herramientas de identificación de códigos de barras de ADN evaluadas. Las discordancias de identificación en ambas bases de datos pueden obedecer a parámetros específicos utilizados en cada algoritmo de búsqueda y a las secuencias disponibles. Recomendamos el uso de códigos de barras como fuente de identificación complementaria para las especies de equinodermos de aguas someras del Pacífico centroamericano.


Asunto(s)
Animales , ADN , Procesamiento Automatizado de Datos , Equinodermos/clasificación , Muestreo Estratificado , Costa Rica
5.
PhytoKeys ; 237: 117-139, 2024.
Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38292077

RESUMEN

Chile's distinctive flora, geographical isolation, and complex topography collectively contribute to a notable endemic species diversity, particularly within central regions identified as critical areas for biodiversity conservation. The cactus genus Eriosyce, as currently circumscribed, encompasses seven sections, with Eriosycesect.Horridocatus presenting a notably complex species group. This study investigates the E.curvispina complex, a member of the Notocacteae tribe common in central Chile, by incorporating new populations and examining phylogenetic relationships using four plastid and one nuclear molecular marker. The phylogenetic analysis of sampled individuals identified nine independent lineages, each warranting recognition at the species rank. Despite minimal morphological differences among taxa, morphological characters were utilized to support and stabilize the DNA-based phylogenetic hypothesis. The results highlight the high taxonomic diversity in these cactus lineages and have implications for the classification of the E.curvispina complex, including new combinations and proposals of conservation status.


ResumenLa flora distintiva de Chile, su aislamiento geográfico y topografía compleja contribuyen colectivamente a una notable diversidad de especies endémicas, particularmente dentro de las regiones centrales identificadas como áreas críticas para la conservación de la biodiversidad. El género de cactus Eriosyce, tal como está circunscrito actualmente, abarca siete secciones, presentando Eriosycesect.Horridocatus un grupo de especies notablemente complejo. Este estudio investiga el complejo E.curvispina, un miembro de la tribu Notocacteae común en Chile central, incorporando nuevas poblaciones y examinando las relaciones filogenéticas utilizando cuatro marcadores moleculares del cloroplasto y uno nuclear. El análisis filogenético de las poblaciones muestreadas identificó nueve linajes independientes, cada uno mereciendo reconocimiento a nivel de especie. A pesar de las mínimas diferencias morfológicas entre los taxones, se utilizaron caracteres morfológicos para apoyar y estabilizar la filogenia basada en ADN. Los resultados resaltan la alta diversidad taxonómica en estos linajes de cactus y tienen implicaciones para la clasificación del complejo E.curvispina, incluyendo nuevas combinaciones y propuestas de estado de conservación.

6.
Rev. peru. biol. (Impr.) ; 31(1): e26253, Jan.-Mar. 2024. graf
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1565773

RESUMEN

Abstract In this study, a new species of Monogenoidea, Cosmetocleithrum amazonensis n. sp., parasitizing the gills of the silurid Auchenipterichthys coracoideus (Eigenmann & Allen, 1942), is documented. Cosmetocleithrum amazonensis n. sp. is distinguished from all other congeners by possessing an elongated, sclerotized, and sinuous male copulatory organ (MCO) with poorly defined spirals, a sclerotized border at the base, and the distal region supported by the accessory piece. The accessory piece is a single, robust, and non-articulated plate with the MCO. This study presents the third record of a Monogenoidea species in an Auchenipteridae (Siluriformes) host from Peru.


Resumen En este trabajo se registra una nueva especie de Monogenoidea, Cosmetocleithrum amazonensis n. sp., parasitando las branquias del silurido Auchenipterichthys coracoideus (Eigenmann & Allen, 1942). Cosmetocleithrum amazonensis n. sp. se distingue de todas las demás especies congéneres por poseer un órgano copulador masculino (OCM) tubo alargado, esclerotizado y sinuoso, con espirales poco definidos, base con borde esclerotizado y con la región distal apoyada sobre la pieza accesoria. La pieza accesoria es una placa única, robusta y no articulada con el OCM. En este estudio se presenta el tercer registro de una especie de Monogenoidea en un hospedero Auchenipteridae (Siluriformes) del Perú.

