RESUMEN
Introducción: El desarrollo de vacunas seguras y eficaces contra el SARS-CoV-2 supuso un enorme reto para enfrentar la pandemia de la COVID-19. La aparición de nuevas variantes del SARS-CoV-2 representa un reto en la evaluación de la efectividad de las vacunas, diferentes candidatos vacunales y terapéuticos desarrollados por la comunidad científica. Objetivos: Caracterizar la diversidad genética de aislamientos virales cubanos en el periodo comprendido entre junio de 2020 y diciembre de 2022. Métodos: Se obtuvo el ARN de SARS-CoV-2 de 27 aislamientos a partir de sobrenadante de cultivo celular y se secuenció el gen S. Las secuencias generadas se emplearon para la identificación y posterior caracterización molecular de las variantes genéticas del virus mediante análisis filogenético y el uso de las herramientas disponibles en la base de datos GISEAD. Resultados: Las variantes detectadas en los aislamientos cubanos de SARS-CoV-2 estudiados se correspondieron a las identificadas en los estudios de vigilancia genómica realizados en las diferentes etapas pandémicas de la COVID-19 en Cuba. El 33,3 % de los aislamientos secuenciados correspondieron a los diferentes linajes de la variante Ómicron, seguido de la variante Beta B 1.351 (29,6 %), otros linajes de SARS-CoV-2 (25,9 %), Alfa B 1.1.7 (7,4 %) y Delta B.1.575 (3,7 %). Se detectó la mutación D614G en todos los aislamientos de SARS-CoV-2 estudiados. Conclusiones: La caracterización molecular de los aislamientos cubanos de SARS-CoV-2 tiene una elevada diversidad genética. Posibilita evaluar in vitro e in vivo los candidatos vacunales y agentes terapéuticos desarrollados por la industria biofarmacéutica cubana.
Introduction: The development of safe and effective vaccines against SARS-CoV-2 posed a huge challenge to face the COVID-19 pandemic. The appearance of new variants of SARS-CoV-2 represents a challenge in evaluating the effectiveness of vaccines, different vaccine and therapeutic candidates developed by the scientific community. Objectives: Characterize and analyze the genetic diversity of Cuban viral isolates, in the period between June 2020 and December 2022. Methods: SARS-CoV-2 RNA was obtained from 27 isolates from cell culture supernatant and the S gene was sequenced. The generated sequences were used for the identification and subsequent molecular characterization of the genetic variants of the virus through phylogenetic analysis and the use of the tools available in the GISEAD database. Results: The variants detected in the Cuban SARS-CoV-2 isolates corresponded to those identified in the genomic surveillance studies carried out in the different stages of the COVID-19 pandemic in Cuba. 33.3% of the sequenced isolates corresponded to the different lineages of the Omicron variant, followed by Beta B 1.351 (29.6%), other SARS-CoV-2 lineages (25.9%), Alpha B 1.1.7 (7.4%) and Delta B.1.575 (3.7%). The D614G mutation was detected in all SARS-CoV-2 isolates studied. Conclusions: The molecular characterization of the Cuban isolates of SARS-CoV-2 has a high genetic diversity. It makes it possible to evaluate in vitro and in vivo vaccine candidates and therapeutic agents developed by the Cuban biopharmaceutical industry.
RESUMEN
El enfrentamiento a la epidemia de la COVID-19 en Cuba, ha requerido el desarrollo de nuevas capacidades para su diagnóstico en los laboratorios de biología molecular de diferentes instituciones científicas y de salud. El objetivo de este trabajo es mostrar la experiencia del Centro de Investigaciones Científicas de la Defensa Civil en la organización del diagnóstico de la COVID-19. Se revisaron documentos rectores del trabajo del centro, su programa de bioseguridad y los reportados por la Organización Mundial de la Salud para el enfrentamiento a la pandemia. Se expone la experiencia de la estructura adoptada por la entidad para asegurar el diagnóstico de forma ininterrumpida, las funciones del grupo de dirección y la secuencia de las actividades desarrolladas. Se destaca la capacitación del personal en la gestión de riesgos biológicos y las medidas de prevención adoptadas. El uso adecuado de los medios de protección colectivos e individuales, la manipulación segura de las muestras biológicas y la cooperación con otras entidades, han permitido el cumplimiento de la tarea encomendada, sin la ocurrencia de accidentes que comprometan la salud del personal que labora en el diagnóstico, ni afectaciones a la comunidad y al medio ambiente(AU)
Facing the COVID-19 epidemic in Cuba has required the development of new capacities for its diagnosis in the molecular biology laboratories of different scientific and health institutions. The objective of this work is to show the experience of the Cuban Civil Defense Scientific Research Center in organizing the diagnosis of COVID-19. Guiding documents for the Center's work, its biosafety program, and those reported by the World Health Organization for dealing with the pandemic were reviewed. The experience of the structure adopted by the entity to ensure an uninterrupted diagnosis, the functions of the Steering Group and the sequence of activities carried out is exposed; highlighting the training of personnel in the management of biological risks and the prevention measures adopted. The proper use of collective and individual protection means, the safe handling of biological samples and cooperation with other entities, have allowed the fulfillment of the entrusted task, without the occurrence of accidents that compromise the health of the personnel working in the diagnosis, nor effects on the community and the environment(AU)
Asunto(s)
Productos Biológicos , Defensa Civil , Contención de Riesgos Biológicos , Biología Molecular , Gestión de Riesgos , Grupos ProfesionalesRESUMEN
Se estudió la inactivación del virus herpes simple humano tipo 1 como modelo de virus ADN envueltos, durante las etapas de producción de las inmunoglobulinas intramuscular e intravenosa y la albúmina humana, las etapas del método de fraccionamiento alcohólico para la obtención de estos productos, así como los métodos de remoción y/o inactivación introducidos en el proceso de manufactura, pasteurización y cromatografía de intercambio iónico. El virus se cuantificó por efecto citopático. La obtención de valores de reducción acumulativos reportados en este trabajo demuestran que el método de fraccionamiento alcohólico utilizado en Cuba como variante del método de Cohn-Oncley, combinando métodos de inactivación/remoción, produce un nivel de inactivación de virus ADN envueltos que garantiza una alta seguridad biológica de estos productos para su uso en humanos (AU)
Asunto(s)
ADN Viral , Albúmina Sérica , Inmunoglobulinas , Composición de Medicamentos , Herpesvirus Humano 1RESUMEN
Se estudió la inactivación del virus herpes simple humano tipo 1 como modelo de virus ADN envueltos, durante las etapas de producción de las inmunoglobulinas intramuscular e intravenosa y la albúmina humana, las etapas del método de fraccionamiento alcohólico para la obtención de estos productos, así como los métodos de remoción y/o inactivación introducidos en el proceso de manufactura, pasteurización y cromatografía de intercambio iónico. El virus se cuantificó por efecto citopático. La obtención de valores de reducción acumulativos reportados en este trabajo demuestran que el método de fraccionamiento alcohólico utilizado en Cuba como variante del método de Cohn-Oncley, combinando métodos de inactivación/remoción, produce un nivel de inactivación de virus ADN envueltos que garantiza una alta seguridad biológica de estos productos para su uso en humanos