RESUMEN

Crystal structures of the 30S ribosomal subunit in complex with messenger RNA and cognate transfer RNA in the A site, both in the presence and absence of the antibiotic paromomycin, have been solved at between 3.1 and 3.3 angstroms resolution. Cognate transfer RNA (tRNA) binding induces global domain movements of the 30S subunit and changes in the conformation of the universally conserved and essential bases A1492, A1493, and G530 of 16S RNA. These bases interact intimately with the minor groove of the first two base pairs between the codon and anticodon, thus sensing Watson-Crick base-pairing geometry and discriminating against near-cognate tRNA. The third, or "wobble," position of the codon is free to accommodate certain noncanonical base pairs. By partially inducing these structural changes, paromomycin facilitates binding of near-cognate tRNAs.

Asunto(s)

ARN Mensajero/metabolismo , ARN Ribosómico 16S/metabolismo , ARN de Transferencia Aminoácido-Específico/metabolismo , ARN de Transferencia/metabolismo , Ribosomas/metabolismo , Thermus thermophilus/ultraestructura , Antibacterianos/metabolismo , Antibacterianos/farmacología , Anticodón/química , Anticodón/metabolismo , Emparejamiento Base , Sitios de Unión , Codón/química , Codón/metabolismo , Cristalografía por Rayos X , Guanosina Trifosfato/metabolismo , Enlace de Hidrógeno , Modelos Moleculares , Conformación de Ácido Nucleico , Paromomicina/metabolismo , Paromomicina/farmacología , Extensión de la Cadena Peptídica de Translación , Factor Tu de Elongación Peptídica/metabolismo , Biosíntesis de Proteínas , ARN Bacteriano/química , ARN Bacteriano/metabolismo , ARN Mensajero/química , ARN Ribosómico 16S/química , ARN de Transferencia/química , ARN de Transferencia Aminoácido-Específico/química , ARN de Transferencia de Fenilalanina/química , ARN de Transferencia de Fenilalanina/metabolismo , Ribosomas/química , Ribosomas/ultraestructura , Termodinámica , Thermus thermophilus/química , Thermus thermophilus/metabolismo

Asunto(s)

Antibacterianos/química , Conformación de Ácido Nucleico , ARN Ribosómico/química , Proteínas Ribosómicas/química , Secuencia de Bases , Sitios de Unión , Ligandos , Datos de Secuencia Molecular , Peso Molecular , Conformación Proteica , ARN Bacteriano/química , ARN Ribosómico 16S/química , Thermus thermophilus/genética