7.
Biota Neotrop. (Online, Ed. ingl.) ; 24(3): e20231578, 2024. graf
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1574131

RESUMEN

Abstract: The present study is a synopsis of the species of Myrcia occurring in Pernambuco, Brazil. We recorded 30 species distributed in eight sections: M. sect. Aguava (4), Myrcia sect. Aulomyrcia (9), M. sect. Calyptranthes (3), M. sect. Gomidesia (5), M. sect. Myrcia (4), M. sect. Reticulosae (2), M. sect. Sympodiomyrcia (2) and M. sect. Tomentosae (1), beyond Myrcia sp. which has not been included in any section yet. Myrcia laricina (O. Berg) Burret ex Luetzelb. and M. hirtiflora DC. are new records for the State. Myrcia arenaria had the first record for humid forest in the municipality of Brejo da Madre de Deus. This study provides an identification key, comments on morphological distinction, geographic distribution and habitat for all taxa. In addition, distribution maps, photographic plates with the distinctive characteristics of the species are included and the updating names of Calyptranthes, Gomidesia and Marlierea under Myrcia.


Resumo: O presente estudo é uma sinopse das espécies de Myrcia ocorrentes em Pernambuco, Brasil. Foram registradas 30 espécies distribuídas em oito seções: M. sect. Aguava (4), Myrcia sect. Aulomyrcia (9), M. sect. Calyptranthes (3), M. sect. Gomidesia (5), M. sect. Myrcia (4), M. sect. Reticulosae (2), M. sect. Sympodiomyrcia (2) e M. sect. Tomentosae (1), além de Myrcia sp. até o momento não incluída em nenhuma seção. Myrcia laricina (O. Berg) Burret ex Luetzelb. and M. hirtiflora DC. são novos registros para o Estado. Myrcia arenaria teve o primeiro registro para floresta úmida no município de Brejo da Madre de Deus. Esse estudo traz uma chave de identificação, comentários de distinção morfológica e de distribuição geográfica e habitat para todos os táxons. Além disso, são incluídos mapas de distribuição, pranchas fotográficas com as características distintivas das espécies e atualização dos nomes de Calyptranthes, Gomidesia e Marlierea em Myrcia.

8.
Braz. j. biol ; 84: e262374, 2024. tab, graf, mapas, ilus
Artículo en Inglés | VETINDEX | ID: biblio-1384075

RESUMEN

Entomopathogenic nematodes (EPNs) from Heterorhabditidae and Steinernematidae families are extensively used to control insect pests. In Brazil, however, relatively few studies have identified and characterized these entomopathogens. The objective of this study was to identify and characterize an EPN isolate obtained from soil samples collected in the state of Paraná, Brazil. An isolate (UEL 08) of Heterorhabditis was detected in a soil sample collected from a pasture area cultivated with Brachiaria grass in Londrina, state of Paraná, Brazil (23°34ʹ311ʹʹS, 050°58ʹ298ʹʹW), using the insect-baiting technique with Galleria mellonella larvae as hosts. The nematode was identified through morphometric studies and molecular analyses based on amplification of the rDNA ITS region. Although we identified certain morphometric differences compared with the original description, the molecular data indicated that the ITS sequence obtained for the UEL 08 isolate is identical to the reference sequence of H. amazonensis (DQ665222) and presented 100% similarity. Thus, the findings of our morphological and molecular studies confirmed that the isolated nematode is H. amazonensis, which is the first time this species has been registered in Paraná. Study of the biological characteristics of H. amazonensis (UEL 08) revealed that the isolate has two distinct life cycles ­ one short (216 h) and the other long (288 h) ­ and produces two generations in both cycles. We observed that H. amazonensis (UEL 8) was pathogenic and virulent to the three evaluated hosts, although with different virulence against these hosts. The larvae of G. mellonella and Alphitobius diaperinus were more susceptible than adult Dichelops (Diacereus) melacanthus, with 100%, 85%, and 46% mortality, respectively. Furthermore, an in vivo production assay revealed a mean daily yield of 3.4 × 103 infective juveniles/g host larvae.


Nematoides entomopatogênicos (NEP) das famílias Heterorhabditidae e Steinernematidae são amplamente utilizados no controle de insetos-pragas. No Brasil, os estudos relacionados a caracterização e identificação destes entomopatógenos são recentes e escassos. Nesse sentido, o objetivo deste estudo foi isolar NEP de amostras de solos coletadas em diferentes áreas no estado do Paraná, Brasil. Um isolado Heterorhabditis (UEL 08) detectado em amostra de solo em área de pastagem cultivada com braquiária, localizada em Londrina, Paraná, Brasil (23º34´311´´S, 050º58´298´´W), utilizando o método de "inseto-isca" com lagartas de Galleria mellonella. Para a identificação foram realizados estudos de morfometria e identificação molecular a partir da amplificação da região ITS. Algumas diferenças foram encontradas em termos de morfometria em comparação com a descrição original, entretanto, os dados moleculares demonstraram que a sequência obtida para o isolado UEL 08 é idêntica à sequência de referência de H. amazonensis (DQ665222), com a qual apresentou 100% de similaridade. Os estudos das características biológicas de H. amazonensis (UEL 08) revelaram que o isolado tem dois ciclos de vida distintos, um curto (216 h) e outro longo (288 h), sendo que ocorrem duas gerações em ambos os ciclos. O isolado UEL 08 H. amazonensis foi patogénico e virulento sobre os três hospedeiros avaliados. Notadamente, as larvas de G. mellonella e Alphitobius diaperinus foram consideradas mais susceptíveis do que os adultos do percevejo Dichelops (Diacereus) melacanthus, com percentagens de mortalidade de 100%, 85% e 46% de mortalidade, respectivamente. O ensaio de produção in vivo revelou um rendimento médio diário de 3,4 × 103 juvenis infectantes/g de larva hospedeira.


Asunto(s)
Animales , Control Biológico de Vectores , Entomología , Nematodos/anatomía & histología
9.
Braz. j. biol ; 84: e256673, 2024. tab, ilus
Artículo en Inglés | VETINDEX | ID: biblio-1403861

RESUMEN

The analysis of curated genomic, metagenomic and proteomic data is of paramount importance in the fields of biology, medicine, education, and bioinformatics. Although this type of data is usually hosted in raw format on free international repositories, the full access requires lots of computing power and large storage disk space for the domestic user. The purpose of the study is to offer a comprehensive set of microbial genomic and proteomic reference databases in an accessible and easy-to-use form to the scientific community and demonstrate its advantages and usefulness. Also, we present a case study on the applicability of the sketched data, for the determination of overall genomic coherence between two members of the Brucellacea family, which suggests they belong to the same genomospecies that remain as discrete ecotypes. A representative set of genomes, proteomes (from type material), and metagenomes were directly collected from the NCBI Assembly database and Genome Taxonomy Database (GTDB), associated with the major groups of Bacteria, Archaea, Virus, and Fungi. Sketched databases were subsequently created and stored on handy reduced representations by using the MinHash algorithm implemented in Mash software. The obtained dataset contains more than 133 GB of space disk reduced to 883.25 MB and represents 125,110 genomics/proteomic records from eight informative contexts, which have been prefiltered to make them accessible, usable, and user-friendly with limited computational resources. Potential uses of these sketched databases are discussed, including but not limited to microbial species delimitation, estimation of genomic distances and genomic novelties, paired comparisons between proteomes, genomes, and metagenomes; phylogenetic neighbor's exploration and selection, among others.


A análise de dados genômicos, metagenômicos e proteômicos com curadoria é de suma importância nos campos da biologia, medicina, educação e bioinformática. Embora esse tipo de dados geralmente seja hospedado em formato bruto em repositórios internacionais gratuitos, o acesso total requer muita capacidade de computação e grande espaço em disco de armazenamento para o usuário doméstico. Os objetivos do estudo são oferecer um conjunto abrangente de bancos de dados de referência genômica e proteômica microbiana de forma acessível e fácil de usar para a comunidade científica e demonstrar suas vantagens e utilidade. Além disso, apresentamos um estudo de caso sobre a aplicabilidade dos dados esboçados para a determinação da coerência genômica geral entre dois membros da família Brucellacea, o que sugere que eles pertencem às mesmas genomoespécies que permanecem como ecótipos discretos. Um conjunto representativo de genomas, proteomas (de material tipo) e metagenomas foi coletado diretamente do banco de dados NCBI Assembly e do banco de dados de taxonomia do genoma (GTDB), associada aos principais grupos de bactérias, Archaea, vírus e fungos. Bancos de dados esboçados foram subsequentemente criados e armazenados em representações reduzidas práticas usando o algoritmo MinHash implementado no software Mash. O conjunto de dados obtido contém mais de 133 GB de espaço em disco reduzido para 883,25 MB e representa 125,110 registros genômicos/proteômicos de oito contextos informativos, que foram pré-filtrados para torná-los acessíveis, utilizáveis ​​e amigáveis ​​com recursos computacionais limitados. Os usos potenciais desses bancos de dados esboçados são discutidos, incluindo, mas não se limitando, a delimitação de espécies microbianas, estimativa de distâncias genômicas e novidades genômicas, comparações emparelhadas entre proteomas, genomas e metagenomas, exploração e seleção filogenética de vizinhos, entre outros.


Asunto(s)
Clasificación , Genoma , Genes Microbianos
10.
Braz. j. biol ; 842024.
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1469329

RESUMEN

Abstract Horismenus camobiensis sp. nov. (Hymenoptera: Eulophidae), is described based on morphological, molecular and ecological data; this new species of chalcid wasp acts as hyperparasitoid of Opsiphanis invirae (Hübner, 1818) (Lepidoptera: Nymphalidae) in its parasitoid Cotesia invirae Salgado-Neto and Whitfield, 2019 (Hymenoptera: Braconidae). Diagnoses with morphological and molecular characters and illustrations are provided.


Resumo Horismenus camobiensis sp. nov. (Hymenoptera: Eulophidae) é descrita com base em dados morfológicos, moleculares e ecológicos; esta nova espécie Chalcididae atua como hiperparasitoide de Opsiphanis invirae (Hübner, 1818) (Lepidoptera: Nymphalidae) em pupas de seu parasitoide Cotesia invirae Salgado-Neto and Whitfield, 2019 (Hymenoptera: Braconidae). Caracteres diagnósticos morfológicos e moleculares e ilustrações de H. camobiensis são fornecidos.

11.
Braz. j. biol ; 842024.
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1469399

RESUMEN

Abstract Biological samples obtained from a small temporary pond of northern Colombia yielded the first record Coronatella undata Sousa, Elmoor-Loureiro and Santos, 2015 and of the male of C. monacantha (Sars, 1901) for Colombia. In this study, the morphology of female of Coronatella undata and female and male of C. monacantha was described and compared to other species within the genus. C. undata was originally described from Brazil and, among the species of the Coronatella monacantha complex, seems to be closely related to C. acuticostata (Sars, 1903). C. undata shows some similarities with C. monacantha, but it can be identified by important diagnostic characters such as: 1) posterior-ventral corner of valve with two denticles, 2) seta on exopodite of trunk limb II rudimentary, 3) filter comb of trunk limb II with six setae, 4) ODL seta of trunk limb I shorter than longest seta of IDL. C. monacantha is the most reported species in the Neotropical region and the male most resemble C. paulinae Sousa, Elmoor-Loureiro & Santos, 2015 in relation to (i), length/wide of postabdomen ratio (ii) basal spine almost straight and (iii)) long basal spine reaching the mid-length of basal spine. However, they can be separated by (i) number of lateral seta on the antennule, (ii) postanal angle, (iii) position of gonopore (iv) presence of a denticle on posterior-ventral corner of valve


Resumo Amostras biológicas obtidas de uma pequena lagoa temporária do norte da Colômbia proporcionaram o primeiro registro de Coronatella undata Sousa, Elmoor-Loureiro e Santos, 2015 e do macho de Coronatella monacantha (Sars, 1901) na Colômbia. Neste estudo, foi descrita a morfologia de fêmeas de C. undata e de fêmeas e machos de C. monacantha, comparando-a com outras espécies do gênero. Coronatella undata foi descrita originalmente no Brasil e, entre as espécies do complexo C. monacantha, parece estar intimamente relacionada com Coronatella acuticostata (Sars, 1903). Coronatella undata apresenta algumas semelhanças com C. monacantha, mas pode ser identificada por seus principais caracteres, tais como: 1) ângulo posterior ventral da valva com dois dentículos; 2) cerda rudimentar no exopodito do ramo do tronco II; 3) filtro da gnatobase do apêndice torácico II com seis cerdas; 4) cerda ODL do membro do tronco I mais curta que a cerda mais longa do IDL. Coronatella monacantha é a espécie mais relatada na região neotropical, e o macho se assemelha mais a Coronatella paulinae Sousa, Elmoor-Loureiro & Santos em relação à/ao: (i) razão comprimento / largura do pós-abdômen, (ii) espinho basal quase reto e (iii) espinho basal longo com a metade do comprimento do espinho basal. No entanto, eles podem ser separados pelo/pela: (i) número de cerdas laterais na antênula, (ii) ângulo postanal, (iii) posição do gonóporo e (iv) presença de dentículo no canto ventral posterior da valva.

12.
Braz. j. biol ; 84: e249008, 2024. graf
Artículo en Inglés | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1355893

RESUMEN

Abstract Horismenus camobiensis sp. nov. (Hymenoptera: Eulophidae), is described based on morphological, molecular and ecological data; this new species of chalcid wasp acts as hyperparasitoid of Opsiphanis invirae (Hübner, 1818) (Lepidoptera: Nymphalidae) in its parasitoid Cotesia invirae Salgado-Neto and Whitfield, 2019 (Hymenoptera: Braconidae). Diagnoses with morphological and molecular characters and illustrations are provided.


Resumo Horismenus camobiensis sp. nov. (Hymenoptera: Eulophidae) é descrita com base em dados morfológicos, moleculares e ecológicos; esta nova espécie Chalcididae atua como hiperparasitoide de Opsiphanis invirae (Hübner, 1818) (Lepidoptera: Nymphalidae) em pupas de seu parasitoide Cotesia invirae Salgado-Neto and Whitfield, 2019 (Hymenoptera: Braconidae). Caracteres diagnósticos morfológicos e moleculares e ilustrações de H. camobiensis são fornecidos.


Asunto(s)
Animales , Avispas , Mariposas Diurnas , Himenópteros , Pupa
13.
Braz. j. biol ; 84: e254487, 2024. tab, ilus
Artículo en Inglés | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1364508

RESUMEN

Biological samples obtained from a small temporary pond of northern Colombia yielded the first record Coronatella undata Sousa, Elmoor-Loureiro and Santos, 2015 and of the male of C. monacantha (Sars, 1901) for Colombia. In this study, the morphology of female of Coronatella undata and female and male of C. monacantha was described and compared to other species within the genus. C. undata was originally described from Brazil and, among the species of the Coronatella monacantha complex, seems to be closely related to C. acuticostata (Sars, 1903). C. undata shows some similarities with C. monacantha, but it can be identified by important diagnostic characters such as: 1) posterior-ventral corner of valve with two denticles, 2) seta on exopodite of trunk limb II rudimentary, 3) filter comb of trunk limb II with six setae, 4) ODL seta of trunk limb I shorter than longest seta of IDL. C. monacantha is the most reported species in the Neotropical region and the male most resemble C. paulinae Sousa, Elmoor-Loureiro & Santos, 2015 in relation to (i), length/wide of postabdomen ratio (ii) basal spine almost straight and (iii)) long basal spine reaching the mid-length of basal spine. However, they can be separated by (i) number of lateral seta on the antennule, (ii) postanal angle, (iii) position of gonopore (iv) presence of a denticle on posterior-ventral corner of valve.


Amostras biológicas obtidas de uma pequena lagoa temporária do norte da Colômbia proporcionaram o primeiro registro de Coronatella undata Sousa, Elmoor-Loureiro e Santos, 2015 e do macho de Coronatella monacantha (Sars, 1901) na Colômbia. Neste estudo, foi descrita a morfologia de fêmeas de C. undata e de fêmeas e machos de C. monacantha, comparando-a com outras espécies do gênero. Coronatella undata foi descrita originalmente no Brasil e, entre as espécies do complexo C. monacantha, parece estar intimamente relacionada com Coronatella acuticostata (Sars, 1903). Coronatella undata apresenta algumas semelhanças com C. monacantha, mas pode ser identificada por seus principais caracteres, tais como: 1) ângulo posterior ventral da valva com dois dentículos; 2) cerda rudimentar no exopodito do ramo do tronco II; 3) filtro da gnatobase do apêndice torácico II com seis cerdas; 4) cerda ODL do membro do tronco I mais curta que a cerda mais longa do IDL. Coronatella monacantha é a espécie mais relatada na região neotropical, e o macho se assemelha mais a Coronatella paulinae Sousa, Elmoor-Loureiro & Santos em relação à/ao: (i) razão comprimento / largura do pós-abdômen, (ii) espinho basal quase reto e (iii) espinho basal longo com a metade do comprimento do espinho basal. No entanto, eles podem ser separados pelo/pela: (i) número de cerdas laterais na antênula, (ii) ângulo postanal, (iii) posição do gonóporo e (iv) presença de dentículo no canto ventral posterior da valva.


Asunto(s)
Animales , Estanques , Registros , Crustáceos , Colombia
14.
Biota Neotrop. (Online, Ed. ingl.) ; 24(3): e20241635, 2024. tab, graf
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1568885

RESUMEN

Abstract: Mesembrinellidae (Diptera: Oestroidea) is a family of medium size (7-17 mm) neotropical flies. The taxonomic status of the group has been debated but at present it is treated as a family with 53 extant species. Currently, 19 species are recorded in Central America and Mexico with, until now, only two species known from Honduras: Mesembrinella bicolor (Fabricius, 1805) and Souzalopesiella facialis (Aldrich, 1922). For this study, material from the Insect Collection at the Pan-American Agricultural School, Zamorano (EAPZ), was examined. Six species distributed in three genera were found to occur in Honduras. The genus Laneella and the species: Laneella fuscosquamataWhitworth, 2019, Laneella perisi (Mariluis, 1987), Mesembrinella nigrocoeruleaWhitworth, 2019, and Mesembrinella socors (Walker, 1861), are recorded for the country for the first time. All species are illustrated, and a map with the known distribution in Honduras is provided.


Resumen: Mesembrinellidae (Diptera: Oestroidea) es una familia de moscas neotropicales de tamaño mediano (7-17 mm). El estatus taxonómico del grupo ha sido objeto de debate, pero actualmente se considera como una familia con 53 especies. Hasta el momento, se han registrado 19 especies en Centroamérica y México con solo dos especies conocidas en Honduras: Mesembrinella bicolor (Fabricius, 1805) y Souzalopesiella facialis (Aldrich, 1922). En este estudio, se examinó el material de la Colección de Insectos de la Escuela Agrícola Panamericana, Zamorano (EAPZ). Se encontraron seis especies distribuidas en tres géneros en Honduras. Se registra por primera vez para el país el género Laneella y las especies Laneella fuscosquamataWhitworth, 2019, Laneella perisi (Mariluis, 1987), Mesembrinella nigrocoeruleaWhitworth, 2019, y Mesembrinella socors (Walker, 1861). Se ilustran todas las especies y se proporciona un mapa de distribución para las especies en Honduras.

15.
Biota Neotrop. (Online, Ed. ingl.) ; 24(3): e20231595, 2024. graf
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1568887

RESUMEN

Abstract Presented here is a trilingual (English, Portuguese, and Spanish) key to the 44 currently recognized genera and 37 subgenera of dung beetles (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae) occurring in the Brazilian Amazon. Photographs of all taxa are included.


Resumo Apresentamos aqui uma chave trilíngue (inglês, português e espanhol) dos 44 gêneros e 37 subgêneros atualmente reconhecidos de besouros rola-bosta (Coleoptera: Scarabaeidae: Scarabaeinae) que ocorrem na Amazônia brasileira. Fotos de todos os táxons estão incluídas.

16.
Rev. chil. infectol ; Rev. chil. infectol;40(5): 461-464, oct. 2023. tab
Artículo en Español | LILACS | ID: biblio-1521869

RESUMEN

En las últimas décadas ha existido un reordenamiento de los géneros y especies fúngicas de importancia médica debido a los constantes avances en la biología molecular. Desde la declaración de Amsterdam en el año 2011, se han ido abandonando la taxonomía de dos nombres (sexual y asexual) por cada especie, además se ha priorizado al primer nombre descrito. Dado que se recomienda comenzar a utilizar los nombres actualizados de los géneros y especies de levaduras y hongos filamentosos, se propone una transición utilizando el nombre actual, y el antiguo entre paréntesis escrito con minúscula, con el fin de evitar confusiones en los médicos clínicos ya acostumbrados a la nomenclatura previa.


In recent decades there has been a rearrangement of fungal genera and species of medical importance due to constant advances in molecular biology. Since the Amsterdam declaration in 2011, the taxonomy of two names (sexual and asexual) for each species has been abandoned, and the first name described has also been prioritized. Since it is recommended to start using the updated names of the genera and species of yeasts and filamentous fungi, a transition is proposed using the current name, and the old one in parentheses written with lower case, in order to avoid confusion in clinician physicians already accustomed to the previous nomenclature.


Asunto(s)
Hongos/clasificación , Levaduras/clasificación
17.
Rev. peru. biol. (Impr.) ; 30(4)oct. 2023.
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1530330

RESUMEN

The Neotropical genus Heteromphrale Kröber, 1937, so far known from Argentina, Chile and Uruguay, is recorded for the first time from Peru based on the description of a new species, Heteromphrale illapa sp. nov. from Moquegua. An update to the key to the known species is provided, as well as a distribution map.


El género neotropical Heteromphrale Kröber, 1973, hasta ahora solo conocido para Argentina, Chile y Uruguay, es reportado por primera vez para Perú con base en la descripción de una especie nueva, Heteromphrale illapa sp. nov. de Moquegua. Además, se proporciona una actualización de la clave de identificación para las especies conocidas, así como un mapa de distribución.

18.
Rev. peru. biol. (Impr.) ; 30(4)oct. 2023.
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1530331

RESUMEN

A new species of Sesioctonus (Braconidae: Agathidinae), Sesioctonus alvaradae sp. nov. from Peru, is described and illustrated. With the addition of this new species, Sesioctonus genus has 36 species.


Una nueva especie de Sesioctonus (Braconidae: Agathidinae), Sesioctonus alvaradae sp. nov. para Perú, es descrita e ilustrada. Con la adición de esta nueva especie, el género Sesioctonus tiene 36 especies.

19.
Rev. peru. biol. (Impr.) ; 30(4)oct. 2023.
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1530332

RESUMEN

The monotypic Peruvian genus Anqasha with type species Anqasha picta (Pocock 1903) is revised. A female of A. picta from the type locality of Caraz is herein described for the first time. The recently described females of A. picta coming from Recuay are transferred to the new taxon, which is herein described, diagnosed, and illustrated. Males of A. minaperinensis sp. nov. differ from that of A. picta in the shape of retrolateral branch of subapical apophyses on male tibia I, which is apically flattened and having three short spines. Females of A. minaperinensis sp. nov. differ from A. picta in the shape of seminal receptacles.


Se revisa el género monotípico peruano Anqasha, con la espécie tipo Anqasha picta (Pocock 1903). Se describe por primera vez una hembra de A. picta de la localidad de tipo en Caraz. Las hembras recientemente descritas de A. picta procedentes de Recuay son transferidas al nuevo taxon, el cual se describe, diagnostica e illustra aquí. Los machos de A. minaperinensis sp. nov. se differencían de A. picta en la forma de la rama retrolateral de la apófísis subapical en la tibia I del macho, la cual está aplanada apicalmente y llevando tres espinas cortas. Las hembras de A. minaperinensis sp. nov. se differencían de A. picta en la forma de los receptaculos seminales.

20.
Rev. peru. biol. (Impr.) ; 30(4)oct. 2023.
Artículo en Inglés | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1530333

RESUMEN

This study describes and illustrates a new species of arachnid, the pseudoscorpion Stenolpium sayrii sp. nov., collected at Pucllana, an archaeological site in the city of Lima, Peru. With this description, the total number of known Stenolpium species worldwide reaches eight, and in Peru specifically, it increases to seven. The discovery of this new species in Peru's most populous city serves as an exemplar highlighting the extensive scope for further research on Peruvian fauna in general, particularly on its arachnids.


En este trabajo, una nueva especie de arácnido, el pseudoscorpión Stenolpium sayrii sp. nov., colectada en Pucllana, sitio arqueológico de la ciudad de Lima, Perú, es descrita e ilustrada. Con esta descripción, el número de especies conocidas de Stenolpium en el mundo asciende a ocho en total y para el Perú a siete. El descubrimiento de esta nueva especie en la ciudad más poblada del Perú es un ejemplo de lo mucho que falta investigar sobre la fauna peruana en general y sobre sus arácnidos en particular.

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